单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27747 篇文献，本页显示第 7441 - 7460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7441 | 2024-10-21 |
Spatial transcriptomics of a parasitic flatworm provides a molecular map of drug targets and drug resistance genes
2024-Oct-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53215-3
PMID:39414795
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研究论文 | 本文展示了寄生扁虫肝片吸虫的空间转录组学，并提供了药物靶点和药物抗性基因的分子图谱 | 首次提供了肝片吸虫的空间转录组数据，并识别了八个不同组织的基因表达谱和标记基因 | NA | 揭示寄生扁虫肝片吸虫的基因表达空间组织，识别药物靶点和药物抗性基因 | 肝片吸虫的基因表达和组织特异性功能 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 一个肝片吸虫样本 |
| 7442 | 2024-10-21 |
DGSIST: Clustering spatial transcriptome data based on deep graph structure Infomax
2024-Oct-15, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2024.10.002
PMID:39413889
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研究论文 | 提出了一种基于深度图结构互信息最大化（DGSI）模型的空间转录组数据聚类方法DGSIST | DGSIST模型结合了图卷积神经网络和无监督学习方法，能够有效捕捉节点及其邻居的局部信息，并将其整合到整体图结构中 | NA | 旨在充分利用空间转录组数据，提高细胞类型识别的准确性 | 空间转录组数据中的细胞类型 | 生物信息学 | 癌症 | 图卷积神经网络 | DGSI | 空间转录组数据 | 多种组织类型和技术平台的数据 |
| 7443 | 2024-10-21 |
A self-training interpretable cell type annotation framework using specific marker gene
2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae569
PMID:39312689
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研究论文 | 本文介绍了一种基于自训练和伪标签技术的可解释细胞类型注释框架sICTA | 结合了自训练策略和Transformer的非线性关联捕捉能力，并利用注意力机制融入基因和通路的生物学先验知识，增强了模型的透明度 | 未提及 | 开发一种新的细胞类型注释方法，以提高单细胞RNA测序分析的准确性和可解释性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | 11个公开的单细胞数据集 |
| 7444 | 2024-10-21 |
Comprehensive transcriptome and scRNA-seq analyses uncover the expression and underlying mechanism of SYNJ2 in papillary thyroid carcinoma
2024-Oct, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.12099
PMID:39370684
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研究论文 | 研究探讨了SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其潜在机制 | 首次揭示了SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的高表达及其与临床特征的关联，并探讨了其在肿瘤进展中的作用 | 研究主要基于现有数据和分析，缺乏体内实验验证 | 探讨SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其潜在机制 | SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其与临床特征的关联 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 免疫组化、mRNA芯片、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多个甲状腺乳头状癌样本 |
| 7445 | 2024-10-21 |
Functional plasticity shapes neutrophil response to Leishmania major infection in susceptible and resistant strains of mice
2024-Oct, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012592
PMID:39378227
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研究论文 | 研究了不同品系小鼠在利什曼原虫感染下中性粒细胞的功能可塑性及其对感染反应的影响 | 揭示了易感小鼠和抗性小鼠中性粒细胞在利什曼原虫感染下NETs形成和吞噬作用的差异，并探讨了中性粒细胞弹性蛋白酶在吞噬作用调节中的作用 | 研究仅限于特定品系的小鼠，未涉及其他物种或人类 | 探讨中性粒细胞在利什曼原虫感染中的功能可塑性及其对感染易感性和抗性的影响 | BALB/c和C57BL/6小鼠的中性粒细胞 | 免疫学 | 利什曼病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | BALB/c和C57BL/6小鼠各一组 |
| 7446 | 2024-10-21 |
Single-cell characterization of differentiation trajectories and drug resistance features in gastric cancer with peritoneal metastasis
2024-Oct, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70054
PMID:39422697
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研究论文 | 研究胃癌腹膜转移患者的单细胞分化轨迹和药物耐药特征 | 揭示了MUC1+癌细胞在胃癌腹膜转移中的驱动作用，以及C1Q+巨噬细胞与GZMA+ T淋巴细胞在治疗失败中的相关性 | 样本量相对较小，且仅限于胃癌腹膜转移患者 | 阐明胃癌腹膜转移微环境中的细胞分化轨迹和关键药物耐药特征 | 胃癌腹膜转移患者的原发肿瘤、腹膜转移和化疗/免疫治疗前后的恶性腹水样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像和空间转录组数据 | 48名患者，包括30个单细胞RNA测序样本、30个多重免疫荧光样本和3个空间转录组样本 |
| 7447 | 2024-10-21 |
Resilience of A Learned Motor Behavior After Chronic Disruption of Inhibitory Circuits
2024-Aug-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.17.541057
PMID:37292888
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研究论文 | 研究了斑胸草雀在抑制性神经回路慢性破坏后学习到的鸣叫行为的恢复机制 | 发现成年斑胸草雀在抑制性神经元长期沉默后，能够恢复其鸣叫行为，尽管神经活动发生了永久性改变 | 研究主要集中在斑胸草雀的鸣叫行为恢复机制，未涉及其他物种或行为 | 探讨抑制性神经回路慢性破坏后学习行为的恢复机制 | 斑胸草雀的鸣叫行为及其神经回路 | 神经科学 | NA | 细胞特异性病毒载体、单细胞RNA测序、慢性及急性电生理记录 | NA | RNA序列、电生理数据 | 成年斑胸草雀 |
| 7448 | 2024-10-21 |
Downregulation of N4-acetylcytidine modification in myeloid cells attenuates immunotherapy and exacerbates hepatocellular carcinoma progression
2024-02, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-023-02510-9
PMID:38040817
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研究论文 | 研究了N4-乙酰胞苷修饰在髓系细胞中下调对肝细胞癌进展和免疫治疗的影响 | 首次探讨了N4-乙酰胞苷修饰在肝细胞癌发展和免疫治疗中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体中验证 | 探讨N4-乙酰胞苷修饰在肝细胞癌发展和免疫治疗中的作用 | 髓系细胞和肝细胞癌 | 数字病理学 | 肝癌 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、RNA测序、RNA免疫沉淀测序、酪胺信号放大分析 | NA | RNA | 小鼠模型和肝细胞癌患者的组织样本 |
| 7449 | 2024-10-21 |
Modulation of canonical Wnt signaling regulates peribiliary mesenchymal identity during homeostasis and injury
2024-02-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000368
PMID:38251878
|
研究论文 | 研究了Wnt信号通路在调节外周胆管周围间充质细胞身份中的作用，特别是在稳态和损伤情况下的变化 | 首次采用完全体内方法结合转录组分析，揭示了Wnt4、Wnt5a和Wnt7b在调节外周胆管周围间充质细胞身份中的关键作用 | 研究主要集中在体内实验，未涉及体外实验验证 | 探讨外周胆管周围间充质细胞身份的分子驱动因素及其在损伤情况下的变化 | 外周胆管周围间充质细胞（PMCs）及其在损伤情况下的变化 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 7450 | 2024-10-21 |
Molecular Insights From Multiomics Studies of Physical Activity
2024-02-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/dbi23-0004
PMID:38241506
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研究论文 | 本文探讨了多组学技术在理解身体活动分子效应中的应用 | 利用多组学技术（包括代谢组学、蛋白质组学、磷酸蛋白质组学、脂质组学、单细胞RNA测序和表观基因组学）系统地研究身体活动引起的分子变化 | NA | 探讨多组学技术如何提供关于身体活动系统效应的新见解 | 身体活动的分子效应及其在器官间的整合响应 | NA | NA | 多组学技术（代谢组学、蛋白质组学、磷酸蛋白质组学、脂质组学、单细胞RNA测序、表观基因组学） | NA | NA | NA |
| 7451 | 2024-10-21 |
Single-cell landscape identifies the immunophenotypes and microenvironments of HBV-positive and HBV-negative liver cancer
2024-02-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000364
PMID:38251896
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析HBV阳性和阴性肝癌的免疫表型和微环境 | 首次系统地比较了HBV阳性和阴性肝癌的肿瘤微环境，揭示了HBV感染对免疫治疗反应的影响 | 研究仅限于单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的数据或技术 | 深入理解HBV感染对肝细胞癌免疫微环境的影响，并设计更有效的免疫治疗策略 | HBV阳性和阴性肝细胞癌的肿瘤微环境和免疫表型 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括HBV阳性和阴性肝细胞癌的多个样本 |
| 7452 | 2024-10-21 |
Emerging applications of single-cell profiling in precision medicine of atherosclerosis
2024-01-23, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04629-y
PMID:38263066
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在动脉粥样硬化精准医学中的新兴应用 | 介绍了单细胞测序技术在揭示动脉粥样硬化斑块、血液、肝脏和肠道特征方面的创新见解 | NA | 探讨单细胞测序技术在动脉粥样硬化精准医学中的应用潜力 | 动脉粥样硬化斑块、血液、肝脏和肠道 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 7453 | 2024-10-21 |
TEM1/endosialin/CD248 promotes pathologic scarring and TGF-β activity through its receptor stability in dermal fibroblasts
2024-Jan-23, Journal of biomedical science
IF:9.0Q1
DOI:10.1186/s12929-024-01001-0
PMID:38254097
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研究论文 | 研究TEM1蛋白在病理性瘢痕形成中的作用及其通过稳定TGF-β受体促进瘢痕形成的机制 | 首次揭示了TEM1蛋白在病理性瘢痕形成中的作用，并提出了通过靶向TEM1作为治疗病理性瘢痕的新方法 | 研究主要集中在体外细胞实验和体内小鼠模型，尚未在人体上进行验证 | 探讨TEM1蛋白在病理性瘢痕形成中的作用及其机制 | TEM1蛋白、病理性瘢痕、TGF-β信号通路 | NA | NA | 免疫荧光染色、Western blotting、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 蛋白质、RNA | 包括正常皮肤、肥厚性瘢痕和瘢痕疙瘩的样本，以及小鼠模型 |
| 7454 | 2024-10-21 |
Schizophrenia endothelial cells exhibit higher permeability and altered angiogenesis patterns in patient-derived organoids
2024-Jan-23, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-024-02740-2
PMID:38263175
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研究论文 | 研究使用患者来源的诱导多能干细胞（iPSCs）生成3D大脑类器官，以模拟精神分裂症（SCZ）在早期大脑发育关键时期的神经病理学特征 | 首次揭示了精神分裂症患者来源的类器官中内皮细胞的高渗透性和血管生成模式的改变 | 研究仅基于23个捐赠者的数据，样本量有限 | 探讨精神分裂症患者大脑发育过程中内皮细胞和血管功能障碍的作用 | 精神分裂症患者来源的诱导多能干细胞（iPSCs）生成的大脑类器官 | NA | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 23个捐赠者的数据 |
| 7455 | 2024-10-21 |
SURGE: uncovering context-specific genetic-regulation of gene expression from single-cell RNA sequencing using latent-factor models
2024-01-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03152-z
PMID:38254214
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研究论文 | 开发了一种名为SURGE的方法，用于从单细胞转录组数据中发现特定上下文下的表达数量性状位点（eQTLs） | SURGE方法能够在没有先验知识的情况下，发现调节遗传调控的上下文或细胞类型 | NA | 研究基因表达的遗传调控在不同细胞上下文中的变化 | 单细胞转录组数据中的表达数量性状位点（eQTLs） | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 潜在因子模型 | 转录组数据 | 外周血单细胞eQTL数据 |
| 7456 | 2024-10-21 |
A predisposed motor bias shapes individuality in vocal learning
2024-Jan-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2308837121
PMID:38198530
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研究论文 | 研究探讨了鸣禽通过发声学习发展个体独特性的发育和分子机制 | 首次结合实验控制的系统发声训练、无偏差判别分析和单细胞转录组学，揭示了遗传倾向的发声运动偏差在发声学习个体变异中的初始起源 | 研究仅限于F杂交鸣禽，未来研究需要扩展到其他物种以验证结果的普遍性 | 探究发声学习中个体独特性的发育和分子机制 | F杂交鸣禽的发声学习过程 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 声音特征数据 | F杂交鸣禽个体 |
| 7457 | 2024-10-21 |
A spatial cell atlas of neuroblastoma reveals developmental, epigenetic and spatial axis of tumor heterogeneity
2024-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.07.574538
PMID:38260392
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研究论文 | 本文构建了一个全面的神经母细胞瘤细胞图谱，揭示了肿瘤异质性的发育、表观遗传和空间轴 | 首次整合了单细胞/核RNA测序、批量RNA测序、全外显子测序、DNA甲基化分析、空间转录组学和两种空间蛋白质组学方法，全面分析了神经母细胞瘤的复杂异质性 | NA | 揭示神经母细胞瘤的发育、表观遗传和空间异质性 | 55例神经母细胞瘤患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞/核RNA测序、批量RNA测序、全外显子测序、DNA甲基化分析、空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、DNA甲基化数据、蛋白质组数据 | 55例神经母细胞瘤患者肿瘤样本 |
| 7458 | 2024-10-21 |
Control of cardiac contractions using Cre-lox and degron strategies in zebrafish
2024-Jan-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2309842121
PMID:38194447
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研究论文 | 本文比较了两种遗传方法通过调节斑马鱼中必需的肌节蛋白Tnnt2a的水平来控制心脏收缩 | 本文首次使用Cre-lox和degron策略在斑马鱼中实现对心脏收缩的非侵入性控制，具有高空间和时间特异性 | 本文未详细讨论这些方法在其他物种中的适用性 | 研究如何通过遗传方法控制心脏收缩，以了解其对器官发育和稳态的影响 | 斑马鱼中的心脏收缩和Tnnt2a蛋白水平 | NA | NA | Cre-lox重组和degron降解系统 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个斑马鱼品系和单细胞样本 |
| 7459 | 2024-10-21 |
Evaluating spatially variable gene detection methods for spatial transcriptomics data
2024-01-15, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03145-y
PMID:38225676
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研究论文 | 本文系统评估了多种空间变异基因检测方法在空间转录组数据中的表现 | 首次对多种空间变异基因检测方法进行了系统评估，涵盖了不同组织类型、生物技术和空间分辨率的数据集 | 缺乏对方法选择的具体建议 | 评估不同空间变异基因检测方法的性能，为方法选择提供参考 | 空间变异基因检测方法及其在下游应用中的表现 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 大量空间转录组数据集，涵盖不同组织类型、生物技术和空间分辨率 |
| 7460 | 2024-10-21 |
COFFEE: Consensus Single Cell-Type Specific Inference for Gene Regulatory Networks
2024-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.05.574445
PMID:38260386
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Borda投票的共识算法COFFEE，用于从scRNA-seq数据中推断基因调控网络 | COFFEE算法整合了10种已有的基因调控网络推断方法，相比单个算法在合成、精选和实验数据集上表现出更好的性能 | NA | 扩展共识方法到scRNA-seq数据，提高基因调控网络推断的准确性 | scRNA-seq数据中的基因调控网络 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 共识算法 | 基因表达数据 | NA |