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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 721 | 2026-06-17 |
Harnessing omics data for drug discovery and development in ovarian aging
2025-05-01, Human reproduction update
IF:14.8Q1
DOI:10.1093/humupd/dmaf002
PMID:39977580
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综述 | 本文综述了多组学数据在卵巢衰老药物发现与开发中的应用,包括基因组、转录组、蛋白质组、代谢组和微生物组数据 | 综合了从组织水平和单细胞视角分析卵巢衰老相关的多组学数据,并探讨如何利用这些新兴数据集识别新药靶点以指导治疗策略 | 未提及具体限制,但可能包括现有数据源的不足或方法的局限性 | 综合卵巢衰老相关的多组学数据,探索如何利用这些数据发现新药靶点并指导治疗策略 | 卵巢衰老相关机制及潜在药物靶点 | 机器学习 | 卵巢衰老 | 多组学、单细胞技术、空间转录组学 | 深度学习、机器学习 | 多组学数据 | 不适用 | 不适用 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Visium | 单细胞多组学和空间转录组学平台用于组织分析 |
| 722 | 2026-06-17 |
Novel insights into kidney disease: the scRNA-seq and spatial transcriptomics approaches: a literature review
2025-04-08, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-025-04103-5
PMID:40200175
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学(ST)在肾脏疾病研究中的应用与发展 | 创新点在于通过整合scRNA-seq与ST技术,以前所未有的分辨率揭示肾脏疾病中的细胞异质性、新型细胞亚群及其空间组织,为靶向治疗和精准医学提供新见解 | 文献本身未明确提及局限性,但综述类文章通常受限于当前技术的分辨率、样本量或整合分析的挑战 | 总结scRNA-seq结合ST在肾脏疾病中的应用,阐明其在理解肾脏发育、稳态和疾病进展中的细胞与分子机制 | 肾脏疾病中的细胞亚群及其在肾微环境中的动态相互作用 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | scRNA-seq, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 723 | 2026-06-17 |
CellBouncer, A Unified Toolkit for Single-Cell Demultiplexing and Ambient RNA Analysis, Reveals Hominid Mitochondrial Incompatibilities
2025-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.23.644821
PMID:40166335
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研究论文 | CellBouncer是一个用于单细胞测序数据解复用和环境RNA分析的计算工具包,揭示了人类和黑猩猩线粒体之间的不相容性 | CellBouncer整合了多种功能,包括多物种和多个体细胞混合物的分离与量化、识别未知线粒体单倍型、从脂质结合条形码或CRISPR sgRNA分配处理以及推断池组成,并在这些任务上优于现有方法同时引入了量化每个细胞环境RNA污染、推断个体供体对环境RNA池的贡献以及确定跨数据类型一致的doublet率的新方法 | NA | 开发一个统一的计算工具包,用于处理来自混合实验的单细胞测序数据,解决解复用和环境RNA分析等关键问题 | 人类和黑猩猩细胞融合系中的四倍体复合细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 10个不同的细胞融合系 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞测序平台 |
| 724 | 2026-06-17 |
Role of TGF-β/SMAD/YAP/TAZ signaling in skeletal muscle fibrosis
2025-03-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00541.2024
PMID:39925133
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research paper | 本研究探讨了TGF-β/SMAD/YAP/TAZ信号通路在骨骼肌纤维化中的作用机制 | 首次阐明YAP/TAZ作为机械敏感转录调控因子在TGF-β诱导的肌肉纤维化中决定纤维/脂肪祖细胞向肌成纤维细胞分化的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞培养,其结论在人类肌肉纤维化疾病中的适用性尚需进一步验证 | 探究YAP/TAZ在TGF-β介导的骨骼肌纤维化中的作用及其作为治疗靶点的可能性 | 骨骼肌纤维/脂肪祖细胞、小鼠模型 | machine learning | 肌肉纤维化 | 空间转录组学分析 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠模型样本 | NA | spatial transcriptomics | NA | NA |
| 725 | 2026-06-17 |
Endogenously generated Dutch-type Aβ nonfibrillar aggregates dysregulate presynaptic neurotransmission in the absence of detectable inflammation
2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.25.639746
PMID:40060689
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研究论文 | 研究内源性生成的荷兰型Aβ非纤维聚集体在无检测到炎症情况下对突触前神经传递的失调作用 | 首次揭示荷兰型Aβ非纤维聚集体在无炎症条件下直接导致突触前神经传递异常和线粒体功能障碍 | 未明确非纤维聚集体如何具体引发突触功能异常的分子机制,且仅关注单一小鼠模型 | 探究荷兰型Aβ非纤维聚集体对突触前神经传递和线粒体功能的影响及其与炎症的关系 | 表达荷兰型Aβ突变的小鼠模型(Dutch mice) | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 电子传递链催化测量, 免疫组织化学, 荧光显微镜 | NA | 基因表达数据, 电生理数据, 代谢数据 | 多个时间点的小鼠脑组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于分析兴奋性神经元转录组 |
| 726 | 2026-06-17 |
Application of scRNA-seq in Dental Research: Seeking Regenerative Clues From the Structure of Tooth and Periodontium in Physical or Pathological States
2025-02-21, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL26200
PMID:40018926
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综述 | 全面概述了单细胞RNA测序在牙科研究中的应用,揭示了牙齿和牙周组织的复杂细胞组成、新细胞类型及谱系特征,并总结了组织形成、稳态和再生机制 | 系统整合了单细胞数据在牙齿和牙周组织稳态、损伤修复及疾病机制中的新发现,从单细胞视角揭示了细胞组成比例变化和细胞间通讯模式的改变 | 未提及具体局限性 | 综述单细胞RNA测序在牙齿和牙周组织研究中的应用进展 | 牙齿和牙周组织 | 数字病理学 | 口腔疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 727 | 2026-06-17 |
Divergence in cellular markers observed in single-cell transcriptomics datasets between cultured primary trabecular meshwork cells and tissues
2025-Feb-14, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-04528-5
PMID:39952952
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研究论文 | 通过单细胞转录组数据集比较原代小梁网细胞培养物与组织之间的细胞标记差异 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统比较原代人小梁网(hTM)细胞培养物与hTM组织在细胞身份和可转化性方面的差异 | 未具体说明 | 揭示原代hTM细胞培养物与组织在单细胞水平上的转录组差异,评估体外研究的可转化性 | 原代人小梁网细胞培养物和小梁网组织 | 单细胞转录组学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 14个原代hTM体外样本(包含4名青光眼患者样本),传代1-4代 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 728 | 2026-06-17 |
Regulation of fibroblast phenotype in osteoarthritis using CDKN1A-loaded copper sulfide nanoparticles delivered by mesenchymal stem cells
2025-02-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00573.2024
PMID:39819042
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研究论文 | 利用间充质干细胞递送载有CDKN1A质粒的硫化铜纳米颗粒调控骨关节炎中成纤维细胞表型并促进软骨修复 | 创新性地构建了MSCs@CuS@CDKN1A纳米工程化间充质干细胞平台,通过靶向成纤维细胞表型调控CDKN1A表达,不仅增强软骨修复,还能有效缓解成纤维细胞驱动的炎症,为骨关节炎治疗提供新的策略 | 研究未提及具体局限性 | 探讨间充质干细胞递送载有CDKN1A质粒的硫化铜纳米颗粒对骨关节炎中成纤维细胞表型的调控作用及软骨修复效果 | 骨关节炎中的成纤维细胞、软骨细胞及小鼠模型 | NA | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序、伪时间分析、GO/KEGG富集分析、WGCNA、微CT扫描、组织学染色、免疫荧光 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 骨关节炎小鼠模型 | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | NA |
| 729 | 2026-06-17 |
A stroke organoids-multiomics platform to study injury mechanism and drug response
2025-Feb, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.09.038
PMID:41947984
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研究论文 | 建立基于人诱导多能干细胞来源脑类器官的缺氧卒中模型,并结合蛋白质组学、单细胞转录组分析和组织病理学分析,研究卒中损伤机制及药物反应 | 首次将脑类器官与多组学方法结合,模拟缺氧性卒中,并鉴定出三类星形胶质细胞在缺氧环境中的不同反应,以及中药方剂灯盏生脉胶囊在卒中治疗中的可能作用 | NA | 利用脑类器官和多组学平台研究卒中损伤机制和药物筛选 | 人诱导多能干细胞来源的脑类器官 | 数字病理学 | 卒中 | 蛋白质组学, 单细胞转录组分析, 组织病理学分析 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 730 | 2026-06-17 |
Single Cell Transcriptome Signatures of Sarcoidosis in Lung Immune Cell Populations
2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.20.633917
PMID:39896662
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research paper | 通过对结节病患者和健康对照的支气管肺泡灌洗液细胞进行单细胞RNA测序,揭示了与结节病风险和进展相关的细胞类型、基因表达模式及细胞间相互作用的特征 | 首次在单细胞水平上系统地描述了结节病中巨噬细胞亚群(包括定居型、高金属硫蛋白定居型、招募型、促纤维化招募型和增殖型)的独特基因表达谱,并发现定居巨噬细胞和招募巨噬细胞中与疾病进展相关的基因表达变化 | 样本量相对较小,可能限制了检测一些罕见细胞类型或弱效应的能力;未明确提及结节病的具体病因机制 | 识别与结节病风险和进展相关的细胞特异性分子变化,包括细胞组成、基因表达模式和细胞间相互作用 | 结节病患者(包括进展性和非进展性)和健康对照者的支气管肺泡灌洗液细胞 | machine learning | sarcoidosis | single-cell RNA-seq | NA | single-cell RNA-seq data | 16例结节病患者(8例进展性、8例非进展性)和14例健康对照 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' protocol (基于CellRanger预处理) |
| 731 | 2026-06-17 |
Brain aging and rejuvenation at single-cell resolution
2025-01-08, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.007
PMID:39788089
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在脑衰老与再生研究中的应用,揭示了细胞类型特异性的年龄相关变化及细胞间相互作用,并探讨了组合式再生干预的前景 | 首次从单细胞分辨率系统总结脑衰老的细胞类型特异性特征,提出神经干细胞作为再生干预焦点的创新方向,并强调组合式再生方法的潜力 | 未提供原始实验数据,主要基于已发表研究的二次分析;未深入探讨单细胞组学技术在人类脑组织中的技术限制 | 系统梳理单细胞组学技术对脑衰老机制的研究进展,评估再生干预效果,并展望未来研究方向 | 大脑中各类细胞,包括神经元、胶质细胞和神经干细胞,以及它们在不同年龄阶段的转录组变化 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病, 帕金森病 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 732 | 2026-06-17 |
Differentiation signals induce APOBEC3A expression via GRHL3 in squamous epithelia and squamous cell carcinoma
2025-01, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00298-9
PMID:39548236
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序研究APOBEC3A和APOBEC3B在健康与恶性黏膜上皮中的表达,发现APOBEC3A的表达主要局限于终末分化细胞,并需要GRHL3转录因子,而鳞状细胞癌中GRHL3表达扩展至增殖细胞,导致APOBEC3A突变活性获得 | 首次揭示APOBEC3A表达受GRHL3调控并在终末分化细胞中特异性表达,以及鳞状细胞癌中GRHL3扩展至增殖细胞导致APOBEC3A突变活性的机制 | 未明确提及研究限制,但可能受限于样本量或实验方法的局限性 | 研究APOBEC3A和APOBEC3B在健康与恶性黏膜上皮中的表达模式及其在鳞状细胞癌中的突变机制 | 健康与恶性黏膜上皮细胞(包括角质形成细胞和鳞状细胞癌细胞) | 数字病理学 | 鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学、空间转录组学 | 未提及特定模型 | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、免疫组化图像 | 未明确说明样本数量,但涉及健康与恶性黏膜上皮组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium用于单细胞RNA测序,10x Visium用于空间转录组学 |
| 733 | 2026-06-17 |
Novel integrated multiomics analysis reveals a key role for integrin beta-like 1 in wound scarring
2025-01, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-024-00322-3
PMID:39558136
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研究论文 | 开发了一种新型高分辨率空间多组学方法,整合空间转录组学和单细胞RNA测序,揭示了整合素β样1在伤口瘢痕形成中的关键作用 | 首次开发了整合空间转录组学与单细胞RNA测序的高分辨率空间多组学方法,识别了修复过程中细胞间通讯和信号传导的新特征 | 未提供具体局限性信息 | 探究伤口愈合过程中分子与空间组织在单细胞水平上的关系,以及炎症相关瘢痕形成的机制 | PU.1小鼠、转基因小鼠、人类和鼠类原代成纤维细胞 | 数字病理学 | 瘢痕形成 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | PU.1小鼠数据、转基因小鼠实验、人类和鼠类原代成纤维细胞体外实验 | 10x Genomics | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | Visium | Visium空间转录组学平台 |
| 734 | 2026-06-17 |
Identification of prognostic biomarkers for endometrioid endometrial carcinoma based on the miRNA and mRNA co-expression network regulated by estradiol
2025, Clinics (Sao Paulo, Brazil)
DOI:10.1016/j.clinsp.2025.100672
PMID:40319860
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研究论文 | 基于雌二醇调控的miRNA和mRNA共表达网络,鉴定子宫内膜样子宫内膜癌的预后生物标志物 | 首次通过雌二醇处理的Ishikawa细胞和TCGA数据整合,发现miR-142-5p-SACS和miR-30a-5p-GPR157作为EEC潜在预后标志物,并结合单细胞转录组分析基因表达变化 | 研究基于有限的细胞系样本(n=3每组)和公共数据库,缺乏大规模临床验证 | 鉴定与雌二醇调控相关的子宫内膜样子宫内膜癌预后生物标志物 | 子宫内膜癌Ishikawa细胞,以及TCGA数据库中的EEC患者数据(n=408) | 机器学习 | 子宫内膜癌 | RNA-seq, miRNA-seq, 单细胞转录组测序 | Kaplan-Meier生存分析 | RNA表达谱,miRNA表达谱,单细胞转录组数据 | 408例TCGA样本,6个细胞样本(雌二醇处理组和对照组各3个) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 735 | 2026-06-17 |
Ionizing radiation inhibits zebrafish embryo hatching through induction of tissue inhibitors of metalloproteinases (TIMPs) expression
2024-12, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.17318
PMID:39547957
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术,揭示电离辐射通过诱导组织金属蛋白酶抑制剂表达抑制斑马鱼胚胎孵化的分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序在脊椎动物发育过程中揭示电离辐射对脑/中枢神经系统和孵化腺细胞簇比例的影响,并发现组织金属蛋白酶抑制剂在孵化腺中上调是导致孵化延迟的关键调控机制 | 虽然观察到了孵化延迟,但未观察到包括大脑在内的某些器官的形态学变化 | 揭示电离辐射对水生生物和人类生物学效应的分子机制,特别是在脊椎动物发育过程中的影响 | 斑马鱼胚胎 | 生物信息学 | 辐射损伤 | 单细胞RNA测序、全胚胎原位杂交 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼胚胎,暴露于5戈瑞电离辐射 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 736 | 2026-06-17 |
Single-cell spatial transcriptomics of fixed, paraffin-embedded biopsies reveals colitis-associated cell networks
2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.11.623014
PMID:39605355
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研究论文 | 针对福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)活检组织的单细胞空间转录组学分析,揭示了溃疡性结肠炎相关细胞网络 | 开发了适用于存档FFPE临床活检组织的成像型单细胞空间转录组学(iSCST)框架,通过定制290-plex Xenium基因面板实现了高灵敏度和特异性的转录本检测,并识别了炎症相关成纤维细胞与单核细胞组成的结肠炎相关细胞邻域 | 未明确说明,但可能包括样本量有限、平台特异性偏差及分析流程的通用性需进一步验证 | 建立稳健的工作流程,利用iSCST技术分析炎症性肠病患者的存档FFPE黏膜活检标本,探索结肠炎相关细胞网络及治疗应答标志物 | 非IBD对照者(9例)和溃疡性结肠炎患者(11例)的57份FFPE黏膜活检标本 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 成像型单细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 57份FFPE黏膜活检标本,来自9例健康对照和11例溃疡性结肠炎患者 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | 定制290-plex Xenium基因面板用于FFPE组织分析 |
| 737 | 2026-06-17 |
Single-cell transcriptomics unveils skin cell specific antifungal immune responses and IL-1Ra- IL-1R immune evasion strategies of emerging fungal pathogen Candida auris
2024-11, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012699
PMID:39536069
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research paper | 使用单细胞转录组学揭示新兴真菌病原体耳念珠菌的皮肤细胞特异性免疫反应和IL-1Ra-IL-1R免疫逃逸策略 | 首次通过无偏见的单细胞转录组学描绘耳念珠菌皮肤感染期间免疫和非免疫细胞的转录组图谱,并发现IL-1Ra介导的IL-1R信号免疫逃逸机制 | 研究基于小鼠模型,其结果可能不完全适用于人类皮肤感染 | 阐明耳念珠菌皮肤定植的宿主免疫因素及其免疫逃逸机制 | 耳念珠菌感染的小鼠皮肤组织中的免疫细胞(中性粒细胞、炎症单核细胞、巨噬细胞、树突状细胞、T细胞和NK细胞)和非免疫细胞(成纤维细胞) | machine learning | 真菌感染 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | 未明确说明 | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 738 | 2026-06-17 |
Single-Cell Transcriptomics Unveils Skin Cell Specific Antifungal Immune Responses and IL-1Ra- IL-1R Immune Evasion Strategies of Emerging Fungal Pathogen Candida auris
2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.22.619653
PMID:39463935
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研究论文 | 利用单细胞转录组学揭示了皮肤细胞对新兴真菌病原体耳念珠菌的特异性抗真菌免疫反应及IL-1Ra-IL-1R免疫逃逸策略 | 首次通过单细胞转录组学揭示了耳念珠菌皮肤感染过程中免疫细胞与非免疫细胞的转录组特征,鉴定了成纤维细胞为主要富集的非免疫细胞,并阐明了IL-1Ra和IL-1R介导的免疫逃逸机制 | NA | 了解耳念珠菌皮肤定植的宿主免疫因子及其免疫逃逸机制 | 小鼠皮肤感染模型 | 单细胞转录组学 | 真菌感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 小鼠皮肤感染样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 739 | 2026-06-17 |
Characteristics and functions of an atypical inflammation-associated GZMK+GZMB+CD8+ T subset in people living with HIV-1
2024-09, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.07.003
PMID:39053388
|
研究论文 | 分析了HIV-1感染者中一个非典型炎症相关GZMK+GZMB+CD8+ T细胞亚群的特征和功能 | 首次详细描述了GZMK+GZMB+CD8+ T细胞亚群在HIV-1慢性感染中的异质性、分化状态和炎症诱导功能,揭示了其与疾病标志物的相关性 | 对GZMK+GZMB+CD8+ T细胞亚群的机制研究主要基于体外实验,体内功能尚未完全阐明 | 阐明慢性HIV-1感染中GZMK+CD8+ T细胞亚群的表型、功能特征及其与疾病的相关性 | HIV-1感染者的CD8+ T细胞亚群,特别是GZMK+和GZMB+细胞 | 单细胞转录组学 | HIV-1感染 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据, 流式细胞术数据 | 未明确说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3' 测序 |
| 740 | 2026-06-17 |
Single-cell transcriptome sequencing partially revealed the changes of T cells in the early stage of aging kidney
2024-09, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.06.005
PMID:39059207
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序部分揭示了早期衰老肾脏中T细胞的变化 | 首次在单细胞水平上分析早期衰老肾脏中T细胞的分子表型和组成变化,并鉴定出GZMK CD8 T细胞和Il17a T细胞两个亚群 | 仅关注肾脏老化的早期阶段,未涵盖整个衰老过程;且主要基于小鼠模型,人类肾脏老化的适用性需进一步验证 | 探究肾脏早期衰老过程中免疫细胞特别是T细胞的分子变化及其在炎症和组织损伤中的作用 | 早期衰老小鼠的肾脏组织 | 单细胞转录组学 | 肾脏衰老 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 小鼠肾脏样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |