单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7421	2024-10-09	The G4 resolvase Dhx36 modulates cardiomyocyte differentiation and ventricular conduction system development 2024-Oct-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52809-1 PMID:39366945	研究论文	研究揭示了G4解旋酶Dhx36在心肌细胞分化和心室传导系统发育中的调节作用	首次揭示了Dhx36在心脏传导系统发育和心肌细胞分化中的关键作用，并识别了调控心室传导系统和浦肯野纤维网络发育和功能的关键基因和通路	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨Dhx36在心肌细胞分化和心室传导系统发育中的作用机制	Dhx36基因缺失的小鼠心脏	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据	Dhx36基因缺失的小鼠胚胎和新生心脏样本
7422	2024-10-09	Distinctive CD39+CD9+ lung interstitial macrophages suppress IL-23/Th17-mediated neutrophilic asthma by inhibiting NETosis 2024-Oct-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53038-2 PMID:39366998	研究论文	研究发现了CD39+CD9+肺间质巨噬细胞通过抑制NETosis来抑制IL-23/Th17介导的嗜中性哮喘	首次揭示了CD39+CD9+肺间质巨噬细胞在抑制IL-23/Th17介导的嗜中性哮喘中的作用	研究主要基于模型和患者数据，缺乏临床试验验证	探索抑制嗜中性哮喘的新途径	CD39+CD9+肺间质巨噬细胞和IL-23/Th17轴	NA	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及哮喘患者的转录组数据
7423	2024-10-09	A versatile tissue-rolling technique for spatial-omics analyses of the entire murine gastrointestinal tract 2024-Oct, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01001-2 PMID:38906985	研究论文	本文介绍了一种用于小鼠整个胃肠道空间组学分析的多功能组织滚动技术	开发了一种简单的固定技术，可以最大化分析的组织面积，涵盖小鼠整个胃肠道，并结合了先进的转录组学和蛋白质组学方法	整个过程需要2-3天，对于空间转录组学和蛋白质组学分析分别需要额外2天和3-4天	全面表征和理解组织内生物过程背后的细胞电路	小鼠整个胃肠道	数字病理学	NA	组织滚动技术、Visium空间转录组学、ChipCytometry和CODEX-PhenoCycler蛋白质组学	NA	基因和蛋白质表达数据	小鼠整个胃肠道
7424	2024-10-09	Antagonistic effects of the cytotoxic molecules granzyme B and TRAIL in the immunopathogenesis of sclerosing cholangitis 2024-10-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000830 PMID:38441998	研究论文	研究了细胞毒性分子GzmB和TRAIL在硬化性胆管炎免疫发病机制中的拮抗作用	首次揭示了GzmB和TRAIL在硬化性胆管炎中的不同作用机制，GzmB促进细胞凋亡和纤维化，而TRAIL则调节炎症和细胞毒性免疫反应，减少肝损伤和纤维化	研究主要基于Mdr2-/-小鼠模型和患者样本，可能不完全适用于所有硬化性胆管炎病例	探讨GzmB和TRAIL在硬化性胆管炎中的作用及其对疾病进展的影响	硬化性胆管炎患者样本和Mdr2-/-小鼠	NA	肝病	单细胞RNA测序、多参数流式细胞术	NA	基因表达数据	患者样本和Mdr2-/-小鼠
7425	2024-10-09	Single cell RNA sequencing of human eosinophils from nasal polyps reveals eosinophil heterogeneity in chronic rhinosinusitis tissue 2024-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.05.014 PMID:38797240	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析鼻息肉组织中的嗜酸性粒细胞，揭示其在慢性鼻窦炎中的异质性和作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了鼻息肉组织中嗜酸性粒细胞的异质性及其在慢性鼻窦炎中的潜在病理作用	研究样本量较小，且仅限于鼻息肉和对照鼻窦组织，可能影响结果的普遍性	揭示嗜酸性粒细胞在鼻息肉组织中的作用及其异质性	鼻息肉组织中的嗜酸性粒细胞	数字病理学	鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	5名对照患者和5名慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻息肉组织和外周血样本
7426	2024-10-09	Single-cell RNA-sequencing of human eosinophils in allergic inflammation in the esophagus 2024-Oct, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.05.029 PMID:38871184	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了过敏性炎症中食管嗜酸性粒细胞的转录组特征	首次全面描述了食管嗜酸性粒细胞在过敏性炎症中的转录组特征和生物学功能	样本量较小，仅包括6名患者和6名对照个体	全面表征过敏性炎症中食管嗜酸性粒细胞的转录组和生物学功能	过敏性炎症中食管嗜酸性粒细胞	数字病理学	过敏性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	586个嗜酸性粒细胞（血液中188个，食管中398个）
7427	2024-10-09	All-optical voltage imaging-guided postsynaptic single-cell transcriptome profiling with Voltage-Seq 2024-Oct, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01005-y PMID:38834919	研究论文	本文介绍了一种名为Voltage-Seq的新技术，结合光学电压成像和单细胞转录组测序，用于研究神经元突触后反应类型	开发了Voltage-Seq技术，结合遗传编码电压指示剂Voltron和单细胞RNA测序，实现了基于特定突触后反应类型的高通量光学成像和单细胞转录组分析	技术需要基本实验室技能、显微操作技能以及分子生物学和生物信息学经验	克服传统低通量电生理方法的限制，实现基于特定突触后反应类型的高通量单细胞RNA测序	神经元突触后反应类型及其与基因表达的关系	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自小鼠急性脑切片的多个动物的连接组数据
7428	2024-10-09	ProBac-seq, a bacterial single-cell RNA sequencing methodology using droplet microfluidics and large oligonucleotide probe sets 2024-Oct, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01002-1 PMID:38769144	研究论文	介绍了一种名为ProBac-seq的细菌单细胞RNA测序方法，该方法利用液滴微流控技术和大型寡核苷酸探针集	ProBac-seq克服了现有技术在细菌样本中的技术难题，提供了高质量的单细胞基因表达数据	从探针扩增到文库制备需要约7天时间	开发一种适用于细菌单细胞RNA测序的新方法	细菌单细胞的基因表达数据	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA	数千个细菌细胞
7429	2024-10-09	Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations 2024-Sep-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52440-0 PMID:39333113	研究论文	开发了一种多组学数据整合算法（MUDI），结合单细胞Hi-C和单细胞RNA测序数据，定义了3D调控和生物学背景依赖的细胞亚群	首次展示了在单细胞分辨率下整合3D染色质结构和基因表达数据，并定义了拓扑结构整合的亚群（TISPs）	NA	研究3D染色质结构和基因表达在单细胞分辨率下的整合，并定义生物学背景依赖的细胞亚群	乳腺癌细胞模型系统中的3D染色质结构和基因表达	生物信息学	乳腺癌	单细胞Hi-C和单细胞RNA测序	多组学数据整合算法（MUDI）	基因表达数据	公开数据和新产生的单细胞Hi-C和单细胞RNA测序数据
7430	2024-10-09	COFFEE: consensus single cell-type specific inference for gene regulatory networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae457 PMID:39311699	研究论文	本文介绍了一种基于Borda投票的共识算法COFFEE，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	COFFEE算法通过整合10种已建立的基因调控网络推断方法，提高了在合成、精选和实验数据集上的性能	COFFEE算法目前仅在10种算法上进行了基准测试，未来可能需要扩展到更多算法	开发一种适用于单细胞RNA测序数据的共识基因调控网络推断方法	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	共识算法	基因调控网络	NA
7431	2024-10-09	Scalable and unsupervised discovery from raw sequencing reads using SPLASH2 2024-Sep-23, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02381-2 PMID:39313645	研究论文	介绍了一种基于高效k-mer计数方法的SPLASH2实现，用于大规模数据集中调控序列变异的检测	提出了SPLASH2，这是一种快速、可扩展的SPLASH实现，适用于多种测序技术和生物背景	NA	开发一种可扩展且无监督的方法，用于从原始测序读取中发现序列变异	单细胞RNA测序数据和来自癌症细胞系百科全书的bulk RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	序列数据	包括单细胞RNA测序数据和bulk RNA-seq数据
7432	2024-10-09	Application of Unsupervised Multi-Omic Factor Analysis to Uncover Patterns of Variation and Molecular Processes Linked to Cardiovascular Disease 2024-Sep-20, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66659 PMID:39373483	研究论文	本文展示了一种无监督的多组学因子分析方法，用于揭示与心血管疾病相关的变异模式和分子过程	本文提出了多组学因子分析（MOFA）方法，用于无监督地分析复杂的多组学数据集，揭示主要的变异轴和相关的分子特征	本文主要集中在心血管疾病的急性冠状动脉综合征和慢性冠状动脉综合征，未涵盖其他疾病类型	研究目的是通过多组学数据分析，揭示与心血管疾病相关的分子过程和变异模式	研究对象包括急性冠状动脉综合征和慢性冠状动脉综合征患者的血液样本	生物信息学	心血管疾病	多组学因子分析（MOFA）	NA	多组学数据	多个患者的血液样本，包括不同时间点的测量数据
7433	2024-10-09	The aminophospholipid transporter, ATP8B3, as a potential biomarker and target for enhancing the therapeutic effect of PD-L1 blockade in colon adenocarcinoma 2024-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110907 PMID:39074670	研究论文	研究探讨了ATP8B3作为结肠腺癌潜在生物标志物和靶点，以增强PD-L1阻断疗法的疗效	发现ATP8B3在MSI-H结肠腺癌患者中与PD-L1表达相关，抑制ATP8B3可增加PD-L1疗法的敏感性	研究主要集中在MSI-H亚型，MSS亚型的结果有限	探索ATP8B3在结肠腺癌中的作用，评估其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	结肠腺癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	结肠腺癌	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、siRNA、shRNA、western blot分析、流式细胞术	NA	RNA	使用TCGA和GEO数据库中的数据，具体样本数量未明确提及
7434	2024-10-09	Exploring public cancer gene expression signatures across bulk, single-cell and spatial transcriptomics data with signifinder Bioconductor package 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae138 PMID:39363890	研究论文	本文介绍了一个名为signifinder的R Bioconductor包，用于在批量、单细胞和空间转录组数据中探索和使用公共癌症基因表达特征	开发了signifinder包，整合了批量、单细胞和空间转录组数据中的癌症基因表达特征，提供了一个全面的框架来解释高分辨率数据并解决肿瘤复杂性	NA	探索癌症机制、定义亚型、预测预后和评估治疗效果	癌症基因表达特征在批量、单细胞和空间转录组数据中的应用	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
7435	2024-10-09	A Bioinformatics-Based Study on Methylation Alterations of the FBLN1 Gene in Hippocampal Tissue of Alzheimer's Disease Model DKO and DTG Mice 2024-Aug-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25169036 PMID:39201719	研究论文	本研究探讨了阿尔茨海默病模型DKO和DTG小鼠海马组织中FBLN1基因的甲基化变化	首次通过单细胞测序和实验方法验证了FBLN1基因在阿尔茨海默病中的异常甲基化状态及其与疾病的相关性	样本量较小，仅限于DKO和DTG小鼠模型	研究阿尔茨海默病中海马组织FBLN1基因的甲基化变化及其与疾病的关系	DKO和DTG小鼠海马组织中的FBLN1基因	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞测序、RT-PCR、Western blotting、Reduced Representation Bisulfite Sequencing	NA	基因组DNA、mRNA、蛋白质	DKO、DTG和CBAC57小鼠
7436	2024-10-09	Simple aneuploidy evades p53 surveillance and promotes niche factor-independent growth in human intestinal organoids 2024-Aug-01, Molecular biology of the cell IF:3.1Q3 DOI:10.1091/mbc.E24-04-0166 PMID:38985518	研究论文	本文研究了简单非整倍体在人类肠道类器官中逃避p53监控并促进非微环境因子依赖性生长的机制	发现简单非整倍体细胞能够逃避p53监控，并可能促进癌症起始结肠干细胞的非微环境因子依赖性生长	NA	探讨非整倍体在癌症早期演化中的作用	人类结肠类器官中的非整倍体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	非整倍体诱导的人类结肠类器官
7437	2024-10-09	IL-17 signaling in primary sclerosing cholangitis patient-derived organoids 2024-06-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000454 PMID:38829197	研究论文	研究了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎患者来源的类器官中的作用	首次直接评估了IL-17信号在原发性硬化性胆管炎胆管细胞中的作用	未发现调控IL-17通路的罕见变异基因	探讨和表征原发性硬化性胆管炎外周胆管细胞类器官对IL-17A刺激的反应	原发性硬化性胆管炎患者和非患者来源的胆管细胞类器官	NA	原发性硬化性胆管炎	转录组学、分泌组分析和基因组测序	NA	单细胞RNA测序数据	来自原发性硬化性胆管炎患者和非患者的胆管细胞类器官
7438	2024-10-09	Human IL-6 fosters long-term engraftment of patient-derived disease-driving myeloma cells in immunodeficient mice 2024-May-07, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177300 PMID:38713510	研究论文	研究展示了人IL-6转基因NSG小鼠支持恶性及前恶性人浆细胞的植入，并建立了一个有效的患者来源的异种移植模型	首次展示了NSG+hIL6小鼠作为多发性骨髓瘤及相关浆细胞疾病的有效患者来源异种移植模型	NA	建立一个有效的动物模型来重现人类多发性骨髓瘤及相关浆细胞疾病	多发性骨髓瘤及相关浆细胞疾病	NA	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括单克隆丙种球蛋白病、前及复发后骨髓瘤、浆细胞白血病和轻链淀粉样变性的患者来源的浆细胞
7439	2024-10-09	Brief Report: Comprehensive Clinicogenomic Profiling of Small Cell Transformation From EGFR-Mutant NSCLC Informs Potential Therapeutic Targets 2024-Feb, JTO clinical and research reports IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.jtocrr.2023.100623 PMID:38357092	研究论文	本研究对EGFR突变型非小细胞肺癌转化为小细胞肺癌的患者进行了临床和基因组特征的回顾性分析，并探讨了潜在的治疗靶点	首次对EGFR突变型非小细胞肺癌转化为小细胞肺癌的患者进行了全面的临床基因组分析，并揭示了潜在的治疗靶点	研究样本量较小，需要进一步的大规模研究来验证结果	探讨EGFR突变型非小细胞肺癌转化为小细胞肺癌的临床和基因组特征，并寻找潜在的治疗靶点	EGFR突变型非小细胞肺癌转化为小细胞肺癌的患者	数字病理学	肺癌	下一代测序（NGS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、临床数据	34例患者
7440	2024-10-09	MerTK-dependent efferocytosis by monocytic-MDSCs mediates resolution of post-lung transplant injury 2024-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.18.576261 PMID:38328174	研究论文	研究探讨了MerTK依赖的单核细胞来源的髓系抑制细胞（M-MDSCs）在肺移植后缺血再灌注损伤（IRI）中的作用	首次揭示了MerTK在M-MDSCs中的作用，通过吞噬凋亡细胞促进肺IRI的恢复	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨MerTK在M-MDSCs中的作用，以促进肺移植后IRI的恢复	肺移植患者和小鼠模型中的M-MDSCs	数字病理学	肺移植相关疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA序列数据	包括肺移植患者和小鼠模型的多个样本