单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7441	2024-10-09	ProBac-seq, a bacterial single-cell RNA sequencing methodology using droplet microfluidics and large oligonucleotide probe sets 2024-Oct, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01002-1 PMID:38769144	研究论文	介绍了一种名为ProBac-seq的细菌单细胞RNA测序方法，该方法利用液滴微流控技术和大型寡核苷酸探针集	ProBac-seq克服了现有技术在细菌样本中的技术难题，提供了高质量的单细胞基因表达数据	从探针扩增到文库制备需要约7天时间	开发一种适用于细菌单细胞RNA测序的新方法	细菌单细胞的基因表达数据	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA	数千个细菌细胞
7442	2024-10-09	Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations 2024-Sep-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52440-0 PMID:39333113	研究论文	开发了一种多组学数据整合算法（MUDI），结合单细胞Hi-C和单细胞RNA测序数据，定义了3D调控和生物学背景依赖的细胞亚群	首次展示了在单细胞分辨率下整合3D染色质结构和基因表达数据，并定义了拓扑结构整合的亚群（TISPs）	NA	研究3D染色质结构和基因表达在单细胞分辨率下的整合，并定义生物学背景依赖的细胞亚群	乳腺癌细胞模型系统中的3D染色质结构和基因表达	生物信息学	乳腺癌	单细胞Hi-C和单细胞RNA测序	多组学数据整合算法（MUDI）	基因表达数据	公开数据和新产生的单细胞Hi-C和单细胞RNA测序数据
7443	2024-10-09	COFFEE: consensus single cell-type specific inference for gene regulatory networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae457 PMID:39311699	研究论文	本文介绍了一种基于Borda投票的共识算法COFFEE，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	COFFEE算法通过整合10种已建立的基因调控网络推断方法，提高了在合成、精选和实验数据集上的性能	COFFEE算法目前仅在10种算法上进行了基准测试，未来可能需要扩展到更多算法	开发一种适用于单细胞RNA测序数据的共识基因调控网络推断方法	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	共识算法	基因调控网络	NA
7444	2024-10-09	Scalable and unsupervised discovery from raw sequencing reads using SPLASH2 2024-Sep-23, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02381-2 PMID:39313645	研究论文	介绍了一种基于高效k-mer计数方法的SPLASH2实现，用于大规模数据集中调控序列变异的检测	提出了SPLASH2，这是一种快速、可扩展的SPLASH实现，适用于多种测序技术和生物背景	NA	开发一种可扩展且无监督的方法，用于从原始测序读取中发现序列变异	单细胞RNA测序数据和来自癌症细胞系百科全书的bulk RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	序列数据	包括单细胞RNA测序数据和bulk RNA-seq数据
7445	2024-10-09	Application of Unsupervised Multi-Omic Factor Analysis to Uncover Patterns of Variation and Molecular Processes Linked to Cardiovascular Disease 2024-Sep-20, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66659 PMID:39373483	研究论文	本文展示了一种无监督的多组学因子分析方法，用于揭示与心血管疾病相关的变异模式和分子过程	本文提出了多组学因子分析（MOFA）方法，用于无监督地分析复杂的多组学数据集，揭示主要的变异轴和相关的分子特征	本文主要集中在心血管疾病的急性冠状动脉综合征和慢性冠状动脉综合征，未涵盖其他疾病类型	研究目的是通过多组学数据分析，揭示与心血管疾病相关的分子过程和变异模式	研究对象包括急性冠状动脉综合征和慢性冠状动脉综合征患者的血液样本	生物信息学	心血管疾病	多组学因子分析（MOFA）	NA	多组学数据	多个患者的血液样本，包括不同时间点的测量数据
7446	2024-10-09	The aminophospholipid transporter, ATP8B3, as a potential biomarker and target for enhancing the therapeutic effect of PD-L1 blockade in colon adenocarcinoma 2024-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110907 PMID:39074670	研究论文	研究探讨了ATP8B3作为结肠腺癌潜在生物标志物和靶点，以增强PD-L1阻断疗法的疗效	发现ATP8B3在MSI-H结肠腺癌患者中与PD-L1表达相关，抑制ATP8B3可增加PD-L1疗法的敏感性	研究主要集中在MSI-H亚型，MSS亚型的结果有限	探索ATP8B3在结肠腺癌中的作用，评估其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	结肠腺癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	结肠腺癌	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、siRNA、shRNA、western blot分析、流式细胞术	NA	RNA	使用TCGA和GEO数据库中的数据，具体样本数量未明确提及
7447	2024-10-09	Exploring public cancer gene expression signatures across bulk, single-cell and spatial transcriptomics data with signifinder Bioconductor package 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae138 PMID:39363890	研究论文	本文介绍了一个名为signifinder的R Bioconductor包，用于在批量、单细胞和空间转录组数据中探索和使用公共癌症基因表达特征	开发了signifinder包，整合了批量、单细胞和空间转录组数据中的癌症基因表达特征，提供了一个全面的框架来解释高分辨率数据并解决肿瘤复杂性	NA	探索癌症机制、定义亚型、预测预后和评估治疗效果	癌症基因表达特征在批量、单细胞和空间转录组数据中的应用	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
7448	2024-10-09	A Bioinformatics-Based Study on Methylation Alterations of the FBLN1 Gene in Hippocampal Tissue of Alzheimer's Disease Model DKO and DTG Mice 2024-Aug-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25169036 PMID:39201719	研究论文	本研究探讨了阿尔茨海默病模型DKO和DTG小鼠海马组织中FBLN1基因的甲基化变化	首次通过单细胞测序和实验方法验证了FBLN1基因在阿尔茨海默病中的异常甲基化状态及其与疾病的相关性	样本量较小，仅限于DKO和DTG小鼠模型	研究阿尔茨海默病中海马组织FBLN1基因的甲基化变化及其与疾病的关系	DKO和DTG小鼠海马组织中的FBLN1基因	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞测序、RT-PCR、Western blotting、Reduced Representation Bisulfite Sequencing	NA	基因组DNA、mRNA、蛋白质	DKO、DTG和CBAC57小鼠
7449	2024-10-09	Simple aneuploidy evades p53 surveillance and promotes niche factor-independent growth in human intestinal organoids 2024-Aug-01, Molecular biology of the cell IF:3.1Q3 DOI:10.1091/mbc.E24-04-0166 PMID:38985518	研究论文	本文研究了简单非整倍体在人类肠道类器官中逃避p53监控并促进非微环境因子依赖性生长的机制	发现简单非整倍体细胞能够逃避p53监控，并可能促进癌症起始结肠干细胞的非微环境因子依赖性生长	NA	探讨非整倍体在癌症早期演化中的作用	人类结肠类器官中的非整倍体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	非整倍体诱导的人类结肠类器官
7450	2024-10-09	IL-17 signaling in primary sclerosing cholangitis patient-derived organoids 2024-06-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000454 PMID:38829197	研究论文	研究了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎患者来源的类器官中的作用	首次直接评估了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎胆管细胞中的作用	未发现调控IL-17通路的罕见变异基因	探讨和表征原发性硬化性胆管炎外周胆管细胞类器官对IL-17A刺激的反应	原发性硬化性胆管炎患者和非患者来源的胆管细胞类器官	NA	原发性硬化性胆管炎	转录组学、分泌组分析和基因组测序	NA	单细胞RNA测序数据	来自原发性硬化性胆管炎患者和非患者的胆管细胞类器官
