单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2025-04-19	Progranulin deficiency in the brain: the interplay between neuronal and non-neuronal cells 2025-Apr-16, Translational neurodegeneration IF:10.8Q1 DOI:10.1186/s40035-025-00475-8 PMID:40234992	综述	本文综述了脑内颗粒蛋白前体（PGRN）缺乏的临床表型及其在额颞叶痴呆（FTD）中的作用，探讨了神经元与非神经元细胞之间的相互作用	强调了PGRN缺乏在多种细胞类型中的特异性表现及其对神经退行性变的影响，特别是脂滴积累的小胶质细胞和髓鞘脂质含量的改变	综述性文章，未提出新的实验数据，主要基于现有研究的总结和分析	探讨PGRN缺乏如何通过神经元与非神经元细胞的相互作用导致神经退行性变和神经炎症	神经元、小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞、内皮细胞和周细胞	神经科学	额颞叶痴呆	单细胞转录组学、诱导多能干细胞技术	NA	患者脑组织、生物流体数据	NA
722	2025-04-19	An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice 2025-Apr-16, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707 PMID:40245497	research paper	该研究揭示了HCK作为非传统T细胞轴的顶端调节因子，在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理过程	发现HCK通过调控非传统T细胞轴（Vγ6Vδ1 T细胞和黏膜相关不变T细胞）驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞级联反应，阐明了COPD的新型免疫病理机制	研究主要基于基因修饰小鼠模型，人类COPD患者中的验证仍需进一步研究	阐明HCK在COPD发病机制中的分子调控网络	基因靶向小鼠（Hck功能获得性突变体）和骨髓嵌合体	免疫病理学	慢性阻塞性肺疾病	基因靶向技术、骨髓嵌合体、组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序	基因修饰小鼠模型	实验数据	基因工程小鼠模型（具体数量未明确说明）
723	2025-04-19	Knockdown TNF family prognosis index crucial gene PDE4B promoted PANoptosis of ovarian carcinoma cell:Based in vitro and in vivo experiments 2025-Apr-16, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102333 PMID:40245751	研究论文	通过体外和体内实验，研究PDE4B基因在卵巢癌细胞PANoptosis中的作用及其预后意义	首次构建了一个包含14个基因的预后模型，并验证了其在卵巢癌诊断和预后中的能力	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	阐明卵巢癌的发病机制并开发预后模型	卵巢癌组织和正常卵巢组织	生物信息学	卵巢癌	转录组数据分析、单细胞测序、GSVA、WGCNA、GO富集分析、多变量Cox回归、LASSO分析	预后模型	转录组数据、单细胞测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了公开数据库中的大量数据
724	2025-04-19	Senescence-induced p21high macrophages contributed to CD8+ T cells-related immune hyporesponsiveness in kidney transplantation via Zfp36/IL-27 axis 2025-Apr-15, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-025-00784-2 PMID:40234384	research paper	该研究探讨了衰老诱导的p21high巨噬细胞通过Zfp36/IL-27轴对肾移植中CD8+ T细胞相关免疫低反应性的影响	揭示了衰老巨噬细胞通过Zfp36/IL-27依赖机制保护肾移植排斥的新机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	探究衰老免疫系统对肾移植排斥反应的影响机制	肾移植受者和小鼠模型	免疫学	肾移植排斥	单细胞转录组分析、siRNA沉默、中和抗体抑制	Zfp36条件性敲除小鼠模型	临床数据、转录组数据	来自中国和德国两大中心的临床数据及小鼠实验样本
725	2025-04-19	Redefining the high variable genes by optimized LOESS regression with positive ratio 2025-Apr-15, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06112-5 PMID:40234751	研究论文	开发了一种基于优化LOESS回归的稳健特征选择算法，用于单细胞RNA测序数据的高可变基因筛选	利用优化的LOESS回归精确捕捉基因平均表达水平与阳性率之间的关系，同时最小化过拟合	NA	提高单细胞RNA测序数据的特征选择效果，以增强下游分析的准确性和有效性	单细胞RNA测序数据中的高可变基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	LOESS回归	基因表达数据	NA
726	2025-04-19	Single-cell transcriptomic dynamics of scallop heart reveals the heterogeneous response to heat stress 2025-Apr-15, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02210-1 PMID:40234911	研究论文	研究通过单细胞转录组学揭示了扇贝心脏在热应激下的异质性反应	首次在开放循环系统动物中揭示了心脏细胞对高温的异质性反应，并识别了一个关键基因AiPLRP2-like在心脏耐热性中的潜在作用	研究仅针对一种软体动物模型（Argopecten irradians），结果可能不适用于其他开放循环系统动物	探究开放循环系统动物心脏在高温应激下的细胞异质性反应	扇贝（Argopecten irradians）的心脏组织	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	NA
727	2025-04-19	Patterns of hemolysis, erythropoiesis, and iron distribution define unique disease trajectories in three mouse models of genetic anemia 2025-Apr-15, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104787 PMID:40245977	research paper	该研究系统比较了三种遗传性贫血小鼠模型（镰状细胞病、β-地中海贫血和遗传性球形红细胞增多症）的溶血模式、红细胞生成和铁分布特征	揭示了三种遗传性贫血模型在溶血严重程度、铁代谢调控和长期铁分布模式上的独特差异，并建立了首个系统性比较框架	研究仅限于三种小鼠模型，人类疾病的复杂性可能未被完全模拟	为人类溶血性疾病的病理生理研究和药物治疗选择合适的动物模型	镰状细胞病(SCD)、β-地中海贫血(THAL)和遗传性球形红细胞增多症(SPH)小鼠模型	血液病学研究	遗传性贫血	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、铁同位素示踪实验	小鼠疾病模型	基因表达数据、铁代谢数据	三种遗传性贫血小鼠模型（具体数量未明确说明）
728	2025-04-19	Unveiling hypoxia-related prognostic and immunotherapeutic biomarkers in lung adenocarcinoma through single-cell and bulk RNA sequencing: Including insights into PGF 2025-Apr-12, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143056 PMID:40228772	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序揭示肺腺癌中与缺氧相关的预后和免疫治疗生物标志物，包括对PGF的见解	识别了与晚期肺腺癌相关的新亚型，发现了具有较高缺氧评分的细胞亚型模块，并开发了基于缺氧相关分子簇的新型预后特征	样本量较小（15例患者），可能限制结果的普遍性	研究缺氧微环境与免疫抵抗之间的相互作用机制，寻找肺腺癌的预后和免疫治疗生物标志物	肺腺癌（LUAD）患者的肿瘤微环境（TME）	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组分析	NA	RNA测序数据	15例肺腺癌患者
729	2025-04-19	Integrated molecular-phenotypic profiling reveals metabolic control of morphological variation in a stem-cell-based embryo model 2025-Apr-11, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.03.012 PMID:40245869	研究论文	本研究通过整合转录组状态和形态历史数据，揭示了干细胞胚胎模型中表型变异的代谢控制机制	首次将时间分辨单细胞RNA测序与基于成像的表型分析相结合，揭示了氧化磷酸化和糖酵解早期失衡对表型变异的驱动作用	研究仅针对模拟胚胎躯干形成的结构，可能不适用于其他类型的干细胞模型	探究干细胞胚胎模型中表型变异的生物学基础	干细胞胚胎模型(SEMs)	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、机器学习、成像分析	机器学习模型(未指定具体类型)	转录组数据、图像数据	未明确说明样本数量
730	2025-04-19	Differences in transcriptome characteristics and drug repositioning of Alzheimer's disease according to sex 2025-Apr-10, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106909 PMID:40220916	research paper	该研究通过RNA测序和转录组分析，探讨了阿尔茨海默病（AD）在不同性别间的转录组差异及药物重定位潜力	首次在AD患者外周血和前额叶皮层组织中系统揭示了性别相关的转录组差异，并预测了性别特异性潜在治疗药物	样本量较小（共54例），且外周血样本可能无法完全反映中枢神经系统变化	探究阿尔茨海默病在性别维度上的转录组特征差异及个性化治疗策略	阿尔茨海默病患者（含轻度认知障碍患者）及健康对照者的外周血和前额叶皮层组织	转录组学	阿尔茨海默病	RNA-seq, snRNA-seq, 转录组分析	NA	基因表达数据	54例外周血样本（含AD/MCI患者及健康对照），另加GEO数据库中的前额叶皮层snRNA-seq数据
731	2025-04-19	Single cell-resolved cellular, transcriptional, and epigenetic changes in mouse T cell populations linked to age-associated immune decline 2025-Apr-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2425992122 PMID:40163732	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和单细胞TCR测序技术，全面分析了小鼠脾脏T细胞在不同年龄阶段的细胞、转录和表观遗传变化	首次在多时间点对小鼠脾脏T细胞进行全面的单细胞多组学分析，揭示了年龄相关的T细胞功能衰退的具体机制	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明年龄相关的T细胞生物学变化及其对免疫功能衰退的影响	小鼠脾脏T细胞	免疫学	老年性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞ATAC测序(scATAC-seq), 单细胞TCR测序	NA	单细胞多组学数据	10个不同年龄组的小鼠脾脏T细胞
732	2025-04-19	Dual genetic tracing demonstrates the heterogeneous differentiation and function of neuromesodermal progenitors in vivo 2025-Apr-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2402305122 PMID:40178900	研究论文	本研究开发了一种双重组酶介导的遗传系统，用于在体内特异性追踪和消融BrachyurySox2神经中胚层祖细胞（NMPs）	开发了一种新的双重组酶介导的遗传系统，用于在体内特异性追踪和消融NMPs，揭示了NMPs的异质性及其在胚胎发育中的功能	缺乏有效的遗传工具用于NMPs的谱系追踪和功能评估	研究神经中胚层祖细胞（NMPs）在胚胎发育中的异质性分化及功能	神经中胚层祖细胞（NMPs）	发育生物学	NA	双重组酶介导的遗传系统，单细胞RNA测序	NA	遗传数据，RNA测序数据	NA
733	2025-04-19	scAMZI: attention-based deep autoencoder with zero-inflated layer for clustering scRNA-seq data 2025-Apr-07, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11511-2 PMID:40197174	研究论文	提出了一种基于注意力自编码器和零膨胀层的深度学习模型scAMZI，用于单细胞RNA测序数据的聚类	结合了SimAM注意力模块、自编码器、ZINB模型和零膨胀层，能够更好地利用细胞特征和处理数据中的零值	未明确提及具体局限性	改进单细胞RNA测序数据的聚类方法	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	自编码器(SimAM, ZINB)	基因表达数据	14个基准scRNA-seq数据集(从数百到数万个细胞)
734	2025-04-19	Decoding B Cells in Autoimmune Diseases Through ScRNA + BCR-Seq: Current Knowledge and Future Directions 2025-04-03, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14070539 PMID:40214492	综述	本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞B细胞受体测序(scBCR-seq)在自身免疫性疾病中B细胞免疫病理机制研究中的应用	揭示了B细胞亚群转录组与B细胞受体(BCR)克隆之间的动态关联，并探讨了双BCR B细胞和B/T双表型细胞在自身免疫中的潜在作用	NA	推动自身免疫性疾病多组学研究和精准治疗范式的创新	B细胞在自身免疫性疾病中的作用	免疫学	自身免疫性疾病	scRNA-seq, scBCR-seq	NA	单细胞转录组数据, B细胞受体序列数据	NA
735	2025-04-19	Lipid metabolism-related genes are involved in the formation of macrophage extracellular traps in allergic airway inflammation 2025-Apr, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00319-5 PMID:39789299	研究论文	本研究探讨了脂质代谢相关基因在过敏性气道炎症中巨噬细胞胞外陷阱（METs）形成中的作用	首次揭示了脂质代谢基因ABCA1、SLC44A2和C3在METs形成中的关键作用，并发现ABCA1在急性和慢性哮喘中表达趋势相反	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏更深入的机制研究	探究脂质代谢是否参与巨噬细胞胞外陷阱的形成及其在哮喘中的作用	巨噬细胞胞外陷阱（METs）和哮喘患者样本	生物信息学与免疫学	哮喘	WGCNA、LASSO回归、Xcell和CIBERSORT算法、单细胞转录组分析、免疫荧光、SYTOX Green染色、Western blot	NA	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE40885、GSE42606、GSE27066、GSE137268、GSE256534）和Tabula Muris数据库数据
736	2025-04-19	Comprehensive analysis of autophagy status and its relationship with immunity and inflammation in ischemic stroke through integrated transcriptomic and single-cell sequencing 2025-Apr, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00320-y PMID:39827328	研究论文	通过整合转录组和单细胞测序技术，全面分析缺血性卒中中自噬状态及其与免疫和炎症的关系	构建了一个具有良好临床效能的卒中诊断模型（AUC=0.87），并鉴定了两种具有不同基因表达模式和免疫细胞浸润的IS亚型	研究中使用的数据集来自公共数据库，可能存在样本选择和偏倚问题	探讨自噬及自噬相关基因在缺血性卒中中的作用	缺血性卒中患者和小鼠模型	生物信息学	缺血性卒中	转录组测序、单细胞测序（scRNA-seq）、WGCNA	机器学习算法	基因表达数据、单细胞数据	来自GEO数据库的IS数据集、外部队列和IS小鼠模型
737	2025-04-19	Integrative analysis of genetic variability and functional traits in lung adenocarcinoma epithelial cells via single-cell RNA sequencing, GWAS, bayesian deconvolution, and machine learning 2025-Apr, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-025-01621-2 PMID:39992528	研究论文	通过单细胞RNA测序、GWAS、贝叶斯反卷积和机器学习技术，综合分析肺腺癌上皮细胞的遗传变异和功能特征	整合多种高通量技术揭示肺腺癌上皮细胞的遗传和功能复杂性，特别关注免疫检查点标志物如PD-L1和CTLA-4	研究主要关注上皮细胞，可能未完全涵盖肿瘤微环境中其他细胞类型的作用	解析肺腺癌的遗传和功能复杂性，为个性化治疗策略提供依据	肺腺癌上皮细胞	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, GWAS, 贝叶斯反卷积, 机器学习	机器学习模型	单细胞RNA测序数据, GWAS数据	NA
738	2025-04-19	Single-cell and spatial genomic landscape of non-small cell lung cancer brain metastases 2025-Apr, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03530-z PMID:40016452	研究论文	本研究通过多模态单核RNA测序、T细胞受体测序、单细胞空间转录组和全基因组测序，探讨了非小细胞肺癌脑转移的基因组和肿瘤微环境特征	揭示了脑转移瘤中染色体不稳定性（CIN）的基因组特征，并发现了一个在脑转移瘤中显著富集的神经样转录程序	研究主要基于治疗初期的患者样本，未涉及治疗后复发的脑转移瘤	探索非小细胞肺癌脑转移的分子生物学机制	非小细胞肺癌患者的脑转移瘤和原发肿瘤	基因组学	非小细胞肺癌	单核RNA测序、T细胞受体测序、单细胞空间转录组、全基因组测序、多重免疫荧光	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	4,869名独立患者和12,275名非小细胞肺癌患者的新队列
739	2025-04-19	Annexin A1 regulates inflammatory-immune response and reduces pancreatic and extra- pancreatic injury during severe acute pancreatitis 2025-Apr, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00321-x PMID:40025269	研究论文	本研究探讨了Annexin A1（Anxa1）在急性胰腺炎中调节炎症反应的作用	揭示了Anxa1在髓系细胞中的动态表达调控及其对胰腺和胰腺外器官损伤的保护作用，并验证了合成肽Ac2-26的治疗潜力	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床中进行验证	探究Anxa1在急性胰腺炎炎症反应调控中的作用及其治疗潜力	髓系细胞、胰腺及胰腺外器官（肺、肝、肾）	免疫学	急性胰腺炎	流式细胞术、单细胞RNA测序、基因表达分析	动物模型	基因表达数据、细胞表型数据	多种动物模型（具体数量未明确说明）
740	2025-04-19	HISSTA: a human in situ single-cell transcriptome atlas 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf142 PMID:40163697	research paper	介绍了一个名为HISSTA的数据库，用于存储和分析人类组织中的单细胞分辨率原位转录组数据	HISSTA数据库首次整合了多种高分辨率原位成像技术生成的数据，并提供了交互式可视化工具	NA	构建一个全面的单细胞分辨率原位转录组数据库，以促进生物学和医学研究	人类组织中的单细胞转录组数据	digital pathology	NA	MERFISH, CosMx SMI, Xenium	NA	spatial transcriptome data	112个样本，2800万个细胞，覆盖16种组织类型，来自63项研究