单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7421	2024-11-29	Single-Cell Analysis of Rohon-Beard Neurons Implicates Fgf Signaling in Axon Maintenance and Cell Survival 2024-Apr-17, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1600-23.2024 PMID:38423763	研究论文	通过单细胞RNA测序研究斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard感觉神经元，揭示了Fgf信号通路在轴突维持和细胞存活中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术定义了斑马鱼幼体Rohon-Beard神经元的三个主要亚型，并发现Fgf信号通路在维持轴突和细胞存活中的关键作用	研究主要集中在斑马鱼模型上，尚未在哺乳动物中验证结果	探讨Rohon-Beard神经元的分子亚型及其在轴突维持和细胞存活中的调控机制	斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard感觉神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard神经元
7422	2024-11-29	JLONMFSC: Clustering scRNA-seq data based on joint learning of non-negative matrix factorization and subspace clustering 2024-02, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2023.11.019 PMID:38128706	研究论文	提出了一种基于联合学习非负矩阵分解和子空间聚类的单细胞RNA测序数据聚类方法JLONMFSC	结合了图正则化矩阵分解和低秩表示子空间聚类，以学习局部和全局特征，从而提高聚类性能	未提及	解决单细胞RNA测序数据的高维、稀疏和噪声问题，提高聚类效果	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	非负矩阵分解、子空间聚类	JLONMFSC	单细胞RNA测序数据	六个数据集
7423	2024-11-29	Transcriptional profiling of zebrafish intestines identifies macrophages as host cells for human norovirus infection 2024 Jan-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2024.2431167 PMID:39584740	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究斑马鱼肠道中的转录组，发现巨噬细胞是人诺如病毒的宿主细胞	首次在斑马鱼模型中验证了巨噬细胞是人诺如病毒的宿主细胞，并揭示了病毒在巨噬细胞中的复制机制	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在人类中验证	探究人诺如病毒的宿主细胞及其在宿主细胞中的复制机制	斑马鱼肠道中的巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	斑马鱼幼体肠道样本
7424	2024-11-29	Tumor microenvironment and cancer metastasis: molecular mechanisms and therapeutic implications 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1442888 PMID:39600368	综述	本文综述了肿瘤微环境在癌症发展和转移中的重要作用，重点探讨了分子机制和治疗意义	本文通过多学科视角，强调了理解肿瘤微环境的分子基础对于开发更有效的癌症治疗方案的重要性，并指出了未来研究的方向	NA	探讨肿瘤微环境在癌症转移中的分子机制及其治疗意义	肿瘤微环境中的关键成分，如癌症相关成纤维细胞、免疫细胞、内皮细胞、细胞因子及细胞外基质	NA	癌症	单细胞分析、空间转录组学、表观遗传学分析	NA	NA	NA
7425	2024-11-29	Identification and Validation of Senescence-Related Signature by Combining Single Cell and Bulk Transcriptome Data Analysis to Predict the Prognosis and Identify the Key Gene CAV1 in Pancreatic Cancer 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S489985 PMID:39600676	研究论文	本研究结合单细胞和批量转录组数据分析，识别和验证了与衰老相关的特征，用于预测胰腺癌的预后并鉴定关键基因CAV1	开发了一种新的衰老相关预后工具，用于胰腺癌患者分层，并识别了CAV1作为潜在的治疗靶点	NA	研究细胞衰老在胰腺癌肿瘤微环境中的作用，特别是其对预后和免疫治疗结果的影响	胰腺癌患者的单细胞和批量转录组数据	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序、RNA-seq	COX比例风险模型、LASSO回归	基因表达数据	三个患者队列：TCGA队列、PAAD-AU队列和PAAD-CA队列
