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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7341 | 2025-10-06 |
AI-Driven Multiscale Study on the Mechanism of Polygonati Rhizoma in Regulating Immune Function in STAD
2025-May-20, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.5c00981
PMID:40415801
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研究论文 | 本研究通过AI驱动的多尺度分析方法揭示了黄精在胃腺癌中调节免疫功能的分子机制 | 首次结合AI驱动的网络药理学、生物信息学和单细胞RNA测序技术系统研究黄精在STAD中的多靶点免疫调节机制 | 研究主要基于计算预测和体外实验,需要进一步的体内实验和临床研究验证 | 探索黄精在胃腺癌中调节肿瘤免疫微环境的多靶点作用机制 | 黄精活性成分、胃腺癌细胞系HGC-27、消化系统肿瘤的单细胞数据 | 生物信息学 | 胃腺癌 | 单细胞RNA测序,网络药理学,分子对接,分子动力学模拟 | 机器学习算法 | 基因表达数据,单细胞数据 | 5589个免疫相关基因,18个重叠差异表达基因 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7342 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing in Incontinentia Pigmenti With Neonatal Encephalopathy Reveals Broad Immune Activation Moderated by Steroids
2025-May, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation
DOI:10.1212/NXI.0000000000200358
PMID:40020213
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究色素失禁症伴新生儿脑病患者的免疫激活状态及类固醇治疗的影响 | 首次在单个色素失禁症新生儿患者中应用单细胞RNA测序技术,揭示类固醇治疗对免疫激活的调节作用 | 研究仅基于单个病例(n=1),样本量有限 | 探究色素失禁症伴新生儿脑病的细胞特异性基因表达及类固醇治疗机制 | 色素失禁症新生儿患者与健康对照幼儿 | 单细胞测序 | 色素失禁症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1例IP患者(治疗前后) + 1例健康对照,共20,411个细胞 | HIVE | 单细胞RNA-seq | HIVE单细胞系统 | HIVEsingle-cell system |
7343 | 2025-10-06 |
An integrated machine learning model of transcriptomic genes in multi-center chronic obstructive pulmonary disease reveals the causal role of TIMP4 in airway epithelial cell
2025-Apr-23, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03238-1
PMID:40269868
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研究论文 | 本研究通过整合多中心COPD转录组数据,开发了13基因模型并鉴定TIMP4为关键致病基因 | 首次通过多中心数据整合和机器学习方法识别出与COPD发病机制相关的核心基因集,并验证TIMP4在纤毛细胞中的致病作用 | 研究样本来源仅限于两个中心,功能验证仍处于初步阶段 | 识别COPD发病机制中独立于患者变异性的核心基因集 | COPD患者肺组织样本和原代人气道上皮细胞 | 机器学习 | 慢性阻塞性肺疾病 | 加权基因共表达网络分析,机器学习,孟德尔随机化,单细胞测序 | 基因表达模型 | 转录组测序数据 | 来自两个中心的COPD患者肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7344 | 2025-10-06 |
Piezo1-Mediated Calcium Flux Transfers Mechanosignal to Yes-Associated Protein to Stimulate Matrix Production in Keloid
2025-Apr-18, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.03.039
PMID:40254148
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研究论文 | 本研究揭示了Piezo1通过钙流调控YAP核转位促进瘢痕疙瘩基质产生的机械信号传导机制 | 首次发现Piezo1/钙流/YAP信号轴在瘢痕疙瘩机械信号传导中的关键作用,并验证其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于体外实验和动物模型,尚未进行临床试验验证 | 探索机械力诱导瘢痕疙瘩形成的分子机制 | 人源瘢痕疙瘩成纤维细胞和患者来源的瘢痕疙瘩异种移植模型 | 分子生物学 | 瘢痕疙瘩 | 单细胞转录组分析, 原子力显微镜, 钙离子荧光指示剂, 免疫荧光染色, 转录组学 | NA | 基因表达数据, 生物力学数据, 影像数据 | 人源瘢痕疙瘩成纤维细胞和正常皮肤成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
7345 | 2025-10-06 |
A single-cell RNA sequencing dataset of peripheral blood cells in long COVID patients on herbal therapy
2025-Jan-30, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-04510-1
PMID:39885244
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研究论文 | 本研究提供了一个关于长新冠患者在接受草药治疗后外周血细胞的单细胞RNA测序数据集 | 首次提供了针对长新冠患者草药治疗前后免疫细胞群体的单细胞转录组数据资源 | 对草药治疗长新冠的有效性和安全性理解仍然有限 | 深入理解草药在长新冠管理中的作用 | 长新冠患者的外周血细胞 | 单细胞转录组学 | 长新冠 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 181,205个通过质量控制的细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7346 | 2025-10-06 |
