单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 7361 - 7380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7361 | 2024-10-12 |
Identification of a senescence-related transcriptional signature to uncover molecular subtypes and key genes in hepatocellular carcinoma
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0311696
PMID:39383169
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA-seq数据，分析了肝细胞癌患者的基因表达特征，识别出与衰老相关的分子亚型和关键基因 | 本研究开发了一个肝细胞癌特异性的细胞衰老风险模型，并识别出G6PD作为潜在的衰老相关靶点 | 由于肿瘤异质性和缺乏通用的细胞衰老标志物，准确测量不同类型肿瘤中的细胞衰老水平具有挑战性 | 研究肝细胞癌中与衰老相关的分子特征 | 肝细胞癌患者的基因表达特征 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 肝细胞癌样本 |
| 7362 | 2024-10-12 |
Integrating transcriptomics, eQTL, and Mendelian randomization to dissect monocyte roles in severe COVID-19 and gout flare
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1385316
PMID:39385934
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研究论文 | 本文通过整合转录组学、eQTL和孟德尔随机化方法，探讨了单核细胞在严重COVID-19和痛风发作中的作用 | 本文首次综合利用单细胞RNA测序、大规模全基因组关联研究和表达数量性状位点数据，分析了单核细胞在严重COVID-19和痛风发作中的分子机制 | 本文主要依赖于现有数据集的分析，缺乏实验验证 | 阐明单核细胞在痛风和COVID-19中的分子基础，以开发更有效的治疗方法 | 单核细胞在严重COVID-19和痛风发作中的功能 | 数字病理学 | 痛风 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 涉及严重COVID-19、痛风和正常对照组的单细胞RNA测序数据 |
| 7363 | 2024-10-12 |
Batch-effect correction in single-cell RNA sequencing data using JIVE
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae134
PMID:39387061
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研究论文 | 本文提出了一种增强的JIVE方法，用于大规模单细胞RNA测序数据的批次效应校正 | 本文改进了JIVE方法，使其适用于大规模单细胞数据，并引入了新的应用场景 | NA | 解决单细胞RNA测序分析中的批次效应问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | JIVE | 基因表达数据 | 多个单细胞测序数据集 |
| 7364 | 2024-10-12 |
Defining spatiotemporal gene modules in liver regeneration using Analytical Dynamic Visual Spatial Omics Representation (ADViSOR)
2023-11-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000289
PMID:37889540
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研究论文 | 本文使用ADViSOR计算管道分析空间转录组数据，揭示了肝脏再生过程中基因表达的时空变化 | 提出了ADViSOR计算管道，结合时间间隔主成分分析和滑动动态超图，用于分析空间转录组数据，揭示肝脏再生过程中的时空分子机制 | NA | 研究肝脏再生过程中基因表达的时空变化 | 肝脏再生过程中的基因表达 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 100个基因在肝脏再生过程中的连续检测 |
| 7365 | 2024-10-12 |
Spatial tumour gene signature discriminates neoplastic from non-neoplastic compartments in colon cancer: unravelling predictive biomarkers for relapse
2023-08-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04384-0
PMID:37543577
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研究论文 | 本文通过空间转录组技术研究结肠癌II期患者的组织成分，以识别复发相关的预测性生物标志物 | 开发了一种名为Genes-To-Count（GTC）的计算工具，用于自动化定量原位信号，并准确识别肿瘤和非肿瘤组织区域 | 样本量较小，仅包括10名患者（5名复发和5名未复发） | 探索结肠癌II期患者复发与未复发组织的空间基因表达差异，以发现新的预测性生物标志物 | 结肠癌II期患者的组织样本 | 数字病理学 | 结肠癌 | 原位测序 | NA | 基因表达数据 | 10名结肠癌II期患者（5名复发和5名未复发） |
| 7366 | 2024-10-12 |
Spatially resolved transcriptomic profiles reveal unique defining molecular features of infiltrative 5ALA-metabolizing cells associated with glioblastoma recurrence
2023-07-11, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01207-1
PMID:37434262
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研究论文 | 研究通过空间解析的转录组分析揭示了与胶质母细胞瘤复发相关的5-氨基乙酰丙酸代谢细胞的独特分子特征 | 首次揭示了5-氨基乙酰丙酸代谢细胞在胶质母细胞瘤复发中的作用及其独特的分子特征 | 研究样本量较小，且仅限于IDH-wt胶质母细胞瘤患者 | 探讨5-氨基乙酰丙酸代谢细胞在胶质母细胞瘤复发中的分子特征及其潜在治疗价值 | 5-氨基乙酰丙酸代谢细胞及其在胶质母细胞瘤复发中的作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 空间解析的批量RNA分析 | NA | 转录组数据 | 10名IDH-wt胶质母细胞瘤患者和16名独立IDH-wt胶质母细胞瘤患者 |
| 7367 | 2024-10-12 |
Methylcellulose colony assay and single-cell micro-manipulation reveal progenitor-like cells in adult human pancreatic ducts
2023-03-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.02.001
PMID:36868230
|
研究论文 | 本文通过微操作和三维集落分析，在成人胰腺外分泌组织中鉴定出类似祖细胞的细胞 | 首次在成人胰腺外分泌组织中发现具有自我更新和三系分化能力的祖细胞样细胞 | 研究主要在体外和动物模型中进行，尚未在人体内验证 | 探索成人胰腺中具有再生医学潜力的祖细胞 | 成人胰腺外分泌组织中的祖细胞样细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 成人胰腺外分泌组织样本 |
| 7368 | 2024-10-12 |
Single-cell spatial transcriptomics reveals a dynamic control of metabolic zonation and liver regeneration by endothelial cell Wnt2 and Wnt9b
2022-10-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100754
PMID:36220068
|
研究论文 | 研究揭示了内皮细胞Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的动态调控作用 | 首次明确内皮细胞Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的关键作用，并展示了Wnt激活剂作为急性肝衰竭再生疗法的潜力 | NA | 探讨Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的作用 | 内皮细胞Wnt2和Wnt9b在肝区带形成和再生中的调控机制 | NA | NA | 单细胞分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 7369 | 2024-10-12 |
Syntaxin 4 Enrichment in β-Cells Prevents Conversion to Autoimmune Diabetes in Non-Obese Diabetic (NOD) Mice
2021-12, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db21-0170
PMID:34556496
|
研究论文 | 研究探讨了Syntaxin 4在β细胞中的富集如何防止非肥胖糖尿病（NOD）小鼠向自身免疫性糖尿病的转化 | 首次通过诱导β细胞特异性表达Syntaxin 4，显著降低了NOD小鼠的糖尿病转化率，并揭示了Syntaxin 4在β细胞保护中的机制 | 研究仅在NOD小鼠模型中进行，尚未在人类中验证Syntaxin 4富集的策略 | 探讨Syntaxin 4在β细胞保护中的作用及其在预防或逆转1型糖尿病中的潜力 | Syntaxin 4在β细胞中的表达及其对NOD小鼠糖尿病转化的影响 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NOD-iβSTX4小鼠和NOD-Ctrl小鼠各一组，每组样本数量未明确提及 |
| 7370 | 2024-10-12 |
Modular, efficient and constant-memory single-cell RNA-seq preprocessing
2021-07, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-00870-2
PMID:33795888
|
研究论文 | 描述了一种平衡效率和准确性的单细胞RNA测序数据预处理工作流程 | 工作流程基于kallisto和bustools程序，具有接近最优的速度和恒定的内存需求，适用于任意大规模数据集 | NA | 开发一种高效的单细胞RNA测序数据预处理方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 7371 | 2024-10-11 |
Machine learning based on biological context facilitates the identification of microvascular invasion in intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-Oct-10, Carcinogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/carcin/bgae052
PMID:39086220
|
研究论文 | 本研究利用随机森林模型构建了一个预测微血管侵犯（MVI）的模型，并揭示了其生物学基础 | 本研究首次结合单细胞转录组测序、全外显子测序和蛋白质组测序，构建了一个高准确性的MVI预测模型，并揭示了MVI相关的生物学机制 | 本研究仅限于肝内胆管癌，未涵盖其他类型的癌症 | 开发一个高准确性的微血管侵犯预测模型，并揭示其生物学机制 | 肝内胆管癌中的微血管侵犯 | 机器学习 | 肝内胆管癌 | 单细胞转录组测序、全外显子测序、蛋白质组测序 | 随机森林模型 | 基因组数据、蛋白质组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 7372 | 2024-10-11 |
Small Molecule Hydrogels Loading Small Molecule Drugs from Chinese Medicine for the Enhanced Treatment of Traumatic Brain Injury
2024-Oct-09, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c09097
PMID:39383335
|
研究论文 | 研究了一种源自中药的小分子药物负载的水凝胶，用于增强创伤性脑损伤的治疗 | 开发了一种无需额外药物加载或无活性成分的小分子水凝胶，具有易于制备、成本效益高和生物相容性好的优点 | NA | 探索一种新的创伤性脑损伤治疗方法 | 创伤性脑损伤及其治疗 | NA | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 7373 | 2024-10-11 |
Restoring social deficits in IRSp53-deleted mice: chemogenetic inhibition of ventral dentate gyrus Emx1-expressing cells
2024-Oct-07, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-024-03104-6
PMID:39375329
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研究论文 | 研究通过化学遗传学抑制IRSp53缺失小鼠的腹侧齿状回Emx1表达细胞，恢复其社交缺陷 | 首次确定腹侧齿状回是IRSp53缺失导致社交缺陷的关键脑区，并通过化学遗传学抑制恢复社交缺陷 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨IRSp53缺失导致社交缺陷的脑区机制，并寻找潜在的治疗方法 | IRSp53缺失小鼠的腹侧齿状回Emx1表达细胞 | 神经科学 | 精神疾病 | 化学遗传学抑制 | NA | RNA测序 | IRSp53缺失小鼠和对照小鼠 |
| 7374 | 2024-10-11 |
The axis of tumor-associated macrophages, extracellular matrix proteins, and cancer-associated fibroblasts in oncogenesis
2024-Oct-07, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03518-8
PMID:39375726
|
综述 | 本文综述了肿瘤相关巨噬细胞、细胞外基质蛋白和癌症相关成纤维细胞在肿瘤发生中的相互关系 | 利用单细胞测序技术揭示了肿瘤微环境中细胞外基质蛋白的多样性及其在细胞间信号传导中的作用 | 需要整合单细胞数据并建立一个连贯的框架 | 探讨肿瘤微环境中细胞外基质蛋白、肿瘤相关巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞之间的相互作用 | 肿瘤相关巨噬细胞、细胞外基质蛋白和癌症相关成纤维细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 7375 | 2024-10-11 |
Phenotype remodelling of HNSCC cells in the muscle invasion environment
2024-Oct-07, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05607-8
PMID:39375763
|
研究论文 | 研究探讨了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞在肌肉侵袭环境中的表型重塑及其与肿瘤微环境的相互作用 | 首次揭示了肌肉侵袭性HNSCC细胞的表型功能及其与肿瘤微环境的相互作用，并发现了G0S2作为肌肉侵袭性癌细胞的新标记物 | NA | 研究肌肉侵袭性HNSCC细胞的表型功能及其与肿瘤微环境的相互作用 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞及其在肌肉侵袭环境中的表型变化 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间RNA测序（ST） | NA | RNA测序数据 | 共使用了来自多个数据集的168个样本，包括scRNA-seq数据（N=55）、空间RNA-seq数据（N=4）和转录组数据（N=109） |
| 7376 | 2024-10-11 |
The generation of stable microvessels in ischemia is mediated by endothelial cell derived TRAIL
2024-Oct-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn8760
PMID:39365855
|
研究论文 | 本文探讨了肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体（TRAIL）在缺血条件下促进新血管生成和血管稳定中的作用 | 发现TRAIL在健康循环中的内皮细胞中起重要作用，并在外周动脉疾病（PAD）中受损 | NA | 研究TRAIL在缺血条件下促进新血管生成和血管稳定的作用机制 | 内皮细胞（EC）和周细胞在缺血条件下的相互作用 | NA | 外周动脉疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 7377 | 2024-10-11 |
MerTK+ macrophages promote melanoma progression and immunotherapy resistance through AhR-ALKAL1 activation
2024-Oct-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ado8366
PMID:39365866
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研究论文 | 研究了MerTK+巨噬细胞通过AhR-ALKAL1激活促进黑色素瘤进展和免疫治疗抵抗的机制 | 首次揭示了ALKAL1作为AhR的靶基因促进MerTK磷酸化，增强MerTK巨噬细胞的吞噬活性和免疫抑制表型的机制 | 仅在实验小鼠模型中验证了机制，尚未在人体中进行验证 | 揭示MerTK+巨噬细胞在黑色素瘤进展和免疫治疗抵抗中的作用机制 | MerTK+巨噬细胞及其在黑色素瘤中的功能 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 实验小鼠模型 |
| 7378 | 2024-10-11 |
Proximity-dependent labeling identifies dendritic cells that drive the tumor-specific CD4+ T cell response
2024-Oct-04, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adq8843
PMID:39365874
|
研究论文 | 研究使用基于LIPSTIC的单细胞转录组学方法，识别出能够向CD4 T细胞呈递抗原的树突状细胞（DCs），并探讨了这些DCs在肿瘤引流淋巴结（tdLN）和肿瘤微环境（TME）中的作用 | 首次使用LIPSTIC技术识别出在tdLN和TME中与CD4 T细胞相互作用的DCs，并发现这些DCs具有相似的超激活转录表型 | NA | 探讨树突状细胞在肿瘤特异性CD4+ T细胞反应中的作用及其与免疫检查点阻断疗法的关系 | 树突状细胞（DCs）、肿瘤引流淋巴结（tdLN）、肿瘤微环境（TME）、CD4 T细胞 | 免疫学 | NA | LIPSTIC（Labeling Immune Partnerships by SorTagging Intercellular Contacts） | NA | 单细胞转录组 | NA |
| 7379 | 2024-10-11 |
Absent, but not glucocorticoid-modulated, corticotropin-releasing hormone (Crh) regulates anxiety-like behaviors in mice
2024-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614550
PMID:39386648
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研究论文 | 研究探讨了皮质酮释放激素（Crh）在调节小鼠焦虑样行为中的作用，特别是在下丘脑-垂体-肾上腺（HPA）轴中的作用 | 发现下丘脑Crh的表达在原发性肾上腺功能不全或地塞米松（DEX）治疗下并不改变小鼠的焦虑行为 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨Crh在下丘脑-垂体-肾上腺轴中的作用及其对焦虑样行为的影响 | 小鼠的焦虑样行为和下丘脑Crh的表达 | NA | NA | 空间转录组学和ELISA | NA | 行为数据和生物标志物 | 野生型（WT）小鼠、原发性肾上腺功能不全（KO）小鼠和Crh全局缺失（KO）小鼠 |
| 7380 | 2024-10-11 |
Synergy Between NK Cells and Monocytes in Potentiating Cardiovascular Disease Risk in Severe COVID-19
2024-10, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321085
PMID:38989579
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研究论文 | 研究探讨了自然杀伤细胞（NK细胞）和单核细胞在严重COVID-19患者中增加心血管疾病风险的协同作用 | 首次揭示了NK细胞和单核细胞在严重COVID-19患者中心血管疾病风险增加中的具体机制 | 研究样本量较小，且仅限于严重COVID-19患者，可能限制了结果的普适性 | 探讨严重COVID-19患者中心血管疾病风险增加的免疫机制 | 严重COVID-19患者、康复患者和未感染SARS-CoV-2的对照组 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 光谱流式细胞术、单细胞转录组分析 | NA | 血液样本 | 共77名参与者，包括31名严重COVID-19患者、29名康复患者和17名未感染对照组 |