单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2025-04-29	Single-cell epigenetics and multiomics analysis in kidney research 2025-Apr-25, Clinical and experimental nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1007/s10157-025-02679-8 PMID:40281349	综述	本文综述了单细胞测序技术在肾脏研究中的应用，特别是新兴的表观基因组学和多组学方法	整合表观基因组和转录组的单细胞多组学分析，揭示了驱动细胞异质性的细胞特异性基因调控机制	NA	推动肾脏研究中新生物标志物和潜在治疗靶点的发现，促进临床转化	健康与患病肾脏中的细胞异质性	数字病理学	肾脏疾病	单细胞测序技术，多组学分析	NA	单细胞转录组数据，表观基因组数据	NA
722	2025-04-29	ScAGCN: Graph Convolutional Network with Adaptive Aggregation Mechanism for scRNA-seq Data Dimensionality Reduction 2025-Apr-25, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00702-w PMID:40281370	研究论文	本文提出了一种名为scAGCN的自适应聚合机制的图卷积网络，用于单细胞RNA测序数据的降维	设计了一种基于自适应聚合机制的图卷积网络，通过节点分布和相似性箱线图的邻域选择策略优化了聚合函数	未提及具体局限性	解决单细胞RNA测序数据因规模大、维度高、噪声多和稀疏性强带来的分析挑战	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	图卷积网络（GCN）	基因表达数据	15个真实的scRNA-seq数据集，其中10个为大规模数据集
723	2025-04-29	scRNA-seq reveals that VEGF signaling mediates the response to neoadjuvant anlotinib combined with PD-1 blockade therapy in non-small cell lung cancer 2025-Apr-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06485-4 PMID:40281576	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究VEGF信号在非小细胞肺癌患者对新辅助安罗替尼联合PD-1阻断疗法反应中的作用	首次揭示了VEGF信号在介导非小细胞肺癌患者对新辅助安罗替尼联合PD-1阻断疗法反应中的关键作用，并发现PLA2G4A作为VEGF通路的关键酶与不良预后相关	样本量较小（9例患者进行scRNA-seq，135例进行免疫组化验证），且研究结果需要在更大规模的临床试验中进一步验证	探索非小细胞肺癌患者对新辅助安罗替尼联合PD-1阻断疗法的耐药机制并预测疗效	非小细胞肺癌患者	数字病理	肺癌	scRNA-seq, 免疫组化, 多重免疫荧光	NA	单细胞转录组数据, 图像数据	9例NSCLC患者进行scRNA-seq（3例治疗前，3例MPR患者，3例Non-MPR患者），135例NSCLC患者进行免疫组化验证
724	2025-04-29	Bioinformatic analysis and experimental verification reveal expansion of monocyte subsets with an interferon signature in systemic lupus erythematosus patients 2025-Apr-25, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03560-5 PMID:40281593	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了系统性红斑狼疮(SLE)患者中具有干扰素特征的单个核细胞亚群的扩增	首次在健康人外周血中发现了SIGLEC1+IRF7+单核细胞亚群，并证实其在SLE患者中的扩增与疾病严重程度相关	研究主要基于转录组数据，需要更多功能实验验证这些单核细胞亚群的具体作用机制	探究SLE患者中单核细胞亚群的变化及其在疾病发病机制中的作用	系统性红斑狼疮患者和健康对照者的外周血单个核细胞和单核细胞	生物信息学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq, 流式细胞术	DESeq2, limma, Seurat	转录组数据	SLE患者和健康对照者的PBMCs样本(具体数量未明确说明)
725	2025-04-29	Microglial Colonization Routes and Their Impacts on Cellular Diversity 2025-Apr-25, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2025.04.004 PMID:40288616	review	本文探讨了小胶质细胞的定植路线及其对细胞多样性的影响	重点关注小胶质细胞通过不同定植路线形成多样性的假说，结合最新研究发现	小胶质细胞多样性形成的具体机制仍不明确	研究小胶质细胞多样性的形成机制及其在脑发育中的作用	小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
726	2025-04-29	Integrative analysis of taurine metabolism-related genes prognostic signature with immunotherapy and identification of ABCB1 and GORASP1 as key genes in nasopharyngeal carcinoma 2025-Apr-24, Amino acids IF:3.0Q3 DOI:10.1007/s00726-025-03452-7 PMID:40272558	研究论文	该研究通过整合多数据库数据，构建了与牛磺酸代谢相关的鼻咽癌预后特征，并验证了ABCB1和GORASP1作为关键基因的作用	首次报道了牛磺酸代谢相关基因在鼻咽癌中的预后作用，并通过多维分析和实验验证了三个关键基因的功能和预后意义	研究结果需要更大样本量的进一步验证	探索牛磺酸代谢相关基因在鼻咽癌中的预后价值和治疗潜力	鼻咽癌患者	生物信息学	鼻咽癌	基因表达分析、免疫组化、分子对接、单细胞测序	Cox回归、LASSO回归	基因表达数据、临床样本	未明确说明样本数量
727	2025-04-29	DOCK9 as a predictive biomarker linked to angiogenesis and immune response in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Apr-24, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01653-8 PMID:40272582	研究论文	本研究探讨了DOCK9基因在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的预后标志物作用及其对血管生成和免疫反应的影响	首次将DOCK9基因与ESCC的血管生成和免疫反应联系起来，并开发了一个21基因预后风险模型	研究主要基于RNA微阵列和单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证DOCK9的功能机制	识别ESCC的预后生物标志物并探索其治疗策略	食管鳞状细胞癌（ESCC）组织和人脐静脉内皮细胞	肿瘤生物学	食管鳞状细胞癌	RNA微阵列分析、单细胞RNA测序、蛋白表达分析	21基因预后风险模型	RNA测序数据、蛋白表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及ESCC组织和人脐静脉内皮细胞
728	2025-04-29	Integration of single-cell sequencing and mendelian randomization reveals novel causal pathways between monocytes and hepatocellular carcinoma 2025-Apr-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02357-x PMID:40272662	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和孟德尔随机化方法，揭示了单核细胞与肝细胞癌之间的新因果通路	首次将单细胞测序技术与孟德尔随机化分析相结合，研究单核细胞与肝细胞癌的关系	NA	探讨单核细胞中差异表达基因与肝细胞癌发展的关联	人类肝脏先天性淋巴细胞（ILCs）中的单核细胞亚群及其细胞标记物	生物信息学	肝细胞癌	单细胞转录组分析，孟德尔随机化（MR）分析	NA	转录组数据	NA
729	2025-04-29	Neutrophil single-cell analysis identifies a type II interferon-related subset for predicting relapse of autoimmune small vessel vasculitis 2025-Apr-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58550-7 PMID:40274824	研究论文	通过单细胞转录组和表面蛋白质组分析，识别自身免疫性小血管炎复发预测的中性粒细胞亚群	首次在单细胞水平上识别出与II型干扰素相关的中性粒细胞亚群（Neu_T2ISG），并发现其与疾病复发相关	研究样本量有限，且仅针对新发显微镜下多血管炎（MPA）患者	探索中性粒细胞在自身免疫性小血管炎中的动态变化及其与疾病复发的关联	新发显微镜下多血管炎（MPA）患者的外周血白细胞	单细胞分析	自身免疫性小血管炎	单细胞转录组分析、表面蛋白质组分析	NA	单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据	新发MPA患者的外周血白细胞样本
730	2025-04-29	Leveraging TME features and multi-omics data with an advanced deep learning framework for improved Cancer survival prediction 2025-Apr-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-98565-0 PMID:40275021	研究论文	本研究通过整合多组学数据和先进的深度学习框架，提高了胶质瘤患者生存预测的准确性	利用单细胞RNA测序数据和多组学数据构建了一个自归一化网络模型，显著提高了预后预测的准确性，并通过梯度归因分析增强了模型的可解释性	研究样本量相对有限（620例），且仅针对胶质瘤这一特定癌症类型	提高胶质瘤患者的生存预测准确性并识别潜在治疗靶点	胶质母细胞瘤（GBM）和低级别胶质瘤（LGG）患者	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多组学数据分析	自归一化网络（Self-Normalizing Network）	转录组数据、拷贝数变异（CNV）、体细胞突变（MUT）、微生物数据（MIC）	620个样本（包括GBM和LGG）
731	2025-04-29	A signature based on efferocytosis-related genes for the evaluation of prognosis and the tumour microenvironment in gastric cancer 2025-Apr-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99133-2 PMID:40275059	research paper	该研究整合了单细胞RNA测序数据和TCGA转录组数据，聚焦于胃癌中efferocytosis相关基因的表达和分布，构建了一个基于这些基因的预测模型	首次在单细胞水平上研究胃癌中efferocytosis相关基因的表达和分布，并构建了一个新的预后评估模型	研究样本量较小（10个GC样本），需要在更大样本中进行验证	评估efferocytosis相关基因在胃癌预后和肿瘤微环境中的作用	胃癌组织和相关基因	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq, TCGA transcriptome analysis	prognostic nomogram	RNA sequencing data	10个胃癌样本
732	2025-04-29	Integrated multi-omics reveal lactate metabolism-related gene signatures and PYGL in predicting HNSCC prognosis and immunotherapy efficacy 2025-Apr-24, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13982-8 PMID:40275154	研究论文	该研究通过整合多组学数据，揭示了乳酸代谢相关基因特征及PYGL在预测头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）预后和免疫治疗疗效中的作用	开发了基于乳酸代谢相关基因（LMRGs）的预后多基因特征，并首次系统性地将风险特征与免疫学特性及免疫治疗疗效相关联，同时发现PYGL在调节乳酸代谢和免疫抑制中的关键作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证，且临床样本量有限	探究乳酸代谢相关基因在HNSCC预后和免疫治疗中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者及肿瘤微环境（TME）	数字病理	头颈部鳞状细胞癌	单细胞测序分析、免疫荧光分析、AutoDock 4.2药物筛选	预后多基因特征模型	多组学数据	NA
733	2025-04-29	CTLA4 modulates B cell receptor signals to inhibit HBsAb secretion in chronic hepatitis B patients 2025-Apr-24, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167848 PMID:40279930	research paper	该研究探讨了CTLA4在慢性乙型肝炎患者B细胞中对HBsAb分泌的抑制作用	揭示了CTLA4在B细胞中的新作用，特别是其对B细胞受体信号和炎症反应的负面影响，以及通过靶向CTLA4恢复HBsAb分泌的潜力	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索慢性乙型肝炎患者B细胞功能缺陷的分子机制，寻找功能性治愈的潜在靶点	慢性乙型肝炎患者的B细胞	免疫学	慢性乙型肝炎	单细胞RNA测序	HBV小鼠模型	基因表达数据	慢性乙型肝炎患者的B细胞和小鼠模型
734	2025-04-29	C-COUNT: a Convolutional Neural Network-Based Tool for Automated Scoring of Erythroid Colonies 2025-Apr-24, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104786 PMID:40287006	research paper	介绍了一种基于卷积神经网络的工具C-COUNT，用于自动评分红细胞集落	开发了一个自动化工具C-COUNT，通过CNN技术可靠地从自动显微镜采集的图像中识别CFU-e集落，并输出其数量和大小，提高了传统手动评分的效率和准确性	未明确提及工具的适用范围是否仅限于CFU-e集落，或其他类型的集落是否适用	改进红细胞和造血祖细胞的集落形成实验的评分方法，提高其效率和准确性	CFU-e集落	digital pathology	hematologic disease	automated microscopy, convolutional neural network	CNN	image	未明确提及具体样本数量，但涉及CFU-e祖细胞对不同浓度促红细胞生成素和基因毒性剂的反应
735	2025-04-29	Identification of KANK1 as a tumor suppressor gene in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Apr-24, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151885 PMID:40288262	研究论文	本研究通过整合mRNA-蛋白质丰度相关性分析，鉴定出KANK1作为胰腺导管腺癌（PDAC）中的一个新型肿瘤抑制基因	首次将KANK1鉴定为胰腺导管腺癌的肿瘤抑制基因，并揭示了其通过拷贝数缺失和肿瘤缺氧驱动的下调机制	未进行体内实验验证KANK1的肿瘤抑制功能，临床转化潜力需进一步研究	探索胰腺导管腺癌的关键肿瘤抑制基因以开发有效治疗策略	胰腺导管腺癌（PDAC）	肿瘤生物学	胰腺癌	mRNA-蛋白质丰度相关性分析、单细胞RNA测序、免疫印迹分析	NA	mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞RNA测序数据	多个数据集（包括TCGA和CCLE数据库）的胰腺癌样本
736	2025-04-29	Checkpoint kinase 1 as a promising target in colorectal cancer management 2025-Apr-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v16.i4.104213 PMID:40290692	评论	本文探讨了检查点激酶1（CHEK1）在结直肠癌（CRC）中作为生物标志物和治疗靶点的重要作用	研究发现CHEK1在CRC组织中显著过表达，并鉴定出氯化硝基苯作为有效的CHEK1抑制剂，可破坏DNA损伤修复途径	需要进一步研究以解决CRC治疗中的空白	探讨CHEK1在CRC管理中的潜在作用	结直肠癌（CRC）	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序和免疫组织化学	NA	NA	NA
737	2025-04-29	Candida albicans and colorectal cancer: A paradoxical role revealed through metabolite profiling and prognostic modeling 2025-Apr-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v16.i4.104182 PMID:40290696	研究论文	本研究通过代谢物分析和预后模型探讨了白色念珠菌在结直肠癌中的双重作用	揭示了白色念珠菌代谢物混合物对结直肠癌细胞的抑制作用，并建立了一个基于特定mRNA标志物的预后模型	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探讨白色念珠菌在结直肠癌发展和进展中的双重作用，并建立预后模型	白色念珠菌及其代谢物与结直肠癌细胞	肿瘤学	结直肠癌	液相色谱-质谱、单细胞测序、空间转录组学	预后模型	代谢组数据、基因表达数据	涉及HT29、HCT116和NCM460细胞系
738	2025-04-29	Stratifin is necessary for spasmolytic polypeptide-expressing metaplasia development after acute gastric injury 2025-Apr-23, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521 PMID:40280276	研究论文	研究Stratifin（SFN）在急性胃损伤后主细胞转分化为表达解痉多肽的化生（SPEM）过程中的作用	首次揭示了SFN通过调节EGFR/ERK信号通路在主细胞转分化为SPEM过程中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类组织中验证	探究SFN在胃黏膜损伤后主细胞转分化和SPEM形成中的作用机制	Mist1CreERT2; LSL-tdTomato小鼠和Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型中的主细胞	分子生物学	胃疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq），免疫染色	小鼠模型	基因表达数据，组织学图像	使用两种转基因小鼠品系进行研究
739	2025-04-29	Proteomic Profiling of Nasal Fluids and Serum for Type 2 Nasal Polyps Diagnosis 2025-Apr-23, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology DOI:10.1016/j.anai.2025.04.007 PMID:40280274	研究论文	通过蛋白质组学分析和机器学习框架，识别鼻息肉中的炎症内型和复发模式，为T2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉提供简单无创的诊断方法	首次结合蛋白质组学与机器学习，利用鼻腔液体和血清中的蛋白质表达预测T2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉，并验证了四种生物标志物的诊断价值	样本量较小（82例患者），且需要进一步验证生物标志物在更广泛人群中的适用性	评估鼻腔液体和血清中蛋白质表达对T2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉的预测价值	T2型和非T2型慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者	数字病理学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	邻近延伸分析、免疫组织化学（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR	机器学习（ML）	蛋白质表达数据	82例患者
740	2025-04-29	Atlas of temporal molecular pathological alterations after traumatic brain injury based on RNA-Seq 2025-Apr-21, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115270 PMID:40268159	研究论文	该研究通过RNA测序技术，全面揭示了创伤性脑损伤（TBI）后时间动态变化的分子病理学改变	首次在10个时间点对TBI后的分子病理学改变进行系统分析，并深入探讨了细胞焦亡在神经炎症过程中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，人类TBI的分子病理学改变可能有所不同	揭示TBI后时间动态变化的分子病理学机制	C57/BL6小鼠的脑组织	生物信息学	创伤性脑损伤	RNA-seq, WGCNA, RT-qPCR, Western blot, Immunofluorescence, 单细胞RNA测序	WGCNA, Mfuzz	RNA测序数据	C57/BL6小鼠在10个时间点（0h至7d）的脑组织样本