单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2025-05-06	Single-cell sequencing combined with bulk RNA seq reveals the roles of natural killer cell in prognosis and immunotherapy of hepatocellular carcinoma 2025-May-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99638-w PMID:40312525	研究论文	结合单细胞测序和批量RNA测序技术，研究自然杀伤细胞在肝细胞癌预后和免疫治疗中的作用	首次结合单细胞测序和WGCNA分析，构建基于NK细胞相关基因的风险模型，用于预测HCC患者的预后和免疫治疗反应	研究样本量未明确说明，且模型验证可能需要在更大规模的临床队列中进行	探索NK细胞与肝细胞癌的关系，并构建预后预测模型	肝细胞癌患者和NK细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序, 批量RNA测序, WGCNA, ssGSEA	LASSO + StepCox, Multicox分析	RNA-seq数据	NA
722	2025-05-06	Prognosis, immunological features and potential mechanisms of HKR1 in prostate cancer via single-cell and bulk RNA-sequencing 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14230-9 PMID:40312663	research paper	通过单细胞和批量RNA测序研究HKR1在前列腺癌中的预后、免疫学特征及潜在机制	揭示了HKR1在前列腺癌中的表达、预后价值及其与免疫细胞浸润和信号通路的关联，并鉴定出两个新的lncRNA-RBP-HKR1调控轴	研究主要基于在线数据库和实验室验证，未涉及大规模临床试验	探索HKR1作为前列腺癌预后和免疫治疗反应的新型生物标志物的潜力	前列腺癌组织和细胞系	digital pathology	prostate cancer	bulk RNA-seq, scRNA-seq, qPCR	Cox回归分析	RNA测序数据	前列腺癌细胞系和组织样本
723	2025-05-06	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels the molecular feature of tumor-associated neutrophils of head and neck squamous cell carcinoma 2025-May-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14179-9 PMID:40312694	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，揭示了头颈部鳞状细胞癌中肿瘤相关中性粒细胞的分子特征	开发了一个基于肿瘤相关中性粒细胞特征基因的预后风险模型(NRS)，并验证了其在预测患者总体生存率方面的可靠性	研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究验证	探索肿瘤相关中性粒细胞在头颈部鳞状细胞癌中的临床意义	头颈部鳞状细胞癌患者及其肿瘤相关中性粒细胞	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序, 大块RNA测序	预后风险模型(NRS)	RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的HNSCC患者样本
724	2025-05-06	Habitat radiomics predicts occult lymph node metastasis and uncovers immune microenvironment of head and neck cancer 2025-May-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06474-7 PMID:40312725	研究论文	本研究通过建立基于瘤内、瘤周和栖息地区域的放射组学模型，预测头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的隐匿性淋巴结转移（LNM），并揭示其免疫微环境特征	首次结合瘤内、瘤周和栖息地区域的放射组学特征，构建了预测隐匿性LNM的模型，并通过基因组和单细胞RNA测序揭示了模型的生物学机制	研究样本来自三个医疗中心，可能存在选择偏倚，且单细胞RNA测序样本量较小（n=6）	预测头颈部鳞状细胞癌的隐匿性淋巴结转移并探索其免疫微环境特征	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	放射组学分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	Logistic Regression (LR)、Support Vector Machine (SVM)、Random Forest (RF)	影像数据、基因组数据、单细胞RNA测序数据	训练集330例，内部测试集154例，外部测试集183例，TCGA基因组数据集50例，单细胞RNA测序数据集6例
725	2025-05-06	Therapy-induced senescence is a transient drug resistance mechanism in breast cancer 2025-May-01, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02310-0 PMID:40312750	研究论文	该研究揭示了治疗诱导的衰老（TIS）作为乳腺癌中一种可逆的药物耐药机制	挑战了TIS不可逆的传统观点，证明TIS是一种可逆的药物耐药机制，并可能促进复发	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索治疗诱导的衰老在乳腺癌药物耐药中的作用机制	乳腺癌细胞系和三阴性乳腺癌小鼠模型	癌症生物学	乳腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、表面蛋白质组学	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质组数据	四种乳腺癌细胞系和一个三阴性乳腺癌小鼠模型
726	2025-05-06	Deep scSTAR: leveraging deep learning for the extraction and enhancement of phenotype-associated features from single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics data 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf160 PMID:40315434	研究论文	介绍了一种基于深度学习的工具Deep scSTAR，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中提取和增强表型相关特征	开发了Deep scSTAR工具，能够识别与疾病表型相关的细胞亚群和分子特征，特别是在非小细胞肺癌、肾细胞癌和肝细胞癌中的应用	NA	提高从单细胞和空间转录组数据中提取表型相关特征的准确性和效率	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	非小细胞肺癌, 肾细胞癌, 肝细胞癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学	深度学习	基因表达数据	NA
727	2025-05-06	Research on Peripheral Nerve Aging and Degeneration: Cellular Changes and Mechanism Exploration From the Perspective of Single-Cell Sequencing 2025-May, The European journal of neuroscience DOI:10.1111/ejn.70129 PMID:40317786	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析老年大鼠背根神经节和坐骨神经，探索外周神经系统衰老和退化的机制	首次通过单细胞测序揭示外周神经系统衰老过程中不同细胞类型的转录特征，并发现抗衰老蛋白PCDH9与雪旺细胞增殖分化的关联	研究仅基于大鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探索外周神经系统衰老和退化的细胞变化及分子机制	成年和老年大鼠的背根神经节(DRG)和坐骨神经(SN)	生物医学	老年疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	成年和老年大鼠的DRG和SN组织样本
728	2025-05-06	Histology-Based Virtual RNA Inference Identifies Pathways Associated with Metastasis Risk in Colorectal Cancer 2025-Apr-23, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.04.22.25326170 PMID:40313260	研究论文	本研究通过基于组织学的虚拟RNA推断技术，识别了与结直肠癌转移风险相关的通路	开发了虚拟RNA推断（VRI）技术，直接从H&E染色组织图像中获取空间转录组水平的分子信息，无需进行空间转录组测序	某些肿瘤相关通路仅通过组织学无法完全捕获	改进结直肠癌的筛查、预后评估、疾病管理和治疗方法	结直肠癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	虚拟RNA推断（VRI），空间转录组学（ST）	UNI, ResNet-50, ViT, VMamba	H&E染色组织图像	45名患者，超过300,000个Visium点
729	2025-05-06	Construction of a Prognostic Model for Lysosome-dependent Cell Death in Gastric Cancer Based on Single-cell RNA-seq and Bulk RNA-seq Data 2025-Apr-20, Biomedical and environmental sciences : BES IF:3.0Q2 DOI:10.3967/bes2024.159 PMID:40320925	研究论文	基于单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，构建了胃癌中溶酶体依赖性细胞死亡的预后模型	识别了与胃癌溶酶体依赖性细胞死亡相关的预后基因，并建立了具有强大预测能力的风险模型	研究依赖于特定数据集（TCGA和GSE183904），可能限制了结果的普遍适用性	识别与胃癌溶酶体依赖性细胞死亡相关的预后基因并构建预测模型	胃癌患者及其相关基因表达数据	数字病理学	胃癌	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, WGCNA, Cox回归分析	风险模型	基因表达数据	TCGA数据集中的胃癌样本及GSE183904单细胞数据集
730	2025-05-06	A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1 PMID:40321764	研究论文	本文介绍了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，旨在整合组织病理学图像和转录组学数据	开发了OmiCLIP模型，首次将H&E图像与转录组学数据通过组织块进行整合，并构建了Loki平台提供多种功能	未明确提及具体限制，但可能涉及模型在更广泛数据集上的泛化能力	开发一个能够整合组织病理学图像和转录组学数据的计算模型	组织病理学图像和转录组学数据	数字病理学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学(ST)	OmiCLIP	图像, 转录组数据	220万对组织图像和转录组数据，涵盖32个器官
731	2025-05-06	Practical microenvironment classification in diffuse large B cell lymphoma using digital pathology 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102030 PMID:40112808	research paper	该研究利用数字病理学和免疫组织化学标记对弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的微环境进行分类，提出了一种基于CD3、CD8、CD68、PD-L1和胶原的染色算法	开发了一种基于免疫组织化学标记和数字病理学的DLBCL微环境分类算法，与转录组分类的一致性超过80%，并验证了其与单细胞测序结果的一致性	未明确说明样本的具体数量或来源限制	将DLBCL的微环境分类整合到临床实践中，以指导精准医疗	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）及其微环境	digital pathology	lymphoma	immunohistochemistry, digital pathology, single-cell sequencing	NA	image, sequencing data	NA
732	2025-05-06	A spatially resolved transcriptome landscape during thyroid cancer progression 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102043 PMID:40157360	research paper	本研究整合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，绘制了甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境（TME）的空间动态变化图谱	揭示了甲状腺癌进展过程中分子和细胞异质性，鉴定了三个不同的甲状腺细胞元簇，并建立了高置信度的细胞间相互作用	NA	探究甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境的空间动态变化	甲状腺癌组织（包括旁甲状腺组织、乳头状甲状腺癌、局部晚期乳头状甲状腺癌和未分化甲状腺癌）	digital pathology	thyroid cancer	spatial transcriptomics, single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	多种甲状腺癌组织样本（具体数量未提及）
733	2025-05-06	Altered baseline immunological state and impaired immune response to SARS-CoV-2 mRNA vaccination in lung transplant recipients 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102050 PMID:40187358	研究论文	研究探讨了肺移植受者在基线状态和接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的免疫状态变化，并与健康对照组进行比较	采用多组学方法揭示了肺移植受者基线免疫状态与严重COVID-19和败血症相似，并发现其疫苗接种后免疫反应受损	研究未涉及其他器官移植受者，且样本量可能有限	评估肺移植受者接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的免疫反应	肺移植受者和健康对照组	免疫学	COVID-19	多组学方法、单细胞RNA测序	NA	免疫学数据、RNA测序数据	肺移植受者和健康对照组
734	2025-05-06	Deconvoluting single-cell transcriptomics reveals cellular programs regulated by cell-cell communication in colorectal cancer 2025-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.09.648030 PMID:40321215	meta-analysis	通过单细胞转录组学解析结直肠癌中细胞间通讯调控的细胞程序	提出了一种新颖的分析框架，利用分层语言模型识别基因表达模块（GEMs），并通过因果发现方法系统地揭示配体-受体信号传导和跨细胞类型通讯调控的GEMs	NA	深入理解结直肠癌中细胞间通讯（CCC）网络的复杂性	153名患者的279个单细胞样本	单细胞转录组学	结直肠癌	单细胞转录组学、空间转录组学	分层语言模型	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	153名患者的279个样本
735	2025-05-06	De novo detection of somatic variants in high-quality long-read single-cell RNA sequencing data 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279281.124 PMID:40107722	研究论文	介绍了一种名为LongSom的计算工作流程，用于从高质量的长读单细胞RNA测序数据中检测体细胞变异	LongSom能够在不需要正常样本的情况下进行从头变异检测，包括线粒体SNVs、拷贝数变异和基因融合，以重建肿瘤克隆异质性	NA	研究癌症进化、克隆异质性和治疗耐药性	人类卵巢癌样本	数字病理学	卵巢癌	长读单细胞RNA测序（LR scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
736	2025-05-06	De novo antibody identification in human blood from full-length single B cell transcriptomics and matching haplotype-resolved germline assemblies 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279392.124 PMID:40118521	研究论文	通过全长单B细胞转录组学和匹配的单倍型解析种系组装，从人类血液中鉴定新抗体	结合种系IG位点的基因组测序和同一供体B细胞的单细胞转录组测序，首次实现了对种系IG单倍型的全面解析及其与表达抗体库的关联分析	研究仅针对MMR疫苗接种后的B细胞，可能无法全面反映其他免疫挑战下的抗体库特征	理解种系IG单倍型如何影响表达的抗体库	人类B细胞及其表达的抗体	免疫组学	麻疹	全长单细胞转录组测序、单倍型解析种系组装	NA	基因组序列、转录组序列	来自同一供体的B细胞（具体数量未明确说明）
737	2025-05-06	Costunolide: Targeting endothelial cell PANoptosis to mitigate lung injury in acute pancreatitis mice 2025-Apr-14, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156767 PMID:40318531	research paper	研究探讨了costunolide（COS）通过抑制内皮细胞PANoptosis来减轻急性胰腺炎（AP）小鼠肺损伤的治疗效果和机制	首次发现COS可作为新型ALDH2激活剂，通过抑制ZBP1介导的内皮细胞PANoptosis来治疗AP相关急性肺损伤（ALI）	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究COS对AP相关ALI的治疗效果及其分子机制	急性胰腺炎小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	生物医学	急性胰腺炎	转录组测序、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟、Western blot、ELISA	小鼠AP模型（部分胰管结扎联合雨蛙素注射）	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本量，但涉及健康小鼠、AP模型小鼠和体外培养的人脐静脉内皮细胞
738	2025-05-06	Single-cell transcriptome analyses of PBMCs reveal the immunological characteristics of individuals with phlegm-dampness constitution 2025-Apr, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1113-3 PMID:40126771	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示痰湿体质个体的免疫学特征	首次使用单细胞RNA测序技术分析痰湿体质个体的外周血单核细胞，揭示其免疫学特征	样本量较小，仅为初步研究	探索中医体质分类的分子免疫学基础	痰湿体质个体的外周血单核细胞(PBMCs)	单细胞转录组学	代谢性疾病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	痰湿体质个体的PBMCs样本
739	2025-05-06	SLC27A2 marks lipid peroxidation in nasal epithelial cells driven by type 2 inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025-Apr, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01440-1 PMID:40195539	研究论文	本文揭示了慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)中鼻息肉上皮细胞脂质代谢失调和脂质过氧化增加在疾病发病机制中的作用	首次发现SLC27A2/FATP2在鼻息肉上皮细胞中的上调与脂质过氧化增加相关，并证实FATP2介导的脂质过氧化是CRSwNP上皮功能障碍和炎症的关键驱动因素	研究主要基于体外实验和测序数据分析，缺乏动物模型验证	阐明慢性鼻窦炎伴鼻息肉的发病机制并寻找潜在治疗靶点	鼻息肉上皮细胞	NA	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
740	2025-05-06	Integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data identifies BHLHE40 as a key gene in pancreatic cancer progression and gemcitabine resistance 2025-Apr, Seminars in oncology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152338 PMID:40250076	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别BHLHE40作为胰腺癌进展和吉西他滨耐药的关键基因	首次发现BHLHE40通过调控SAT1和免疫逃逸机制与胰腺癌的恶性和化疗耐药性显著相关	研究主要基于公共数据集，缺乏实验验证	研究胰腺导管腺癌（PDAC）进展和化疗耐药的分子机制，寻找新的治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ChIP-seq	NA	基因表达数据	公共数据集（TCGA和GEO）