单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7461	2024-10-08	Multi-omics analysis unveils the predictive value of IGF2BP3/SPHK1 signaling in cancer stem cells for prognosis and immunotherapeutic response in muscle-invasive bladder cancer 2024-Oct-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05685-8 PMID:39367493	研究论文	研究揭示了IGF2BP3/SPHK1信号在肌层浸润性膀胱癌中的预测价值，特别是在癌症干细胞的预后和免疫治疗反应中的作用	首次发现IGF2BP3在CD274+ALDH+癌症干细胞样细胞中的上调表达与不良临床预后相关，并揭示了IGF2BP3/SPHK1信号在免疫治疗反应中的潜在预测价值	研究主要基于特定样本和数据集，结果的普适性需要进一步验证	探讨IGF2BP3/SPHK1信号在肌层浸润性膀胱癌中的作用及其作为预后和免疫治疗反应标志物的潜力	肌层浸润性膀胱癌中的癌症干细胞样细胞及其与免疫治疗的关系	数字病理学	膀胱癌	单细胞质谱流式细胞术、RNA测序、甲基化RNA免疫沉淀测序、单核RNA测序、空间转录组学、共检测索引	NA	单细胞数据、bulk RNA数据、空间转录组数据	38个肌层浸润性膀胱癌组织样本，包含179,483个单细胞；25个肌层浸润性膀胱癌组织样本，包含67,988个细胞
7462	2024-10-08	Uncovering the role of traditional Chinese medicine in immune-metabolic balance of gastritis from the perspective of Cold and Hot: Jin Hong Tablets as a case study 2024-Oct-04, Chinese medicine IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s13020-024-00998-8 PMID:39367502	研究论文	本研究探讨了传统中药在慢性胃炎免疫代谢平衡中的作用，特别是从寒热角度出发，以金红片为例进行分析	首次结合转录组数据和机器学习算法，揭示了寒热证型慢性胃炎的分子特征及其对应中药的作用机制	样本量较小，且仅基于转录组数据进行分析，缺乏更全面的生物学验证	探讨传统中药在慢性胃炎免疫代谢平衡中的作用机制	慢性胃炎患者及其寒热证型，以及金红片等中药配方	机器学习	胃炎	转录组测序	机器学习算法	转录组数据	35名寒热证型慢性胃炎患者和3例单细胞RNA测序样本
7463	2024-10-08	ERP29 regulates the proliferation of endometrial carcinoma via M6A modification 2024-Oct-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.122976 PMID:39142507	研究论文	研究ERP29通过M6A修饰调控子宫内膜癌增殖的作用	首次揭示了ERP29在子宫内膜癌中的高表达及其通过M6A修饰调控癌细胞增殖的机制	研究主要基于GEO和TCGA数据库，缺乏体内实验验证	探讨ERP29和M6A在子宫内膜癌进展中的作用	ERP29基因、M6A修饰及其对子宫内膜癌细胞增殖的影响	数字病理学	子宫内膜癌	WGCNA、机器学习算法、scRNA-seq、qPCR、Western blot、免疫组化、m6A Dot blot、MeRIP-qPCR	NA	基因表达数据	基于GEO和TCGA数据库的多个样本
7464	2024-10-08	Single-cell transcriptomics identifies aberrant glomerular angiogenic signalling in the early stages of WT1 kidney disease 2024-10, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6339 PMID:39177649	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序和配体-受体分析，探讨了WT1基因突变在早期肾脏疾病中对肾小球细胞间通讯的影响	首次揭示了WT1基因突变在早期肾脏疾病中通过改变血管生成信号通路引发肾小球病变的机制，并发现肾上腺髓质素在早期损伤中的上调作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的直接应用需进一步验证	探讨WT1基因突变在早期肾脏疾病中的作用机制	WT1基因突变小鼠的肾小球细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包含WT1基因突变的小鼠和人类肾小球疾病样本
7465	2024-10-08	Proteomic Analysis Reveals Oxidative Phosphorylation and JAK-STAT Pathways Mediated Pathogenesis of Pemphigus Vulgaris 2024-Oct, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15184 PMID:39373252	研究论文	本研究通过蛋白质组学分析揭示了寻常型天疱疮发病机制中氧化磷酸化和JAK-STAT通路的潜在作用	首次通过蛋白质组学和单细胞RNA测序技术揭示了寻常型天疱疮中氧化磷酸化和JAK-STAT通路的激活	研究仅限于体外细胞模型，尚未在临床试验中验证	阐明寻常型天疱疮的信号机制	寻常型天疱疮患者和健康志愿者的皮肤样本	蛋白质组学	自身免疫性疾病	LC-MS/MS, scRNA-seq	NA	蛋白质, 单细胞RNA	880, 605, 586个差异表达蛋白
7466	2024-10-08	RNA Sequencing Reveals a Strong Predominance of THRA Splicing Isoform 2 in the Developing and Adult Human Brain 2024-Sep-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25189883 PMID:39337374	研究论文	研究通过RNA测序分析了人类大脑发育和成年期THRA剪接异构体2的表达情况	首次在健康人体组织和发育中的大脑中研究了THRA1和THRA2剪接异构体的表达模式	研究仅限于RNA测序数据，未涉及蛋白质水平的验证	探讨THRA剪接异构体在人类大脑发育和成年期的表达模式	THRA1和THRA2剪接异构体在人类大脑和中枢神经系统的表达	基因表达	NA	RNA测序	NA	RNA	四个bulk RNA-seq数据集和两个scRNA-seq数据集
7467	2024-10-08	Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology 2024-09-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000387 PMID:37002587	综述	本文综述了单细胞和空间转录组学技术在肝脏生物学中的应用，涵盖了肝脏稳态、发育、再生、慢性肝病和癌症等方面的关键生物学见解	本文介绍了肝脏细胞图谱的最新进展，包括细胞组成的全面特征、多样性和功能、空间结构如肝脏分区、细胞通信和邻近关系、细胞身份转换和与肝脏病理相关的细胞特异性改变，以及新的治疗靶点	本文讨论了当前研究中的突出挑战，并提出了先进的实验技术和计算方法来解决这些挑战	综述单细胞和空间转录组学技术在肝脏生物学中的应用，并讨论相关技术的进展和挑战	肝脏稳态、发育、再生、慢性肝病和癌症	基因组学	肝病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
7468	2024-10-08	Deciphering cellular heterogeneity in Spodoptera frugiperda midgut cell line through single cell RNA sequencing 2024-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110898 PMID:39047877	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了秋粘虫中肠细胞系的细胞异质性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了秋粘虫中肠细胞系的细胞异质性，并鉴定了多种细胞类型及其特异性标记基因	NA	揭示秋粘虫中肠细胞系的细胞异质性，并研究呼吸和肠道膜杀虫剂靶标基因的表达	秋粘虫中肠细胞系SfMG-0617的细胞异质性	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	18,794个细胞
7469	2024-10-08	Molecular profiling of core immune-escape genes highlights TNFAIP3 as an immune-related prognostic biomarker in neuroblastoma 2024-Sep, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-024-01914-4 PMID:39028490	研究论文	本文通过转录组表达谱分析，鉴定出TNFAIP3作为神经母细胞瘤中与免疫逃逸相关的关键基因，并探讨了其在免疫治疗中的潜在作用	首次将TNFAIP3鉴定为神经母细胞瘤中与免疫逃逸相关的关键基因，并验证了其在免疫治疗中的潜在作用	初步实验验证了TNFAIP3在TAMs中的生物学功能，但仍需进一步的临床试验验证其作为治疗靶点的有效性	鉴定神经母细胞瘤中与免疫逃逸相关的关键基因，并探讨其在免疫治疗中的潜在作用	神经母细胞瘤中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其相关基因	生物信息学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	17个临床神经母细胞瘤样本
7470	2024-10-08	Genetic structure analysis of yak breeds and their response to adaptive evolution 2024-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110933 PMID:39218165	研究论文	研究了牦牛品种的遗传结构及其对适应性进化的响应	首次系统地分析了牦牛的细胞水平适应性特征，并结合scRNA-seq方法构建了牦牛肺组织和皮肤组织的转录图谱	研究主要集中在牦牛的遗传结构和适应性基因上，未涉及其他可能影响适应性的因素	探讨牦牛品种的遗传结构及其对高海拔环境的适应性进化	牦牛的遗传多样性和适应性相关基因	遗传学	NA	WGRS, scRNA-seq	NA	基因表达数据	涉及八个牦牛群体的基因数据和牦牛肺组织及皮肤组织的单细胞RNA测序数据
7471	2024-10-08	Multi-omics analysis reveals a pericyte-associated gene expression signature for predicting prognosis and therapeutic responses in solid cancers 2024-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110942 PMID:39326641	研究论文	本文通过多组学分析揭示了与周细胞相关的基因表达特征，用于预测实体癌的预后和治疗反应	首次通过整合转录组和蛋白质组数据，识别出肿瘤来源周细胞中的51个差异表达基因，并构建了预测肝癌和肺癌预后及治疗反应的风险模型	研究主要集中在肝癌和肺癌，未涵盖其他类型的实体癌	探讨周细胞在肿瘤微环境中的作用，并开发预测实体癌预后和治疗反应的基因表达特征	肿瘤来源周细胞及其相关基因	数字病理学	NA	转录组分析、蛋白质组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质数据	涉及TCGA数据库和GEO数据库中的多个样本
7472	2024-10-08	Integrated spatial and multimodal single-cell transcriptomics reveal patient-dependent cell heterogeneity in splenic marginal zone lymphoma 2024-08, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6296 PMID:38828498	研究论文	本文通过多模态单细胞分析技术，深入研究了脾边缘区淋巴瘤（SMZL）的生物学特征	首次在转录组和蛋白质水平上全面描述了SMZL的生物学标志，并揭示了患者间和患者内的异质性	NA	深入描述脾边缘区淋巴瘤（SMZL）的生物学特征	脾边缘区淋巴瘤（SMZL）的细胞异质性	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序、细胞索引转录组和表位测序、V(D)J单细胞RNA测序、空间转录组学、成像质谱流式技术	NA	转录组数据、蛋白质数据	配对的血液/脾脏样本
7473	2024-10-08	Single-cell transcriptomic-informed deconvolution of bulk data identifies immune checkpoint blockade resistance in urothelial cancer 2024-Jun-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109928 PMID:38812546	研究论文	本文介绍了一种名为ProM的方法，通过单细胞转录组数据和批量RNA测序数据的计算反卷积，揭示了尿路上皮癌中免疫检查点抑制剂抵抗的细胞特征	提出了ProM方法，通过结合单细胞和批量RNA测序数据，能够更好地分析肿瘤微环境中的细胞类型，并揭示了与免疫检查点抑制剂抵抗相关的预处理细胞特征	NA	研究肿瘤微环境中的细胞相互作用及其对治疗反应的影响，特别是免疫检查点抑制剂抵抗的机制	尿路上皮癌样本中的单细胞和批量RNA测序数据	数字病理学	尿路上皮癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和批量RNA测序	NA	RNA测序数据	人类尿路上皮癌样本
7474	2024-10-08	UPK3A+ umbrella cell damage mediated by TLR3-NR2F6 triggers programmed destruction of urothelium in Hunner-type interstitial cystitis/painful bladder syndrome 2024-06, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6275 PMID:38551071	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了Hunner型间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征中尿路上皮细胞的异质性和发育轨迹，并提出了针对UPK3A伞细胞损伤的关键信号通路的治疗策略	首次通过单细胞RNA测序揭示了Hunner型间质性膀胱炎中尿路上皮细胞的异质性和发育轨迹，并确定了TLR3-NR2F6轴作为潜在的治疗靶点	治疗效果有限，缺乏对特定细胞类型和分子靶点的充分理解	揭示Hunner型间质性膀胱炎中尿路上皮细胞的异质性和发育轨迹，并寻找潜在的治疗靶点	Hunner型间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征中的尿路上皮细胞	NA	膀胱疼痛综合征	单细胞RNA测序	NA	RNA	HIC膀胱中的尿路上皮细胞
7475	2024-10-08	The interplay of Cxcl10+/Mmp14+ monocytes and Ccl3+ neutrophils proactively mediates silica-induced pulmonary fibrosis 2024-04-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.133713 PMID:38335607	研究论文	研究揭示了Cxcl10+/Mmp14+单核细胞和Ccl3+中性粒细胞在硅肺纤维化中的作用	首次通过单细胞RNA测序识别出与硅肺纤维化相关的Cxcl10+/Mmp14+单核细胞和Ccl3+中性粒细胞，并提出抗受体-配体对治疗策略	NA	探讨硅肺纤维化的分子机制并寻找潜在的治疗策略	Cxcl10+/Mmp14+单核细胞和Ccl3+中性粒细胞在硅肺纤维化中的作用	数字病理学	职业病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	硅肺小鼠的肺组织样本和硅肺患者的血清及肺组织切片
7476	2024-10-08	A TGF-β-dominant chemoresistant phenotype of hepatoblastoma associated with aflatoxin exposure in children 2024-03-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000534 PMID:37459556	研究论文	本文研究了儿童肝母细胞瘤（HB）中与黄曲霉素暴露相关的TGF-β主导的化疗耐药表型	首次定义了HB的四种转录亚型，并发现S2A亚型是一种新的化疗耐药亚型，与TGF-β上调和黄曲霉素暴露相关	NA	探讨黄曲霉素与肝母细胞瘤化疗耐药性的关系	肝母细胞瘤（HB）样本及其化疗耐药性	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、全外显子测序、批量RNA测序	NA	RNA	180个HB样本
7477	2024-10-08	Single-cell immune profiling of mouse liver aging reveals Cxcl2+ macrophages recruit neutrophils to aggravate liver injury 2024-03-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000590 PMID:37695548	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析不同年龄小鼠肝脏免疫细胞，揭示Cxcl2+巨噬细胞招募中性粒细胞加剧肝脏损伤的机制	首次揭示Cxcl2+巨噬细胞通过CXCL2-CXCR2轴招募中性粒细胞，加剧老年小鼠肝脏损伤	研究主要基于小鼠模型，需进一步验证在人类中的适用性	探究年龄相关肝脏损伤中局部免疫微环境的动态变化及其机制	不同年龄小鼠肝脏中的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	89,542个免疫细胞
7478	2024-10-08	An IL-4 signalling axis in bone marrow drives pro-tumorigenic myelopoiesis 2024-Jan, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06797-9 PMID:38057662	研究论文	研究揭示了IL-4信号轴在骨髓中驱动肿瘤促进性髓系生成的作用	首次发现IL-4在骨髓中通过调节粒细胞-单核细胞前体细胞的转录程序，促进免疫抑制性肿瘤促进髓系细胞的生成	研究主要基于小鼠模型和临床试验的初步结果，需要更多临床数据验证	探讨IL-4信号轴在肿瘤免疫抑制中的作用及其潜在治疗策略	非小细胞肺癌中的髓系细胞和IL-4信号通路	NA	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及人类和小鼠的非小细胞肺癌样本
7479	2024-10-08	Population-level integration of single-cell datasets enables multi-scale analysis across samples 2023-Nov, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-02035-2 PMID:37813989	研究论文	本文介绍了一种名为scPoli的开源学习器，用于整合异质性单细胞数据集，并应用于肺和外周血单核细胞的群体水平图谱分析	scPoli通过生成模型学习样本和细胞表示，实现了数据整合、标签传递和参考映射，并展示了其在解释样本层面生物和技术变异方面的能力	NA	开发一种工具，用于整合群体水平的单细胞数据集，促进多尺度分析	肺和外周血单核细胞的单细胞数据集	单细胞测序	NA	单细胞测序	生成模型	单细胞数据	2,375个样本，共780万个细胞
7480	2024-10-08	Inference of differential key regulatory networks and mechanistic drug repurposing candidates from scRNA-seq data with SCANet 2023-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad644 PMID:37862243	研究论文	本文介绍了一种名为SCANet的工具，用于从单细胞RNA测序数据中推断差异关键调控网络和机制性药物再利用候选者	开发了SCANet，一个集成的单细胞分析工具，涵盖了从基因共表达模块推断、驱动基因检测、转录调控网络重建到机制性药物再利用候选者预测的整个流程	NA	解决从单细胞RNA测序数据中重建细胞（亚）类型发育差异的关键调控网络的计算问题	急性呼吸疾病患者中的细胞因子风暴机制和肥胖小鼠肠道干细胞中的细胞驱动机制	生物信息学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及两个研究的数据，包括急性呼吸疾病患者和肥胖小鼠的肠道干细胞