7451	2024-10-09	Human IL-6 fosters long-term engraftment of patient-derived disease-driving myeloma cells in immunodeficient mice 2024-May-07, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177300 PMID:38713510	研究论文	研究展示了人IL-6转基因NSG小鼠支持恶性及前恶性人浆细胞的植入，并建立了一个有效的患者来源的异种移植模型	首次展示了NSG+hIL6小鼠作为多发性骨髓瘤及相关浆细胞疾病的有效患者来源异种移植模型	NA	建立一个有效的动物模型来重现人类多发性骨髓瘤及相关浆细胞疾病	多发性骨髓瘤及相关浆细胞疾病	NA	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括单克隆丙种球蛋白病、前及复发后骨髓瘤、浆细胞白血病和轻链淀粉样变性的患者来源的浆细胞
7452	2024-10-09	Brief Report: Comprehensive Clinicogenomic Profiling of Small Cell Transformation From EGFR-Mutant NSCLC Informs Potential Therapeutic Targets 2024-Feb, JTO clinical and research reports IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.jtocrr.2023.100623 PMID:38357092	研究论文	本研究对EGFR突变型非小细胞肺癌转化为小细胞肺癌的患者进行了临床和基因组特征的回顾性分析，并探讨了潜在的治疗靶点	首次对EGFR突变型非小细胞肺癌转化为小细胞肺癌的患者进行了全面的临床基因组分析，并揭示了潜在的治疗靶点	研究样本量较小，需要进一步的大规模研究来验证结果	探讨EGFR突变型非小细胞肺癌转化为小细胞肺癌的临床和基因组特征，并寻找潜在的治疗靶点	EGFR突变型非小细胞肺癌转化为小细胞肺癌的患者	数字病理学	肺癌	下一代测序（NGS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、临床数据	34例患者
7453	2024-10-09	MerTK-dependent efferocytosis by monocytic-MDSCs mediates resolution of post-lung transplant injury 2024-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.18.576261 PMID:38328174	研究论文	研究探讨了MerTK依赖的单核细胞来源的髓系抑制细胞（M-MDSCs）在肺移植后缺血再灌注损伤（IRI）中的作用	首次揭示了MerTK在M-MDSCs中的作用，通过吞噬凋亡细胞促进肺IRI的恢复	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨MerTK在M-MDSCs中的作用，以促进肺移植后IRI的恢复	肺移植患者和小鼠模型中的M-MDSCs	数字病理学	肺移植相关疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA序列数据	包括肺移植患者和小鼠模型的多个样本
7454	2024-10-09	Pain sensitivity genes as therapeutic targets in knee osteoarthritis: A comprehensive analysis 2024 Jan-Dec, Molecular pain IF:2.8Q2 DOI:10.1177/17448069241289961 PMID:39313491	研究论文	本研究系统分析了疼痛敏感基因在膝骨关节炎中的作用，并探讨了其作为治疗靶点的潜力	通过综合分析RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据，识别出关键的疼痛敏感基因，并验证了其在膝骨关节炎中的重要作用	NA	探讨疼痛敏感基因在膝骨关节炎中的作用及其作为治疗靶点的潜力	疼痛敏感基因在膝骨关节炎患者中的表达和作用	生物信息学	骨关节炎	RNA-seq	LASSO, SVM, 随机森林	RNA-seq数据	涉及GSE114007、GSE169077、GSE152805、GSE133449和GSE104782等多个数据集
7455	2024-10-09	The single-cell transcriptome of mTECs and CD4+ thymocytes under adhesion revealed heterogeneity of mTECs and a network controlled by Aire and lncRNAs 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1376655 PMID:39328409	研究论文	研究了在粘附过程中，自身免疫调节因子（Aire）基因缺陷对胸腺髓质上皮细胞（mTECs）和CD4+胸腺细胞单细胞转录组的影响	揭示了mTECs在转录组水平上的异质性，并发现Aire和长链非编码RNAs（lncRNAs）在调控mTECs和胸腺细胞网络中的作用	NA	探讨Aire基因缺陷对胸腺髓质上皮细胞和胸腺细胞在粘附过程中的影响	胸腺髓质上皮细胞（mTECs）和CD4+胸腺细胞	基因表达	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	野生型（WT）和Aire缺陷型（Aire-deficient）mTECs与WT单阳性（SP）CD4胸腺细胞共培养的单细胞库
7456	2024-10-09	The Role of Polycystic Kidney Disease-Like Homologs in Planarian Nervous System Regeneration and Function 2024, Integrative organismal biology (Oxford, England) DOI:10.1093/iob/obae035 PMID:39364443	研究论文	研究了多囊肾病样同源基因在涡虫神经系统再生和功能中的作用	首次全面研究了涡虫基因组中所有基因在感觉神经元中的表达和功能，并开发了用于机械感觉刺激的自动化设置	对数十种神经元亚型的功能了解仍然有限	探讨多囊肾病样同源基因在涡虫神经系统再生和功能中的作用	涡虫的感觉神经元及其在机械刺激和食物检测中的功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涡虫的无性和雌雄同体品系
7457	2024-10-09	Altered immune cell in human severe acute pancreatitis revealed by single-cell RNA sequencing 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1354926 PMID:39372399	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了严重急性胰腺炎患者中免疫细胞的变化	首次构建了严重急性胰腺炎患者外周血单细胞图谱，并发现了一种表达高水平PPBP和PF4的新型单核细胞亚群	样本量较小，仅包括7名未治疗的严重急性胰腺炎患者	研究严重急性胰腺炎中特定免疫细胞亚型的变化及其机制，并识别预测急性胰腺炎严重程度的潜在生物标志物	严重急性胰腺炎患者的外周血单核细胞	数字病理学	胰腺炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	7名未治疗的严重急性胰腺炎患者和6名健康对照
7458	2024-10-09	Prognosis of colorectal cancer, prognostic index of immunogenic cell death associated genes in response to immunotherapy, and potential therapeutic effects of ferroptosis inducers 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1458270 PMID:39372411	研究论文	本研究利用生物信息学和医学大数据整合了来自Gene Expression Omnibus (GEO)和The Cancer Genome Atlas (TCGA)的数据集，全面概述了免疫原性细胞死亡(ICD)相关基因在结直肠癌(CRC)中的表达	研究揭示了ICD相关基因在CRC中的分子通路和基因网络，并探讨了细胞死亡诱导剂（包括铁死亡诱导剂）的治疗潜力及其在精准医学中的应用	NA	阐明ICD在结直肠癌中的分子机制及其在治疗中的潜在应用	结直肠癌(CRC)中的免疫原性细胞死亡(ICD)相关基因	生物信息学	结直肠癌	差异表达分析、共识聚类、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自GEO和TCGA的多个结直肠癌样本
7459	2024-10-09	Comprehensive Analysis of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Reveals Transcriptional Signatures of Macrophages in Intrahepatic Cholestasis of Pregnancy 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S471374 PMID:39372590	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析了妊娠期肝内胆汁淤积症中巨噬细胞的转录特征	首次揭示了妊娠期肝内胆汁淤积症中巨噬细胞的转录特征，并发现了炎症状态的倾向	NA	探究妊娠期肝内胆汁淤积症中免疫细胞和免疫基因的调控机制	妊娠期肝内胆汁淤积症中的巨噬细胞	数字病理学	妊娠期肝内胆汁淤积症	单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
7460	2024-10-09	Dynamics of alternative polyadenylation in single root cells of Arabidopsis thaliana 2024, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2024.1437118 PMID:39372861	研究论文	研究了拟南芥根细胞中单细胞RNA测序数据中的选择性多聚腺苷酸化（APA）动态	开发了一种新的流程来识别和整合来自不同单细胞RNA测序数据的APA位点，并分析单细胞中的APA动态	NA	揭示选择性多聚腺苷酸化在拟南芥根细胞发育中的动态变化	拟南芥根细胞中的选择性多聚腺苷酸化位点及其动态变化	基因表达调控	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	超过150,000个细胞，涵盖四个主要组织分支、十二种细胞类型和三个发育阶段