7426	2024-11-29	Applications of single-cell RNA sequencing in rheumatoid arthritis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1491318 PMID:39600707	review	本文综述了单细胞RNA测序技术在类风湿性关节炎研究中的应用	单细胞RNA测序技术提供了前所未有的细胞异质性和功能的详细视图，有助于解析细胞和分子机制	该技术仍面临成本较高、低丰度转录本检测灵敏度较低以及数据分析流程相对复杂等挑战	探讨单细胞RNA测序技术在类风湿性关节炎研究中的应用，为创新和更有效的治疗策略铺平道路	类风湿性关节炎的细胞状态和过渡	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
7427	2024-11-29	Causal links of human serum metabolites on the risk of prostate cancer: insights from genome-wide Mendelian randomization, single-cell RNA sequencing, and metabolic pathway analysis 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1443330 PMID:39600951	研究论文	本文通过孟德尔随机化研究探讨了人类血清代谢物与前列腺癌风险之间的因果关系	首次通过孟德尔随机化方法结合单细胞RNA测序和代谢途径分析，揭示了三种血清代谢物与前列腺癌风险的因果关系	研究结果需要进一步的机制研究来阐明这些血清代谢物和代谢途径如何影响前列腺癌的发生和发展	探讨血清代谢物与前列腺癌风险之间的因果关系	血清代谢物与前列腺癌风险	生物信息学	前列腺癌	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、代谢途径分析	NA	基因组数据、代谢组数据	7824名欧洲人
7428	2024-11-29	Transcriptional diversity and bioenergetic shift in human breast cancer metastasis revealed by single-cell RNA sequencing 2020-03, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-020-0477-0 PMID:32144411	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和患者来源的异种移植模型，揭示了乳腺癌转移过程中罕见的转移细胞在播种过程中的全局转录组变化	本文建立了识别转移细胞播种过程中全局转录组变化的稳健方法，并发现微转移灶具有一种跨患者来源异种移植模型保守的转录组程序，这与患者的不良生存高度相关	NA	揭示乳腺癌转移过程中罕见的转移细胞在播种过程中的全局转录组变化	乳腺癌转移细胞的转录组变化	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	患者来源的异种移植模型
7429	2024-11-27	Droplet-Based Single-Cell 3' mRNA Sequencing of Marburg Virus-Infected Samples 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4256-6_27 PMID:39585636	研究论文	描述了一种基于液滴的单细胞3' mRNA测序方法，用于研究马尔堡病毒感染的样本	使用10× Chromium Next GEM单细胞基因组学技术，首次在体内研究马尔堡病毒感染的非人灵长类血液样本	研究在BSL-4实验室进行，操作复杂且需要严格的生物安全措施	揭示病毒与宿主相互作用的转录组复杂性	马尔堡病毒感染的单细胞样本	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	mRNA	非人灵长类血液样本
7430	2024-11-27	FOS+ B cells: Key mediators of immunotherapy resistance in diverse cancer types 2024-Dec-19, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2024.200895 PMID:39583007	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析免疫治疗患者，探讨了FOS B细胞在多种癌症类型中作为免疫治疗抵抗关键介质的作用	发现了FOS B细胞与免疫治疗抵抗的关联，并揭示了其潜在机制，为预测治疗反应提供了新的生物标志物	NA	探讨FOS B细胞在免疫治疗抵抗中的作用及其潜在机制	FOS B细胞在多种癌症类型中的作用	NA	多种癌症类型	单细胞RNA测序、空间转录组分析、免疫荧光分析	NA	RNA测序数据	25名免疫治疗患者和1,253例多癌症免疫治疗转录组分析
7431	2024-11-27	Analysis of population heterogeneity in CHO cells by genome-wide DNA methylation analysis and by multi-modal single-cell sequencing 2024-Dec-10, Journal of biotechnology IF:4.1Q2 DOI:10.1016/j.jbiotec.2024.10.012 PMID:39488254	研究论文	通过全基因组DNA甲基化分析和多模态单细胞测序分析CHO细胞的群体异质性	首次通过全基因组亚硫酸氢盐测序建立了CHO细胞的单碱基甲基化图谱，并揭示了DNA甲基化模式在CHO进化中的集群现象	研究仅限于CHO细胞系，未涉及其他细胞类型	探讨CHO细胞的非遗传机制，特别是DNA甲基化在细胞异质性中的作用	CHO细胞的DNA甲基化和单细胞测序数据	数字病理学	NA	全基因组亚硫酸氢盐测序和多模态单细胞测序	NA	DNA甲基化数据和单细胞测序数据	8个独立的CHO细胞系和3个独立培养的9833个细胞核
7432	2024-11-27	Neutralization of the autophagy-repressive tissue hormone DBI/ACBP (diazepam binding inhibitor, acyl-CoA binding protein) enhances anticancer immunosurveillance 2024-Dec, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2411854 PMID:39419485	研究论文	研究探讨了组织激素DBI/ACBP对自噬的抑制作用及其在癌症免疫监视中的影响	首次发现DBI/ACBP的中和可以增强抗癌免疫监视，并改善化疗免疫疗法的效果	研究主要基于小鼠实验和临床观察，需要进一步的临床试验验证	探讨DBI/ACBP在癌症发展中的作用及其对免疫疗法的影响	DBI/ACBP、癌症患者、小鼠模型	癌症研究	NA	单细胞RNA测序	NA	基因数据	包括癌症患者和小鼠模型
7433	2024-11-27	Cross-species single-cell RNA sequencing reveals divergent phenotypes and activation states of adaptive immunity in human carotid and experimental murine atherosclerosis 2024-Nov-25, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae154 PMID:39041203	研究论文	通过跨物种单细胞RNA测序揭示人类颈动脉和实验性小鼠动脉粥样硬化中适应性免疫的不同表型和激活状态	首次通过单细胞RNA测序技术比较了人类和小鼠动脉粥样硬化中的免疫细胞组成和激活状态，发现两者存在显著差异	研究仅限于颈动脉样本，未涵盖其他部位的动脉粥样硬化	探讨人类和小鼠动脉粥样硬化中适应性免疫细胞的差异及其对疾病进展的影响	人类颈动脉和小鼠动脉粥样硬化中的免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	43名接受颈动脉内膜切除术的患者和7组小鼠单细胞RNA测序数据集
7434	2024-11-27	Regulation of Ptbp1-controlled alternative splicing of pyruvate kinase muscle by liver kinase B1 governs vascular smooth muscle cell plasticity in vivo 2024-Nov-25, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae187 PMID:39189621	研究论文	研究探讨了Lkb1通过调控Ptbp1依赖的PKM选择性剪接，维持血管平滑肌细胞的收缩状态，抑制其可塑性	首次揭示了Lkb1在调控血管平滑肌细胞可塑性和命运中的关键作用，并发现PKM2激活剂TEPP-46可以挽救Lkb1缺失引起的血管平滑肌细胞转化和动脉扩张	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证Lkb1和PKM剪接在血管疾病中的作用	探讨血管平滑肌细胞可塑性的关键调控因子及其在血管疾病发展中的作用	血管平滑肌细胞、Lkb1、Ptbp1、PKM剪接	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序、基于成像的谱系追踪	NA	RNA	使用tamoxifen诱导的Lkb1flox/flox;Myh11-Cre/ERT2小鼠模型，以及人类动脉瘤组织样本
7435	2024-11-27	Predicting survival in bladder cancer with a novel apoptotic gene-related prognostic model 2024-Nov-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01575-z PMID:39580765	研究论文	本文建立了一种基于凋亡基因的新型膀胱癌预后模型，并通过多种分析方法验证了其预测生存率和免疫治疗反应的能力	首次基于凋亡基因建立了膀胱癌的预后模型，并验证了其在预测生存率和免疫治疗反应中的有效性	NA	建立并验证一种基于凋亡基因的膀胱癌预后模型，评估其在预测患者生存率和免疫治疗反应中的作用	膀胱癌患者的生存率和免疫治疗反应	数字病理学	膀胱癌	单细胞测序	Cox回归分析	mRNA表达数据	TCGA和GEO数据库中的数据
7436	2024-11-27	Exploring new mechanisms in cancer molecular pathways and pathogenic cell transformation: PIP4K2A as a prognostic marker and therapeutic target in cutaneous malignant melanoma 2024-Nov-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01555-3 PMID:39579298	研究论文	研究探讨了PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	利用单细胞测序和机器学习技术，研究了PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的表达及其对T细胞介导的免疫反应的影响	NA	探讨PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	PIP4K2A基因在皮肤恶性黑色素瘤中的表达及其对T细胞介导的免疫反应的影响	数字病理学	皮肤癌	单细胞转录组测序	机器学习模型	基因表达数据	来自皮肤黑色素瘤患者的样本
7437	2024-11-27	Integration of the bulk transcriptome and single-cell transcriptome reveals efferocytosis features in lung adenocarcinoma prognosis and immunotherapy by combining deep learning 2024-Nov-23, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03571-3 PMID:39580462	研究论文	本研究整合了大量转录组和单细胞转录组数据，通过深度学习揭示了肺腺癌预后和免疫治疗中的吞噬作用特征	开发了一种新的与吞噬作用相关的基因预后特征，能够准确预测肺腺癌患者的生存预后和治疗效果	NA	研究吞噬作用在肺腺癌预后和免疫治疗中的作用	肺腺癌患者及其相关基因和免疫微环境	数字病理学	肺癌	深度学习	NA	转录组数据	涉及TCGA、GEO和CTRP数据库中的多个样本
7438	2024-11-27	Single-cell RNA sequencing reveals immune microenvironment niche transitions during the invasive and metastatic processes of ground-glass nodules and part-solid nodules in lung adenocarcinoma 2024-Nov-23, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02177-7 PMID:39580469	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了肺腺癌中磨玻璃结节和部分实性结节在侵袭和转移过程中的免疫微环境转变	首次揭示了CXCL9+和TREM2+肿瘤相关巨噬细胞在不同阶段的显著富集变化，并发现GGN-LUAD在侵袭阶段表现出更强的免疫反应	样本量较小，仅包括8例GGN-LUAD和7例PSN-LUAD，可能影响结果的普适性	探索肺腺癌不同放射学表型的异质性及其影响肿瘤演变的关联因素	肺腺癌中的磨玻璃结节和部分实性结节	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	8例GGN-LUAD和7例PSN-LUAD，以及4例邻近正常组织
7439	2024-11-27	Regulation of disease-associated microglia in the optic nerve by lipoxin B4 and ocular hypertension 2024-Nov-20, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-024-00775-z PMID:39568070	研究论文	研究了脂氧素B4和眼压对视神经中疾病相关小胶质细胞的调控作用	首次揭示了脂氧素B4在视网膜和视神经中对小胶质细胞的调控作用，并发现其在眼压诱导的神经退行性病变中的神经保护机制	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步验证在人类中的适用性	探讨脂氧素B4在眼压诱导的神经退行性病变中对小胶质细胞的调控作用	视网膜和视神经中的小胶质细胞	数字病理学	眼科疾病	单细胞RNA测序、RNA测序、qPCR、免疫组化	NA	基因表达数据	小鼠眼模型
7440	2024-11-27	TARGET-seq: Linking single-cell transcriptomics of human dopaminergic neurons with their target specificity 2024-Nov-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2410331121 PMID:39541349	研究论文	本文介绍了一种名为TARGET-seq的新方法，用于将人类多巴胺能神经元的单细胞转录组与其目标特异性联系起来	开发了TARGET-seq技术，通过AAV介导的逆行富集转录组来标记投射，从而将多巴胺能神经元的转录组与其在大脑前部的特定目标结构联系起来	NA	探讨不同多巴胺能神经元的分子表达谱与其特定功能或经典分类（如mesolimbic和nigrostriatal）之间的关系	人类多巴胺能神经元的单细胞转录组及其目标特异性	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA