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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7421 | 2025-10-06 |
Decoding multiple myeloma: single-cell insights into tumor heterogeneity, immune dynamics, and disease progression
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1584350
PMID:40406148
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤的肿瘤异质性、免疫动态和疾病进展机制 | 首次在单细胞水平揭示多发性骨髓瘤中神经免疫相互作用的机制,并识别出关键的未分化IGLC3+骨髓瘤细胞亚群 | 样本量有限,需要更大规模验证神经免疫轴在肿瘤进展中的具体作用机制 | 探索多发性骨髓瘤的肿瘤异质性、免疫动态和神经免疫调控机制 | 多发性骨髓瘤和高风险冒烟型多发性骨髓瘤患者样本 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | CytoTRACE, Monocle2, Slingshot | 单细胞转录组数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7422 | 2025-10-06 |
Identification of common hub genes and construction of immune regulatory networks in aplastic anemia, myelodysplastic syndromes, and acute myeloid leukemia
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1547289
PMID:40406144
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,识别了再生障碍性贫血、骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病中的共同枢纽基因及其免疫调控网络 | 首次发现POLG和MAP2K7作为三种血液疾病的共同枢纽基因,并揭示其通过MIF介导的细胞通讯调控20多条免疫调控通路 | 枢纽基因对细胞增殖和迁移无显著影响,研究样本来源有限 | 识别再生障碍性贫血、骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病的共同枢纽基因,构建免疫调控网络,为预防疾病进展提供基础 | 再生障碍性贫血、骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病患者样本 | 生物信息学 | 血液系统疾病 | 基因表达差异分析、基因集富集分析、加权基因共表达网络分析、免疫浸润分析、单细胞测序、细胞通讯分析、孟德尔随机化、RT-qPCR、ELISA、细胞增殖实验 | 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据 | GEO数据库相关数据集 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
7423 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals adrb1 as a sympathetic nerve-regulated immune checkpoint driving T cell exhaustion and impacting immunotherapy in esophageal squamous cell carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1520766
PMID:40406147
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现ADRB1是交感神经调节的免疫检查点,驱动T细胞耗竭并影响食管鳞状细胞癌的免疫治疗 | 首次通过单细胞RNA测序揭示ADRB1在食管鳞癌中的免疫调节作用,并建立基于肾上腺素能受体信号通路的预后模型 | 研究样本量有限,需要更大规模验证 | 探索肾上腺素能受体信号通路在食管鳞癌免疫治疗中的作用机制 | 食管鳞状细胞癌患者样本 | 单细胞测序分析 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA分析, 免疫荧光, 流式细胞术, 拷贝数变异分析 | 预后模型 | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据, TCGA数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7424 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-Seq Recognized Key Genes for Metastasis and Macrophage Infiltration in Colorectal Cancer
2025, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/9488531
PMID:40406545
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别结直肠癌转移和巨噬细胞浸润的关键基因ZFAND2A | 首次通过单细胞测序技术系统识别结直肠癌转移和巨噬细胞浸润的关键基因ZFAND2A,并验证其功能 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,缺乏体内实验验证 | 识别结直肠癌转移和巨噬细胞浸润的关键基因 | 结直肠癌细胞和巨噬细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, WB分析, CCK-8, transwell实验, ELISA, 流式细胞术 | lasso回归 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的GSE261012和GSE234804数据集,以及TCGA数据库数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7425 | 2025-10-06 |
CD9 expression rivals IDH mutation as a prognostic marker in glioma: a novel nomogram approach
2025, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2025.1507443
PMID:40406701
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研究论文 | 本研究评估了四跨膜蛋白CD9在胶质瘤中的预后意义和功能机制,开发了CD9整合的预后列线图模型 | 首次将CD9表达与IDH突变作为胶质瘤预后标志物进行比较,并通过孟德尔随机化验证了CD9与胶质瘤风险的因果关系 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,需要前瞻性研究进一步验证 | 评估CD9在胶质瘤中的预后价值和功能机制,开发精准预后模型 | 胶质瘤患者样本 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 多组学分析、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、蛋白互作网络分析 | Cox回归、列线图 | 基因组数据、转录组数据、单细胞数据 | 1033个胶质瘤样本(来自TCGA和CGGA队列),20例胶质母细胞瘤单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
7426 | 2025-10-06 |
Cellular and Molecular Atlas of Peripheral Blood Mononuclear Cells from a Pregnant Woman After Recovery from COVID-19
2023-Apr, Maternal-fetal medicine (Wolters Kluwer Health, Inc.)
DOI:10.1097/FM9.0000000000000190
PMID:40406392
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究一名COVID-19康复孕妇外周血单个核细胞的免疫反应特征 | 首次在单细胞分辨率水平揭示COVID-19康复孕妇PBMCs中CD16单核细胞和MAIT细胞的免疫应答特征 | 仅研究单个病例样本,样本量有限 | 探究COVID-19康复孕妇的免疫反应机制 | 孕妇外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1名COVID-19康复孕妇,与已发表健康孕妇数据对比 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7427 | 2025-10-06 |
NR2F2 and its contribution to lymph node metastasis in oral squamous cell carcinoma
2025-Aug, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111814
PMID:40262715
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研究论文 | 本研究探讨了NR2F2在口腔鳞状细胞癌淋巴结转移中的作用及其与肿瘤干细胞特性的关联 | 首次在单细胞水平将口腔鳞癌干细胞分为五个亚群,并鉴定NR2F2为干细胞性最高亚群的关键基因,揭示了其在淋巴结转移中的新机制 | NA | 研究癌症干细胞在口腔鳞状细胞癌淋巴结转移中的作用,重点关注NR2F2的表达和生物学意义 | 口腔鳞状细胞癌患者样本、癌细胞系、淋巴结组织 | 单细胞测序分析 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学、免疫荧光、Western blot、功能实验、体内实验、批量RNA测序、药物敏感性分析 | CytoTRACE算法、irGSEA、GSVA、GO分析、KEGG分析 | 单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据、功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
7428 | 2025-10-06 |
Atlas of temporal molecular pathological alterations after traumatic brain injury based on RNA-Seq
2025-Aug, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115270
PMID:40268159
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研究论文 | 基于RNA测序构建创伤性脑损伤后时间分子病理变化图谱 | 首次通过10个时间点的密集转录组分析系统揭示TBI进展中的动态分子病理变化,并聚焦焦亡在神经炎症中的关键作用 | 研究基于小鼠模型,结果向人类临床转化的有效性需进一步验证 | 系统解析创伤性脑损伤后分子病理变化的时间动态特征 | C57/BL6小鼠脑组织 | 生物信息学 | 创伤性脑损伤 | RNA-seq, WGCNA, RT-qPCR, Western blot, 免疫荧光, 单细胞RNA测序 | WGCNA, Mfuzz | 基因表达数据 | 10个时间点(0h,1h,2h,3h,4h,6h,12h,1d,3d,7d)的小鼠脑组织样本 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7429 | 2025-10-06 |
Unraveling the immune activation mechanisms of DAMPs in coronary artery disease through transcriptomic and single-cell analyses
2025-Jul, Cytokine
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.cyto.2025.156952
PMID:40306092
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研究论文 | 通过转录组学和单细胞分析揭示DAMPs在冠状动脉疾病中触发免疫激活的机制 | 首次结合转录组学和单细胞分析系统研究DAMPs在CAD中的免疫激活机制,发现P2RY14和IFIH1基因的显著表达差异 | 研究基于公共数据库数据,缺乏实验验证;样本来源和数量有限 | 探究损伤相关分子模式在冠状动脉疾病中触发免疫激活的分子机制 | 冠状动脉疾病患者的转录组和单细胞数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 差异表达分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据 | 来自GSE202625、GSE242046和GSE159677数据集的样本 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7430 | 2025-10-06 |
Unveiling the spatiotemporal strategies of plants in response to biotic and abiotic stresses:A comprehensive review
2025-Jul, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2025.109967
PMID:40315636
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综述 | 本文全面评述了单细胞RNA测序和空间转录组学技术在研究植物响应生物与非生物胁迫的细胞层面策略中的应用 | 首次系统性地探讨了单细胞和空间转录组技术在植物环境胁迫研究中的整合应用,填补了该领域综述的空白 | 植物组织解离的技术挑战限制了单细胞技术在植物研究中的广泛应用 | 深入分析单细胞和空间转录组技术的发展、优势与局限,探索其在植物胁迫响应研究中的应用前景 | 植物细胞类型及其在胁迫条件下的响应机制 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学(ST) | NA | 基因表达数据, 空间位置数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
7431 | 2025-10-06 |
Apocrine Gland Damage and the Release of Specific Keratins in Early Stage Indicate the Crucial Involvement of Apocrine Glands in Hidradenitis Suppurativa
2025-Jun, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2024.09.021
PMID:39547394
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研究论文 | 本研究通过免疫组织化学和单细胞测序揭示了顶泌腺在化脓性汗腺炎早期病变中的关键作用 | 首次发现顶泌腺在HS早期即受损并释放特异性角蛋白,揭示了CXCL-CXCR和SAA1-FPR2通路介导的中性粒细胞招募机制 | 样本量较小(患者12例,对照8例),需要更大规模研究验证 | 探讨顶泌腺在化脓性汗腺炎发病机制中的潜在作用 | 化脓性汗腺炎患者和健康对照者的非病变皮肤和早期病变皮肤 | 数字病理学 | 化脓性汗腺炎 | 免疫组织化学,单细胞测序 | NA | 组织图像,单细胞测序数据 | 患者12例(组织),20例(血清),健康对照8例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7432 | 2025-10-06 |
Transcriptional reprogramming triggered by neonatal UV radiation or Lkb1 loss prevents BRAFV600E-induced growth arrest in melanocytes
2025-Jun, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03339-7
PMID:40057604
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研究论文 | 本研究揭示了新生儿UV辐射或Lkb1缺失通过触发转录重编程来阻止BRAFV600E诱导的生长停滞,从而促进黑色素瘤发生的机制 | 发现BRAF突变黑色素瘤可不依赖痣进展而独立发展,并鉴定出新的治疗靶点 | NA | 阐明UVB引发的、新生儿特异性BRAF相关黑色素瘤的机制,特别是其在生长停滞中的作用 | 黑色素细胞和黑色素瘤 | 肿瘤生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组学、基因组分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7433 | 2025-05-25 |
Confronting the challenge of cell segmentation in spatial transcriptomics
2025-May-23, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02717-z
PMID:40410420
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
7434 | 2025-10-06 |
Combining spatial transcriptomics and ECM imaging in 3D for mapping cellular interactions in the tumor microenvironment
2025-May-21, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101261
PMID:40220761
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研究论文 | 本研究通过整合3D空间转录组学和ECM成像技术,系统性地绘制了肺癌肿瘤微环境中细胞间相互作用图谱 | 首次将3D空间转录组学与细胞外基质成像技术相结合,突破了传统2D组织切片的限制,能够同时分析细胞-细胞相互作用和ECM重塑 | 仅基于一例临床肺癌样本的概念验证研究,样本量有限 | 系统量化肿瘤微环境中分子状态、细胞间相互作用和细胞外基质重塑 | 临床肺癌样本中的恶性细胞、非恶性细胞和细胞外基质 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学, ECM成像, 3D组织重建 | NA | 空间转录组数据, 图像数据 | 1例临床肺癌样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞空间转录组 | NA | NA |
7435 | 2025-10-06 |
Scalable image-based visualization and alignment of spatial transcriptomics datasets
2025-May-21, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101264
PMID:40267922
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研究论文 | 提出基于图像的可视化计算框架STIM,用于空间转录组数据集的展示与对齐 | 首次将ImgLib2和BigDataViewer图像数据框架应用于空间转录组数据分析,支持不规则测量间距和任意空间分辨率的数据处理 | NA | 开发可扩展的空间转录组数据可视化与对齐方法 | 小鼠脑组织连续切片和人类转移性淋巴结切片的空间转录组数据 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组技术 | NA | 空间转录组测序数据 | 13个小鼠脑组织连续切片和19个人类转移性淋巴结切片 | NA | 空间转录组 | NA | NA |
7436 | 2025-10-06 |
Identification of cell specific biomarkers for intellectual disability via single cell RNA sequencing and transcriptomic bioinformatics approaches
2025-May-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85162-4
PMID:40399537
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和转录组生物信息学方法识别与智力障碍相关的T细胞特异性生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序和转录组数据分析识别智力障碍中T细胞特异性生物标志物,发现6个核糖体蛋白作为枢纽基因 | 未提及样本量大小和研究人群特征,功能验证不足 | 寻找可用于智力障碍诊断和评估的T细胞相关生物标志物 | 智力障碍患者的T细胞(CD4和CD8) | 生物信息学 | 智力障碍 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 蛋白-蛋白相互作用网络分析 | 生物信息学分析流程 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7437 | 2025-10-06 |
Inflammatory metabolite 7α,25-OHC promotes TIMP1 expression in COVID-19 monocytes through synergy effect of SMARCC1/JUND/H3K27ac
2025-May-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-05721-w
PMID:40399563
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研究论文 | 本研究揭示炎症代谢物7α,25-OHC通过SMARCC1/JUND/H3K27ac协同作用促进COVID-19单核细胞中TIMP1表达的分子机制 | 首次发现7α,25-OHC通过增强SMARCC1-JUND相互作用调控TIMP1表达的新机制,并阐明其在COVID-19炎症反应中的关键作用 | 机制研究主要基于体外实验,需要更多体内实验验证 | 探究COVID-19患者单核细胞中染色质重塑因子调控炎症反应的分子机制 | COVID-19患者的单核细胞 | 表观遗传学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 共免疫沉淀, ChIP-qPCR | NA | 单细胞测序数据, 表观遗传数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
7438 | 2025-10-06 |
RNAcare: integrating clinical data with transcriptomic evidence using rheumatoid arthritis as a case study
2025-May-21, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-025-02162-z
PMID:40399884
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研究论文 | 开发了一个整合临床数据与转录组学证据的计算平台RNAcare,以类风湿关节炎为例进行验证 | 提供交互式、可重复的解决方案,能够直接整合基因表达数据与临床特征,支持患者特异性分析 | 作为概念验证仅以类风湿关节炎为例,平台在更广泛疾病中的应用仍需验证 | 开发一个便于临床医生使用的转录组数据分析工具,探索基因表达与临床结局的关系 | 类风湿关节炎患者样本及其临床数据 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 转录组分析,机器学习 | 机器学习 | 基因表达数据,临床数据 | NA | NA | RNA-seq | NA | NA |
7439 | 2025-10-06 |
Targeting CD74 in microglia to modulate experimental cerebral ischemia and reperfusion injury: insights from Single-Cell and bulk transcriptomics
2025-May-21, Molecular brain
IF:3.3Q2
DOI:10.1186/s13041-025-01197-8
PMID:40400029
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量转录组学分析,探索CD74在小胶质细胞中对脑缺血再灌注损伤的调控作用 | 首次发现CD74在小胶质细胞中的上调与神经炎症相关,并通过基因敲除实验证实其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于动物模型,尚未在人类临床中得到验证 | 探索CD74在脑缺血再灌注损伤中的作用机制及治疗潜力 | 小鼠小胶质细胞及脑缺血再灌注损伤模型 | 神经科学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 基因敲除 | CX3CR1Cre/ERT2转基因小鼠模型 | 基因表达数据, 行为学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
7440 | 2025-10-06 |
Spatially resolved mapping of cells associated with human complex traits
2025-May, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08757-x
PMID:40108460
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研究论文 | 开发了一种整合空间转录组数据和全基因组关联研究的方法,用于在空间分辨率下绘制与人类复杂性状相关的细胞分布 | 提出了首个将空间转录组数据与GWAS汇总统计数据整合的方法,实现了复杂性状相关细胞的空间定位 | 方法验证主要基于胚胎期数据集,在成人组织中的应用需要进一步验证 | 开发空间解析的性状相关细胞定位方法,增进对疾病病理的理解 | 人类复杂性状相关细胞,特别是精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元 | 空间转录组学 | 精神分裂症, 抑郁症 | 空间转录组学, 全基因组关联研究 | gsMap | 空间转录组数据, GWAS汇总统计数据 | 覆盖25个器官的胚胎空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |