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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7341 | 2025-05-28 |
Author Correction: Left atrial single-cell transcriptomics reveals amphiregulin as a surrogate marker for atrial fibrillation
2025-May-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08195-5
PMID:40419725
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
7342 | 2025-10-06 |
An inducible mouse model of osteogenesis imperfecta type V reveals aberrant osteogenesis caused by Ifitm5 c.-14C>T mutation
2025-May-24, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf022
PMID:39908237
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研究论文 | 本研究通过构建可诱导的Ifitm5 c.-14C>T突变小鼠模型,揭示了V型成骨不全症的致病机制 | 首次开发了可诱导的Ifitm5 c.-14C>T突变小鼠模型,克服了以往模型胚胎致死的问题,并整合单细胞转录组分析 | 研究主要聚焦于小鼠模型,人类临床转化的适用性仍需进一步验证 | 探究V型成骨不全症中MALEP-IFITM5蛋白的致病机制 | Ifitm5 c.-14C>T突变小鼠模型 | 遗传学 | 成骨不全症 | 单细胞RNA测序,Cre-loxP诱导系统 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据,组织学数据 | 多种Cre品系的Ifitm5突变小鼠(Prx1-Cre、Col1a1-Cre、Ocn-Cre) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7343 | 2025-10-06 |
Unraveling the significance of cuproptosis in hepatocellular carcinoma heterogeneity and tumor microenvironment through integrated single-cell sequencing and machine learning approaches
2025-May-24, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02696-9
PMID:40411678
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研究论文 | 通过整合单细胞测序和机器学习方法揭示铜死亡在肝细胞癌异质性和肿瘤微环境中的重要性 | 首次系统性地将铜死亡与HCC细胞亚群异质性联系起来,并构建了基于铜死亡相关基因的风险评分模型和预后列线图 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要进一步实验验证 | 探索铜死亡在肝细胞癌异质性和肿瘤微环境中的作用机制 | 肝细胞癌患者单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据 | 生物信息学, 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习 | LASSO回归, Cox回归, WGCNA, 风险评分模型 | 基因表达数据, 临床数据 | 来自GEO、TCGA和ICGC数据库的多个队列样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
7344 | 2025-10-06 |
Prognostic model identification of ribosome biogenesis-related genes in pancreatic cancer based on multiple machine learning analyses
2025-May-24, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02733-7
PMID:40411705
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研究论文 | 本研究通过多机器学习分析识别胰腺癌中核糖体生物合成相关基因的预后模型 | 首次系统筛选胰腺癌中核糖体生物合成相关预后基因并构建九基因风险模型,结合单细胞RNA测序验证关键基因表达模式 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证机制 | 探索核糖体生物合成在胰腺癌中的分子机制并开发预后预测模型 | 胰腺癌患者基因表达数据 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,机器学习算法 | Cox回归,机器学习算法 | 基因表达数据 | TCGA和GEO数据库中的胰腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | GSE155698数据集 |
7345 | 2025-10-06 |
Compromised efferocytosis during aging is related to COVID-19 severity in mice
2025-May-24, Virologica Sinica
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.virs.2025.05.008
PMID:40419113
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研究论文 | 本研究通过建立衰老小鼠COVID-19模型,揭示了衰老个体中胞葬作用受损与COVID-19严重程度的相关机制 | 首次在衰老小鼠模型中证明SARS-CoV-2感染导致胞葬作用受损,并阐明其与过度炎症反应的关联 | 研究基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究衰老个体中COVID-19病情加重的免疫机制 | 年轻和衰老小鼠的肺组织免疫细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 年轻和衰老小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7346 | 2025-10-06 |
Controlling Human Stem Cell-Derived Islet Composition Using Magnetic Sorting
2025-May-21, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.29030
PMID:40400171
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研究论文 | 本研究开发了一种通过磁激活细胞分选技术富集干细胞衍生胰岛中功能性β细胞的方法 | 首次使用CD49a标记通过磁分选技术控制干细胞衍生胰岛的细胞组成,显著提高了β细胞比例和功能 | 研究主要关注CD49a标记的富集效果,对其他细胞类型的影响和长期安全性需要进一步验证 | 改善干细胞衍生胰岛的细胞组成和功能,提高其治疗1型糖尿病的疗效 | 人类多能干细胞衍生的胰岛细胞 | 细胞生物学 | 1型糖尿病 | 磁激活细胞分选,单细胞RNA测序,免疫染色 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 人类多能干细胞衍生的胰岛细胞,移植到糖尿病小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7347 | 2025-10-06 |
AI-Driven Multiscale Study on the Mechanism of Polygonati Rhizoma in Regulating Immune Function in STAD
2025-May-20, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.5c00981
PMID:40415801
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研究论文 | 本研究通过AI驱动的多尺度分析方法揭示了黄精在胃腺癌中调节免疫功能的分子机制 | 首次结合AI驱动的网络药理学、生物信息学和单细胞RNA测序技术系统研究黄精在STAD中的多靶点免疫调节机制 | 研究主要基于计算预测和体外实验,需要进一步的体内实验和临床研究验证 | 探索黄精在胃腺癌中调节肿瘤免疫微环境的多靶点作用机制 | 黄精活性成分、胃腺癌细胞系HGC-27、消化系统肿瘤的单细胞数据 | 生物信息学 | 胃腺癌 | 单细胞RNA测序,网络药理学,分子对接,分子动力学模拟 | 机器学习算法 | 基因表达数据,单细胞数据 | 5589个免疫相关基因,18个重叠差异表达基因 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7348 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing in Incontinentia Pigmenti With Neonatal Encephalopathy Reveals Broad Immune Activation Moderated by Steroids
2025-May, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation
DOI:10.1212/NXI.0000000000200358
PMID:40020213
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究色素失禁症伴新生儿脑病患者的免疫激活状态及类固醇治疗的影响 | 首次在单个色素失禁症新生儿患者中应用单细胞RNA测序技术,揭示类固醇治疗对免疫激活的调节作用 | 研究仅基于单个病例(n=1),样本量有限 | 探究色素失禁症伴新生儿脑病的细胞特异性基因表达及类固醇治疗机制 | 色素失禁症新生儿患者与健康对照幼儿 | 单细胞测序 | 色素失禁症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1例IP患者(治疗前后) + 1例健康对照,共20,411个细胞 | HIVE | 单细胞RNA-seq | HIVE单细胞系统 | HIVEsingle-cell system |
7349 | 2025-10-06 |
An integrated machine learning model of transcriptomic genes in multi-center chronic obstructive pulmonary disease reveals the causal role of TIMP4 in airway epithelial cell
2025-Apr-23, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03238-1
PMID:40269868
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研究论文 | 本研究通过整合多中心COPD转录组数据,开发了13基因模型并鉴定TIMP4为关键致病基因 | 首次通过多中心数据整合和机器学习方法识别出与COPD发病机制相关的核心基因集,并验证TIMP4在纤毛细胞中的致病作用 | 研究样本来源仅限于两个中心,功能验证仍处于初步阶段 | 识别COPD发病机制中独立于患者变异性的核心基因集 | COPD患者肺组织样本和原代人气道上皮细胞 | 机器学习 | 慢性阻塞性肺疾病 | 加权基因共表达网络分析,机器学习,孟德尔随机化,单细胞测序 | 基因表达模型 | 转录组测序数据 | 来自两个中心的COPD患者肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7350 | 2025-10-06 |
Piezo1-Mediated Calcium Flux Transfers Mechanosignal to Yes-Associated Protein to Stimulate Matrix Production in Keloid
2025-Apr-18, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.03.039
PMID:40254148
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研究论文 | 本研究揭示了Piezo1通过钙流调控YAP核转位促进瘢痕疙瘩基质产生的机械信号传导机制 | 首次发现Piezo1/钙流/YAP信号轴在瘢痕疙瘩机械信号传导中的关键作用,并验证其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于体外实验和动物模型,尚未进行临床试验验证 | 探索机械力诱导瘢痕疙瘩形成的分子机制 | 人源瘢痕疙瘩成纤维细胞和患者来源的瘢痕疙瘩异种移植模型 | 分子生物学 | 瘢痕疙瘩 | 单细胞转录组分析, 原子力显微镜, 钙离子荧光指示剂, 免疫荧光染色, 转录组学 | NA | 基因表达数据, 生物力学数据, 影像数据 | 人源瘢痕疙瘩成纤维细胞和正常皮肤成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
7351 | 2025-10-06 |
A single-cell RNA sequencing dataset of peripheral blood cells in long COVID patients on herbal therapy
2025-Jan-30, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-04510-1
PMID:39885244
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研究论文 | 本研究提供了一个关于长新冠患者在接受草药治疗后外周血细胞的单细胞RNA测序数据集 | 首次提供了针对长新冠患者草药治疗前后免疫细胞群体的单细胞转录组数据资源 | 对草药治疗长新冠的有效性和安全性理解仍然有限 | 深入理解草药在长新冠管理中的作用 | 长新冠患者的外周血细胞 | 单细胞转录组学 | 长新冠 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 181,205个通过质量控制的细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7352 | 2025-10-06 |
A quantitative prediction method utilizing whole omics data for biosensing
2025-01-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-84323-1
PMID:39870652
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研究论文 | 开发了一种利用全组学数据进行生物传感的定量预测方法OmicSense | 使用高斯混合模型作为概率分布,能够准确预测每个生物标志物的目标变量,对背景噪声具有鲁棒性且不会过拟合 | NA | 开发一种能够充分利用组学数据构建生物标志物的定量预测方法 | 转录组、代谢组和微生物组数据集 | 机器学习 | NA | 全组学数据分析 | 高斯混合模型 | 组学数据 | NA | NA | 单细胞转录组测序, 代谢组学, 微生物组学 | NA | NA |
7353 | 2025-10-06 |
Regionalized cell and gene signatures govern esophageal epithelial homeostasis
2025-01-20, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.09.025
PMID:39426382
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研究论文 | 通过区域解析的单细胞测序构建成年小鼠食道细胞图谱,揭示食道区域化特征和上皮稳态调控机制 | 首次采用区域解析的Smart-seq3单细胞测序技术,发现位置依赖性转录特征和功能差异的基底祖细胞状态 | 研究仅限于小鼠模型,人类食道的区域化特征可能有所不同 | 解析食道区域化细胞和基因特征对上皮稳态的调控机制 | 成年小鼠食道组织 | 单细胞组学 | 食道疾病 | 单细胞RNA测序,器官样共培养,体内模型 | NA | 单细胞转录组数据 | 成年小鼠食道组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq3 | 区域解析的Smart-seq3单细胞测序 |
7354 | 2025-10-06 |
Elucidating the role of pyrimidine metabolism in prostate cancer and its therapeutic implications
2025-01-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-86052-5
PMID:39814835
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研究论文 | 本研究探讨嘧啶代谢在前列腺癌中的作用及其与免疫微环境、药物敏感性和肿瘤突变负荷的关联 | 首次通过单细胞RNA测序揭示嘧啶代谢在前列腺癌不同亚组中的差异表达模式及其与免疫细胞调控的关联 | 研究样本量有限,需要更大规模验证嘧啶代谢与治疗反应的具体机制 | 阐明嘧啶代谢在前列腺癌进展中的分子机制及其治疗意义 | 前列腺癌样本及其代谢特征 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7355 | 2025-10-06 |
Integrated bioinformatics analysis identified cuproptosis-related hub gene Mpeg1 as potential biomarker in spinal cord injury
2025-01-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-86170-0
PMID:39814871
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研究论文 | 通过生物信息学分析鉴定铜死亡相关枢纽基因Mpeg1作为脊髓损伤的潜在生物标志物 | 首次将铜死亡机制与脊髓损伤相关联,并识别出关键基因Mpeg1在损伤后小胶质细胞中的高表达 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仍需进一步深入 | 探索铜死亡在脊髓损伤中的作用机制并寻找潜在治疗靶点 | 脊髓损伤模型和相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | RNA测序, ssGSEA, WGCNA, PPI分析, 单细胞RNA测序 | 生物信息学分析模型 | 基因表达数据 | GEO数据库中的1、3、7天损伤后脊髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
7356 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq data to explore the key role of fatty acid metabolism in hepatocellular carcinoma
2025-01-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85506-0
PMID:39814999
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据,探索脂肪酸代谢在肝细胞癌中的关键作用 | 首次通过整合单细胞和bulk RNA测序数据系统分析脂质代谢基因在肝细胞癌中的作用,并鉴定PTGES3为关键基因 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 探索脂质代谢在肝细胞癌进展中的机制并寻找潜在治疗靶点 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,WGCNA,分子对接,体外实验 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA),一致性聚类分析 | 转录组数据,临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
7357 | 2025-10-06 |
Multimodal screen identifies noise-regulatory proteins
2025-01-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.09.015
PMID:39406240
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研究论文 | 通过多模态筛选方法鉴定能够调控基因表达噪声的蛋白质 | 首次系统性识别出32个可能调控基因表达噪声的蛋白质,并证明SON蛋白能在不改变平均表达水平的情况下调控转录噪声 | 研究主要聚焦于小鼠胚胎干细胞,在其它细胞类型和生物系统中的普适性需要进一步验证 | 探索是否存在能够独立于平均表达水平调控基因表达噪声的蛋白质或通路 | 小鼠胚胎干细胞和基因表达噪声调控机制 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学,调控因子富集分析,长读长测序,总RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,蛋白质组学 | NA | NA |
7358 | 2025-10-06 |
scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data
2025, BMC methods
DOI:10.1186/s44330-025-00029-4
PMID:40401145
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研究论文 | 开发了一种从单细胞数据推断祖先来源的计算方法 | 首次提出直接从单细胞基因组学数据推断祖先的方法,解决了单细胞图谱中祖先信息缺失的问题 | 依赖于1000 Genomes Project数据集,可能无法覆盖所有人群多样性 | 开发从单细胞数据推断祖先来源的计算工具 | 单细胞基因组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | 基因组数据 | 3201个个体,来自26个人群组 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
7359 | 2025-10-06 |
Bulk and single-cell RNA sequencing identify prognostic signatures related to FGFBP2+ NK cell in hepatocellular carcinoma
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19337
PMID:40416605
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研究论文 | 本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序识别了与FGFBP2+ NK细胞相关的肝细胞癌预后标志物 | 首次系统描绘FGFBP2+ NK细胞在肝细胞癌中的异质性、伪时间轨迹和细胞间通讯,并建立基于八个基因特征的预后风险评分模型 | 数据主要来源于公共数据库,需要进一步实验验证 | 识别与FGFBP2+ NK细胞相关的肝细胞癌预后标志物 | 肝细胞癌样本和FGFBP2+ NK细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 体外实验 | RiskScore模型, Seurat, Monocle2, CellChat, oncoPredict | RNA测序数据, 实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
7360 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal correlation between RNA methylation-related miRNA risk model and immune infiltration in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1553239
PMID:40416872
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示RNA甲基化相关miRNA风险模型与肝细胞癌免疫浸润的关联 | 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,构建RNA甲基化相关miRNA风险模型,并发现miR-4739通过调控SPP1+巨噬细胞促进肝癌进展的新机制 | 研究样本量有限,主要基于生物信息学分析,实验验证主要在体外细胞系中进行 | 探究RNA甲基化相关miRNA在肝细胞癌免疫微环境中的作用及预后价值 | 肝细胞癌患者样本和Huh-7肝癌细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, miRNA测序, 机器学习 | 风险评分模型, 机器学习模型 | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 肝细胞癌患者队列(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |