单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2025-04-23	Genetic and genomic insights into male reproductive tract development 2025-Mar-31, Fertility and sterility IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.fertnstert.2025.03.024 PMID:40174856	综述	本文综述了男性生殖道（MRT）发育的遗传和基因组学见解，重点介绍了单细胞测序技术带来的新发现	利用单细胞测序技术揭示了MRT发育过程中的细胞类型和细胞过程，并系统性地回顾了与MRT发育相关的表型术语和基因	人类和小鼠数据之间存在差异，表明知识整合的必要性	理解MRT发育的遗传基础及其缺陷与成年后医疗结果的关系	男性生殖道发育相关的基因和表型	基因组学	男性生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	涉及269个独特基因和35个表型术语
722	2025-04-23	SCANER: robust and sensitive identification of malignant cells from the scRNA-seq profiled tumor ecosystem 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf175 PMID:40253692	research paper	本文介绍了一种名为SCANER的无标记方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别恶性细胞	SCANER是一种基于种子聚类的无标记方法，能够通过基因组不稳定性引起的显著基因表达变异来识别恶性细胞，克服了传统方法对已知细胞类型标记的依赖	虽然SCANER在多种癌症类型中表现出色，但未明确提及在液体肿瘤或特定罕见癌症类型中的适用性	开发一种准确且稳健的方法，用于从肿瘤生态系统的单细胞RNA测序数据中识别恶性细胞	单细胞RNA测序数据中的恶性细胞	digital pathology	cancer	scRNA-seq, whole exome sequencing	NA	RNA-seq data	多种癌症类型的单细胞RNA测序数据（具体样本量未明确说明）
723	2025-04-23	Single-cell transcriptomic profiling of heart reveals ANGPTL4 linking fibroblasts and angiogenesis in heart failure with preserved ejection fraction 2025-Feb, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.02.006 PMID:38346487	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了保留射血分数心力衰竭（HFpEF）中心脏成纤维细胞与血管生成之间的联系，并发现ANGPTL4可能是潜在的药物靶点	首次在单细胞分辨率下揭示了HFpEF心脏中成纤维细胞通过分泌ANGPTL4与内皮细胞系相互作用，导致血管生成异常的潜在机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究HFpEF的细胞异质性和潜在机制	HFpEF小鼠模型的心脏细胞	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞测序、免疫组织化学、免疫荧光染色、bulk RNA测序	HFpEF小鼠模型	单细胞转录组数据	NA
724	2025-04-23	A panoramic view of cell population dynamics in mammalian aging 2025-01-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adn3949 PMID:39607904	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱PanSci，揭示了哺乳动物衰老过程中细胞群体动力学的全景视图	提出了PanSci单细胞转录组图谱，分析了超过2000万细胞，揭示了3000多种细胞状态和200多个与衰老相关的细胞群体，发现了器官、谱系和性别特异性的细胞动力学变化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明与衰老相关的细胞群体动力学	623个小鼠组织中的细胞	单细胞组学	衰老相关疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	超过2000万细胞，来自623个小鼠组织
725	2025-04-23	Distinct myeloid-derived suppressor cell populations in human glioblastoma 2025-01-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abm5214 PMID:39818911	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，鉴定了人类胶质母细胞瘤中两种不同的髓源性抑制细胞（MDSC）群体，并揭示了它们与肿瘤细胞之间的相互作用	首次在IDT-WT胶质母细胞瘤中鉴定出两种不同的MDSC群体（E-MDSC和M-MDSC），并揭示了E-MDSCs与代谢干细胞样肿瘤细胞之间的空间共定位和信号交流	样本量相对较小（33例胶质瘤），且仅针对IDT-WT胶质母细胞瘤进行研究	探究胶质瘤相关髓系细胞在肿瘤生长和免疫逃逸中的作用	人类胶质母细胞瘤中的髓源性抑制细胞（MDSC）群体	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	33例胶质瘤样本
726	2025-04-23	Evolutionary convergence of sensory circuits in the pallium of amniotes 2025-01-02, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adp3411 PMID:39946453	研究论文	研究探讨了羊膜动物大脑皮层中感觉回路的进化趋同性	揭示了不同物种间感觉回路神经元在发育时间和转录组进程上的差异	仅研究了鸟类、蜥蜴和哺乳动物中的少数物种	比较羊膜动物大脑皮层感觉回路的发育和进化关系	鸟类（鸡）、蜥蜴（壁虎）和哺乳动物（小鼠）的大脑皮层感觉回路	神经科学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、数学模型	NA	基因表达数据	三种物种（鸡、壁虎、小鼠）的大脑皮层样本
727	2025-04-23	Keeping an Eye Out for Autophagy in the Cornea: Sample Preparation for Single-Cell RNA-Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2023_502 PMID:37930627	研究论文	本文描述了如何利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术研究角膜缘上皮干细胞群以及自噬对其功能的影响	开发了一种用于分离角膜缘/角膜组织活单细胞悬液的协议，并分析了scRNA-seq数据	研究仅使用了Beclin1杂合小鼠模型，可能不适用于其他自噬缺陷模型	研究自噬对角膜缘上皮干细胞功能的影响	角膜缘上皮干细胞	单细胞测序	角膜疾病	scRNA-seq	Beclin1杂合小鼠模型	基因表达数据	NA
728	2025-04-23	Identification and Characterization of Prognostic Macrophage Subpopulations for Human Esophageal Carcinoma 2025, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673284207240108105724 PMID:38362682	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了食管癌组织中巨噬细胞的多样性、分布和分化轨迹，并鉴定了一个与预后相关的巨噬细胞亚型（HSPA6+巨噬细胞）	首次在单细胞水平上分析了食管癌组织中巨噬细胞的多样性、分化轨迹及细胞间通讯，并鉴定了一个新的预后相关巨噬细胞亚型HSPA6+	研究仅基于公开数据库GSE154763的单细胞RNA测序数据，缺乏实验验证	探究巨噬细胞在食管癌进展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	食管癌组织和癌旁组织中的巨噬细胞	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Seurat R包, Monocle2, Cell Chat	单细胞RNA测序数据	GSE154763数据集中的食管癌组织和癌旁组织样本
729	2025-04-23	Characterizing macrophage diversity in colorectal malignancies through single-cell genomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1526668 PMID:40191203	综述	本文综述了单细胞基因组学在结直肠恶性肿瘤中巨噬细胞多样性研究中的应用	通过单细胞RNA测序技术重新定义巨噬细胞亚型，深化对肿瘤相关巨噬细胞多样性的理解	缺乏对巨噬细胞多样性命名和分子特征的统一解释	探讨结直肠恶性肿瘤中巨噬细胞的多样性和功能	结直肠癌中的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)	单细胞基因组学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
730	2025-04-23	Molecular biology of the deadliest cancer - glioblastoma: what do we know? 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530305 PMID:40191211	review	本文综述了胶质母细胞瘤的分子生物学特性及其微环境，强调了其生物学特性和分子通讯模式	利用单细胞RNA测序技术揭示了胶质母细胞瘤的新见解，强调了个性化多免疫疗法的重要性	NA	总结当前关于胶质母细胞瘤及其微环境的知识，探索个性化治疗策略	胶质母细胞瘤细胞及其微环境	分子生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
731	2025-04-23	Comprehensive multiomics analysis identifies PYCARD as a key pyroptosis-related gene in osteoarthritis synovial macrophages 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1558139 PMID:40196125	research paper	通过多组学分析确定PYCARD作为骨关节炎滑膜巨噬细胞中焦亡相关关键基因	首次通过多组学分析确定PYCARD在骨关节炎滑膜巨噬细胞焦亡中的核心作用，并预测了57种潜在治疗化合物	研究主要基于RNA测序数据，缺乏实验验证PYCARD在焦亡中的具体机制	探索焦亡在骨关节炎发病机制中的作用，并寻找潜在治疗靶点	骨关节炎患者的滑膜组织和巨噬细胞	生物信息学	骨关节炎	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归模型, 蛋白互作网络分析	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
732	2025-04-23	Two chemotherapeutic agents expand stem-like CD62L+CD8+ T cells in antitumor immune responses 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1533857 PMID:40236705	research paper	研究两种化疗药物DAC和5-FU如何扩增干细胞样CD62L+CD8+ T细胞以增强抗肿瘤免疫反应	揭示了DAC和5-FU能够扩增干细胞样CD8+ TTSM细胞和CD62L+CD8+ Tpex细胞，并增强CX3CR1+ Texint细胞的效应功能	Eomes条件性敲除仅部分影响DAC的作用，对5-FU无影响，机制尚未完全阐明	探索化疗药物对干细胞样CD8+ T细胞亚群的影响及其在抗肿瘤免疫中的作用	人类结直肠肿瘤样本和小鼠CT26、B16肿瘤模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序、流式细胞术	小鼠肿瘤模型	测序数据、流式数据	人类结直肠肿瘤样本和小鼠模型
733	2025-04-23	Repertoire-based mapping and time-tracking of T helper cell subsets in scRNA-Seq 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1536302 PMID:40255395	研究论文	本文介绍了一种名为TCR-Track的方法，利用免疫组库数据将表型分类的Th细胞亚群映射到scRNA-Seq图谱上	提出TCR-Track方法，能够准确映射Th细胞亚群，并揭示了Th克隆在外周血中的内在程序稳定性	研究样本数量有限，仅涉及122名捐赠者	研究CD4+ T辅助细胞亚群在scRNA-Seq中的映射关系及其功能程序	CD4+ T辅助细胞亚群	免疫学	COVID-19	scRNA-Seq, CITE-Seq	TCR-Track	单细胞RNA测序数据	122名捐赠者
734	2025-04-23	Single-cell and spatial transcriptomic insights into glioma cellular heterogeneity and metabolic adaptations 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561388 PMID:40255400	综述	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学在揭示胶质母细胞瘤细胞异质性和代谢重编程方面的最新进展	整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示胶质母细胞瘤细胞亚群的代谢适应性和空间分布特征	代谢冗余和时空动态变化等当前挑战尚未完全解决	解码胶质母细胞瘤的代谢景观并探索新的治疗策略	胶质母细胞瘤的细胞亚群及其代谢活动	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
735	2025-04-23	Longitudinal Changes in Peripheral and Alveolar Monocyte and Inflammatory Biomarkers are Distinct in Hypercapnia Patients Following Pulmonary Sepsis-Induced ARDS 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S508311 PMID:40255660	research paper	该研究比较了肺炎败血症诱发的ARDS患者中高碳酸血症与非高碳酸血症患者的细胞组成和炎症生物标志物的初始值和纵向变化	提供了关于单核细胞中心簇和相关生物标志物的新视角，这些在驱动肺炎败血症诱发的ARDS后高碳酸血症中起关键作用	样本量较小（61例严重肺炎患者），且研究时间较短（2022年12月至2023年4月）	探究高碳酸血症在ARDS中的免疫学机制	肺炎败血症诱发的ARDS患者（包括高碳酸血症和非高碳酸血症患者）以及非败血症肺炎患者作为对照	NA	ARDS（急性呼吸窘迫综合征）	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）、流式细胞术、细胞因子面板分析	NA	临床数据、呼吸参数、外周血单个核细胞（PBMCs）、支气管肺泡灌洗液（BALF）	61例严重肺炎患者（11例非败血症肺炎患者作为对照，50例肺炎败血症患者中26例发展为高碳酸血症）
736	2025-04-23	Integrated multi-omics analysis reveals the functional and prognostic significance of lactylation-related gene PRDX1 in breast cancer 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1580622 PMID:40256656	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了乳酰化相关基因PRDX1在乳腺癌中的功能和预后意义	首次全面分析了PRDX1在乳腺癌中的表达模式、细胞间通讯网络和空间异质性，并构建了基于PRDX1阳性单核细胞基因表达谱的预后模型	未来研究需要将PRDX1与其他生物标志物整合以提高个性化医疗的精确性	探究乳酰化相关基因PRDX1在乳腺癌中的调控机制及其预后意义	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	GWAS、单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、SMR分析、Cox回归、LASSO回归	预后预测模型	基因组数据、转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的多组学数据
737	2025-04-23	Immune Landscape Variation in Antineutrophil Cytoplasmic Antibody-Associated Vasculitis Circulation Before and After Plasmapheresis by Single-Cell Transcriptome 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/5531382 PMID:40256686	研究论文	通过单细胞转录组研究血浆置换前后抗中性粒细胞胞浆抗体相关血管炎循环中的免疫景观变化	提出了一种新的单核细胞分类方法，并发现特定单核细胞簇与疾病活动性的相关性	研究样本量未明确提及，可能影响结果的普遍性	探索血浆置换对AAV患者免疫细胞的影响及其机制	抗中性粒细胞胞浆抗体相关血管炎(AAV)患者	生物医学研究	血管炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	基因表达数据	NA
738	2025-04-23	Comprehensive evaluation of methods for identifying tissues or cell types of origin of the plasma cell-free transcriptome 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19241 PMID:40256737	研究论文	本文全面评估了用于识别血浆游离RNA（cfRNA）来源组织或细胞类型的方法	首次系统比较了七种解卷积方法在cfRNA来源分析中的性能，并利用单细胞RNA测序数据作为参考进行深入评估	未提及具体样本量限制或方法适用范围限制	评估和比较不同方法在识别血浆cfRNA来源方面的准确性和稳健性	血浆游离RNA（cfRNA）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	七种解卷积方法（未具体说明）	RNA测序数据	NA
739	2025-04-23	FaStaNMF: A Fast and Stable Non-Negative Matrix Factorization for Gene Expression 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3296979 PMID:37467096	研究论文	介绍了一种名为FaStaNMF的快速稳定非负矩阵分解方法，用于基因表达数据的解卷积分析	FaStaNMF在保证NMF结果全局稳定性的同时，兼顾了准确性和速度，解决了传统NMF方法无法保证全局唯一解的问题	未明确说明方法在更复杂数据集上的表现或计算资源需求	开发一种快速稳定的非负矩阵分解方法用于基因表达数据的解卷积分析	基因表达数据（特别是混合细胞类型的样本）	生物信息学	NA	非负矩阵分解（NMF）	FaStaNMF（基于NMF的改进方法）	基因表达数据	四个已知真实值的数据集（基于公开数据或RNAGinesis模拟生成）
740	2025-04-23	Human Umbilical Cord Mesenchymal Stromal Cell-Derived Extracellular Vesicles Induce Fetal Wound Healing Features Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2024-05-28, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c01401 PMID:38751164	research paper	该研究利用单细胞RNA测序技术探究了人脐带间充质干细胞来源的细胞外囊泡对小鼠皮肤伤口微环境的影响	揭示了hucMSC-EVs诱导的造血成纤维细胞和MMP13+成纤维细胞的出现，并发现了一条独特的PIEZO1-钙-HIF1α-VEGF-MMP13通路	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究hucMSC-EVs在伤口愈合中的作用机制	小鼠皮肤伤口微环境中的成纤维细胞和角质形成细胞	单细胞测序	伤口愈合	scRNA-seq	小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明小鼠数量