本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
7441 | 2025-10-06 |
Isolation and Preparation of Embryonic Zebrafish Retinal Cells for Single-Cell RNA Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_6
PMID:39240518
|
研究论文 | 本文描述了从斑马鱼胚胎眼睛中制备高质量单细胞悬液用于单细胞RNA测序的方法 | 开发了可重复生成高质量斑马鱼胚胎眼睛单细胞悬液的方法,并建立了定量评估细胞产量和活力的质量控制参数 | 该方法主要针对斑马鱼胚胎眼睛,在其他组织或模型系统中的适用性需要进一步验证 | 建立斑马鱼胚胎视网膜细胞单细胞RNA测序的样品制备和质量控制方法 | 斑马鱼胚胎眼睛的视网膜细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10× Genomics v3.1系统 | 10× Genomics v3.1单细胞测序系统 |
7442 | 2025-10-06 |
Insights into early acne pathogenesis: Exploring intercellular dynamics and key dysregulated genes
2025, Cell signaling
DOI:10.46439/signaling.3.053
PMID:40401196
|
评论 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学数据探讨早期痤疮发病机制中的细胞间通讯和关键失调基因 | 首次在早期痤疮研究中整合单细胞RNA测序与空间转录组学数据,揭示主要皮肤细胞类型中与炎症反应和角化过度相关的关键失调基因 | NA | 探索早期痤疮发病机制中的细胞间动态和关键失调基因 | 痤疮患者的皮肤组织样本,包括内皮细胞、成纤维细胞、淋巴细胞、髓样细胞、角质形成细胞和平滑肌细胞 | 数字病理学 | 痤疮 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
7443 | 2025-10-06 |
Huntington's disease cellular phenotypes are rescued non-cell autonomously by healthy cells in mosaic telencephalic organoids
2024-Aug-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50877-x
PMID:39095390
|
研究论文 | 本研究通过构建亨廷顿病镶嵌型端脑类器官,揭示了健康细胞通过非细胞自主机制挽救疾病细胞表型的能力 | 首次在镶嵌型端脑类器官中证明健康细胞可通过细胞间接触恢复亨廷顿病细胞的神经元特性、发育轨迹和突触功能 | 研究主要关注发育阶段,对成熟神经元退行性病变的长期影响仍需进一步验证 | 探究亨廷顿病中不同基因型细胞间的非细胞自主相互作用机制 | 健康与亨廷顿病基因型的端脑类器官 | 神经科学 | 亨廷顿病 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7444 | 2025-10-06 |
Response of astrocytes and their interaction with surrounding brain cells after acute ischemia-reperfusion analyzed by single-cell transcriptome sequencing
2025-Jun-15, Brain research bulletin
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析急性缺血再灌注后星形胶质细胞的反应及其与周围脑细胞的相互作用 | 首次系统揭示缺血再灌注12小时后星形胶质细胞亚群的异质性特征及其与周围脑细胞的通讯网络,识别出9个潜在治疗靶点基因 | 研究仅关注缺血再灌注后12小时的时间点,未分析其他时间点的动态变化 | 探究星形胶质细胞在缺血性脑卒中中的异质性反应机制 | 小鼠脑缺血再灌注模型中的星形胶质细胞 | 单细胞转录组学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞RNA测序, 逆转录聚合酶链反应 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠脑缺血再灌注模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7445 | 2025-10-06 |
The janus face of astrocytes in multiple sclerosis: Balancing protection and pathology
2025-Jun-15, Brain research bulletin
IF:3.5Q2
|
综述 | 本文综述了星形胶质细胞在多发性硬化症中的双重作用及其治疗潜力 | 突破了传统的A1/A2二分法范式,揭示了人类星形胶质细胞存在连续状态谱系,并强调了空间多组学技术在该领域的新发现 | 将小鼠A1/A2概念转化到人类多发性硬化症存在挑战,人类星形胶质细胞表现出异质性和环境依赖性反应 | 探讨星形胶质细胞在多发性硬化症中的双重角色及靶向治疗策略 | 多发性硬化症中的星形胶质细胞 | 神经科学 | 多发性硬化症 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 空间多组学 | NA | 转录组数据, 空间组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
7446 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis reveals fibroblast heterogeneity and myofibroblast conversion in ligamentum flavum hypertrophy
2025-Jun, The spine journal : official journal of the North American Spine Society
DOI:10.1016/j.spinee.2024.12.001
PMID:39653186
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示黄韧带肥厚中成纤维细胞异质性及肌成纤维细胞转化过程 | 首次在黄韧带肥厚中发现成纤维细胞向肌成纤维细胞的转分化过程,并识别出新型信号通路GAS和GRN | 仅纳入3例患者样本,样本量较小 | 研究肥厚黄韧带的细胞组成和信号通路 | 接受腰椎减压手术的LSCS患者黄韧带组织 | 单细胞组学 | 腰椎管狭窄症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例患者黄韧带组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7447 | 2025-10-06 |
Characterization of ROMK cellular heterogeneity along the mouse kidney thick ascending limb
2025-Jun, Pflugers Archiv : European journal of physiology
DOI:10.1007/s00424-025-03086-4
PMID:40358700
|
研究论文 | 本研究通过多模态技术揭示了小鼠肾脏厚壁升支中ROMK通道的细胞异质性分布模式 | 首次发现ROMK蛋白顶端分布与分子特征不同的TAL细胞类型相对应,揭示了尽管ROMK mRNA普遍表达,但蛋白定位存在明显功能异质性 | 研究仅限于小鼠模型,人类肾脏中是否存在类似异质性尚需验证 | 阐明肾脏厚壁升支中ROMK通道的细胞分布异质性及其功能意义 | 小鼠肾脏厚壁升支细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序,RNAscope原位杂交,迭代间接免疫荧光成像 | 机器学习 | 图像,转录组数据 | 小鼠肾脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
7448 | 2025-10-06 |
GCNLA: Inferring Cell-Cell Interactions From Spatial Transcriptomics With Long Short-Term Memory and Graph Convolutional Networks
2025-May-22, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3572383
PMID:40402695
|
研究论文 | 提出一种基于图卷积网络和长短期记忆注意力模块的网络架构GCNLA,用于从空间转录组数据推断细胞间相互作用 | 结合图卷积层、长短期记忆网络、注意力模块和残差连接,不仅学习细胞空间结构,还能捕获远端细胞间的相互作用信息 | NA | 从空间转录组数据推断细胞间相互作用 | 细胞间相互作用 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图卷积网络(GCN), 长短期记忆网络(LSTM) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | seqFISH, MERFISH | NA |
7449 | 2025-10-06 |
High-Sensitivity PD-L1 Staining Using Clone 73-10 Antibody and Spatial Transcriptomics for Precise Expression Analysis in Non-Tumorous, Intraepithelial Neoplasia, and Squamous Cell Carcinoma of Head and Neck
2025-May-20, Head and neck pathology
DOI:10.1007/s12105-025-01798-8
PMID:40392349
|
研究论文 | 本研究使用高灵敏度克隆73-10抗体和空间转录组学技术评估头颈部鳞状细胞癌中PD-L1表达 | 首次结合高灵敏度克隆73-10抗体和空间转录组学技术系统分析头颈部鳞状细胞癌中PD-L1表达模式 | 样本量相对有限,空间转录组学分析仅包含6对样本 | 评估PD-L1在头颈部鳞状细胞癌中的表达模式,探索其与免疫治疗资格的相关性 | 头颈部鳞状细胞癌患者组织样本,包括癌组织、相邻鳞状上皮内瘤变和正常口腔黏膜 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 免疫组织化学染色,空间转录组学,通路分析 | NA | 组织切片图像,基因表达数据 | 94例头颈部鳞状细胞癌临床样本,包含配对的相邻鳞状上皮内瘤变和正常口腔黏膜样本,其中6对样本进行空间转录组学分析 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
7450 | 2025-10-06 |
Neuron-like macrophage differentiation via the APOE-TREM2 axis contributes to chronic pain in nasopharyngeal carcinoma
2025-May-20, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-025-10035-5
PMID:40392335
|
研究论文 | 本研究揭示了鼻咽癌中APOE-TREM2轴通过促进巨噬细胞向神经元样分化导致慢性疼痛的新机制 | 首次发现肿瘤相关巨噬细胞通过APOE-TREM2轴发生神经元样分化并参与鼻咽癌慢性疼痛的形成 | 动物模型与人类疾病存在差异,临床转化需要进一步验证 | 阐明APOE-TREM2轴在鼻咽癌慢性疼痛中的作用机制 | 鼻咽癌组织、巨噬细胞、小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,体外共培养,基因敲除 | 动物疾病模型 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | TCGA鼻咽癌数据集和单细胞测序样本 | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
7451 | 2025-10-06 |
ACSS2 mediates an epigenetic pathway to regulate β-cell adaptation during gestation in mice
2025-May-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58322-3
PMID:40393969
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了小鼠妊娠期β细胞适应的表观遗传调控机制 | 首次在单细胞水平发现ACSS2介导的乙酰-CoA生物合成和组蛋白乙酰化在β细胞妊娠适应中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探索妊娠期胰腺β细胞适应性变化的分子机制 | 小鼠胰腺β细胞 | 单细胞生物学 | 妊娠期糖尿病 | 单细胞转录组测序,遗传分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
7452 | 2025-10-06 |
CellFM: a large-scale foundation model pre-trained on transcriptomics of 100 million human cells
2025-May-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59926-5
PMID:40393991
|
研究论文 | 本研究开发了一个基于1亿个人类细胞转录组数据预训练的大规模基础模型CellFM | 使用1亿个细胞的大规模数据集训练包含8亿参数的细胞基础模型,在模型规模和训练数据量上超越现有模型 | NA | 开发能够统一表示细胞状态的单细胞基础模型 | 人类单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | RetNet | 基因表达数据 | 1亿个人类细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7453 | 2025-10-06 |
TGF-β signaling redirects Sox11 gene regulatory activity to promote partial EMT and collective invasion of oncogenically transformed intestinal organoids
2025-May-20, Oncogenesis
IF:5.9Q1
DOI:10.1038/s41389-025-00560-7
PMID:40393982
|
研究论文 | 本研究利用结直肠癌驱动突变肠道类器官模型,揭示TGF-β信号通过重编程Sox11基因调控活性促进部分上皮间质转化和集体侵袭的机制 | 首次发现Sox11作为关键转录因子在TGF-β1诱导的部分上皮间质转化和集体侵袭中的必要性作用,并揭示其在正常肠道功能和肿瘤抑制中的双重功能 | Sox11对于TGF-β1诱导的表型是必要但不充分的,其具体作用机制仍需进一步研究 | 探究TGF-β1诱导的部分上皮间质转化和集体侵袭的调控机制 | 携带结直肠癌驱动突变的肠道类器官 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 功能丧失和过表达实验 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 肠道类器官模型和人类结直肠癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7454 | 2025-10-06 |
The unique hypertrophic and fibrotic features of neonatal right ventricle in response to pressure overload
2025-May-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-01427-y
PMID:40394014
|
研究论文 | 本研究建立了新生大鼠/小鼠右心室压力超负荷模型,揭示了新生儿右心室对压力超负荷反应的独特肥大和纤维化特征 | 首次建立了新生儿右心室压力超负荷模型,并通过单细胞RNA测序揭示了与成人不同的分子特征 | 研究仅针对新生儿期右心室反应,未涉及其他发育阶段或左心室变化 | 研究儿科心力衰竭的发病机制,特别是右心室压力超负荷引起的病理变化 | 新生大鼠和小鼠的右心室组织及心肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 组织染色 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 新生大鼠和小鼠右心室组织 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
7455 | 2025-10-06 |
Sphingolipid metabolism-related genes as diagnostic markers in pneumonia-induced sepsis: the AUG model
2025-May-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-01150-8
PMID:40394027
|
研究论文 | 本研究识别了与鞘脂代谢相关的ACER3、UGCG和GBA基因作为肺炎诱导脓毒症的诊断标志物,并构建了AUG预测模型 | 首次发现鞘脂代谢相关基因ACER3、UGCG和GBA组成的AUG模型在肺炎诱导脓毒症中的诊断价值,并揭示了其通过免疫细胞死亡途径和MIF信号参与疾病进程的机制 | 样本量相对有限(临床队列仅62例),需要更大规模的多中心研究验证 | 识别肺炎诱导脓毒症的生物标志物和治疗靶点 | 肺炎诱导脓毒症患者、肺炎患者和健康对照者 | 生物信息学 | 脓毒症 | 转录组测序、单细胞转录组测序 | 基因特征模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 训练集GSE65682、验证集E-MTAB-1548和E-MTAB-5273、临床队列62例(20例PIS、31例肺炎、11例健康对照) | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
7456 | 2025-10-06 |
Decoding the impact of MMP1+ malignant subsets on tumor-immune interactions: insights from single-cell and spatial transcriptomics
2025-May-20, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02503-y
PMID:40394037
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学解析MMP1+恶性细胞亚群对肿瘤-免疫相互作用的影响 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学揭示MMP1+恶性细胞通过CXCL16-CXCR6和ANXA1-FPR3信号轴调控肿瘤免疫微环境的机制 | 未明确说明研究涉及的具体肿瘤类型和样本数量 | 探究MMP1在肿瘤进展和免疫调节中的作用机制 | MMP1+恶性细胞及其与免疫细胞(巨噬细胞和CD8+ T细胞)的相互作用 | 单细胞组学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
7457 | 2025-10-06 |
Multimodal spatial proteomic profiling in acute myeloid leukemia
2025-May-20, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00897-7
PMID:40394148
|
研究论文 | 本研究通过开发多模态空间蛋白质组学方法,揭示了急性髓系白血病骨髓微环境中的三级淋巴样结构及其临床意义 | 开发了基于组织微阵列的高通量空间免疫荧光和质谱流式成像技术,首次在骨髓中发现并验证了三级淋巴样结构的存在 | 骨髓脱钙和自发荧光可能对成像质量产生影响,方法在其他骨髓疾病中的适用性需要进一步验证 | 解析急性髓系白血病骨髓微环境中白血病细胞与免疫细胞的相互作用机制 | 急性髓系白血病患者的骨髓微环境 | 空间蛋白质组学 | 急性髓系白血病 | 空间免疫荧光成像, 质谱流式成像, 空间转录组学 | 无偏聚类分析, 空间K函数分析 | 蛋白质组数据, 转录组数据, 影像数据 | 480例患者转录组数据集 | NA | 空间蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | 组织微阵列基础上的高通量空间成像平台 |
7458 | 2025-10-06 |
HSD17B1-mediated trophoblast differentiation lowers estrogen levels in early-onset preeclampsia
2025-May-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-02490-1
PMID:40394177
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现HSD17B1是早发性子痫前期发病机制中的核心失调节点 | 首次揭示HSD17B1作为滋养细胞-内分泌串扰的主协调因子在EOPE发病机制中的关键作用 | 研究样本量有限,需要更大规模验证;机制研究主要基于体外细胞模型 | 探究早发性子痫前期伴胎儿生长受限的发病机制 | 胎盘滋养细胞亚型、临床胎盘样本、BeWo滋养细胞模型 | 单细胞测序分析 | 子痫前期 | 单细胞RNA测序, 免疫组化, 蛋白质印迹, 基因敲低 | 多模态计算分析 | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | EOPE-FGR和正常妊娠的胎盘样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7459 | 2025-10-06 |
Pyroptosis drives tumor progression and immune evasion in Hepatocellular Carcinoma: a single-cell and spatial transcriptomic study
2025-May-20, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02421-6
PMID:40394449
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析揭示CHMP4B作为肝细胞癌中焦亡关键基因,促进肿瘤进展和免疫逃逸 | 首次在肝细胞癌中整合单细胞RNA测序和空间转录组数据,鉴定CHMP4B作为焦亡关键调控基因及其在肿瘤免疫微环境中的作用机制 | 样本量有限(10例HCC患者),需要更大数据集和多组学方法进一步验证 | 研究焦亡相关基因在肝细胞癌中的表达及其对预后和肿瘤微环境的影响 | 肝细胞癌患者组织样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | LASSO回归, 机器学习 | 基因表达数据 | 10例HCC患者单细胞数据,TCGA批量RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
7460 | 2025-10-06 |
Scmaskgan: masked multi-scale CNN and attention-enhanced GAN for scRNA-seq dropout imputation
2025-May-20, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06138-9
PMID:40394489
|
研究论文 | 提出scMASKGAN方法,通过将矩阵填补转化为像素修复任务来解决scRNA-seq数据中的dropout事件 | 整合掩码机制、多尺度CNN、注意力机制和残差网络,结合细胞类型标签约束,将矩阵填补转化为像素修复任务 | NA | 改进单细胞RNA测序数据中dropout事件的填补效果 | 单细胞RNA测序数据和神经母细胞瘤样本 | 机器学习 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | CNN, GAN, 注意力机制, ResNet | 基因表达数据 | 10个神经母细胞瘤样本和7种不同数据类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |