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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7361 | 2025-10-06 |
A single-cell RNA sequencing dataset of peripheral blood cells in long COVID patients on herbal therapy
2025-Jan-30, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-04510-1
PMID:39885244
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研究论文 | 本研究提供了一个关于长新冠患者在接受草药治疗后外周血细胞的单细胞RNA测序数据集 | 首次提供了针对长新冠患者草药治疗前后免疫细胞群体的单细胞转录组数据资源 | 对草药治疗长新冠的有效性和安全性理解仍然有限 | 深入理解草药在长新冠管理中的作用 | 长新冠患者的外周血细胞 | 单细胞转录组学 | 长新冠 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 181,205个通过质量控制的细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7362 | 2025-10-06 |
A quantitative prediction method utilizing whole omics data for biosensing
2025-01-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-84323-1
PMID:39870652
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研究论文 | 开发了一种利用全组学数据进行生物传感的定量预测方法OmicSense | 使用高斯混合模型作为概率分布,能够准确预测每个生物标志物的目标变量,对背景噪声具有鲁棒性且不会过拟合 | NA | 开发一种能够充分利用组学数据构建生物标志物的定量预测方法 | 转录组、代谢组和微生物组数据集 | 机器学习 | NA | 全组学数据分析 | 高斯混合模型 | 组学数据 | NA | NA | 单细胞转录组测序, 代谢组学, 微生物组学 | NA | NA |
7363 | 2025-10-06 |
Regionalized cell and gene signatures govern esophageal epithelial homeostasis
2025-01-20, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.09.025
PMID:39426382
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研究论文 | 通过区域解析的单细胞测序构建成年小鼠食道细胞图谱,揭示食道区域化特征和上皮稳态调控机制 | 首次采用区域解析的Smart-seq3单细胞测序技术,发现位置依赖性转录特征和功能差异的基底祖细胞状态 | 研究仅限于小鼠模型,人类食道的区域化特征可能有所不同 | 解析食道区域化细胞和基因特征对上皮稳态的调控机制 | 成年小鼠食道组织 | 单细胞组学 | 食道疾病 | 单细胞RNA测序,器官样共培养,体内模型 | NA | 单细胞转录组数据 | 成年小鼠食道组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq3 | 区域解析的Smart-seq3单细胞测序 |
7364 | 2025-10-06 |
Elucidating the role of pyrimidine metabolism in prostate cancer and its therapeutic implications
2025-01-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-86052-5
PMID:39814835
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研究论文 | 本研究探讨嘧啶代谢在前列腺癌中的作用及其与免疫微环境、药物敏感性和肿瘤突变负荷的关联 | 首次通过单细胞RNA测序揭示嘧啶代谢在前列腺癌不同亚组中的差异表达模式及其与免疫细胞调控的关联 | 研究样本量有限,需要更大规模验证嘧啶代谢与治疗反应的具体机制 | 阐明嘧啶代谢在前列腺癌进展中的分子机制及其治疗意义 | 前列腺癌样本及其代谢特征 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7365 | 2025-10-06 |
Integrated bioinformatics analysis identified cuproptosis-related hub gene Mpeg1 as potential biomarker in spinal cord injury
2025-01-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-86170-0
PMID:39814871
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研究论文 | 通过生物信息学分析鉴定铜死亡相关枢纽基因Mpeg1作为脊髓损伤的潜在生物标志物 | 首次将铜死亡机制与脊髓损伤相关联,并识别出关键基因Mpeg1在损伤后小胶质细胞中的高表达 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仍需进一步深入 | 探索铜死亡在脊髓损伤中的作用机制并寻找潜在治疗靶点 | 脊髓损伤模型和相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | RNA测序, ssGSEA, WGCNA, PPI分析, 单细胞RNA测序 | 生物信息学分析模型 | 基因表达数据 | GEO数据库中的1、3、7天损伤后脊髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
7366 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq data to explore the key role of fatty acid metabolism in hepatocellular carcinoma
2025-01-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85506-0
PMID:39814999
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据,探索脂肪酸代谢在肝细胞癌中的关键作用 | 首次通过整合单细胞和bulk RNA测序数据系统分析脂质代谢基因在肝细胞癌中的作用,并鉴定PTGES3为关键基因 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 探索脂质代谢在肝细胞癌进展中的机制并寻找潜在治疗靶点 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,WGCNA,分子对接,体外实验 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA),一致性聚类分析 | 转录组数据,临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
7367 | 2025-10-06 |
Multimodal screen identifies noise-regulatory proteins
2025-01-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.09.015
PMID:39406240
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研究论文 | 通过多模态筛选方法鉴定能够调控基因表达噪声的蛋白质 | 首次系统性识别出32个可能调控基因表达噪声的蛋白质,并证明SON蛋白能在不改变平均表达水平的情况下调控转录噪声 | 研究主要聚焦于小鼠胚胎干细胞,在其它细胞类型和生物系统中的普适性需要进一步验证 | 探索是否存在能够独立于平均表达水平调控基因表达噪声的蛋白质或通路 | 小鼠胚胎干细胞和基因表达噪声调控机制 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学,调控因子富集分析,长读长测序,总RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,蛋白质组学 | NA | NA |
7368 | 2025-10-06 |
scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data
2025, BMC methods
DOI:10.1186/s44330-025-00029-4
PMID:40401145
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研究论文 | 开发了一种从单细胞数据推断祖先来源的计算方法 | 首次提出直接从单细胞基因组学数据推断祖先的方法,解决了单细胞图谱中祖先信息缺失的问题 | 依赖于1000 Genomes Project数据集,可能无法覆盖所有人群多样性 | 开发从单细胞数据推断祖先来源的计算工具 | 单细胞基因组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | 基因组数据 | 3201个个体,来自26个人群组 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
7369 | 2025-10-06 |
Bulk and single-cell RNA sequencing identify prognostic signatures related to FGFBP2+ NK cell in hepatocellular carcinoma
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19337
PMID:40416605
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研究论文 | 本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序识别了与FGFBP2+ NK细胞相关的肝细胞癌预后标志物 | 首次系统描绘FGFBP2+ NK细胞在肝细胞癌中的异质性、伪时间轨迹和细胞间通讯,并建立基于八个基因特征的预后风险评分模型 | 数据主要来源于公共数据库,需要进一步实验验证 | 识别与FGFBP2+ NK细胞相关的肝细胞癌预后标志物 | 肝细胞癌样本和FGFBP2+ NK细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 体外实验 | RiskScore模型, Seurat, Monocle2, CellChat, oncoPredict | RNA测序数据, 实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
7370 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal correlation between RNA methylation-related miRNA risk model and immune infiltration in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1553239
PMID:40416872
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示RNA甲基化相关miRNA风险模型与肝细胞癌免疫浸润的关联 | 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,构建RNA甲基化相关miRNA风险模型,并发现miR-4739通过调控SPP1+巨噬细胞促进肝癌进展的新机制 | 研究样本量有限,主要基于生物信息学分析,实验验证主要在体外细胞系中进行 | 探究RNA甲基化相关miRNA在肝细胞癌免疫微环境中的作用及预后价值 | 肝细胞癌患者样本和Huh-7肝癌细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, miRNA测序, 机器学习 | 风险评分模型, 机器学习模型 | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 肝细胞癌患者队列(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
7371 | 2025-10-06 |
Uncovering key regulatory pathways and prognostic biomarkers in the tumor microenvironment of high-grade serous ovarian cancer through single-cell RNA sequencing and experimental validation
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1591430
PMID:40416874
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和实验验证揭示高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中的关键调控通路和预后生物标志物 | 首次通过单细胞RNA测序分析HGSOC肿瘤微环境,发现PTN信号通路的关键调控作用和SDC4作为预后生物标志物的潜力 | 需要进一步研究以完全阐明SDC4在卵巢癌进展中的功能作用 | 识别HGSOC肿瘤微环境中的新型调控靶点和信号通路 | 高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中的细胞类型及其相互作用 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, Western blotting, 生物信息学分析 | 无监督聚类, CellChat分析 | 单细胞RNA测序数据, TCGA数据集, 实验验证数据 | scRNA-seq数据集GSE146026, TCGA数据集, OVCAR3和SKOV3卵巢癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7372 | 2025-10-06 |
Acetylcholine from tuft cells promotes M2 macrophages polarization in Hirschsprung-associated enterocolitis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1559966
PMID:40416975
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研究论文 | 本研究探讨了簇细胞分泌的乙酰胆碱在先天性巨结肠相关小肠结肠炎中促进M2巨噬细胞极化的机制 | 首次发现簇细胞通过分泌乙酰胆碱促进M2巨噬细胞极化,揭示了不同肠段炎症差异的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未在人体临床试验中验证 | 探索乙酰胆碱在HAEC中的抗炎机制,为HAEC防治提供新方向 | Ednrb-/-小鼠模型、肠道类器官、巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 先天性巨结肠相关小肠结肠炎 | 单细胞RNA测序、免疫荧光、Western blot、RT-qPCR、ELISA、类器官培养 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据、细胞培养数据 | Ednrb-/-小鼠模型及体外培养系统 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7373 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic analysis identifies a stress response Schwann cell subtype
2025, Open medicine (Warsaw, Poland)
DOI:10.1515/med-2025-1186
PMID:40417312
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析鉴定出一种与压力感知相关的应激反应施万细胞亚型 | 首次发现并表征了终末分化的应激反应相关施万细胞亚型,揭示了其在神经损伤修复中的新型信号传导机制 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究施万细胞在周围神经系统中的异质性及其在神经损伤修复中的作用 | 正常和脊神经损伤小鼠模型中的背根神经节施万细胞 | 单细胞转录组学 | 周围神经损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 正常和神经损伤小鼠模型的背根神经节细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7374 | 2025-10-06 |
Integration of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing to Identify RNA Modifications-Related Prognostic Signature in Ovarian Cancer
2025, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S523878
PMID:40417417
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研究论文 | 通过整合bulk和单细胞RNA测序数据,识别卵巢癌中RNA修饰相关的预后基因并构建风险预测模型 | 首次整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据系统分析RNA修饰相关基因在卵巢癌预后中的作用 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 识别和验证卵巢癌中RNA修饰相关的预后基因 | 卵巢癌患者 | 生物信息学 | 卵巢癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR | LASSO回归, 机器学习 | 转录组数据, 单细胞数据 | 公共数据库中的卵巢癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
7375 | 2025-10-06 |
Association of High Tumor-Stroma Ratio with Prostate Cancer Progression: Insights from Clinical and Genomic Data
2025, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S515066
PMID:40417419
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研究论文 | 本研究探讨肿瘤-间质比在前列腺癌中的预后价值及其与肿瘤-间质相互作用的关联 | 首次系统评估TSR在前列腺癌中的预后意义,结合临床数据、基因组分析和功能实验验证BGN作为潜在治疗靶点 | 回顾性研究设计,需要前瞻性验证 | 评估肿瘤-间质比在前列腺癌中的预后价值并探索肿瘤-间质相互作用 | 前列腺腺癌患者 | 数字病理学 | 前列腺癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 数字图像分析, qRT-PCR, 体外实验, 体内异种移植实验 | Cox回归模型 | 临床病理数据, 基因组数据, 图像数据 | TCGA队列453例, LUSH队列320例 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7376 | 2025-10-06 |
Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data reveals increased arachidonic acid metabolism in osteoarthritic chondrocytes
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1552029
PMID:40417665
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研究论文 | 通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,揭示骨关节炎软骨细胞中花生四烯酸代谢增强的机制 | 首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,发现增殖性软骨细胞中MIF信号通过ERK/PLA2G4A通路促进花生四烯酸代谢的新机制 | 研究主要基于公共数据库数据和体外实验,需要进一步体内实验验证 | 探究骨关节炎软骨细胞中脂质代谢异常,特别是花生四烯酸代谢的调控机制 | 人膝关节软骨细胞、骨关节炎患者软骨组织、人永生化软骨细胞 | 生物信息学 | 骨关节炎 | RNA-seq, scRNA-seq, GSVA, WGCNA, qPCR, WB, ELISA, IHC | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 公共数据库数据及实验验证样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
7377 | 2025-10-06 |
Near-infrared fluorescent nanoprobe enables noninvasive, longitudinal monitoring of graft outcome in RPE transplantation
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1583790
PMID:40417666
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研究论文 | 本研究开发了一种近红外荧光纳米探针,用于无创监测视网膜色素上皮细胞移植后的移植物存活情况和免疫排斥反应 | 开发了新型近红外荧光纳米探针,首次实现了对RPE移植后免疫排斥反应的纵向无创监测,并通过单细胞RNA测序揭示了免疫排斥的分子机制 | 纳米探针信号在长期监测中会扩散至脉络膜、肝脏和脾脏,可能影响定位准确性 | 开发一种简单有效的方法,用于定量监测RPE细胞移植治疗效果和免疫排斥反应 | 视网膜色素上皮细胞移植小鼠模型 | 生物医学工程 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 近红外荧光成像 | NA | 图像数据, 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7378 | 2025-10-06 |
Disrupting CENP-N mediated SEPT9 methylation as a strategy to inhibit aerobic glycolysis and liver metastasis in colorectal cancer
2024-Dec, Clinical & experimental metastasis
IF:4.2Q2
DOI:10.1007/s10585-024-10316-z
PMID:39424682
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研究论文 | 本研究揭示了CENP-N通过介导SEPT9甲基化促进结直肠癌有氧糖酵解和肝转移的新机制 | 首次发现CENP-N与SEPT9直接相互作用并增强其特定赖氨酸残基的甲基化,从而驱动代谢重编程和转移的新通路 | NA | 探索CENP-N介导SEPT9甲基化在结直肠癌有氧糖酵解和肝转移中的作用机制 | 结直肠癌细胞系及动物模型 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,甲基化特异性PCR,染色质免疫沉淀,功能分析实验 | NA | 基因表达数据,甲基化数据,功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7379 | 2025-10-06 |
Controlling human stem cell-derived islet composition using magnetic sorting
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.19.624394
PMID:39605713
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研究论文 | 本研究开发了一种通过磁性分选控制干细胞来源胰岛细胞组成的方法 | 首次使用基于CD49a标记的磁性激活细胞分选技术来富集功能性β细胞 | 未提及研究的局限性 | 改善干细胞来源胰岛的细胞组成和功能,用于1型糖尿病治疗 | 人类多能干细胞来源的胰岛细胞 | 细胞生物学 | 1型糖尿病 | 磁性激活细胞分选, 单细胞RNA测序, 免疫染色 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7380 | 2025-10-06 |
scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data
2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.14.594208
PMID:38798590
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研究论文 | 开发了一种直接从单细胞基因组数据推断祖先来源的工具scAI-SNP | 首次实现了直接从稀疏的单细胞数据中准确推断个体祖先来源的方法 | 依赖于1000 Genomes Project数据集中的祖先信息SNP,可能不覆盖所有人群 | 开发从单细胞数据推断祖先来源的计算方法 | 单细胞基因组数据中的祖先信息单核苷酸多态性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | 基因组数据 | 1000 Genomes Project中的3201个个体,来自26个人群群体 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |