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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 721 | 2026-03-25 |
kUncited referencesCo-localization analysis of spatial transcriptomics in ligand-receptor pairs from tumor microenvironment
2026-Mar-21, Critical reviews in oncology/hematology
DOI:10.1016/j.critrevonc.2026.105288
PMID:41871724
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综述 | 本文综述了基于空间转录组学的共定位分析在肿瘤微环境中配体-受体对研究中的应用、计算方法和未来前景 | 系统性地整合了空间原位信息以提升配体-受体对分析的准确性,并探讨了人工智能技术在该领域的应用潜力 | 作为一篇综述文章,未提出新的实验方法或模型,主要基于现有文献进行总结和展望 | 探讨空间转录组学共定位分析在识别肿瘤微环境中细胞间相互作用(特别是配体-受体对)中的应用价值 | 肿瘤微环境中的细胞间相互作用及配体-受体对 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 722 | 2026-03-25 |
Human Single-cell Atlas Analysis Reveals Heterogeneous Endothelial Signaling
2026-Mar-20, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzag025
PMID:41863304
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研究论文 | 本研究通过整合超过三百万个单细胞RNA-seq数据,系统分析了15种人体组织中内皮细胞的异质性及其在细胞间通讯中的作用 | 首次在血管类型和组织微环境的双重背景下,系统研究内皮细胞异质性,并利用主题建模识别了组织特异性的细胞间通讯模式 | 研究依赖于现有单细胞RNA-seq数据集,可能受数据质量和覆盖范围的限制,且未进行实验验证 | 探究内皮细胞在不同组织和血管类型中的异质性及其微环境调控机制 | 人体15种组织中的内皮细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA-seq | 主题建模 | 单细胞RNA-seq数据 | 超过三百万个单细胞,来自15种人体组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 723 | 2026-03-25 |
Gene regulatory network determinants of rapid recall in human memory CD4+ T cells
2026-Mar-20, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117103
PMID:41865369
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研究论文 | 本文利用单核多组学测序技术,研究了人类记忆CD4+ T细胞快速回忆反应的基因调控网络机制 | 首次结合单核多组学测序(基因表达与染色质可及性)来动态分析CD4 T细胞激活响应,并识别出记忆相关转录因子(如MAF、PRDM1、RUNX2、SMAD3和KLF6)在快速回忆中的调控作用 | 未在摘要中明确提及具体局限性 | 探究人类记忆CD4+ T细胞快速回忆反应的基因调控网络决定因素 | 人类记忆CD4+ T细胞 | 单细胞组学 | 免疫介导疾病 | 单核多组学测序(基因表达与染色质可及性)、染色质免疫沉淀测序、单细胞RNA测序 | 基因调控网络重建 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单核多组学测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 724 | 2026-03-25 |
Single-cell RNA sequencing reveals the characteristics of porcine viral diseases, development, and immune repertoires: Current status and challenges
2026-Mar-20, Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases
DOI:10.1016/j.meegid.2026.105929
PMID:41865947
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综述 | 本文系统综述了单细胞RNA测序技术在猪研究中的应用进展,包括解码疾病机制、探索发育生物学和分析免疫学特征,并讨论了该技术面临的挑战与未来应用前景 | 首次系统性地从疾病机制、发育生物学和免疫学特征三个维度综述了scRNA-seq技术在猪研究中的应用,并分析了该领域特有的技术挑战(如猪参考基因组注释不完整) | 本文为综述文章,未涉及原始实验数据;技术挑战部分主要基于现有文献分析,未提出具体解决方案 | 总结scRNA-seq技术在猪病毒性疾病、发育和免疫研究中的应用现状,分析技术挑战并展望未来应用前景 | 猪(作为农业经济动物和人类疾病模型) | 单细胞组学 | 病毒性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 725 | 2026-03-25 |
Heterogeneity of lymphoid cells in PBMCs in the acute phase of SFTS: Single-cell transcriptome profiling
2026-Mar-19, Journal of biomedical research
IF:2.2Q3
DOI:10.7555/JBR.39.20250250
PMID:40685857
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和生物信息学分析,探讨了SFTS急性期淋巴细胞功能异常的机制以及糖皮质激素治疗对淋巴样细胞的影响 | 首次在SFTS急性期患者中应用单细胞转录组测序技术,系统性地揭示了淋巴样细胞的异质性及其在疾病进程中的作用,并评估了糖皮质激素治疗的免疫调节效果 | 样本量较小(仅16名参与者),且研究设计为观察性,未能进行随机对照试验以验证糖皮质激素治疗的最佳方案 | 阐明SFTS急性期免疫功能障碍的机制,并评估糖皮质激素治疗对淋巴样细胞功能的影响 | 健康志愿者和急性SFTS患者的外周血单个核细胞中的淋巴样细胞 | 数字病理学 | 病毒感染性疾病 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 16名参与者(3名健康志愿者和13名急性SFTS患者) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 捕获mRNA的3'端转录本 |
| 726 | 2026-03-25 |
IFN-I-Mediated Transcriptional Reprogramming Drives Myeloid-Skewed Hematopoiesis in Sickle Cell Anemia
2026-Mar-19, American journal of hematology
IF:10.1Q1
DOI:10.1002/ajh.70277
PMID:41853894
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能实验,揭示了镰状细胞贫血中I型干扰素信号驱动造血干细胞向髓系分化的转录重编程机制 | 首次发现镰状细胞贫血中I型干扰素信号异常激活导致造血干细胞转录重编程,并揭示其对G-CSF的意外响应性 | 研究主要基于体外实验和单细胞测序数据,体内验证和临床转化仍需进一步探索 | 阐明镰状细胞贫血中病理性髓系生成和慢性炎症的内在机制 | 镰状细胞贫血患者的造血干细胞和多能祖细胞 | 单细胞组学 | 镰状细胞贫血 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 727 | 2026-03-20 |
Single-cell RNA sequencing uncovers neutrophil clusters associated with autoimmune neuroinflammation
2026-Mar-18, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03772-9
PMID:41851894
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 728 | 2026-03-25 |
Integrated single-cell and spatial analysis reveals context-dependent myeloid-T cell interactions in response to immune checkpoint blockade in head and neck cancer
2026-Mar-16, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-2300
PMID:41837744
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间组学数据,系统评估了头颈癌患者在接受免疫检查点阻断治疗后的肿瘤浸润免疫细胞间相互作用 | 结合Visium空间转录组学和CosMx SMI单细胞空间组学技术,首次揭示了头颈癌中髓系细胞与T细胞相互作用的上下文依赖性,并识别了新的ICB响应标记物 | 样本量相对有限(23例单细胞数据,8例空间数据),且主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 评估头颈癌患者免疫检查点阻断治疗后的细胞间相互作用,以识别响应标记物和治疗靶点 | 头颈鳞状细胞癌患者的肿瘤浸润免疫细胞 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 | 生物信息学分析 | 单细胞RNA和蛋白质数据, 空间RNA-seq数据 | 23例患者的522,399个单细胞,以及8例接受ICB治疗患者的空间RNA-seq数据 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学, 单细胞空间组学 | 10x Visium, CosMx SMI | Visium spot-based空间转录组学, CosMx SMI单细胞空间组学(包含64-plex蛋白质面板和1000基因RNA面板) |
| 729 | 2026-03-25 |
Size-Modulated Mesoderm-Endoderm Divergence and Myocardial Cavitation in Micropatterned Cardioids
2026-Mar-16, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202515661
PMID:41837870
|
研究论文 | 本研究利用微图案化心脏类器官、CRISPR工程报告hiPSCs、深层组织成像和单细胞RNA测序,探索了中胚层-内胚层协同发育,揭示了尺寸调控对细胞组成、类器官腔化及信号互作的影响 | 整合微图案化心脏类器官与scRNA-seq技术,首次系统解析中胚层-内胚层互作在心脏发育中的协同作用,并发现微图案尺寸可调控类器官腔化模拟早期心腔形成 | 研究基于体外类器官模型,可能无法完全模拟体内胚胎发育的复杂微环境;scRNA-seq数据仅提供静态转录组快照 | 探究中胚层与内胚层在早期心脏发育中的协同发育机制及信号互作 | 人类诱导多能干细胞(hiPSCs)衍生的微图案化心脏类器官 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR基因编辑、深层组织成像 | 微图案化心脏类器官模型 | 单细胞转录组数据、成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 730 | 2026-03-25 |
Selective Impact on Regulatory T cell with Sustained Functional Phenotype by the IL-2 Mutein VIS171 in a Nonhuman Primate Model
2026-Mar-16, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
IF:8.9Q1
DOI:10.1016/j.ajt.2026.03.007
PMID:41850490
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研究论文 | 本研究评估了IL-2突变体VIS171在非人灵长类动物模型中,与雷帕霉素联用,选择性扩增调节性T细胞(Tregs)并维持其功能表型的能力 | VIS171被设计为延长半衰期并增强对高表达三聚体IL-2受体的Tregs的选择性结合和扩增,结合雷帕霉素使用,在非人灵长类模型中实现了对Tregs的稳健、选择性和持久性扩增,同时不影响细胞毒性T淋巴细胞(CTLs) | 研究仅基于非人灵长类动物模型,未涉及人类临床试验,且样本量有限,长期效应和安全性需进一步验证 | 评估VIS171在非人灵长类动物中扩增Tregs并增强移植耐受性的策略 | 非人灵长类动物(恒河猴)的免疫细胞群体,特别是调节性T细胞(Tregs) | 免疫学 | 移植耐受 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 731 | 2026-03-25 |
Unannotated noncoding transcripts as a source of intratumor heterogeneity in malignant cell states
2026-Mar-16, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-025-3273-6
PMID:41870780
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA-seq数据,发现未注释的非编码转录本作为恶性细胞状态中肿瘤内异质性的来源 | 首次鉴定出数千个代表未注释转录本3'末端的poly(A)位点峰,并揭示其表达与恶性细胞状态的广泛关联,提出表观遗传激活这些转录本是肿瘤内异质性的新机制 | 研究主要基于3'标签单细胞RNA-seq数据,可能未全面覆盖所有转录本类型;功能实验仅针对两个非编码UPTs进行验证,需进一步扩展 | 探究肿瘤内异质性的分子机制,特别是未注释非编码转录本在恶性细胞状态多样性中的作用 | 12种常见癌症类型的单细胞RNA-seq数据,包括肺癌细胞系和肿瘤样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq, 多组学数据整合 | NA | 单细胞RNA-seq数据, 多组学数据 | 覆盖12种常见癌症类型的单细胞RNA-seq队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 3'标签单细胞RNA-seq |
| 732 | 2026-03-25 |
IDH2 Clonal Hematopoiesis and IKAROS Loss Cooperate in a B-ALL Subtype after Lenalidomide Therapy for Multiple Myeloma
2026-03-13, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025031047
PMID:41824395
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研究论文 | 本研究对来那度胺治疗多发性骨髓瘤后相关的B细胞前体急性淋巴细胞白血病(LenB-ALL)进行了全面的分子特征分析,揭示了其独特的分子亚型 | 首次系统性地定义了IDH2突变型LenB-ALL这一独特的分子亚型,并揭示了来那度胺通过促进IDH2突变克隆性造血和下调IKAROS表达,协同导致B细胞前体阶段成熟停滞的发病机制 | 样本量相对有限(57例患者),且为观察性研究,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 阐明来那度胺治疗多发性骨髓瘤后诱发继发性B-ALL的分子机制和特征 | 57例来那度胺相关B-ALL(LenB-ALL)患者 | 血液肿瘤学 | B细胞急性淋巴细胞白血病,多发性骨髓瘤 | 荧光激活细胞分选,单细胞RNA测序,转录组分析,DNA甲基化分析 | NA | 基因组数据,转录组数据,表观遗传数据,单细胞数据 | 57例LenB-ALL患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 733 | 2026-03-25 |
Spatial transcriptomics reveals altered communities and drivers of aberrant epithelia and pro-fibrotic fibroblasts in interstitial lung diseases
2026-Mar-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.101066
PMID:41576947
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研究论文 | 本研究利用单核RNA测序和空间转录组学技术,揭示了间质性肺疾病中远端肺的细胞网络变化,并识别了纤维化过程中的关键分子驱动因素 | 通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据,首次全面描绘了间质性肺疾病中远端肺的细胞网络变化,并识别了异常上皮细胞和促纤维化成纤维细胞共定位的致病生态位 | NA | 探究间质性肺疾病中肺纤维化的细胞和分子机制 | 间质性肺疾病患者的远端肺组织 | 空间转录组学 | 间质性肺疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 734 | 2026-03-25 |
AGPAT3 reshapes tumor cell vulnerability to IFNγ-mediated ferroptosis and enhances immunotherapy efficacy through lipid remodeling
2026-Mar-10, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013305
PMID:41807033
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研究论文 | 本研究揭示了IFN-γ通过IRF1上调AGPAT3表达,驱动脂质重塑并增强肿瘤细胞对铁死亡的敏感性,从而提升免疫检查点抑制剂疗效 | 首次发现IFN-γ-IRF1-AGPAT3轴通过脂质重塑调控铁死亡敏感性,并构建了基于铁死亡相关基因的机器学习模型预测免疫治疗反应 | 未明确AGPAT3在不同肿瘤类型中的普适性,且临床样本验证需进一步扩大 | 探究铁死亡在增强免疫检查点抑制剂疗效中的作用机制 | 肿瘤细胞、单细胞RNA测序数据集、临床患者样本 | 机器学习 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序、脂质组学、转录组学、ChIP-seq、CUT&Tag分析 | 机器学习预测模型 | 基因表达数据、脂质组数据、转录组数据 | 大规模单细胞RNA测序数据集及临床患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 735 | 2026-03-25 |
scGPT: end-to-end protocol for fine-tuned retinal cell type annotation
2026-03, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01220-1
PMID:40665101
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研究论文 | 本文提供了一个针对单细胞RNA测序数据中细胞类型分类的scGPT模型微调完整指南 | 提出了一套端到端的scGPT微调协议,实现了自动化数据处理、模型微调和评估,并在视网膜数据集上达到99.5%的F1分数 | 需要用户具备基本的生物信息学知识,对Python和Linux有最低要求 | 解决单细胞研究中高分辨率细胞类型注释的挑战,特别是针对大规模数据集和罕见细胞群体 | 单细胞RNA测序数据中的视网膜细胞类型 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer (scGPT) | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 736 | 2026-03-25 |
An integrative multi-omics study reveals glutamine metabolism dysregulation connecting Alzheimer's disease and age-related macular degeneration
2026-Mar, Journal of Alzheimer's disease : JAD
DOI:10.1177/13872877261418263
PMID:41603341
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研究论文 | 本研究采用整合多组学策略,揭示了谷氨酰胺代谢失调是连接阿尔茨海默病和年龄相关性黄斑变性的共同机制 | 首次通过整合孟德尔随机化、转录组学和靶向代谢组学,系统性地揭示了AD与AMD之间共享的谷氨酰胺代谢通路异常 | 研究主要基于动物模型(APP/PS1小鼠)和遗传推断数据,需要在人类临床样本中进行进一步验证 | 探索阿尔茨海默病与年龄相关性黄斑变性之间的共享代谢特征和通路 | 阿尔茨海默病(AD)和年龄相关性黄斑变性(AMD)两种神经退行性疾病 | 多组学整合分析 | 阿尔茨海默病, 年龄相关性黄斑变性 | 孟德尔随机化, 转录组学, 单细胞RNA测序, 靶向代谢组学 | 孟德尔随机化模型, 差异表达分析 | 遗传数据, 转录组数据, 代谢组数据 | APP/PS1小鼠模型(5月龄) | NA | 单细胞RNA-seq, 靶向代谢组学 | NA | NA |
| 737 | 2026-03-25 |
Integrating Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Reveals Ischemic Injury Promoting Polyomavirus Replication by DNA Damage Response
2026-Mar, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70854
PMID:41744079
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,揭示了缺血性损伤通过激活DNA损伤应答通路促进多瘤病毒复制的分子机制,并鉴定出CDK1为关键枢纽基因 | 首次结合单细胞与批量转录组数据,系统解析缺血性损伤促进BK多瘤病毒复制的分子通路,并跨物种验证CDK1的关键作用 | 研究主要基于测序数据的生物信息学分析,实验验证部分仅限于细胞水平的siRNA敲降,缺乏动物模型或临床样本的进一步验证 | 阐明缺血性损伤促进BK多瘤病毒复制的分子机制,寻找关键调控通路和基因 | BK多瘤病毒(BKPyV)及其在肾移植患者中的再激活机制 | 生物信息学 | 肾移植相关病毒感染 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,siRNA敲降实验 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 738 | 2026-03-25 |
Systems Biology of Metabolic Dysregulation in Ankylosing Spondylitis Using scRNA-Seq Data
2026-Mar, Omics : a journal of integrative biology
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/15578100261424002
PMID:41841316
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据,通过构建基因组尺度代谢模型,分析了强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞的代谢失调,并识别了关键的蛋白质相互作用网络重连 | 整合单细胞RNA测序与基因组尺度代谢模型,首次在强直性脊柱炎中系统量化免疫细胞类型的代谢通路活性和反应通量差异,并识别了跨细胞类型的重连蛋白质枢纽 | 研究基于外周血单个核细胞,可能无法完全反映疾病在关节等靶组织中的局部代谢变化,且样本量未明确说明 | 揭示强直性脊柱炎的免疫细胞代谢重编程机制,以发现转化治疗靶点和生物标志物 | 强直性脊柱炎患者和健康对照的外周血单个核细胞,包括CD14单核细胞、CD4记忆T细胞、CD4初始T细胞和CD8 T细胞等免疫细胞亚型 | 系统生物学 | 强直性脊柱炎 | 单细胞RNA测序 | 基因组尺度代谢模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 739 | 2026-03-25 |
Old Blood, Young Bones: Identification of Middle-Aged Myeloid Cells That Limit Cortical Bone Loss
2026-Mar, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.71094
PMID:41873045
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研究论文 | 本研究通过骨髓移植实验和单细胞RNA测序分析,揭示了中年小鼠骨髓中CD11BCD36髓系细胞通过分泌Wnt配体(特别是Wnt6)增强皮质骨形成的机制 | 首次识别出中年骨髓中CD11BCD36髓系细胞作为促进皮质骨合成的关键细胞群,并发现其通过Wnt6信号通路发挥作用,这一发现在人类骨髓中同样适用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;未详细探讨中年髓系细胞在其他骨骼部位或疾病状态下的作用 | 探究中年阶段骨髓细胞对皮质骨流失的调控机制 | 8周和40周龄小鼠的骨髓细胞,以及人类骨髓样本 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq),流式细胞术,显微CT分析,谱系追踪实验 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据,流式细胞数据 | 使用8周和40周龄小鼠进行骨髓移植实验,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 740 | 2026-03-25 |
Unraveling the tapestry: Lessons from multi-omics and spatial biology in hepatocellular cancer
2026-Feb-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001716
PMID:41678777
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综述 | 本文综述了空间组学技术在肝细胞癌研究中的应用进展,探讨了肿瘤微环境的空间结构如何影响疾病进展和治疗反应 | 整合了多种空间组学技术(转录组、蛋白质组、基因组、表观基因组、代谢组)来解析肝细胞癌的肿瘤微环境空间结构,揭示了传统批量或单细胞分析无法发现的细胞间通讯网络 | NA | 总结空间组学技术在肝细胞癌研究中的最新进展,探讨其转化应用前景 | 肝细胞癌的肿瘤微环境空间结构 | 空间生物学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、空间基因组学、空间表观基因组学、空间代谢组学 | NA | 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 空间基因组学, 空间表观基因组学, 空间代谢组学 | NA | NA |