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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 721 | 2026-04-25 |
Mapping the zygote-to-adult developmental cell phylogeny in Arabidopsis thaliana reveals a three-cell rule of branching
2026-Apr, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-026-02264-1
PMID:41975122
|
研究论文 | 通过开发e-SMALT系统整合单细胞RNA测序,绘制拟南芥从合子到成体的发育细胞系统发育树,揭示三分枝规则 | 首次在高等植物中实现从合子到成体的全发育追踪,发现每个枝条起源于三个创始细胞的三细胞规则,并通过单细胞转录组解析三层胚层起源 | 当前仅分析两个个体,且barcode序列长度与突变率的依赖性可能限制更复杂组织的解析能力 | 阐明多细胞生物从单细胞合子到成体组织的发育细胞谱系及其分支规则 | 拟南芥(Arabidopsis thaliana)的枝条、花和果实组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、细胞谱系追踪 | 系统发育树重建 | 单细胞转录组数据、突变条形码数据 | 两株3月龄拟南芥个体,数千个细胞来自多个枝条分支 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组建库方法 |
| 722 | 2026-04-25 |
A Novel CRYBB2 Splicing Mutation Is Associated With Lens Extracellular Matrix Remodeling and Vascular Alterations in Congenital Cataract
2026-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.4.36
PMID:41989229
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研究论文 | 该研究在一个先天性白内障家系中发现CRYBB2基因的新剪接突变,并通过体内外实验揭示该突变导致晶状体细胞外基质重塑和血管异常 | 首次发现CRYBB2剪接突变与晶状体血管相互作用异常相关,并通过单细胞转录组分析揭示了晶状体对邻近血管的非细胞自主性影响 | 研究主要基于家系样本和斑马鱼模型,人类样本数量有限,且血管表型的分子机制尚需进一步验证 | 鉴定先天性白内障的遗传病因并阐明CRYBB2剪接突变对晶状体发育及相关眼部表型的影响 | 一个常染色体显性遗传先天性白内障大家系中的患者及斑马鱼模型 | 数字病理学 | 先天性白内障 | 全外显子测序,Sanger测序,RNA测序,定量逆转录PCR,单细胞RNA测序,免疫染色,细胞粘附实验,斑马鱼晶状体结构检测,血管成像 | NA | DNA序列数据,RNA测序数据,图像数据(免疫荧光、血管成像) | 一个先天性白内障家系中的多名成员及斑马鱼胚胎(具体数量未明确) | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞RNA测序在斑马鱼48小时受精卵阶段进行 |
| 723 | 2026-04-25 |
High ALG1 Expression Is Correlated With Poor Prognosis and the Immune Microenvironment in Glioma
2026-Apr, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71142
PMID:42002825
|
研究论文 | 本研究探讨ALG1在胶质瘤中的表达及其临床意义,发现ALG1高表达与不良预后和免疫微环境改变相关 | 首次系统揭示ALG1在胶质瘤中的过表达及其通过促进细胞迁移、调控上皮间充质转化和改变免疫抑制微环境促进肿瘤恶性的机制 | 未提及具体局限性 | 探究ALG1在胶质瘤中的表达模式、预后价值及其与免疫微环境的关系 | ALG1基因在胶质瘤中的表达和功能 | 机器学习 | 胶质瘤 | RNA-seq, RT-qPCR, Western blotting, 免疫组化/免疫荧光, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 临床样本数据 | TCGA和CGGA数据库中的胶质瘤样本,以及临床样本 | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | TCGA和CGGA数据库来源的转录组测序数据,具体平台细节未明确 |
| 724 | 2026-04-25 |
M6A demethylase ALKBH5 mediated Igfbp4 mRNA m6A modification drives fibroblast activation and pathological upper airway fibrosis
2026-Apr, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70656
PMID:42015658
|
研究论文 | 发现M6A去甲基化酶ALKBH5通过介导Igfbp4 mRNA的m6A修饰驱动成纤维细胞活化和上气道病理性纤维化 | 首次阐明ALKBH5-IGFBP4调控轴在喉气管狭窄中驱动成纤维细胞活化和气道纤维化的作用机制 | NA | 探究ALKBH5在喉气管狭窄中对成纤维细胞活化和纤维化的作用及其分子机制 | 喉气管狭窄大鼠模型及成纤维细胞 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序, RNA测序, MeRIP测序, RNA免疫沉淀定量PCR, 双荧光素酶报告实验 | NA | 基因表达数据 | 喉气管狭窄大鼠模型及体外细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序, 标准RNA测序, MeRIP测序 | NA | NA |
| 725 | 2026-04-25 |
Cellular stress-induced eccrine gland dysfunction as a potential mechanism in acquired idiopathic generalized anhidrosis
2026-Apr-01, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2026.03.022
PMID:41933877
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研究论文 | 通过组织学和单细胞RNA测序分析,探究获得性特发性全身性无汗症(AIGA)的发病机制及糖皮质激素脉冲疗法的治疗作用 | 首次发现未折叠蛋白反应相关的细胞应激导致外泌腺功能障碍是AIGA的潜在发病机制,并阐明糖皮质激素脉冲疗法通过减轻细胞应激而非仅靠免疫抑制发挥作用 | 样本量较小,仅对少数病例进行详细分析;缺乏功能性验证实验 | 阐明获得性特发性全身性无汗症的潜在机制及糖皮质激素脉冲疗法的作用原理 | 获得性特发性全身性无汗症(AIGA)患者的皮肤病变组织 | 数字病理学 | 获得性特发性全身性无汗症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组织化学 | NA | 基因表达数据、组织病理图像 | 多例AIGA患者的皮肤样本,具体数量未说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 726 | 2026-04-25 |
Decoding NK Cell Subset Dysregulation in SARS-CoV-2 Infection: Phenotypic, Functional, and Transcriptomic Insights Into COVID-19 Pathogenesis
2026-Apr, Scandinavian journal of immunology
IF:4.1Q2
DOI:10.1111/sji.70115
PMID:41981866
|
综述 | 综述了SARS-CoV-2感染中NK细胞亚群的表型、功能和转录组学失调及其在COVID-19发病机制中的作用 | 整合多组学和表型方法,全面解析NK细胞亚群失调与疾病严重程度的关联,并提出潜在生物标志物和治疗靶点 | 未提供原始实验数据,可能依赖已有研究的局限性,如样本异质性和技术差异 | 阐明SARS-CoV-2感染中NK细胞亚群的失调机制及其在COVID-19免疫病理学中的作用 | 自然杀伤细胞(NK细胞)亚群 | 数字病理学 | 新型冠状病毒肺炎 | 流式细胞术,单细胞RNA测序 | 不适用 | 基因表达数据 | 不适用 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 727 | 2026-04-25 |
Cell type-specific inflammatory response of ischemia-reperfusion injury in lung transplantation
2026-Mar-30, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
IF:8.9Q1
DOI:10.1016/j.ajt.2026.02.007
PMID:41921751
|
综述 | 本文以细胞类型特异性方式综述了肺移植中缺血再灌注损伤的炎症反应机制,重点关注基础研究发现向临床应用的转化 | 首次从细胞类型特异性角度系统梳理肺移植缺血再灌注损伤中多种细胞类型(肺泡巨噬细胞、肺上皮细胞、内皮细胞等)的炎症调控机制,并整合转录组学、代谢组学和单细胞RNA测序等新技术带来的动态基因表达与代谢变化新见解 | 未明确讨论不同细胞类型间交叉调控网络的复杂性以及现有治疗方法的具体局限性 | 总结肺移植缺血再灌注损伤的细胞特异性炎症机制,促进基础发现向改善移植预后的临床转化 | 肺移植缺血再灌注损伤中的肺泡巨噬细胞、中性粒细胞、单核细胞、淋巴细胞、肺上皮细胞、内皮细胞和免疫抑制细胞 | 数字病理学 | 肺移植缺血再灌注损伤 | 转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序 | 不适用 | 文本 | 不适用 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 728 | 2026-04-25 |
Comprehensive bioinformatics analysis and experimental validation reveal the role of circadian rhythm-related genes in the crosstalk between osteoporosis and atherosclerosis
2026-Mar-27, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-026-10216-5
PMID:41896290
|
研究论文 | 通过综合分析生物信息学和实验验证,揭示昼夜节律相关基因在骨质疏松与动脉粥样硬化共病中的关键作用 | 首次鉴定出AEBP1作为骨质疏松和动脉粥样硬化共病的关键共享标志基因,并揭示昼夜节律在骨髓基质细胞和血管平滑肌细胞中的调控机制 | 尚需进一步验证AEBP1作为治疗靶点的具体功能机制,且动物模型可能不完全模拟人类疾病复杂性 | 探索骨质疏松和动脉粥样硬化共存的共享标志基因及细胞机制 | 骨质疏松和动脉粥样硬化相关的单细胞RNA测序数据和mRNA表达谱,自然衰老小鼠和腺嘌呤诱导小鼠模型 | 生物信息学 | 骨质疏松, 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序, mRNA表达谱分析 | hdWGCNA, AUCell | 基因表达数据 | 人类骨髓样本(9种细胞系17个亚群)和颈动脉样本(6种细胞系18个亚群),小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 729 | 2026-04-25 |
Scalable nonparametric clustering with unified marker gene selection for single-cell RNA-seq data
2026-Mar-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101329
PMID:41825449
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研究论文 | 提出一种可扩展的非参数聚类方法NCLUSION,用于单细胞RNA-seq数据的统一标记基因选择与聚类分析 | 利用贝叶斯稀疏先验的非参数无限混合模型,同时实现标记基因识别和聚类,并采用变分推理算法支持百万级细胞规模 | 未明确说明局限性,但可能依赖公开数据集验证,需进一步评估在多样化样本中的泛化能力 | 开发一种无需用户预定义参数的聚类方法,以鲁棒统计方式同时识别标记基因并降低假发现率 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 非参数无限混合模型 | 基因表达数据 | 模拟数据及公开scRNA-seq数据集(未提供具体数量) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 730 | 2026-04-25 |
Interpretable learning of temporal cellular dynamics from single-cell data
2026-Mar-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101342
PMID:41875867
|
研究论文 | 提出NeuroVelo方法,通过结合最优线性投影和非线性神经常微分方程,从静态单细胞转录组数据中重建时间细胞动态 | 将动力学系统理论应用于优化潜在空间,同时确定细胞转变和识别驱动基因表达时间动态的基因相互作用 | 未提及明确局限性 | 从静态单细胞数据中重建时间细胞动态并识别驱动细胞命运的基因调控网络 | 单细胞转录组数据中的细胞动态变化 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 神经常微分方程 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序(single-cell RNA-seq) | NA | NA |
| 731 | 2026-04-25 |
Comparative analysis of nuclei isolation methods for brain single-nucleus RNA sequencing
2026-Mar-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101337
PMID:41875869
|
研究论文 | 比较三种不同的细胞核分离方法在脑组织单细胞核RNA测序中的效果 | 首次系统评估不同细胞核分离策略对核完整性和snRNA-seq数据质量的影响,填补了该领域的方法学空白 | 仅针对脑组织进行测试,其他组织类型的适用性尚需验证 | 评估不同细胞核分离方法对snRNA-seq数据质量的影响 | 脑组织中的细胞核 | 数字病理学 | 未指定 | 单细胞核RNA测序 | 未指定 | RNA测序数据 | 未详细说明 | 未指定 | 单细胞核RNA测序 | 未指定 | 未指定 |
| 732 | 2026-04-25 |
From a Multi-Omics Signature to a Therapeutic Candidate: Computational Prediction and Experimental Validation in Liver Fibrosis
2026-Mar-17, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph19030495
PMID:41901341
|
研究论文 | 通过多组学特征开发肝纤维化进展标志物,并验证候选药物Withaferin A的抗纤维化活性 | 提出了一个跨病因稳健的六基因肝纤维化进展标志物,结合单细胞RNA测序和药物重定位方法发现并验证了Withaferin A的抗纤维化作用 | 研究仅基于公开数据集和动物模型验证,缺乏大样本临床队列的进一步评估 | 开发跨病因的肝纤维化进展预测标志物并发现潜在治疗药物 | 肝纤维化患者样本、小鼠模型及肝星状细胞系LX-2 | 计算机视觉 | 肝纤维化 | RNA-seq, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 机器学习 | 随机森林, XGBoost, LASSO, Boruta | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 训练队列368例,外部验证队列4个独立数据集,共涉及数百例样本;动物实验使用CCl4诱导小鼠模型 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 733 | 2026-03-18 |
A cross-scale multimodal framework identifies clinically actionable immunotherapy biomarkers in melanoma through bulk to single-cell and spatial transcriptomics integration
2026-Mar-16, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-026-00919-w
PMID:41840725
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 734 | 2026-04-25 |
Identification of a putative progenitor-like chondrocyte subpopulation in osteoarthritic human cartilage
2026-Mar-14, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-026-04969-8
PMID:41827033
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示骨关节炎软骨中一种疑似祖细胞样软骨细胞亚群 | 首次在骨关节炎软骨中鉴定出一个表达祖细胞相关基因特征的软骨细胞亚群(PLC),并基于伪时间轨迹分析推测其处于分化层次的上游位置 | 功能性验证和空间定位验证仍需进一步开展,当前结论基于转录组推断 | 解析骨关节炎软骨的单细胞转录组图谱并鉴定具有再生潜能的祖细胞样软骨细胞亚群 | 6名终末期骨关节炎患者的膝关节软骨细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6名终末期骨关节炎患者,约14,000个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞RNA测序(10x Chromium平台) |
| 735 | 2026-04-25 |
Integrated transcriptomics and single-cell analysis identify ITGAX⁺ macrophages as key immunosuppressive factors in the prostate cancer tumor microenvironment
2026-Mar-13, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04737-3
PMID:41824168
|
研究论文 | 整合转录组学和单细胞分析揭示ITGAX+巨噬细胞是前列腺癌肿瘤微环境中的关键免疫抑制因子 | 首次通过整合TCGA转录组数据和单细胞RNA测序,鉴定出ITGAX+巨噬细胞在前列腺癌中作为关键免疫抑制因子,并揭示其与T细胞的抑制性相互作用 | 基于单一TCGA队列,缺乏独立的外部验证;还需要进一步的功能实验验证ITGAX+巨噬细胞的免疫抑制机制 | 识别前列腺癌肿瘤微环境中新的生物标志物,并阐明其免疫调控机制 | 前列腺癌患者肿瘤样本(499例肿瘤和52例正常前列腺样本) | 数字病理学 | 前列腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 499例肿瘤样本和52例正常前列腺样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 736 | 2026-04-25 |
Single-cell transcriptomics reveals lipid metabolism reprogramming in macrophages in vitro during early stages of Leishmania donovani infection
2026-Mar-13, Parasites & vectors
IF:3.0Q1
DOI:10.1186/s13071-026-07361-w
PMID:41827050
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研究论文 | 利用单细胞转录组测序技术分析杜氏利什曼原虫感染早期巨噬细胞的脂质代谢重编程 | 首次在单细胞水平揭示杜氏利什曼原虫感染早期巨噬细胞中Fabp4/Cd36脂质代谢通路的激活以及衰老相关基因的诱导,并发现M2型巨噬细胞更有利于寄生虫生存 | 论文摘要未提及具体局限性 | 探索杜氏利什曼原虫感染巨噬细胞的发病机制 | 小鼠巨噬细胞 | NA | 内脏利什曼病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠巨噬细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 737 | 2026-04-25 |
Subtype specific immune-metabolic reprogramming in preeclampsia revealed by multiomics and serum biomarkers
2026-03, Hypertension research : official journal of the Japanese Society of Hypertension
IF:4.3Q1
DOI:10.1038/s41440-025-02504-5
PMID:41419624
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研究论文 | 该研究整合单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学分析早发型和晚发型子痫前期的胎盘免疫-代谢重编程,并鉴定出早期妊娠血清标志物 | 首次同时整合胎盘单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学揭示子痫前期两种亚型(早发与晚发)的特异性免疫-代谢重编程机制,并基于前瞻性队列发现三种早期妊娠血清代谢物可实现早发型子痫前期的有效预测 | 未明确说明研究局限性 | 解析早发型与晚发型子痫前期在细胞水平、转录组和代谢组的差异驱动因素,并探索早期妊娠血清标志物 | 人类胎盘组织及母体血清样本 | 机器 | 子痫前期 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 空间代谢组学, 血清代谢组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间转录组数据, 代谢物丰度数据 | 199例妊娠前瞻性队列(包括子痫前期患者和匹配对照) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 空间代谢组学, 血清代谢组学 | NA | NA |
| 738 | 2026-04-25 |
Reconstructing multi-scale tissue spatial architecture from single-cell RNA-seq with REMAP
2026-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.21.707167
PMID:41756915
|
研究论文 | 提出了REMAP,一种利用深度学习的框架,通过整合基因表达与邻域级基因-基因协方差,从单细胞RNA-seq数据重建多尺度组织空间结构 | 首次通过结合基因表达与邻域级基因-基因协方差,实现单细胞数据到多尺度空间组织的重建,并应用于多种生物系统 | NA | 开发一种方法将单细胞转录组数据转化为具有空间可解释性的组织图谱,以理解细胞的空间组织 | 小鼠大脑、人类胎儿皮层、七种人类癌症类型以及人类多发性硬化症图谱中的细胞 | 机器学习 | 癌症,多发性硬化症 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 深度学习 | 基因表达数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 739 | 2026-04-25 |
scChat: A Large Language Model-Powered Co-Pilot for Contextualized Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2026-Feb-11, AIChE journal. American Institute of Chemical Engineers
DOI:10.1002/aic.70285
PMID:41959856
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研究论文 | scChat是一种由大型语言模型驱动的协同助手,用于情境化单细胞RNA测序分析,兼顾定量算法与推理能力 | 首次将大型语言模型作为互动推理框架集成到单细胞RNA测序分析中,结合检索增强生成与多智能体架构,支持假设验证、机制解释和实验设计,超越了传统仅做细胞类型注释或富集分析的局限 | 未提及具体限制,但可能受限于大型语言模型的幻觉问题或对特定领域的泛化能力 | 增强单细胞RNA测序分析的可解释性,将数据驱动方法转变为结合研究情境的推理型框架 | 单细胞RNA测序数据及其分析流程 | 自然语言处理 | NA | RNA-seq | 大型语言模型 | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 740 | 2026-04-25 |
Single-cell transcriptomics reveals the impact of sex and age in the healthy human liver
2026-Feb-11, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2026.101773
PMID:41990579
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研究论文 | 通过单核RNA测序分析37份健康肝脏样本,揭示性别和年龄对肝脏细胞基因表达及功能的影响 | 首次系统描绘健康肝脏中性别和年龄驱动的细胞类型特异性基因表达、信号通路及细胞通讯差异 | 未提供明确的局限性描述,但可能包括样本量有限、缺少祖先/地理背景或疾病状态对比 | 探究性别和年龄如何影响健康肝脏中不同细胞类型的基因表达和细胞功能 | 37份健康肝脏样本,包含女性和男性供体,覆盖超过七十年生命周期 | 单细胞转录组学 | NA | 单核RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 37份健康人类肝脏样本 | NA | 单核RNA-seq | NA | NA |