单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2025-07-22	Multi-omic analysis and validation reveal ZBP1 as a potential prognostic and immunotherapy-related biomarker in head and neck squamous cell carcinoma 2024-09, Journal of stomatology, oral and maxillofacial surgery DOI:10.1016/j.jormas.2024.101901 PMID:38688403	研究论文	本研究通过多组学分析验证了ZBP1作为头颈部鳞状细胞癌潜在预后和免疫治疗相关生物标志物的作用	首次全面揭示了ZBP1在HNSCC中的预后价值和免疫治疗相关性	验证队列样本量较小(66例肿瘤样本和37例对照)	探索ZBP1在头颈部鳞状细胞癌中的潜在功能	头颈部鳞状细胞癌患者	癌症基因组学	头颈部鳞状细胞癌	多组学分析、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库数据+独立验证队列(66例肿瘤样本和37例对照)
722	2025-07-22	Eganelisib combined with immune checkpoint inhibitor therapy and chemotherapy in frontline metastatic triple-negative breast cancer triggers macrophage reprogramming, immune activation and extracellular matrix reorganization in the tumor microenvironment 2024-Aug-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009160 PMID:39214650	研究论文	本研究探讨了eganelisib联合免疫检查点抑制剂疗法和化疗在转移性三阴性乳腺癌一线治疗中的作用，特别是对肿瘤微环境中巨噬细胞重编程、免疫激活和细胞外基质重组的影响	首次报告了eganelisib联合atezolizumab和nab-paclitaxel在转移性三阴性乳腺癌一线治疗中的转化分析结果，包括配对肿瘤活检数据	样本量相对较小（n=11-18），且为II期临床试验结果，需要更大规模的验证	评估eganelisib联合免疫检查点抑制剂和化疗在转移性三阴性乳腺癌治疗中的效果和机制	转移性三阴性乳腺癌患者	肿瘤免疫治疗	三阴性乳腺癌	多重免疫荧光、GeoMx数字空间转录组分析、流式细胞术、多重细胞因子分析	NA	肿瘤活检组织、外周血样本	11-18例患者的配对肿瘤活检样本
723	2025-07-22	Graph Fourier transform for spatial omics representation and analyses of complex organs 2024-Aug-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51590-5 PMID:39209833	research paper	介绍了一种名为空间图傅里叶变换（SpaGFT）的方法，用于空间组学数据的表示和分析	提出了一种新的解释性图表示方法，能够识别空间可变基因并提高基因表达插补的准确性	未提及具体的数据规模或计算资源需求	探索组织生物学和功能的空间组学数据分析	人类和小鼠的空间转录组数据、人类淋巴结Visium数据、人类扁桃体CODEX数据	空间组学	NA	空间图傅里叶变换（SpaGFT）	NA	空间转录组数据、空间蛋白质组数据	人类和小鼠的空间转录组数据、人类淋巴结Visium数据、人类扁桃体CODEX数据
724	2025-07-22	Inhalable Stem Cell Exosomes Promote Heart Repair After Myocardial Infarction 2024-Aug-27, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.065005 PMID:39186525	研究论文	研究提出了一种通过吸入干细胞外泌体促进心肌梗死后心脏修复的非侵入性治疗方法	首次报道了通过吸入方式递送干细胞外泌体的治疗方法（SCENT），并揭示了内皮细胞CD36敲除对心脏损伤的改善作用	研究主要基于动物模型，尚未进行人体临床试验	探索心肌梗死后心脏修复的新型治疗方法	心肌梗死模型小鼠和猪	再生医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、心脏磁共振成像	EC-Cd36fl/-条件性敲除小鼠模型	影像数据、基因表达数据	小鼠和猪的心肌梗死模型
725	2025-07-22	FUSION: A web-based application for in-depth exploration of multi-omics data with brightfield histology 2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.09.602778 PMID:39026885	research paper	介绍了一个名为FUSION的基于网络的应用程序，用于深入探索多组学数据与明场组织学的关联	开发了一个集成的网络工具，结合深度学习和可视化技术，用于分析空间组学数据及其相关的高分辨率组织学图像	未提及具体的技术验证或用户反馈数据	连接分子和组织病理学特征，提供一个统一的工作空间以促进生物学机制的深入理解	健康与病变组织的空间转录组数据（FFPE和冷冻制备样本）	digital pathology	NA	空间转录组学（ST）	deep learning-based algorithms	image, spatial -OMICS data	未明确提及具体样本数量，但包括FFPE和冷冻制备的健康与病变组织数据集
726	2025-07-22	Multi-parametric atlas of the pre-metastatic liver for prediction of metastatic outcome in early-stage pancreatic cancer 2024-Aug, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03075-7 PMID:38942992	研究论文	通过多参数分析术前肝脏活检，预测早期胰腺癌患者的转移风险、时间和器官部位	结合代谢组学、组织学和单细胞转录组学及多重成像方法，首次开发了基于机器学习的模型预测转移结果	样本量较小（49例胰腺癌患者和19例对照组），需要更大规模的研究验证	预测胰腺癌患者的转移风险和器官特异性转移	早期胰腺癌患者和对照组非癌性胰腺病变患者的肝脏活检样本	数字病理学	胰腺癌	代谢组学、单细胞转录组学、多重成像	机器学习模型	组织样本、代谢组数据、转录组数据、图像数据	49例胰腺癌患者和19例对照组
727	2025-07-22	Molecular Pathways and Cellular Subsets Associated with Adverse Clinical Outcomes in Overlapping Immune-Related Myocarditis and Myositis 2024-Aug-01, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0011 PMID:38768394	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了免疫检查点疗法引发的心肌炎和肌炎的分子通路和免疫亚群	首次在活体患者中鉴定了与心肌炎和肌炎相关的CD8+ T细胞和髓系细胞亚群，并发现IL1B+TNF+髓系细胞与更严重的毒性和不良临床结果相关	样本量较小（n=10心肌炎加肌炎患者，n=1单纯心肌炎患者，n=9对照组）	揭示免疫检查点疗法引发的心肌炎和肌炎的分子机制	接受免疫检查点疗法治疗并出现心肌炎和/或肌炎的癌症患者	免疫学	心肌炎和肌炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫组织化学	NA	单细胞RNA测序数据和免疫组织化学数据	20例（10例心肌炎加肌炎患者，1例单纯心肌炎患者，9例对照组）
728	2025-07-22	A second wave of Notch signaling diversifies the intestinal secretory lineage 2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.15.603542 PMID:39071399	研究论文	本研究探讨了小肠中一种罕见且独特的分泌细胞群CHEs的命运决定机制，揭示了Notch信号在分泌细胞谱系中的第二波激活作用	首次发现Notch信号在分泌细胞谱系中的第二波激活作用，用于区分CHEs与其他分泌细胞类型	研究主要基于大鼠模型，人类数据验证有限	阐明小肠分泌细胞谱系多样化的分子机制	大鼠和人类小肠中的CHEs细胞	细胞生物学	囊性纤维化	单细胞RNA测序，伪时间轨迹分析	NA	基因表达数据	NA
729	2025-07-22	Transcriptomic Analysis Reveals That Excessive Thyroid Hormone Signaling Impairs Phototransduction and Mitochondrial Bioenergetics and Induces Cellular Stress in Mouse Cone Photoreceptors 2024-Jul-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25137435 PMID:39000540	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究了甲状腺激素信号过度对小鼠视锥细胞光转导和线粒体生物能量学的损害及其诱导的细胞应激	首次使用单细胞RNA测序技术揭示甲状腺激素信号过度对视锥细胞转录组的影响，发现了光转导和氧化磷酸化受损及线粒体功能障碍	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究甲状腺激素信号过度诱导视锥细胞退化的分子机制	小鼠视锥细胞	转录组学	视网膜退化	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	转录组数据	155,866个单细胞，其中视锥细胞占4.1%
730	2025-07-22	Biallelic variants in POPDC2 cause a novel autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and variable hypertrophic cardiomyopathy 2024-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.07.04.24309755 PMID:39006410	研究论文	研究发现POPDC2基因的双等位基因变异会导致一种新型常染色体隐性遗传综合征，表现为心脏传导缺陷和可变性肥厚型心肌病	首次发现POPDC2基因变异与人类心脏传导系统疾病和肥厚型心肌病的直接关联，并通过实验验证了这些变异对TREK-1钾通道功能的损害	研究样本量较小（仅4个家族），且肌肉活检未显示明显的肌病特征	探索POPDC2基因变异与心脏传导系统疾病的因果关系	4个携带POPDC2基因变异的家族	遗传学	心血管疾病	同源建模、电生理研究、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据、电生理数据、RNA表达数据	4个家族（具体人数未明确）和超过100万人的群体遗传数据
731	2025-07-22	Enhanced prostatic Esr1+ luminal epithelial cells in the absence of SRD5A2 2024-07, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6283 PMID:38606616	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了SRD5A2缺失对前列腺细胞异质性的影响，揭示了ESR1+ luminal上皮细胞的增强及其在5α还原酶抑制剂(5ARI)耐药机制中的作用	发现了SRD5A2缺失下ESR1 LE2细胞比例增加及其增殖表型，提出了前列腺生长的替代途径	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索SRD5A2缺失对前列腺细胞组成和功能的影响，以及5ARI的作用机制	小鼠前列腺细胞和人类前列腺活检组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠模型和人类前列腺活检样本
732	2025-07-22	A count-based model for delineating cell-cell interactions in spatial transcriptomics data 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae219 PMID:38940134	研究论文	介绍了一种基于计数的模型Copulacci，用于从空间转录组学数据中推断细胞间相互作用	使用高斯copula模型来模拟低转录本计数下配体与受体表达之间的依赖关系，优于现有的基于Spearman和Pearson相关系数的方法	未明确提及具体局限性，但可能受限于空间转录组数据的低转录本计数问题	开发一种新方法以更准确地从空间转录组数据中推断细胞间相互作用	空间转录组学数据中的细胞间相互作用	生物信息学	NA	空间转录组学(SRT)	高斯copula模型	空间转录组数据	多个真实SRT数据集（未明确具体数量）
733	2025-07-22	Joint inference of cell lineage and mitochondrial evolution from single-cell sequencing data 2024-06-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae231 PMID:38940122	研究论文	本文提出了一种从单细胞测序数据中联合推断细胞谱系和线粒体进化的方法	首次将线粒体克隆树与细胞谱系树的一致性约束纳入模型，解决了现有方法未考虑线粒体异质性的问题	方法性能依赖于单细胞测序数据的质量，且计算复杂度较高	开发能够准确推断细胞谱系和线粒体进化关系的新算法	单细胞测序数据中的线粒体突变模式	计算生物学	胃癌	单细胞全基因组测序	混合整数线性规划	基因组测序数据	5220个胃癌细胞系细胞
734	2025-07-22	Single-Cell RNA Sequencing of Mutant Whole Mouse Embryos: From the Epiblast to the End of Gastrulation 2024-Jun-14, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66866 PMID:38949298	研究论文	本文设计了一个稳健的流程，用于对小鼠胚胎从E6.5到E8天进行单细胞和细胞核分析，覆盖原肠胚形成过程	提出了一种针对突变胚胎的单细胞分析方法，克服了基因分型、定时妊娠等技术限制	方法依赖于同步妊娠和特定基因型胚胎的获取，可能在实际应用中存在一定限制	研究突变如何影响原肠胚形成阶段的细胞景观	小鼠突变胚胎(E6.5-E8天)	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及E6.5-E8天的小鼠胚胎
735	2025-07-22	SIMS: A deep-learning label transfer tool for single-cell RNA sequencing analysis 2024-Jun-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100581 PMID:38823397	research paper	本文介绍了一种名为SIMS的低代码、数据高效的单细胞RNA分类流程，用于自动化细胞标记	SIMS在小型训练集（<3,500个细胞）和不同样本中均能实现高精度的细胞分类，并能准确预测发育中大脑的神经元亚型	NA	开发一种高效且可扩展的单细胞RNA测序分析工具，用于细胞类型分类	单细胞RNA测序数据集，包括大脑和皮质类器官的细胞	machine learning	NA	single-cell RNA sequencing	deep learning	RNA sequencing data	小型训练集（<3,500个细胞）和不同样本
736	2025-07-22	KLF4 in smooth muscle cell-derived progenitor cells is essential for angiotensin II-induced cardiac inflammation and fibrosis 2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.04.597485 PMID:38895472	研究论文	本研究揭示了KLF4在血管平滑肌细胞衍生的祖细胞中对血管紧张素II诱导的心脏炎症和纤维化的关键作用	发现了KLF4不仅维持AdvSca1-SM细胞的干性，还协调其对促纤维化刺激的反应，并可能作为心脏纤维化的治疗靶点	KLF4调节AdvSca1-SM表型的分子机制仍不明确	探讨KLF4在AdvSca1-SM细胞对血管紧张素II诱导的心脏纤维化反应中的作用	血管平滑肌细胞衍生的祖细胞（AdvSca1-SM细胞）	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
737	2025-07-22	Discovery and characterization of dietary antigens in oral tolerance 2024-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.26.593976 PMID:38853977	研究论文	该研究发现了玉米、小麦和大豆中引发免疫耐受的T细胞受体及其对应表位，并揭示了这些特异性T细胞的免疫抑制特性	首次鉴定了玉米、小麦和大豆中引发免疫耐受的T细胞受体及其对应表位，揭示了这些表位来源于种子储存蛋白，并展示了这些特异性T细胞的免疫抑制特性	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证	探索食物抗原如何通过调节性T细胞在肠道中引发免疫耐受	玉米、小麦和大豆中的T细胞表位及其特异性T细胞	免疫学	食物过敏	表达克隆、MHC四聚体技术、RNA测序	NA	分子生物学数据、RNA测序数据	小鼠模型中的T细胞
738	2025-07-22	Batf3+ DCs and the 4-1BB/4-1BBL axis are required at the effector phase in the tumor microenvironment for PD-1/PD-L1 blockade efficacy 2024-05-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114141 PMID:38656869	研究论文	本文揭示了Batf3谱系树突状细胞（DCs）及其4-1BB/4-1BBL轴在肿瘤微环境（TME）中对PD-1/PD-L1阻断疗效的关键作用	首次明确了Batf3谱系DCs在TME中通过4-1BBL提供正向共刺激信号，促进CD8 T细胞功能恢复和肿瘤消退的机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类肿瘤样本，需要更大规模的临床验证	阐明PD-1/PD-L1阻断治疗中TME内T细胞再激活的细胞信号来源	Batf3谱系树突状细胞、CD8 T细胞和4-1BB/4-1BBL轴	肿瘤免疫学	癌症	流式细胞术、基因靶向小鼠、阻断抗体研究、免疫荧光和空间转录组学	NA	流式细胞数据、基因表达数据、空间转录组数据和免疫荧光图像	基因靶向小鼠模型和人类肿瘤样本（具体数量未明确说明）
739	2025-07-22	Nextflow pipeline for Visium and H&E data from patient-derived xenograft samples 2024-May-20, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100759 PMID:38626768	研究论文	设计了一个基于Nextflow DSL2的管道STQ，用于同时处理10x Genomics Visium空间转录组数据和匹配的H&E染色全切片图像，针对患者来源的异种移植(PDX)癌症样本进行了优化	开发了一个能够同时处理空间转录组数据和H&E图像的管道，支持双参考基因组输入和独立图像分析	仅在四个黑色素瘤PDX样本上展示了管道的实用性，样本量较小	优化患者来源的异种移植(PDX)癌症样本的空间转录组和H&E图像数据处理	患者来源的异种移植(PDX)癌症样本	数字病理学	黑色素瘤	10x Genomics Visium空间转录组测序, H&E染色	Nextflow DSL2	空间转录组数据, H&E图像	四个黑色素瘤PDX样本
740	2025-07-22	Determination of permissive and restraining cancer-associated fibroblast (DeCAF) subtypes 2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.14.594197 PMID:38798565	研究论文	该研究开发了一个名为DeCAF的单样本分类器，用于分类临床上的限制性和允许性癌症相关成纤维细胞(CAF)亚型，并在多种肿瘤类型中验证其临床相关性	将单细胞RNA测序衍生的CAF亚群特异性标记基因转化为批量RNA测序数据，开发了DeCAF分类器，并在多种肿瘤类型中验证其临床适用性	研究仅验证了四种肿瘤类型(胰腺导管腺癌、间皮瘤、膀胱癌和肾细胞癌)，其他肿瘤类型的适用性尚不明确	开发一个能够分类癌症相关成纤维细胞亚型的工具，并验证其临床相关性	癌症相关成纤维细胞(CAF)亚群	生物信息学	胰腺癌,间皮瘤,膀胱癌,肾细胞癌	单细胞RNA测序(scRNAseq),批量RNA测序(bulk RNAseq)	单样本分类器(DeCAF)	RNA测序数据	19个独立的批量转录组数据集(涵盖四种肿瘤类型)