单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 7461 - 7480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7461 | 2024-10-09 |
scResolve: Recovering single cell expression profiles from multi-cellular spatial transcriptomics
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.18.572269
PMID:38187629
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scResolve的方法，用于从多细胞空间转录组学测量中恢复单细胞表达谱 | scResolve能够准确恢复单细胞在其位置上的表达谱，这是细胞类型反卷积无法实现的 | NA | 开发一种方法来恢复多细胞空间转录组学测量中的单细胞表达谱 | 人类乳腺癌数据和人类肺部疾病数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 人类乳腺癌和肺部疾病数据 |
| 7462 | 2024-10-09 |
A review of the current state of single-cell proteomics and future perspective
2023-Nov, Analytical and bioanalytical chemistry
IF:3.8Q1
DOI:10.1007/s00216-023-04759-8
PMID:37285026
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综述 | 本文综述了单细胞蛋白质组学的当前状态，包括工作流程、样本制备技术、仪器和生物应用，并展望了其未来发展 | 单细胞蛋白质组学作为单细胞转录组学的补充，为生物研究提供了新的视角 | 目前存在样本体积小和数据解释需要稳健统计方法的挑战 | 评估单细胞蛋白质组学的当前技术状态，并展望其在生物研究中的未来应用 | 单细胞蛋白质组学的工作流程、样本制备技术、仪器和生物应用 | NA | NA | 单细胞蛋白质组学 | NA | NA | NA |
| 7463 | 2024-10-09 |
Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations
2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.29.560193
PMID:37873257
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研究论文 | 开发了一种多组学数据整合算法（MUDI），结合scHi-C和scRNA-seq数据，定义了3D调控和生物学上下文依赖的细胞亚群 | 首次在单细胞分辨率下整合3D染色质结构和基因表达数据，定义了拓扑结构整合的亚群（TISPs），并揭示了其在乳腺癌细胞中的应用 | NA | 研究3D染色质结构和基因表达在单细胞分辨率下的整合及其在癌症细胞中的应用 | 乳腺癌细胞的3D染色质结构和基因表达 | 生物信息学 | 乳腺癌 | scHi-C, scRNA-seq | 多组学数据整合算法（MUDI） | 基因表达数据, 染色质结构数据 | NA |
| 7464 | 2024-10-09 |
Cross-Dataset Single-Cell Analysis Identifies Temporal Alterations in Cell Populations of Primary Pancreatic Tumor and Liver Metastasis
2023-Apr-21, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15082396
PMID:37190324
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研究论文 | 本研究通过跨数据集的单细胞RNA测序分析，揭示了原发性胰腺肿瘤和肝转移瘤中细胞群落的时空变化 | 首次系统比较了原发性胰腺癌和肝转移瘤的细胞群落组成和基因组特征，并识别出肝转移瘤中独特的癌细胞亚群和标记物 | NA | 探讨胰腺导管腺癌（PDAC）原发肿瘤和肝转移瘤中细胞群落的组成和基因组特征的差异 | 胰腺导管腺癌（PDAC）的原发肿瘤和肝转移瘤 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据 | 使用了转基因KPC小鼠模型及其自发PDAC和匹配的肝转移瘤的scRNA-seq数据集 |
| 7465 | 2024-10-09 |
Human B Cells Mediate Innate Anti-Cancer Cytotoxicity Through Concurrent Engagement of Multiple TNF Superfamily Ligands
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.837842
PMID:35392082
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研究论文 | 本文报道了人类B细胞通过同时激活多个TNF超家族配体介导固有的抗癌细胞毒性 | 首次发现B细胞也具有固有的抗癌免疫机制，并展示了其在不同肿瘤细胞类型中的细胞毒性 | 研究主要集中在B细胞的细胞毒性机制上，未深入探讨其在临床治疗中的应用潜力 | 探讨B细胞在固有免疫中的抗癌机制 | 人类B细胞及其在不同肿瘤细胞类型中的细胞毒性 | NA | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序分析和流式细胞术 | NA | RNA | 从健康个体和头颈部鳞状细胞癌患者中分离的B细胞 |
| 7466 | 2024-10-09 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Intratumoral Heterogeneity in ccRCC, which Results in Different Clinical Outcomes
2020-07-08, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2020.04.023
PMID:32396851
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组分析揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性，并探讨了其对临床结果的影响 | 首次通过单细胞RNA测序数据分析了ccRCC的肿瘤内异质性，并发现了T细胞耗竭是导致ccRCC组织免疫抑制特性的关键因素 | 研究样本量有限，且主要基于TCGA数据集，可能存在数据偏倚 | 探讨透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性及其对临床结果的影响 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性及其与免疫抑制和预后的关系 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 533名患者 |
| 7467 | 2024-10-08 |
The heterogeneity of breast cancer metastasis: a bioinformatics analysis utilizing single-cell RNA sequencing data
2024-Nov, Breast cancer research and treatment
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s10549-024-07428-1
PMID:38992286
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序数据分析了乳腺癌转移的异质性 | 利用单细胞RNA测序技术区分转移的分子特征并识别患者预后的预测基因 | 没有单一基因或通路能完全解释肿瘤转移的机制 | 探索乳腺癌原发肿瘤组织与淋巴结和肝脏转移细胞之间的基因表达差异 | 乳腺癌原发肿瘤组织与淋巴结和肝脏转移细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 7468 | 2024-10-08 |
Concerted transcriptional regulation of the morphogenesis of hypothalamic neurons by ONECUT3
2024-Oct-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52762-z
PMID:39366958
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研究论文 | 研究探讨了ONECUT3转录因子在调节下丘脑神经元形态发生中的作用 | 发现ONECUT3通过调节神经导航蛋白2（NAV2）影响下丘脑GABA衍生的多巴胺和促甲状腺激素释放激素（TRH）谷氨酸神经元的极化和形态发生 | NA | 研究ONECUT3在神经元分化和形态发生中的调控作用 | 下丘脑神经元 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及新生小鼠和秀丽隐杆线虫的神经元样本 |
| 7469 | 2024-10-08 |
Identification of KLHL17 as a prognostic marker for prostate cancer based on single-cell sequencing and in vitro/in vivo experiments
2024-Oct-04, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01406-1
PMID:39365488
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据识别前列腺癌中的恶性上皮细胞亚群及其分子特征，并构建了预测患者预后的风险评分模型 | 首次通过单细胞RNA测序和体内外实验验证KLHL17作为前列腺癌的预后标志物 | NA | 深入理解前列腺癌的异质性并识别潜在的治疗靶点 | 前列腺癌中的恶性上皮细胞及其分子特征 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 风险评分模型 | RNA测序数据 | NA |
| 7470 | 2024-10-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals peripheral immunological features in Parkinson's Disease
2024-Oct-04, NPJ Parkinson's disease
DOI:10.1038/s41531-024-00790-3
PMID:39366969
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了帕金森病患者和健康对照者的外周血单个核细胞中的免疫特征 | 首次揭示了NK细胞在帕金森病进展中的关键作用及其与疾病严重程度的正相关性 | 研究样本量有限，需要进一步验证和扩大样本以确认结果的普遍性 | 探讨帕金森病患者外周免疫反应与疾病严重程度之间的关系 | 帕金森病患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括早期和晚期帕金森病患者及健康对照者的外周血单个核细胞样本 |
| 7471 | 2024-10-08 |
Exploring the prognostic and diagnostic value of lactylation-related genes in sepsis
2024-10-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-74040-0
PMID:39367086
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研究论文 | 本研究探讨了乳酸化相关基因在脓毒症中的预后和诊断价值 | 首次识别出与脓毒症相关的55个乳酸化基因，并通过多种分析方法验证了这些基因的预后和诊断价值 | 样本量较小，且仅限于中国西南医科大学附属医院的患者 | 研究乳酸化相关基因在脓毒症中的预后和诊断作用 | 脓毒症患者和健康个体的血液样本 | NA | 脓毒症 | RNA测序、单细胞RNA测序、基因本体论分析、京都基因与基因组百科全书分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | NA | RNA序列数据 | 20名脓毒症患者和10名健康个体的血液样本，以及5个外周血样本用于单细胞RNA测序 |
| 7472 | 2024-10-08 |
Leveraging explainable deep learning methodologies to elucidate the biological underpinnings of Huntington's disease using single-cell RNA sequencing data
2024-Oct-04, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10855-5
PMID:39367331
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研究论文 | 利用可解释深度学习方法阐明亨廷顿病生物学基础的研究 | 使用单细胞RNA测序数据和残差神经网络（ResNet）模型，结合SHapley Additive exPlanations（SHAP）算法，揭示了影响亨廷顿病预测的基因及其在病理生物学中的作用 | 尽管模型在测试集上的F1分数达到96.53%，但仍存在一定的局限性 | 阐明亨廷顿病病理学的潜在机制 | 亨廷顿病细胞与健康细胞的差异基因表达模式 | 数字病理学 | 亨廷顿病 | 单细胞RNA测序 | 残差神经网络（ResNet） | 基因表达数据 | NA |
| 7473 | 2024-10-08 |
Deep learning to estimate response of concurrent chemoradiotherapy in non-small-cell lung carcinoma
2024-Oct-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05708-4
PMID:39367461
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研究论文 | 本文构建了一个深度学习模型，用于预测非小细胞肺癌患者在接受同步放化疗后的反应，并探索了相关的生物信号通路 | 首次使用深度学习模型预测非小细胞肺癌患者在接受同步放化疗后的反应 | NA | 开发和验证一个深度学习模型，用于预测非小细胞肺癌患者在接受同步放化疗后的反应 | 非小细胞肺癌患者在接受同步放化疗后的反应 | 机器学习 | 肺癌 | 深度学习 | ResNet50 | 图像 | 229名非小细胞肺癌患者 |
| 7474 | 2024-10-08 |
Multi-omics analysis unveils the predictive value of IGF2BP3/SPHK1 signaling in cancer stem cells for prognosis and immunotherapeutic response in muscle-invasive bladder cancer
2024-Oct-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05685-8
PMID:39367493
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研究论文 | 研究揭示了IGF2BP3/SPHK1信号在肌层浸润性膀胱癌中的预测价值，特别是在癌症干细胞的预后和免疫治疗反应中的作用 | 首次发现IGF2BP3在CD274+ALDH+癌症干细胞样细胞中的上调表达与不良临床预后相关，并揭示了IGF2BP3/SPHK1信号在免疫治疗反应中的潜在预测价值 | 研究主要基于特定样本和数据集，结果的普适性需要进一步验证 | 探讨IGF2BP3/SPHK1信号在肌层浸润性膀胱癌中的作用及其作为预后和免疫治疗反应标志物的潜力 | 肌层浸润性膀胱癌中的癌症干细胞样细胞及其与免疫治疗的关系 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞质谱流式细胞术、RNA测序、甲基化RNA免疫沉淀测序、单核RNA测序、空间转录组学、共检测索引 | NA | 单细胞数据、bulk RNA数据、空间转录组数据 | 38个肌层浸润性膀胱癌组织样本，包含179,483个单细胞；25个肌层浸润性膀胱癌组织样本，包含67,988个细胞 |
| 7475 | 2024-10-08 |
Uncovering the role of traditional Chinese medicine in immune-metabolic balance of gastritis from the perspective of Cold and Hot: Jin Hong Tablets as a case study
2024-Oct-04, Chinese medicine
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s13020-024-00998-8
PMID:39367502
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研究论文 | 本研究探讨了传统中药在慢性胃炎免疫代谢平衡中的作用，特别是从寒热角度出发，以金红片为例进行分析 | 首次结合转录组数据和机器学习算法，揭示了寒热证型慢性胃炎的分子特征及其对应中药的作用机制 | 样本量较小，且仅基于转录组数据进行分析，缺乏更全面的生物学验证 | 探讨传统中药在慢性胃炎免疫代谢平衡中的作用机制 | 慢性胃炎患者及其寒热证型，以及金红片等中药配方 | 机器学习 | 胃炎 | 转录组测序 | 机器学习算法 | 转录组数据 | 35名寒热证型慢性胃炎患者和3例单细胞RNA测序样本 |
| 7476 | 2024-10-08 |
ERP29 regulates the proliferation of endometrial carcinoma via M6A modification
2024-Oct-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2024.122976
PMID:39142507
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研究论文 | 研究ERP29通过M6A修饰调控子宫内膜癌增殖的作用 | 首次揭示了ERP29在子宫内膜癌中的高表达及其通过M6A修饰调控癌细胞增殖的机制 | 研究主要基于GEO和TCGA数据库，缺乏体内实验验证 | 探讨ERP29和M6A在子宫内膜癌进展中的作用 | ERP29基因、M6A修饰及其对子宫内膜癌细胞增殖的影响 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | WGCNA、机器学习算法、scRNA-seq、qPCR、Western blot、免疫组化、m6A Dot blot、MeRIP-qPCR | NA | 基因表达数据 | 基于GEO和TCGA数据库的多个样本 |
| 7477 | 2024-10-08 |
Single-cell transcriptomics identifies aberrant glomerular angiogenic signalling in the early stages of WT1 kidney disease
2024-10, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6339
PMID:39177649
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序和配体-受体分析，探讨了WT1基因突变在早期肾脏疾病中对肾小球细胞间通讯的影响 | 首次揭示了WT1基因突变在早期肾脏疾病中通过改变血管生成信号通路引发肾小球病变的机制，并发现肾上腺髓质素在早期损伤中的上调作用 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的直接应用需进一步验证 | 探讨WT1基因突变在早期肾脏疾病中的作用机制 | WT1基因突变小鼠的肾小球细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包含WT1基因突变的小鼠和人类肾小球疾病样本 |
| 7478 | 2024-10-08 |
Proteomic Analysis Reveals Oxidative Phosphorylation and JAK-STAT Pathways Mediated Pathogenesis of Pemphigus Vulgaris
2024-Oct, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.15184
PMID:39373252
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研究论文 | 本研究通过蛋白质组学分析揭示了寻常型天疱疮发病机制中氧化磷酸化和JAK-STAT通路的潜在作用 | 首次通过蛋白质组学和单细胞RNA测序技术揭示了寻常型天疱疮中氧化磷酸化和JAK-STAT通路的激活 | 研究仅限于体外细胞模型，尚未在临床试验中验证 | 阐明寻常型天疱疮的信号机制 | 寻常型天疱疮患者和健康志愿者的皮肤样本 | 蛋白质组学 | 自身免疫性疾病 | LC-MS/MS, scRNA-seq | NA | 蛋白质, 单细胞RNA | 880, 605, 586个差异表达蛋白 |
| 7479 | 2024-10-08 |
RNA Sequencing Reveals a Strong Predominance of THRA Splicing Isoform 2 in the Developing and Adult Human Brain
2024-Sep-13, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25189883
PMID:39337374
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研究论文 | 研究通过RNA测序分析了人类大脑发育和成年期THRA剪接异构体2的表达情况 | 首次在健康人体组织和发育中的大脑中研究了THRA1和THRA2剪接异构体的表达模式 | 研究仅限于RNA测序数据，未涉及蛋白质水平的验证 | 探讨THRA剪接异构体在人类大脑发育和成年期的表达模式 | THRA1和THRA2剪接异构体在人类大脑和中枢神经系统的表达 | 基因表达 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 四个bulk RNA-seq数据集和两个scRNA-seq数据集 |
| 7480 | 2024-10-08 |
Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology
2024-09-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000387
PMID:37002587
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综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学技术在肝脏生物学中的应用，涵盖了肝脏稳态、发育、再生、慢性肝病和癌症等方面的关键生物学见解 | 本文介绍了肝脏细胞图谱的最新进展，包括细胞组成的全面特征、多样性和功能、空间结构如肝脏分区、细胞通信和邻近关系、细胞身份转换和与肝脏病理相关的细胞特异性改变，以及新的治疗靶点 | 本文讨论了当前研究中的突出挑战，并提出了先进的实验技术和计算方法来解决这些挑战 | 综述单细胞和空间转录组学技术在肝脏生物学中的应用，并讨论相关技术的进展和挑战 | 肝脏稳态、发育、再生、慢性肝病和癌症 | 基因组学 | 肝病 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |