单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2025-05-25	Angiopoietin-TIE2 feedforward circuit promotes PIK3CA-driven venous malformations 2025-May-23, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00655-9 PMID:40410415	研究论文	本文揭示了静脉畸形（VMs）中PI3Kα-TIE2信号环路的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	发现了PI3K-FOXO1-ANGPT-TIE2信号环路在PIK3CA相关静脉畸形中的核心驱动作用，并验证了TIE2作为治疗靶点的有效性	mTOR阻断对晚期静脉畸形的治疗效果有限	探究PIK3CA突变导致的静脉畸形的发病机制并寻找潜在治疗靶点	PIK3CA突变导致的静脉畸形	血管生物学	静脉畸形	单细胞转录组学、谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	小鼠和人类静脉畸形样本
722	2025-05-25	Confronting the challenge of cell segmentation in spatial transcriptomics 2025-May-23, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02717-z PMID:40410420	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
723	2025-05-25	Integrated analyses reveal CXCL11 as an inhibitor in ovarian cancer and its facilitation of an M1 macrophage switch via the JAK2/STAT1 pathway 2025-May-22, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114900 PMID:40409100	研究论文	本文通过整合分析揭示了CXCL11在卵巢癌中的抑制作用及其通过JAK2/STAT1通路促进M1巨噬细胞极化的机制	首次系统性地鉴定了M1巨噬细胞相关分子在卵巢癌中的预后意义，并发现CXCL11作为核心生物标志物具有双重功能	研究主要基于生物信息学分析和体外功能实验，缺乏体内实验验证	深入理解M1样肿瘤相关巨噬细胞在卵巢癌中的积极作用并寻找可靠的疾病进展风险分层生物标志物	卵巢癌(OC)及其肿瘤微环境中的M1样肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量转录组数据分析、生物信息学分析、体外功能实验	NA	RNA测序数据	NA
724	2025-05-25	Eleutheroside A inhibits PI3K/AKT1/mTOR-mediated glycolysis in MDSCs to alleviate their immunosuppressive function in gastric cancer 2025-May-22, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114907 PMID:40409102	研究论文	研究探讨了刺五加苷A（EA）通过抑制PI3K/AKT1/mTOR信号通路和HIF-1α介导的糖酵解，减轻髓源性抑制细胞（MDSCs）在胃癌中的免疫抑制功能	首次揭示EA通过调控PI3K/AKT1/mTOR信号通路和糖酵解影响MDSCs的免疫抑制功能，为胃癌免疫治疗提供新策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证EA的疗效和安全性	探究EA对胃癌免疫微环境中MDSCs免疫抑制功能的调控机制	胃癌小鼠模型、MDSCs、CD4+/CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	流式细胞术、免疫荧光、bulk RNA-seq、scRNA-seq、网络药理学分析、分子对接、表面等离子共振（SPR）、Seahorse能量代谢分析	皮下胃癌小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质互作数据、分子对接数据	未明确说明具体样本数量，但使用了TCGA数据库和两个scRNA-seq数据集（GSE183904和GSE150290）
725	2025-05-25	Spatial multiomics decipher fibroblast-macrophage dynamics in systemic sclerosis 2025-May-22, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.04.025 PMID:40410053	研究论文	本研究通过空间多组学技术揭示了系统性硬化症中成纤维细胞与巨噬细胞的动态相互作用	首次系统性描绘了系统性硬化症皮肤组织中成纤维细胞与巨噬细胞的空间调控网络，并发现ACKR3在肌成纤维细胞前体中的选择性表达机制	样本量相对有限（14例皮肤活检），且部分发现仅在动物模型中验证	解析系统性硬化症的纤维化微环境形成机制	系统性硬化症患者皮肤组织、小鼠模型和驯鹿伤口愈合模型	数字病理学	系统性硬化症	空间转录组学（10× Visium平台）、Stereo-seq转录组学、空间蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	空间多组学数据、单细胞RNA测序数据	14例皮肤活检（10例患者+4例对照）
726	2025-05-25	Combining spatial transcriptomics and ECM imaging in 3D for mapping cellular interactions in the tumor microenvironment 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101261 PMID:40220761	research paper	该研究结合空间转录组学和ECM成像技术，在3D环境下绘制肿瘤微环境中的细胞相互作用	首次将3D空间转录组学与ECM成像技术整合，系统量化了细胞邻域中的分子状态、细胞间相互作用及ECM重塑	研究仅基于一例临床肺癌样本，样本量有限	探索肿瘤微环境中细胞间及细胞与ECM的相互作用，以指导微环境靶向治疗	临床肺癌样本中的恶性与非恶性细胞及ECM	digital pathology	lung cancer	空间转录组学（ST）、ECM成像	NA	3D组织切片数据	一例临床肺癌样本
727	2025-05-25	Scalable image-based visualization and alignment of spatial transcriptomics datasets 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101264 PMID:40267922	research paper	介绍了一个名为STIM的基于图像的计算框架，用于可视化和对齐高通量空间测序数据集	STIM基于ImgLib2和BigDataViewer图像数据框架，能够将现有计算机视觉技术应用于具有不规则测量间距和任意空间分辨率的测序数据领域	未明确提及具体限制	开发一个可扩展的基于图像的框架，用于可视化和对齐空间转录组学数据集	小鼠脑组织的13个连续切片和人类转移淋巴结的19个切片的空间测序数据	digital pathology	NA	空间转录组学技术	NA	image	13个小鼠脑组织切片和19个人类转移淋巴结切片
728	2025-05-25	Identification of cell specific biomarkers for intellectual disability via single cell RNA sequencing and transcriptomic bioinformatics approaches 2025-May-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85162-4 PMID:40399537	研究论文	通过单细胞RNA测序和转录组生物信息学方法，识别与智力障碍相关的T细胞特异性生物标志物	利用单细胞RNA测序和转录组数据比较分析，发现与T细胞相关的潜在生物标志物，并识别了多个关键转录因子和microRNAs	未提及具体样本量，且研究结果需要进一步验证	寻找与智力障碍诊断和评估相关的T细胞生物标志物	智力障碍患者的T细胞（CD4和CD8）	生物信息学	智力障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组数据分析	NA	RNA测序数据	NA
729	2025-05-25	Inflammatory metabolite 7α,25-OHC promotes TIMP1 expression in COVID-19 monocytes through synergy effect of SMARCC1/JUND/H3K27ac 2025-May-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05721-w PMID:40399563	研究论文	本研究揭示了炎症代谢物7α,25-OHC通过SMARCC1/JUND/H3K27ac的协同效应促进COVID-19单核细胞中TIMP1表达的机制	首次发现7α,25-OHC通过增强SMARCC1-JUND相互作用调控TIMP1表达，揭示了COVID-19炎症反应的新机制	研究主要基于体外实验和测序数据分析，缺乏体内实验验证	探究COVID-19患者单核细胞中炎症反应的分子机制	COVID-19患者的单核细胞	分子生物学	COVID-19	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、ChIP-qPCR、免疫共沉淀	NA	单细胞测序数据	COVID-19患者的单核细胞样本（具体数量未提及）
730	2025-05-25	A single-cell spatial chart of the airway wall reveals proinflammatory cellular ecosystems and their interactions in health and asthma 2025-May-21, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02161-3 PMID:40399607	研究论文	应用单细胞空间转录组学揭示健康和哮喘状态下气道壁的细胞生态系统及其相互作用	首次揭示了健康和哮喘气道壁中促炎细胞生态系统的空间分布及其独特的细胞相互作用	未明确提及样本量或具体技术限制	解析气道壁在健康和哮喘状态下的细胞空间分布及其相互作用机制	健康和哮喘患者的气道壁细胞	单细胞空间转录组学	哮喘	单细胞空间转录组学	NA	单细胞空间转录组数据	NA
731	2025-05-25	RNAcare: integrating clinical data with transcriptomic evidence using rheumatoid arthritis as a case study 2025-May-21, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02162-z PMID:40399884	研究论文	介绍了一个名为RNAcare的计算平台，旨在整合临床数据和转录组学数据，以类风湿性关节炎为例进行研究	RNAcare平台提供了一个交互式且可重复的解决方案，专门设计用于在临床背景下分析患者样本的转录组学数据，并整合临床特征	平台可能仍需要一定的技术背景才能充分利用其功能，且目前仅以类风湿性关节炎为例进行了验证	开发一个能够整合临床数据和转录组学数据的计算平台，以帮助研究人员分析基因表达与临床特征之间的关系	类风湿性关节炎患者的转录组学数据和临床数据	生物信息学	类风湿性关节炎	RNA-Seq	机器学习	转录组学数据和临床数据	NA
732	2025-05-25	Targeting CD74 in microglia to modulate experimental cerebral ischemia and reperfusion injury: insights from Single-Cell and bulk transcriptomics 2025-May-21, Molecular brain IF:3.3Q2 DOI:10.1186/s13041-025-01197-8 PMID:40400029	研究论文	本研究探讨了CD74在小胶质细胞中的作用，以调节实验性脑缺血和再灌注损伤	首次发现CD74在小胶质细胞中的上调与神经炎症相关，并通过靶向敲低CD74减轻了脑损伤和神经功能缺陷	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索CD74在缺血性中风中的作用及其作为治疗靶点的潜力	小胶质细胞和CD74基因	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序和批量RNA测序	CX3CR1Cre/ERT2小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型
733	2025-05-25	Protocol for high-quality RNA sequencing, cell surface protein analysis, and genotyping in single cells using TARGET-seq 2025-May-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103832 PMID:40408252	研究论文	本文介绍了一种优化的TARGET-seq+协议，用于在单细胞中结合RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和基因分型，以提高灵敏度	开发了TARGET-seq+，改进了单细胞RNA测序和基因分型的灵敏度，并整合了细胞表面蛋白表达分析	未提及具体样本量或实验验证结果，可能需要参考Jakobsen等人的详细研究	优化单细胞分析技术，以研究前恶性组织和癌组织中的体细胞突变后果	单细胞	基因组学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq, 基因分型	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据、基因型数据	NA
734	2025-05-25	Dissecting key contributions of Th2 and Th17 cytokines to atopic dermatitis pathophysiology 2025-May-21, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.007 PMID:40409379	研究论文	探讨Th2和Th17细胞因子在特应性皮炎(AD)病理生理学中的关键作用	揭示了IL-22在Th2驱动的急性AD病理生理中的重要作用，并强调了联合药物治疗在AD靶向治疗中的潜力	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂情况	阐明AD相关细胞因子如何驱动特定的表皮疾病特征	原代和永生化角质形成细胞来源的人类表皮等效物	皮肤病学	特应性皮炎	单细胞空间转录组学	体外细胞模型	转录组数据	NA
735	2025-05-25	Human Airway Epithelial BAFF is Reduced in Early Life but Virally-induced via JAK/STAT 2025-May-21, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.04.034 PMID:40409377	research paper	研究人类气道B细胞群的发展动态以及病毒性呼吸道感染如何影响气道上皮细胞（AECs）产生的B细胞存活和成熟因子	首次发现BAFF/BAFF受体轴在早期生命阶段对B细胞成熟和存活的关键作用，以及病毒刺激通过JAK/STAT信号通路诱导婴儿AECs产生BAFF的机制	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，需要更多体内实验验证	探究人类气道B细胞群的发展动态及其与气道上皮细胞的相互作用	人类气道B细胞和气道上皮细胞（AECs）	免疫学	呼吸道感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	婴儿（<12个月）和较大儿童的气道样本
736	2025-05-25	A survey of the methodological process of modeling, inference, and evaluation of gene regulatory networks using scRNA-Seq data 2025-May-21, Bio Systems DOI:10.1016/j.biosystems.2025.105464 PMID:40409400	综述	本文综述了使用scRNA-Seq数据建模、推断和评估基因调控网络的方法学过程	揭示了scRNA-Seq技术在基因调控网络推断中的技术和方法学挑战，并提出了更稳健的方法学建议	缺乏真实网络的了解和评估指标的非标准化，导致算法性能比较困难	探讨scRNA-Seq数据在基因调控网络推断中的方法学问题和性能评估	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	NA
737	2025-05-25	TCREMP: A Bioinformatic Pipeline for Efficient Embedding of T-cell Receptor Sequences from Immune Repertoire and Single-cell Sequencing Data 2025-May-12, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169205 PMID:40368275	research paper	介绍了一个名为TCREMP的生物信息学流程，用于高效嵌入T细胞受体（TCR）序列，以辅助适应性免疫研究	开发了TCREMP流程，通过将TCR氨基酸序列与常见序列相似性进行数字化，为比较分析和抗原特异性预测提供参考	未提及具体局限性	改进TCR测序数据的处理，以追踪抗原特异性	T细胞受体（TCR）序列	生物信息学	NA	高通量测序，单细胞测序	NA	序列数据	未提及具体样本量
738	2025-05-25	Spatially resolved mapping of cells associated with human complex traits 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08757-x PMID:40108460	研究论文	本文介绍了一种名为gsMap的方法，该方法通过整合空间转录组学数据和全基因组关联研究的摘要统计，以空间分辨率的方式将细胞与人类复杂性状（包括疾病）进行映射	提出了一种新的方法gsMap，能够以空间分辨率的方式将细胞与人类复杂性状进行映射，并揭示了与精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元在空间分布上的差异	研究主要基于胚胎空间转录组学数据集，可能无法完全代表成年人的情况	开发一种方法，用于空间解析映射与人类复杂性状相关的细胞	人类复杂性状相关的细胞，特别是与精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元	空间转录组学	精神分裂症, 抑郁症	空间转录组学, 全基因组关联研究	NA	空间转录组学数据	覆盖25个器官的胚胎空间转录组学数据集
739	2025-05-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals a Stereoscopic Response of Rice Leaf Cells to Magnaporthe oryzae Infection 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416846 PMID:40123572	research paper	利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的三维响应	首次结合单细胞和空间转录组学，构建了水稻叶片的全面图谱，揭示了细胞特异性和多维度的免疫响应	研究仅针对水稻叶片细胞，未涉及其他组织或植物种类	探究水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的免疫响应机制	水稻叶片细胞	植物病理学	稻瘟病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	236,708个单细胞转录组
740	2025-05-25	Halofuginone Disrupted Collagen Deposition via mTOR-eIF2α-ATF4 Axis to Enhance Chemosensitivity in Ovarian Cancer 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416523 PMID:40126173	研究论文	研究哈洛芬酮通过mTOR-eIF2α-ATF4轴破坏胶原沉积，增强卵巢癌化疗敏感性的机制	发现22基因基质组特征可预测卵巢癌化疗反应和生存率，并鉴定出哈洛芬酮作为靶向COL1A1的天然化合物	研究未涉及哈洛芬酮在人体内的长期安全性和有效性	探索靶向ECM重塑以增强卵巢癌化疗敏感性的策略	卵巢癌中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和细胞外基质(ECM)	癌症研究	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA