单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2025-07-20	Longitudinal Analysis of Biologic Correlates of COVID-19 Resolution: Case Report 2022, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2022.915367 PMID:35783607	研究论文	本文报告了一例因恢复期血浆输注而完全缓解的重症COVID-19病例，并通过纵向蛋白质组学和单细胞转录组学分析，揭示了与疾病缓解相关的关键生物学过程	首次通过纵向蛋白质组学和单细胞转录组学分析，揭示了COVID-19缓解过程中的关键生物学动态，特别是发现了特定单核细胞亚群的消失与疾病缓解相关	仅为单病例报告，结果需要更大样本量验证	研究COVID-19缓解过程中的生物学相关因素	重症COVID-19患者	生物医学	COVID-19	蛋白质组学分析，单细胞转录组学	NA	血浆蛋白质组数据，外周血单细胞转录组数据	1例重症COVID-19患者
722	2025-07-20	Human B Cells Mediate Innate Anti-Cancer Cytotoxicity Through Concurrent Engagement of Multiple TNF Superfamily Ligands 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.837842 PMID:35392082	研究论文	研究发现循环B细胞通过同时表达多种TNF超家族配体介导先天抗肿瘤细胞毒性	首次揭示B细胞通过表达多种TNF超家族配体参与先天抗肿瘤免疫机制	研究主要基于体外实验，未在体内模型中验证B细胞的抗肿瘤效果	探究B细胞在先天抗肿瘤免疫中的作用机制	人类外周血B细胞及多种白血病和实体瘤细胞	免疫学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	健康个体和头颈鳞癌患者的B细胞样本
723	2025-07-20	Enhanced single-cell RNA-seq workflow reveals coronary artery disease cellular cross-talk and candidate drug targets 2022-01, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2021.11.025 PMID:34871816	研究论文	开发了一个增强的单细胞RNA测序工作流程，用于研究冠状动脉疾病的细胞相互作用和潜在药物靶点	结合了自动细胞标记、伪时间排序、配体-受体评估和药物-基因相互作用分析的即用型工作流程，并开发了交互式网络应用PlaqView	工作流程主要基于已有的冠状动脉单细胞数据集，未来需要扩展到更多疾病和发育系统	研究冠状动脉疾病的细胞微环境和潜在治疗方法	人类冠状动脉单细胞数据集	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据	基于Wirka等人先前发表的人类冠状动脉单细胞数据集
724	2025-07-20	CCR2 Signaling Restricts SARS-CoV-2 Infection 2021-12-21, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mBio.02749-21 PMID:34749524	research paper	该研究通过小鼠模型揭示了CCR2信号在限制SARS-CoV-2感染中的作用	首次在小鼠模型中证实CCR2信号通过促进单核细胞浸润肺部来限制SARS-CoV-2病毒载量	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中验证	阐明COVID-19期间先天免疫机制对病毒的控制作用	SARS-CoV-2病毒感染的小鼠模型	免疫学	COVID-19	scRNA-Seq，流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据，流式细胞数据	未明确说明小鼠数量
725	2025-07-20	NK and CD8+ T cell phenotypes predict onset and control of CMV viremia after kidney transplant 2021-11-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.153175 PMID:34609965	研究论文	该研究通过分析肾移植受者的免疫反应，探讨了NK细胞和CD8+ T细胞表型对CMV病毒血症发作和控制的预测作用	发现了IL-15水平升高与未成熟CD56bright NK细胞扩增在病毒血症前的关联，以及成熟CD56dim NK细胞和CD28-CD8+ T细胞在病毒血症后的扩增	样本量较小（31名肾移植受者），且研究仅针对肾移植受者，结果可能不适用于其他类型的器官移植	探讨CMV病毒血症在肾移植受者中的免疫机制及其对移植结果的影响	31名肾移植受者（包括CMV病毒血症患者和匹配的非病毒血症患者）	免疫学	CMV感染	RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, Luminex	NA	转录组数据, 蛋白质数据	31名肾移植受者
726	2025-07-20	Adenine base editing reduces misfolded protein accumulation and toxicity in alpha-1 antitrypsin deficient patient iPSC-hepatocytes 2021-11-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2021.06.021 PMID:34217893	研究论文	本研究应用腺嘌呤碱基编辑器纠正AATD患者iPSCs和iHeps中的Z突变，减少错误折叠蛋白积累及其毒性	首次在AATD患者iPSCs和iHeps中应用腺嘌呤碱基编辑器纠正Z突变，并证实其减少错误折叠蛋白积累和ER应激的效果	未提及长期安全性和体内治疗效果评估	探索碱基编辑技术在纠正AATD致病突变中的可行性和效果	AATD患者来源的iPSCs和iPSC分化的肝细胞(iHeps)	基因编辑	α-1抗胰蛋白酶缺乏症(AATD)	腺嘌呤碱基编辑(ABE), 单细胞RNA测序, 全基因组测序	NA	基因组数据, 转录组数据	患者来源的iPSCs及其分化的肝细胞
727	2025-07-20	The hepatocyte growth factor/c-met pathway is a key determinant of the fibrotic kidney local microenvironment 2021-Oct-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103112 PMID:34622165	研究论文	本文研究了肝细胞生长因子/c-met信号通路在调节纤维化肾脏局部微环境（KLM）形成中的作用	通过多学科方法揭示了c-met信号通路在纤维化KLM中的关键作用，并预测了c-met在不同细胞类型中的不同影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索纤维化肾脏局部微环境的组成和调控机制	慢性肾病（CKD）模型中的肾脏局部微环境	生物医学研究	慢性肾病	单细胞RNA测序，数学建模，条件性基因敲除小鼠	数学预测模型	基因表达数据	多种CKD模型和条件性基因敲除小鼠
728	2025-07-20	Characterizing spatial gene expression heterogeneity in spatially resolved single-cell transcriptomic data with nonuniform cellular densities 2021-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.271288.120 PMID:34035045	研究论文	本文介绍了一种名为MERINUE的计算框架，用于分析空间分辨的单细胞转录组数据，以识别空间异质性基因表达模式、推断细胞间通讯并进行空间感知的细胞聚类	开发了MERINUE框架，能够在考虑细胞类型3D空间组织和组织内非均匀细胞密度的基础上，进行空间自相关和互相关分析	未明确提及具体局限性	开发能够分析空间分辨单细胞转录组数据的计算方法，以理解细胞状态与空间组织在组织发育和疾病中的相互作用	空间分辨的单细胞转录组数据	生物信息学	NA	MERFISH, spatial transcriptomics, Slide-seq, ISH	NA	空间分辨的转录组数据	多种空间分辨转录组数据集
729	2025-07-20	Combinatorial transcription factor profiles predict mature and functional human islet α and β cells 2021-09-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.151621 PMID:34428183	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类胰岛细胞中转录因子的组合表达模式，预测成熟且功能性的α和β细胞亚群	揭示了转录因子组合表达模式与胰岛细胞功能成熟度的关联，并发现ARX/MAFB（α细胞）和MAFA/MAFB（β细胞）共表达的亚群具有更强的葡萄糖感知和激素分泌能力	研究仅基于正常人类胰岛细胞，未涉及糖尿病等病理状态下的变化	探究胰岛细胞中转录因子异质性对细胞功能的影响	人类胰岛α和β细胞	单细胞转录组学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）, Patch-Seq	NA	单细胞转录组数据, 电生理数据	超过40,000个正常人类胰岛细胞
730	2025-07-20	The Distinct Immune Nature of the Fetal Inflammatory Response Syndrome Type I and Type II 2021-09-14, ImmunoHorizons DOI:10.4049/immunohorizons.2100047 PMID:34521696	研究论文	本研究通过RNA测序分析早产儿脐带血样本，揭示了胎儿炎症反应综合征（FIRS）I型和II型的不同免疫机制	首次通过转录组学方法区分了FIRS I型和II型的免疫特征，发现I型主要由先天免疫驱动，II型则类似于半同种异体排斥反应	样本量有限且为回顾性研究，难以进行产后诊断	阐明FIRS I型和II型的分子机制差异	早产儿脐带血样本	免疫学	胎儿炎症反应综合征	RNA测序、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确数量的早产儿脐带血样本
731	2025-07-20	LDHA is enriched in human islet alpha cells and upregulated in type 2 diabetes 2021-09-03, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2021.06.065 PMID:34217973	研究论文	该研究探讨了乳酸脱氢酶同工酶A（LDHA）在人类胰岛α细胞中的富集及其在2型糖尿病中的上调情况	首次揭示了LDHA在人类胰岛α细胞中的主要定位及其在糖尿病条件下的上调现象	未深入探讨LDHA上调的具体分子机制及其在糖尿病发病中的确切作用	研究LDHA在人类胰岛细胞中的表达模式及其在2型糖尿病中的变化	人类胰岛α细胞和β细胞	代谢疾病研究	2型糖尿病	单细胞RNA测序（sc-RNA seq）、免疫标记、显微镜分析	NA	RNA-seq数据、蛋白质表达数据、代谢产物数据	公开的单细胞RNA-seq数据、慢性高糖处理的人类胰岛、2型糖尿病患者的尸检胰腺样本
732	2025-07-20	Loss of Mir146b with aging contributes to inflammation and mitochondrial dysfunction in thioglycollate-elicited peritoneal macrophages 2021-08-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.66703 PMID:34423778	研究论文	该研究探讨了Mir146b在老化过程中对巨噬细胞炎症和线粒体功能的影响	首次发现Mir146b表达随年龄增长而单方向下降，并揭示了其在巨噬细胞老化中的潜在调控作用	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究老化巨噬细胞功能异常的分子机制	硫乙醇酸盐诱导的小鼠腹膜巨噬细胞	免疫学	老年疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
733	2025-07-20	Using single-nucleus RNA-sequencing to interrogate transcriptomic profiles of archived human pancreatic islets 2021-08-10, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-021-00941-8 PMID:34376240	研究论文	本文介绍了一种使用单核RNA测序（snRNA-seq）研究存档人类胰岛细胞转录组谱的方法	提出snRNA-seq作为scRNA-seq的替代方法，用于研究移植的人类胰岛细胞，尤其是在scRNA-seq不适用的情况下	NA	探索使用snRNA-seq技术研究人类胰岛细胞转录组谱的可行性	人类胰岛细胞	代谢研究	NA	单核RNA测序（snRNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自同一供体的新鲜和冷冻人类胰岛细胞样本
734	2025-07-20	DIAPH1 Variants in Non-East Asian Patients With Sporadic Moyamoya Disease 2021-08-01, JAMA neurology IF:20.4Q1 DOI:10.1001/jamaneurol.2021.1681 PMID:34125151	研究论文	本研究通过全外显子测序分析了非东亚人群散发性烟雾病（MMD）患者的基因变异，发现DIAPH1基因变异与MMD风险相关	首次在非东亚人群中发现DIAPH1基因变异与散发性烟雾病的关联，并揭示了血管细胞肌动蛋白重塑在MMD发病机制中的作用	样本量相对较小（发现队列24例，验证队列84例），且主要针对非东亚人群，结果可能不适用于其他人群	评估超罕见新生变异和罕见有害遗传变异是否与烟雾病风险相关	烟雾病患者及其父母（当可获得时）	遗传学	烟雾病	全外显子测序，单细胞RNA测序	NA	基因组数据	发现队列24例（22个家系和2例单例），验证队列84例（29个家系和55例单例）
735	2025-07-20	Transcriptional programs of neoantigen-specific TIL in anti-PD-1-treated lung cancers 2021-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03752-4 PMID:34290408	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了抗PD-1治疗的非小细胞肺癌中突变相关新抗原特异性T细胞的转录程序	首次揭示了突变相关新抗原特异性TIL的独特转录程序及其在PD-1阻断治疗中的作用	研究样本仅限于非小细胞肺癌患者，结果可能不适用于其他癌症类型	探究抗PD-1治疗中突变相关新抗原特异性T细胞的转录特征及其与治疗反应的关系	非小细胞肺癌患者的肿瘤浸润淋巴细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序、T细胞受体测序	NA	转录组数据	抗PD-1治疗的非小细胞肺癌患者样本
736	2025-07-20	New insights for precision treatment of glioblastoma from analysis of single-cell lncRNA expression 2021-Jul, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-021-03584-9 PMID:33693962	研究论文	本研究通过分析单细胞lncRNA表达，为胶质母细胞瘤的精准治疗提供了新的见解	使用lncRNA作为分型标志物并结合单细胞表达谱对胶质母细胞瘤进行重新分型，提出了新的精准治疗策略	研究基于公开数据库数据，未进行实验验证	提高胶质母细胞瘤分子分型的精确性并探索新的精准治疗策略	胶质母细胞瘤患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞测序	Seurat, t-SNE	单细胞表达数据	GSE84465和TCGA数据库中的胶质母细胞瘤样本
737	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing identifies macrophage transcriptional heterogeneities in granulomatous diseases 2021-06, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.03794-2020 PMID:33602861	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
738	2025-07-20	Systematic determination of the mitochondrial proportion in human and mice tissues for single-cell RNA-sequencing data quality control 2021-05-17, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa751 PMID:32840568	研究论文	本文系统分析了人类和小鼠组织中单细胞RNA测序数据中的线粒体比例，提出了新的参考值以改进数据质量控制	首次系统评估了跨物种、单细胞技术、组织和细胞类型中使用统一线粒体比例阈值的有效性，并提出了针对人类和小鼠不同组织的新参考值	研究仅基于PanglaoDB数据库中的数据集，可能未涵盖所有单细胞技术或组织类型	改进单细胞RNA测序数据质量控制中线粒体比例阈值的设定	人类和小鼠的多种组织	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	5,530,106个细胞(来自1349个注释数据集)
739	2025-07-20	Airspace Macrophages and Monocytes Exist in Transcriptionally Distinct Subsets in Healthy Adults 2021-04-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202005-1989OC PMID:33079572	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了健康成年人肺泡和小气道中存在转录水平不同的巨噬细胞和单核细胞亚群	首次在健康状态下发现并定义了两个新的肺泡巨噬细胞亚群（促炎基因表达谱和金属硫蛋白基因表达谱），以及单核样细胞亚群	样本量较小（仅10名受试者），且仅针对健康成年人进行研究	解析健康人肺泡和小气道中免疫细胞的转录异质性	健康成年人的肺泡灌洗液中的免疫细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	10名健康成年人
740	2025-07-20	Single-cell immunophenotyping of the fetal immune response to maternal SARS-CoV-2 infection in late gestation 2021-Mar-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-311000/v1 PMID:33758834	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，分析了母体SARS-CoV-2感染对胎儿免疫系统的影响	首次在无垂直传播的情况下，揭示了母体SARS-CoV-2感染可能调控胎儿免疫系统的证据	研究仅针对妊娠晚期的母体感染，未涵盖其他妊娠阶段的影响	表征母体SARS-CoV-2感染对胎儿免疫反应的影响	来自母体感染或未感染SARS-CoV-2的新生儿脐带血单核细胞	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序, T细胞受体测序	NA	基因表达数据	来自母体感染或未感染SARS-CoV-2的新生儿脐带血单核细胞样本