单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7401	2024-10-10	Single-cell RNA sequencing of pediatric Hodgkin lymphoma to study the inhibition of T cell subtypes 2024-Sep, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.149 PMID:39233904	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了儿童霍奇金淋巴瘤中的T细胞亚型抑制机制	本研究首次通过单细胞RNA测序技术识别了霍奇金和里德-斯特恩伯格细胞中过表达的细胞表面蛋白基因，并发现了潜在的T细胞抑制相互作用	研究结果显示患者和肿瘤组织区域之间存在显著的相互作用强度变异性，这可能影响治疗效果	旨在通过单细胞RNA测序技术识别儿童霍奇金淋巴瘤中的新治疗靶点	儿童经典霍奇金淋巴瘤中的霍奇金和里德-斯特恩伯格细胞及其周围的免疫细胞	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个儿童霍奇金淋巴瘤患者的肿瘤样本
7402	2024-10-10	Engineering Toxoplasma gondii secretion systems for intracellular delivery of multiple large therapeutic proteins to neurons 2024-Aug, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-024-01750-6 PMID:39075233	研究论文	本文研究了利用弓形虫的分泌系统将多种大型治疗性蛋白质递送到神经元中的方法	通过工程化弓形虫的内源性分泌系统，实现了将多种大型治疗性蛋白质递送到神经元中的创新方法	系统目前存在局限性，需要进一步改进以扩大应用范围	探索利用弓形虫分泌系统递送治疗性蛋白质到神经元中的潜力和局限性	弓形虫的分泌系统、大型治疗性蛋白质、神经元	NA	NA	scRNA-seq、荧光报告基因	NA	图像、文本	小鼠
7403	2024-10-10	CCR1 and CCR2 Coexpression on Monocytes Is Nonredundant and Delineates a Distinct Monocyte Subpopulation 2024-07-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2400007 PMID:38829123	研究论文	研究探讨了单核细胞上CCR1和CCR2的共表达及其在炎症中的作用	提出CCR1和CCR2的共表达并非冗余，而是标记了一个独特的单核细胞亚群	NA	验证CCR1和CCR2在单核细胞上的共表达是否冗余，并探讨其在炎症中的作用	CCR1、CCR2、CCR3和CCR5受体及其在单核细胞上的表达	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠单核细胞亚群
7404	2024-10-10	Single-cell dissection of the multicellular ecosystem and molecular features underlying microvascular invasion in HCC 2024-06-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000673 PMID:37972953	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了肝细胞癌中微血管侵犯的多细胞生态系统和分子特征	首次通过单细胞RNA测序揭示了肝细胞癌中微血管侵犯相关的复杂多细胞生态系统和分子特征	研究仅限于10个样本，可能无法完全代表所有肝细胞癌病例	深入理解肝细胞癌中微血管侵犯的机制，并为临床诊断和治疗策略提供新见解	肝细胞癌患者的微血管侵犯（MVI）及其相关的多细胞生态系统和分子特征	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	46,789个单细胞来自10个样本
7405	2024-10-10	A novel sorting method for the enrichment of early human spermatocytes from clinical biopsies 2024-May, F&S science DOI:10.1016/j.xfss.2024.02.002 PMID:38369016	研究论文	本文介绍了一种利用荧光激活细胞分选（FACS）从人类睾丸活检中富集早期精母细胞的新方法	首次使用TSP50和SWI5-dependent homologous recombination repair protein 1作为表面标记物，通过FACS成功富集早期精母细胞	研究样本量较小，仅涉及三名患者	确定是否可以通过FACS从人类睾丸活检中富集早期精母细胞	早期精母细胞	NA	NA	荧光激活细胞分选（FACS）	NA	单细胞RNA测序数据	三名患有阻塞性无精症的男性（年龄范围30-40岁）
7406	2024-10-10	From womb to wellness: early environmental exposures, cord blood DNA methylation and disease origins 2024, Epigenomics IF:3.0Q2 DOI:10.1080/17501911.2024.2390823 PMID:39263926	研究论文	本文探讨了早期环境暴露对脐带血DNA甲基化的影响及其与疾病起源的关系	本文介绍了单细胞测序等新兴技术在克服现有甲基化阵列覆盖范围有限和细胞组成变异性等技术挑战方面的潜力	本文指出了组织特异性问题、当前甲基化阵列覆盖范围有限以及细胞组成变异性等技术挑战	本文旨在研究早期环境暴露对脐带血DNA甲基化的影响及其与健康轨迹的关系	本文研究对象包括脐带血DNA甲基化、母体因素（如营养、吸烟和毒素暴露）及其对健康的影响	数字病理学	NA	DNA甲基化测序	NA	DNA	NA
7407	2024-10-10	A Strategy to Compare Single-Cell RNA Sequencing Data Sets Provides Phenotypic Insight into Cellular Heterogeneity Underlying Biological Similarities and Differences Between Samples 2024, Bioinformatics and biology insights IF:2.3Q3 DOI:10.1177/11779322241280866 PMID:39376245	研究论文	本文介绍了一种名为scCompare的计算管道，用于比较单细胞RNA测序数据集，以评估样本间的生物相似性和差异	scCompare通过相关性映射将已知数据集的表型身份转移到另一个数据集，并使用统计学方法确定表型包容性的下限，有助于检测潜在的新细胞类型	NA	开发一种方法来评估单细胞RNA测序数据集之间的生物相似性和差异	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自人类外周血单核细胞和心肌细胞的数据集
7408	2024-10-10	Integrated multi-omics profiling reveals the ZZZ3/CD70 axis is a super-enhancer-driven regulator of diffuse large B-cell lymphoma cell-natural killer cell interactions 2024, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.3389/ebm.2024.10155 PMID:39376717	研究论文	研究探讨了超级增强子调控弥漫性大B细胞淋巴瘤细胞与肿瘤浸润免疫细胞相互作用的机制	首次揭示了ZZZ3/CD70轴通过超级增强子调控弥漫性大B细胞淋巴瘤细胞与自然杀伤细胞相互作用	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探究超级增强子调控弥漫性大B细胞淋巴瘤细胞与肿瘤浸润免疫细胞相互作用的机制	弥漫性大B细胞淋巴瘤细胞与肿瘤浸润免疫细胞的相互作用	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序、批量RNA测序、H3K27ac ChIP-seq	NA	基因表达数据	来自Heidelberg Open Research Data数据库和Gene Expression Omnibus数据库的数据
7409	2024-10-10	Unveiling the role of IGF1R in autism spectrum disorder: a multi-omics approach to decipher common pathogenic mechanisms in the IGF signaling pathway 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1483574 PMID:39376742	研究论文	本研究利用多组学方法探讨了胰岛素样生长因子（IGF）信号通路在自闭症谱系障碍（ASD）中的致病机制，特别是IGF1R的作用	首次通过多组学方法揭示了IGF1R在ASD中的关键作用，并发现了其在PV中间神经元发育中的影响	研究样本主要来自中国汉族人群和SFARI SPARK数据库，可能存在样本偏倚	探讨IGF信号通路在自闭症谱系障碍中的致病机制	自闭症谱系障碍患者及其相关基因和信号通路	基因组学	自闭症谱系障碍	全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析、基因调控网络（GRN）分析	NA	基因组数据、转录组数据	中国汉族ASD患者群体及SFARI SPARK数据库中的ASD患者
7410	2024-10-10	Single-Cell Sequencing Combined with Transcriptome Sequencing to Explore the Molecular Mechanisms Related to Psoriasis 2024, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S484034 PMID:39376789	研究论文	本研究结合单细胞测序和转录组测序，探索银屑病相关的分子机制	揭示了银屑病潜在的治疗药物和发病机制，为后续机制研究提供了新思路	NA	进一步探索银屑病的发病分子机制	银屑病的基因表达谱和差异表达基因	数字病理学	皮肤疾病	单细胞测序、转录组测序	NA	基因表达数据	涉及GSE151177、GSE41664、GSE30999三个数据集的基因表达谱
7411	2024-10-10	Melanoma differentiation associated gene-9/syndecan binding protein promotes hepatocellular carcinoma 2023-12-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.32797 PMID:36120720	研究论文	研究MDA-9/SDCBP基因在肝细胞癌中的作用	首次详细研究了MDA-9在肝细胞癌中的作用，并揭示了其通过NF-κB和Spp1促进肝细胞癌的机制	研究主要基于转基因小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探讨MDA-9/SDCBP基因在肝细胞癌中的功能及其潜在的治疗应用	MDA-9/SDCBP基因在肝细胞癌中的表达和作用	NA	肝细胞癌	RNA测序	NA	RNA	转基因小鼠模型
7412	2024-10-10	A single-cell atlas of Plasmodium falciparum transmission through the mosquito 2021-05-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23434-z PMID:34045457	研究论文	本文利用单细胞转录组学揭示了恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况	首次通过单细胞转录组学揭示了恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的发育轨迹和转录特征，并识别了人类和啮齿动物寄生虫之间的保守和非保守基因使用	NA	揭示恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况，为寻找抗疟药物和疫苗靶点提供依据	恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况	NA	疟疾	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
7413	2024-10-10	Co-culture of functionally enriched cancer stem-like cells and cancer-associated fibroblasts for single-cell whole transcriptome analysis 2019-12-31, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro IF:1.5Q4 DOI:10.1093/intbio/zyz029 PMID:31820801	研究论文	开发了一种平台，用于分离单细胞并培养单细胞衍生的球体，以功能性富集癌症干细胞样细胞（CSCs），并研究CSCs与癌症相关成纤维细胞（CAFs）的相互作用	首次通过单细胞转录组测序分析了CSCs与CAFs共培养对癌症干细胞特性和上皮/间充质状态的影响，并发现了与患者生存相关的关键基因	研究仅限于SUM149乳腺癌细胞系，需要进一步验证在其他癌症类型中的适用性	研究CSCs与CAFs的相互作用及其对乳腺癌发展和转移的影响	乳腺癌干细胞样细胞（CSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	SUM149乳腺癌细胞和CAFs共培养的单细胞衍生的球体
7414	2024-10-09	Enhancing metastatic colorectal cancer prediction through advanced feature selection and machine learning techniques 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113033 PMID:39226823	研究论文	本研究通过先进的特征选择和机器学习技术，提高了转移性结直肠癌的预测准确性	引入了创新的成本敏感快速相关性过滤（CS-FCBF）算法，显著提高了预测模型的性能	NA	提高转移性结直肠癌的预测准确性，改善患者生存结果	转移性结直肠癌的预测和诊断	机器学习	结直肠癌	成本敏感快速相关性过滤（CS-FCBF）算法	NA	单细胞RNA测序数据	184个基因特征减少到9个关键基因
7415	2024-10-09	A multi-task deep learning model based on comprehensive feature integration and self-attention mechanism for predicting response to anti-PD1/PD-L1 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113099 PMID:39265355	研究论文	本文提出了一种基于综合特征集成和自注意力机制的多任务深度学习模型，用于预测抗PD1/PD-L1治疗的反应	本文创新性地整合了多层次的特征，并利用自注意力机制构建了多任务深度学习模型，以提高预测免疫检查点抑制剂疗效的准确性	本文的模型在不同癌症类型中的表现存在差异，且样本量较小，可能影响模型的泛化能力	本研究旨在通过多维特征选择和深度学习模型构建，提高免疫检查点抑制剂疗效预测的准确性	本研究主要针对抗PD1/PD-L1治疗的反应进行预测	机器学习	NA	深度学习	多任务深度学习模型	基因表达数据	本研究涉及的样本包括膀胱尿路上皮癌测试集1（n=298）、膀胱尿路上皮癌测试集2（n=89）、非小细胞肺癌测试集（n=27）和皮肤黑色素瘤测试集（n=27）
7416	2024-10-09	RNA-seq and bulk RNA-seq data analysis of cancer-related fibroblasts (CAF) in LUAD to construct a CAF-based risk signature 2024-10-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74336-1 PMID:39369095	研究论文	研究通过分析LUAD中的CAF相关RNA-seq数据，构建了一个基于CAF的风险特征，用于预测LUAD患者的预后	构建了一个新的基于CAF的风险特征，并验证了其在预测LUAD预后和免疫治疗反应中的有效性	NA	开发一种基于CAF的风险特征，用于预测LUAD患者的预后和免疫治疗反应	LUAD中的CAF及其相关基因表达数据	数字病理学	肺癌	RNA-seq	Lasso回归	RNA-seq数据	2811个差异表达基因，其中1002个与CAF簇显著相关
7417	2024-10-09	Lumican promotes calcific aortic valve disease through H3 histone lactylation 2024-Oct-05, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehae407 PMID:38976370	研究论文	研究揭示了lumican在钙化性主动脉瓣疾病（CAVD）中的关键调节作用，特别是通过H3组蛋白乳酸化促进钙化过程	首次发现lumican通过介导H3组蛋白乳酸化促进主动脉瓣钙化	NA	探讨lumican在钙化性主动脉瓣疾病中的作用机制	主动脉瓣间质细胞（VICs）及其在钙化过程中的转变	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	9个人类主动脉瓣
7418	2024-10-09	Imputing spatial transcriptomics through gene network constructed from protein language model 2024-Oct-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06964-2 PMID:39369061	研究论文	本文介绍了一种基于蛋白质语言模型构建基因网络的空间转录组学插补方法stImpute	stImpute利用蛋白质语言模型ESM-2构建基因网络，通过图神经网络进行基因表达插补，显著提高了插补和聚类的准确性	NA	开发一种新的计算方法来克服空间转录组学中基因数量有限的挑战	空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	空间转录组学	图神经网络	基因表达数据	多个数据集
7419	2024-10-09	Spatial multi-omics in whole skeletal muscle reveals complex tissue architecture 2024-Oct-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06949-1 PMID:39369093	研究论文	本文通过结合RNA断层扫描和质谱成像技术，揭示了小鼠胫骨前肌的完整组织结构	首次在全组织水平上展示了基因表达、代谢差异和肌纤维类型比例的区域化特征	NA	阐明骨骼肌的完整组织结构	小鼠胫骨前肌的基因表达、代谢和脂质组织	数字病理学	NA	RNA断层扫描和质谱成像	NA	空间转录组学、空间代谢组学和空间脂质组学数据	小鼠胫骨前肌、趾长伸肌和比目鱼肌
7420	2024-10-09	C-ziptf: stable tensor factorization for zero-inflated multi-dimensional genomics data 2024-Oct-05, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05886-4 PMID:39369208	研究论文	本文介绍了一种新的零膨胀多维基因组数据分解方法，名为零膨胀泊松张量分解（ZIPTF），并提出了共识ZIPTF（C-ZIPTF）以解决随机性问题	提出了ZIPTF和C-ZIPTF方法，能够有效处理零膨胀的多维基因组数据，并在重建精度和一致性方面优于传统方法	NA	开发一种能够有效处理零膨胀多维基因组数据的稳定张量分解方法	零膨胀的多维基因组数据，特别是单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	张量分解（TF）	基因组数据	涉及合成数据、模拟scRNA-seq数据和真实的多样本多条件scRNA-seq数据