A quantitative prediction method utilizing whole omics data for biosensing
2025-01-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-84323-1
PMID:39870652
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研究论文 | 开发了一种利用全组学数据进行生物传感的定量预测方法OmicSense | 使用高斯混合模型作为概率分布,能够准确预测每个生物标志物的目标变量,对背景噪声具有鲁棒性且不会过拟合 | NA | 开发一种能够充分利用组学数据构建生物标志物的定量预测方法 | 转录组、代谢组和微生物组数据集 | 机器学习 | NA | 全组学数据分析 | 高斯混合模型 | 组学数据 | NA | NA | 单细胞转录组测序, 代谢组学, 微生物组学 | NA | NA |
7347 | 2025-10-06 |
Regionalized cell and gene signatures govern esophageal epithelial homeostasis
2025-01-20, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.09.025
PMID:39426382
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研究论文 | 通过区域解析的单细胞测序构建成年小鼠食道细胞图谱,揭示食道区域化特征和上皮稳态调控机制 | 首次采用区域解析的Smart-seq3单细胞测序技术,发现位置依赖性转录特征和功能差异的基底祖细胞状态 | 研究仅限于小鼠模型,人类食道的区域化特征可能有所不同 | 解析食道区域化细胞和基因特征对上皮稳态的调控机制 | 成年小鼠食道组织 | 单细胞组学 | 食道疾病 | 单细胞RNA测序,器官样共培养,体内模型 | NA | 单细胞转录组数据 | 成年小鼠食道组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq3 | 区域解析的Smart-seq3单细胞测序 |
7348 | 2025-10-06 |
Elucidating the role of pyrimidine metabolism in prostate cancer and its therapeutic implications
2025-01-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-86052-5
PMID:39814835
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研究论文 | 本研究探讨嘧啶代谢在前列腺癌中的作用及其与免疫微环境、药物敏感性和肿瘤突变负荷的关联 | 首次通过单细胞RNA测序揭示嘧啶代谢在前列腺癌不同亚组中的差异表达模式及其与免疫细胞调控的关联 | 研究样本量有限,需要更大规模验证嘧啶代谢与治疗反应的具体机制 | 阐明嘧啶代谢在前列腺癌进展中的分子机制及其治疗意义 | 前列腺癌样本及其代谢特征 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7349 | 2025-10-06 |
Integrated bioinformatics analysis identified cuproptosis-related hub gene Mpeg1 as potential biomarker in spinal cord injury
2025-01-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-86170-0
PMID:39814871
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研究论文 | 通过生物信息学分析鉴定铜死亡相关枢纽基因Mpeg1作为脊髓损伤的潜在生物标志物 | 首次将铜死亡机制与脊髓损伤相关联,并识别出关键基因Mpeg1在损伤后小胶质细胞中的高表达 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证仍需进一步深入 | 探索铜死亡在脊髓损伤中的作用机制并寻找潜在治疗靶点 | 脊髓损伤模型和相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | RNA测序, ssGSEA, WGCNA, PPI分析, 单细胞RNA测序 | 生物信息学分析模型 | 基因表达数据 | GEO数据库中的1、3、7天损伤后脊髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
7350 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq data to explore the key role of fatty acid metabolism in hepatocellular carcinoma
2025-01-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85506-0
PMID:39814999
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据,探索脂肪酸代谢在肝细胞癌中的关键作用 | 首次通过整合单细胞和bulk RNA测序数据系统分析脂质代谢基因在肝细胞癌中的作用,并鉴定PTGES3为关键基因 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 探索脂质代谢在肝细胞癌进展中的机制并寻找潜在治疗靶点 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,WGCNA,分子对接,体外实验 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA),一致性聚类分析 | 转录组数据,临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肝细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
7351 | 2025-10-06 |
Multimodal screen identifies noise-regulatory proteins
2025-01-06, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.09.015
PMID:39406240
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研究论文 | 通过多模态筛选方法鉴定能够调控基因表达噪声的蛋白质 | 首次系统性识别出32个可能调控基因表达噪声的蛋白质,并证明SON蛋白能在不改变平均表达水平的情况下调控转录噪声 | 研究主要聚焦于小鼠胚胎干细胞,在其它细胞类型和生物系统中的普适性需要进一步验证 | 探索是否存在能够独立于平均表达水平调控基因表达噪声的蛋白质或通路 | 小鼠胚胎干细胞和基因表达噪声调控机制 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学,调控因子富集分析,长读长测序,总RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,蛋白质组学 | NA | NA |
7352 | 2025-10-06 |
scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data
2025, BMC methods
DOI:10.1186/s44330-025-00029-4
PMID:40401145
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研究论文 | 开发了一种从单细胞数据推断祖先来源的计算方法 | 首次提出直接从单细胞基因组学数据推断祖先的方法,解决了单细胞图谱中祖先信息缺失的问题 | 依赖于1000 Genomes Project数据集,可能无法覆盖所有人群多样性 | 开发从单细胞数据推断祖先来源的计算工具 | 单细胞基因组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | 基因组数据 | 3201个个体,来自26个人群组 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
7353 | 2025-10-06 |
Bulk and single-cell RNA sequencing identify prognostic signatures related to FGFBP2+ NK cell in hepatocellular carcinoma
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19337
PMID:40416605
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研究论文 | 本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序识别了与FGFBP2+ NK细胞相关的肝细胞癌预后标志物 | 首次系统描绘FGFBP2+ NK细胞在肝细胞癌中的异质性、伪时间轨迹和细胞间通讯,并建立基于八个基因特征的预后风险评分模型 | 数据主要来源于公共数据库,需要进一步实验验证 | 识别与FGFBP2+ NK细胞相关的肝细胞癌预后标志物 | 肝细胞癌样本和FGFBP2+ NK细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 体外实验 | RiskScore模型, Seurat, Monocle2, CellChat, oncoPredict | RNA测序数据, 实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
7354 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal correlation between RNA methylation-related miRNA risk model and immune infiltration in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1553239
PMID:40416872
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示RNA甲基化相关miRNA风险模型与肝细胞癌免疫浸润的关联 | 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,构建RNA甲基化相关miRNA风险模型,并发现miR-4739通过调控SPP1+巨噬细胞促进肝癌进展的新机制 | 研究样本量有限,主要基于生物信息学分析,实验验证主要在体外细胞系中进行 | 探究RNA甲基化相关miRNA在肝细胞癌免疫微环境中的作用及预后价值 | 肝细胞癌患者样本和Huh-7肝癌细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, miRNA测序, 机器学习 | 风险评分模型, 机器学习模型 | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 肝细胞癌患者队列(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
7355 | 2025-10-06 |
Uncovering key regulatory pathways and prognostic biomarkers in the tumor microenvironment of high-grade serous ovarian cancer through single-cell RNA sequencing and experimental validation
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1591430
PMID:40416874
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和实验验证揭示高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中的关键调控通路和预后生物标志物 | 首次通过单细胞RNA测序分析HGSOC肿瘤微环境,发现PTN信号通路的关键调控作用和SDC4作为预后生物标志物的潜力 | 需要进一步研究以完全阐明SDC4在卵巢癌进展中的功能作用 | 识别HGSOC肿瘤微环境中的新型调控靶点和信号通路 | 高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中的细胞类型及其相互作用 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, Western blotting, 生物信息学分析 | 无监督聚类, CellChat分析 | 单细胞RNA测序数据, TCGA数据集, 实验验证数据 | scRNA-seq数据集GSE146026, TCGA数据集, OVCAR3和SKOV3卵巢癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7356 | 2025-10-06 |
Acetylcholine from tuft cells promotes M2 macrophages polarization in Hirschsprung-associated enterocolitis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1559966
PMID:40416975
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研究论文 | 本研究探讨了簇细胞分泌的乙酰胆碱在先天性巨结肠相关小肠结肠炎中促进M2巨噬细胞极化的机制 | 首次发现簇细胞通过分泌乙酰胆碱促进M2巨噬细胞极化,揭示了不同肠段炎症差异的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未在人体临床试验中验证 | 探索乙酰胆碱在HAEC中的抗炎机制,为HAEC防治提供新方向 | Ednrb-/-小鼠模型、肠道类器官、巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 先天性巨结肠相关小肠结肠炎 | 单细胞RNA测序、免疫荧光、Western blot、RT-qPCR、ELISA、类器官培养 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据、细胞培养数据 | Ednrb-/-小鼠模型及体外培养系统 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7357 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic analysis identifies a stress response Schwann cell subtype
2025, Open medicine (Warsaw, Poland)
DOI:10.1515/med-2025-1186
PMID:40417312
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析鉴定出一种与压力感知相关的应激反应施万细胞亚型 | 首次发现并表征了终末分化的应激反应相关施万细胞亚型,揭示了其在神经损伤修复中的新型信号传导机制 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究施万细胞在周围神经系统中的异质性及其在神经损伤修复中的作用 | 正常和脊神经损伤小鼠模型中的背根神经节施万细胞 | 单细胞转录组学 | 周围神经损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 正常和神经损伤小鼠模型的背根神经节细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7358 | 2025-10-06 |
Integration of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing to Identify RNA Modifications-Related Prognostic Signature in Ovarian Cancer
2025, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S523878
PMID:40417417
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研究论文 | 通过整合bulk和单细胞RNA测序数据,识别卵巢癌中RNA修饰相关的预后基因并构建风险预测模型 | 首次整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据系统分析RNA修饰相关基因在卵巢癌预后中的作用 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 识别和验证卵巢癌中RNA修饰相关的预后基因 | 卵巢癌患者 | 生物信息学 | 卵巢癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR | LASSO回归, 机器学习 | 转录组数据, 单细胞数据 | 公共数据库中的卵巢癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
7359 | 2025-10-06 |
Association of High Tumor-Stroma Ratio with Prostate Cancer Progression: Insights from Clinical and Genomic Data
2025, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S515066
PMID:40417419
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研究论文 | 本研究探讨肿瘤-间质比在前列腺癌中的预后价值及其与肿瘤-间质相互作用的关联 | 首次系统评估TSR在前列腺癌中的预后意义,结合临床数据、基因组分析和功能实验验证BGN作为潜在治疗靶点 | 回顾性研究设计,需要前瞻性验证 | 评估肿瘤-间质比在前列腺癌中的预后价值并探索肿瘤-间质相互作用 | 前列腺腺癌患者 | 数字病理学 | 前列腺癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 数字图像分析, qRT-PCR, 体外实验, 体内异种移植实验 | Cox回归模型 | 临床病理数据, 基因组数据, 图像数据 | TCGA队列453例, LUSH队列320例 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7360 | 2025-10-06 |
Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data reveals increased arachidonic acid metabolism in osteoarthritic chondrocytes
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1552029
PMID:40417665
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研究论文 | 通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,揭示骨关节炎软骨细胞中花生四烯酸代谢增强的机制 | 首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,发现增殖性软骨细胞中MIF信号通过ERK/PLA2G4A通路促进花生四烯酸代谢的新机制 | 研究主要基于公共数据库数据和体外实验,需要进一步体内实验验证 | 探究骨关节炎软骨细胞中脂质代谢异常,特别是花生四烯酸代谢的调控机制 | 人膝关节软骨细胞、骨关节炎患者软骨组织、人永生化软骨细胞 | 生物信息学 | 骨关节炎 | RNA-seq, scRNA-seq, GSVA, WGCNA, qPCR, WB, ELISA, IHC | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 公共数据库数据及实验验证样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |