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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7381 | 2025-10-06 |
Machine Learning and Mendelian Randomization Reveal a Tumor Immune Cell Profile for Predicting Bladder Cancer Risk and Immunotherapy Outcomes
2025-Jun, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.01.016
PMID:40122457
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研究论文 | 本研究通过机器学习和孟德尔随机化方法构建了基于肿瘤浸润免疫细胞相关基因的膀胱癌风险预测模型 | 开发了基于肿瘤浸润免疫细胞特征评分的预测模型,结合多种机器学习算法和孟德尔随机化分析 | 未发现非癌性膀胱状况与膀胱癌之间的显著统计学关联 | 开发膀胱癌风险预测和免疫治疗结果预测模型 | 膀胱癌患者 | 机器学习 | 膀胱癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | 20种机器学习算法 | RNA表达数据,单细胞RNA测序数据 | 来自TCGA和GEO数据库的多个RNA表达数据集 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
7382 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal transcriptome atlas of developing mouse lung
2025-May-30, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2025.03.012
PMID:40118721
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据,构建了小鼠肺发育的时空转录组图谱 | 首次报道了发育中肺脏的全面时空转录组图谱,揭示了10个关键空间功能域和谱系特化的转录因子调控网络 | 研究仅聚焦小鼠模型,未直接验证人类肺发育过程 | 解析哺乳动物肺脏功能发育过程中的细胞类型时空组织机制 | 发育中小鼠肺组织(E12.5至P0阶段) | 空间转录组学 | 肺发育疾病 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | E12.5至P0多个发育时间点的小鼠肺组织样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
7383 | 2025-10-06 |
An automatic annotation tool and reference database for T cell subtypes and states at single-cell resolution
2025-May-30, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2025.02.043
PMID:40157887
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研究论文 | 开发了自动注释工具STCAT和参考数据库TCellAtlas,用于单细胞分辨率下的T细胞亚型和状态分析 | 构建了最大的人类T细胞参考数据集,开发了基于分层模型和标记校正的自动注释工具STCAT,准确率比现有工具提高28% | NA | 建立T细胞亚型和状态的参考数据库及自动注释工具,促进T细胞免疫和肿瘤免疫学研究 | 人类T细胞 | 生物信息学 | 肺癌, COVID-19, 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | 分层模型 | 单细胞RNA测序数据 | 1,348,268个T细胞,来自35种条件和16种组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7384 | 2025-10-06 |
Repetitive Transcranial Magnetic Stimulation Induces Cognitive Recovery in Alzheimer's Disease via GABAergic Neuron Activation of the Cx3cl1-Cx3cr1 Axis
2025-May-25, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.70061
PMID:40415257
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研究论文 | 本研究探讨重复经颅磁刺激通过激活GABA能神经元和调节Cx3cl1-Cx3cr1信号轴促进阿尔茨海默病认知恢复的机制 | 首次揭示rTMS通过GABA能神经元激活Cx3cl1-Cx3cr1轴促进小胶质细胞吞噬功能和阿兹海默病认知恢复的新机制 | 研究基于5xFAD小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 研究rTMS对阿尔茨海默病认知功能恢复的作用机制 | 5xFAD转基因阿尔茨海默病小鼠模型 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7385 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing and traditional RNA sequencing reveals the role of cancer-associated fibroblasts in head and neck squamous cell carcinomas cohort
2025-May-23, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02507-1
PMID:40407978
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和传统RNA测序分析,揭示了癌症相关成纤维细胞在头颈部鳞状细胞癌中的作用 | 构建了基于CAF相关基因的新型预后预测模型和列线图,首次系统评估CAF在HNSC中的预后价值 | 基于TCGA数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 研究癌症相关成纤维细胞在头颈部鳞状细胞癌中的作用及预后价值 | 头颈部鳞状细胞癌患者和癌症相关成纤维细胞 | 生物信息学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,RNA测序,ssGSEA,差异表达分析,Cox回归,LASSO回归,通路富集分析 | LASSO回归模型,多变量Cox回归模型,列线图 | 基因表达数据,临床数据 | TCGA HNSC队列 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
7386 | 2025-10-06 |
Oligodendrocyte-astrocyte crosstalk in Parkinson's disease mediates neuronal ferroptosis via the FGF signaling pathway
2025-May-23, NPJ Parkinson's disease
DOI:10.1038/s41531-025-00995-0
PMID:40410211
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学揭示了帕金森病中少突胶质细胞与星形胶质细胞通过FGF信号通路介导神经元铁死亡的机制 | 首次发现少突胶质细胞-星形胶质细胞串扰在帕金森病神经元铁死亡中的关键作用,并阐明FGF信号通路在此过程中的具体机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证尚不充分;铁死亡的具体分子机制仍需进一步探索 | 探究帕金森病中少突胶质细胞与星形胶质细胞的相互作用及其在神经元铁死亡中的作用机制 | 帕金森病小鼠模型中的少突胶质细胞、星形胶质细胞和多巴胺神经元 | 神经科学 | 帕金森病 | 单核测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 帕金森病小鼠模型 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
7387 | 2025-10-06 |
Metabolic modeling elucidates phenformin and atpenin A5 as broad-spectrum antiviral drugs against RNA viruses
2025-May-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08148-y
PMID:40410544
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研究论文 | 本研究通过代谢建模发现苯乙双胍和atpenin A5可作为广谱抗RNA病毒药物 | 开发了利用单细胞RNA测序数据评估病毒感染期间细胞代谢的计算工作流程,首次将宿主代谢确立为广谱抗病毒策略的药物靶点 | 研究主要基于计算预测和体外验证,体内实验仅针对SARS-CoV-2在叙利亚仓鼠模型中进行了验证 | 开发广谱抗病毒疗法,评估细胞代谢在病毒感染中的作用 | SARS-CoV-2、甲型流感病毒、登革热病毒和呼吸道合胞病毒 | 计算生物学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序,代谢建模 | 计算工作流程 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7388 | 2025-10-06 |
Machine learning explores the prognostic and immuno-oncological impact of mitochondrial unfolded protein response in CESC
2025-May-23, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02723-9
PMID:40410615
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研究论文 | 本研究通过机器学习分析线粒体未折叠蛋白反应基因在宫颈鳞癌和腺癌中的预后价值及免疫肿瘤学影响 | 首次发现ATF5通过调控P-stalk核糖体功能连接免疫反应的新机制,揭示了UPRmt在塑造肿瘤免疫微环境中的新作用 | 研究基于TCGA数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证机制 | 探索线粒体未折叠蛋白反应在宫颈癌中的预后价值和免疫调节作用 | 宫颈鳞状细胞癌和宫颈腺癌患者 | 机器学习 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,多组学分析,基因集富集分析 | 机器学习 | 基因组数据,转录组数据,临床数据 | TCGA数据库中的CESC样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
7389 | 2025-10-06 |
GPx3 marks adipocyte lineage commitment in bone marrow stromal cells
2025-May-23, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-025-05908-8
PMID:40410842
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研究论文 | 本研究通过转录组分析发现GPx3在骨髓基质细胞向脂肪细胞谱系分化过程中的关键作用 | 首次揭示GPx3在骨髓脂肪组织形成中的特异性表达模式及其在脂肪生成中的调控功能 | 研究主要基于公共数据集再分析和体外实验,缺乏体内功能验证 | 探究骨髓脂肪组织形成的分子机制 | 骨髓基质细胞及其脂肪细胞分化过程 | 分子生物学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序, RNA干扰, 转录组分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 公共数据集和体外培养细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7390 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveal high T cell and monocyte status as predictive and prognostic markers in pancreatic cancer
2025-May-23, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06599-9
PMID:40410886
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术探索胰腺导管腺癌的预测和预后标志物 | 首次使用数字空间分析技术比较新辅助化疗前后胰腺癌的免疫微环境差异 | 样本量较小(48例),需要更大规模研究验证 | 发现胰腺导管腺癌的预测和预后因素 | 胰腺导管腺癌患者手术切除组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 数字空间分析,免疫组织化学分析 | NA | 空间转录组数据,免疫组织化学图像 | 48例胰腺导管腺癌手术病例 | NA | 空间转录组学 | NA | 数字空间分析技术 |
7391 | 2025-10-06 |
Etiology-based Molecular Characterization of Hepatocellular Carcinoma Reveals SQLE's Contribution to Immunosuppressive Microenvironment
2025-May-22, Current cancer drug targets
IF:2.3Q3
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研究论文 | 本研究基于病因对肝细胞癌进行分子特征分析,发现SQLE在病毒性肝炎相关HCC中过表达并促进免疫抑制微环境形成 | 首次从全病因角度对肝细胞癌进行分子特征分析,发现SQLE在病毒性肝炎相关HCC中的特异性作用机制 | 基于TCGA数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 探索肝细胞癌的病因特异性特征,揭示潜在治疗靶点 | 肝细胞癌患者 | 数字病理 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞转录组, 空间转录组 | NA | 基因表达数据, 临床病理数据 | TCGA-LIHC队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
7392 | 2025-10-06 |
Paired mutation calling and spatial transcriptomics identify cellular neighbourhoods dictating the neoplastic outcome of colitis
2025-May-08, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6401505/v1
PMID:40386410
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研究论文 | 本研究通过结合谱系追踪、建模、突变分析和空间转录组学,探索了结肠炎相关肿瘤发生过程中细胞环境对克隆命运的影响 | 首次将配对突变检测与空间转录组学相结合,识别出决定结肠炎肿瘤结局的细胞邻域,提出了修复性组织环境促进肿瘤发生的新模型 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究细胞环境如何影响突变克隆的流行和扩张,以及这如何影响结肠炎的肿瘤结局 | 结肠炎相关肿瘤发生的小鼠模型 | 空间转录组学 | 结肠炎相关癌症 | 谱系追踪, 建模, 突变分析, 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据, 突变数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
7393 | 2025-10-06 |
Blocking the HIF-1α/glycolysis axis inhibits allergic airway inflammation by reducing ILC2 metabolism and function
2025-May, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16361
PMID:39462230
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研究论文 | 本研究揭示了HIF-1α/糖酵解轴在调控ILC2细胞代谢和功能中的关键作用,及其在过敏性气道炎症中的潜在免疫治疗价值 | 首次系统阐明HIF-1α通过调控糖酵解通路影响ILC2细胞功能,并验证其在哮喘发病机制中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究HIF-1α/糖酵解轴在ILC2介导的过敏性气道炎症中的作用机制 | 小鼠和人类第2组先天淋巴样细胞(ILC2) | 免疫代谢 | 哮喘 | 单细胞测序、qPCR、转录组分析、代谢分析、染色质免疫沉淀 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、代谢数据、表观遗传数据 | 小鼠模型和人类哮喘患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7394 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies APOC1 as a biomarker and therapeutic target for G0/G1 cell cycle arrest in cholangiocarcinoma
2025-May, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111028
PMID:40064358
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序分析,鉴定APOC1作为胆管癌G0/G1细胞周期阻滞的生物标志物和治疗靶点 | 首次发现APOC1是胆管癌G0/G1期阻滞的特征基因,并证实其通过抑制Wnt/β-catenin信号通路诱导细胞周期阻滞 | 未明确说明样本规模和实验验证的局限性 | 探索胆管癌G0/G1期细胞的生物标志物及其分子机制 | 胆管癌细胞 | 生物信息学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
7395 | 2025-10-06 |
Heterogeneity of fibroblasts from different anatomical sites in healthy human knee ligaments revealed by single-cell RNA sequencing
2025-May, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111040
PMID:40139473
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示健康人膝关节韧带中不同解剖部位成纤维细胞的异质性 | 首次建立健康人膝关节韧带的全面细胞图谱,识别出三个与韧带解剖相关的成纤维细胞亚群及其分化关系,发现FTH1/FTL_SCARA5信号通路 | 仅针对健康样本,未涉及病变韧带组织 | 研究膝关节韧带不同部位的细胞类型组成和成纤维细胞异质性 | 15名健康受试者的膝关节韧带细胞 | 单细胞组学 | 骨科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 15名健康受试者,约106,077个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7396 | 2025-10-06 |
NAE1 protein: a prognostic, immunomodulatory, and therapeutic biomarker associated with neddylation in hepatocellular carcinoma
2025-May, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143539
PMID:40300298
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现NAE1蛋白可作为肝细胞癌的预后、免疫调节和治疗生物标志物 | 首次系统揭示NAE1在肝细胞癌中的预后价值、免疫调节功能及作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于生物信息学分析,需要更多实验验证 | 探索neddylation相关基因在肝细胞癌中的生物标志物潜力 | 肝细胞癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 加权基因共表达网络分析,机器学习,单细胞RNA测序,分子对接 | Cox回归模型,机器学习模型 | 基因表达数据,临床数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
7397 | 2025-10-06 |
[The effects of resveratrol on osteosarcoma cells: Regulation of the interaction between JAK2/STAT3 signaling pathway and tumor immune microenvironment]
2025-May, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology
PMID:40415621
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研究论文 | 本研究探讨白藜芦醇通过调控JAK2/STAT3信号通路对骨肉瘤肿瘤免疫微环境的影响 | 首次在单细胞水平揭示白藜芦醇通过抑制JAK2/STAT3信号通路促进CD8 T细胞浸润的机制 | 仅使用小鼠移植瘤模型,缺乏临床样本验证 | 研究白藜芦醇对骨肉瘤肿瘤微环境的调控作用 | LM8骨肉瘤细胞和C57BL/6小鼠移植瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 骨肉瘤 | 单细胞测序, 免疫组织化学, Western blotting | 动物模型 | 单细胞测序数据, 蛋白质印迹数据, 组织切片图像 | C57BL/6小鼠移植瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7398 | 2025-10-06 |
A spatiotemporal cell atlas of cardiopulmonary progenitor cell allocation during development
2025-Apr-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115513
PMID:40178979
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研究论文 | 本研究通过构建心肺祖细胞发育的时空细胞图谱,揭示了心肺共同发育的细胞谱系分配机制 | 首次创建了心肺祖细胞来源的细胞图谱,发现了先前未被充分认识的心肺祖细胞衍生谱系 | 研究主要基于小鼠胚胎发育模型,人类发育过程的直接适用性需要进一步验证 | 阐明心肺祖细胞在发育过程中的分配机制和分子调控网络 | 小鼠胚胎期心肺祖细胞及其发育后代 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,谱系追踪,空间定位,计算细胞轨迹分析 | 计算分析模型 | 单细胞转录组数据,空间定位数据 | E8.5时期Wnt2心肺祖细胞及其发育过程中的后代细胞 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
7399 | 2025-10-06 |
Systemic coordination of whole-body tissue remodeling during local regeneration in sea anemones
2025-03-10, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.11.001
PMID:39615481
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研究论文 | 本研究揭示了海葵局部再生过程中触发的系统性稳态响应及其协调全身组织重塑的机制 | 首次在刺胞动物中证明局部再生会引发系统性稳态响应,并发现金属蛋白酶的表达水平和活性与组织损失程度成比例 | 研究仅限于刺胞动物Nematostella vectensis,在更高等生物中的适用性有待验证 | 探索再生过程中系统性分子过程的功能相关性和协调机制 | 刺胞动物Nematostella vectensis | 发育生物学 | NA | 空间转录组学、内源蛋白标记、活体成像 | NA | 空间转录组数据、蛋白质表达数据、活体成像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
7400 | 2025-10-06 |
Dynamic Reprogramming of Stromal Pdgfra-expressing cells during WNT-Mediated Transformation of the Intestinal Epithelium
2025-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.22.634326
PMID:39896606
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示Pdgfra阳性成纤维细胞在WNT驱动肿瘤发生过程中的动态重编程机制 | 首次发现Pdgfra成纤维细胞通过分泌配体在WNT介导的肿瘤发生早期促进肠粘膜再生样状态 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性尚需验证 | 探究间质成纤维细胞在WNT驱动肠道肿瘤发生中的作用机制 | 肠道间质细胞和上皮细胞 | 单细胞生物学 | 肠道肿瘤 | 单细胞RNA测序, 类器官功能实验 | 小鼠肿瘤模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |