单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7321	2024-10-13	Thalamocortical control of cell-type specificity drives circuits for processing whisker-related information in mouse barrel cortex 2023-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41749-x PMID:37770450	研究论文	研究了小鼠体感皮层中棘星形神经元和锥体神经元在处理胡须诱发信号中的不同作用	通过空间转录组学技术，识别了与细胞类型相关的基因表达模式，并揭示了这些模式与特定丘脑输入在发育过程中的关联	NA	探讨棘星形神经元在处理特定胡须信号和形成特定胡须相关皮层回路中的作用	小鼠体感皮层中的棘星形神经元和锥体神经元	神经科学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠体感皮层样本
7322	2024-10-13	scBridge embraces cell heterogeneity in single-cell RNA-seq and ATAC-seq data integration 2023-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41795-5 PMID:37770437	研究论文	本文提出了一种名为scBridge的多组学数据整合方法，通过利用细胞异质性来提高单细胞RNA测序和ATAC测序数据的整合效果	本文创新性地利用细胞异质性来改善多组学数据整合，而不是将其视为干扰因素	NA	研究如何通过利用细胞异质性来提高单细胞多组学数据的整合效果	单细胞RNA测序和ATAC测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因组数据	七个多组学数据集
7323	2024-10-13	Spatial transcriptomics: recent developments and insights in respiratory research 2023-08-17, Military Medical Research IF:16.7Q1 DOI:10.1186/s40779-023-00471-x PMID:37592342	综述	本文综述了空间转录组学在呼吸系统研究中的最新进展及其应用	空间转录组学填补了传统RNA测序方法在空间定位和细胞相互作用方面的空白	当前挑战包括高通量全长转录组、多组学整合、时空组学和生物信息学分析等	探讨空间转录组学在呼吸系统生理和病理过程中的应用	呼吸系统的细胞异质性和空间定位	空间转录组学	呼吸系统疾病	空间转录组学 (ST)	NA	转录组数据	NA
7324	2024-10-13	Cell-type-specific co-expression inference from single cell RNA-sequencing data 2023-08-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40503-7 PMID:37563115	研究论文	本文提出了一种名为CS-CORE的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型的共表达关系	CS-CORE方法明确地建模了单细胞RNA测序数据中的测序深度变化和测量误差，解决了现有方法在这方面的不足	NA	旨在改进从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型共表达关系的方法	单细胞RNA测序数据中的特定细胞类型共表达关系	生物信息学	阿尔茨海默病, COVID-19	单细胞RNA测序	统计模型	RNA测序数据	包括阿尔茨海默病和COVID-19患者的脑组织和血液样本
7325	2024-10-13	Macrophage-organoid co-culture model for identifying treatment strategies against macrophage-related gemcitabine resistance 2023-Aug-09, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-023-02756-4 PMID:37553567	研究论文	研究通过巨噬细胞与肿瘤类器官共培养模型，揭示了巨噬细胞介导的吉西他滨耐药机制，并提出了新的治疗策略	首次揭示了巨噬细胞-CCL5-Sp1-AREG反馈环在吉西他滨耐药中的作用，并验证了靶向该反馈环的药物组合在胰腺癌治疗中的潜力	研究主要基于体外模型和动物模型，临床应用的有效性和安全性仍需进一步验证	揭示巨噬细胞在胰腺癌吉西他滨耐药中的作用机制，并开发新的治疗策略	胰腺癌患者来源的类器官、巨噬细胞、胰腺癌细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	48名胰腺癌患者，3年内的肿瘤组织样本
7326	2024-10-13	Identification of hepatocellular carcinoma-related subtypes and development of a prognostic model: a study based on ferritinophagy-related genes 2023-Aug-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-023-00756-6 PMID:37555866	研究论文	本研究基于铁蛋白自噬相关基因，识别肝细胞癌相关亚型并开发预测模型	首次探讨了铁蛋白自噬相关基因在肝细胞癌中的潜在作用，并构建了基于这些基因的风险模型	研究主要基于TCGA数据库的数据，可能存在样本偏倚和数据异质性	深入研究肝细胞癌的发生和发展机制，识别新的治疗靶点	肝细胞癌患者及其铁蛋白自噬相关基因的表达	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	LASSO和COX回归分析	基因表达数据	TCGA数据库中的肝细胞癌患者数据
7327	2024-10-13	An atlas of healthy and injured cell states and niches in the human kidney 2023-Jul, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-05769-3 PMID:37468583	研究论文	本文通过应用多种单细胞和单核测序技术以及空间成像技术，构建了健康和受损人类肾脏细胞状态和微环境的综合图谱	本文首次构建了包含51种主要细胞类型的高分辨率细胞图谱，其中包括罕见和先前未描述的细胞群体，并定义了28种在肾损伤中改变的细胞状态	NA	研究肾脏疾病的复杂性，定义细胞类型和状态及其在组织微环境中的相互作用	健康和患病的人类肾脏	数字病理学	肾脏疾病	单细胞测序、单核测序、空间转录组学	NA	细胞数据、图像数据	45个健康肾脏供体和48个患病肾脏患者，超过400,000个细胞或核
7328	2024-10-13	Influenza virus infection increases ACE2 expression and shedding in human small airway epithelial cells 2021-07, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.03988-2020 PMID:33419885	研究论文	研究流感病毒感染如何增加人类小气道上皮细胞中ACE2的表达和脱落，从而增加COVID-19的风险	首次揭示了流感病毒感染会增加ACE2的表达和脱落，从而增加SARS-CoV-2感染的风险	研究主要集中在体外实验，需要进一步的体内实验验证	探讨流感病毒感染如何增加COVID-19的风险	人类小气道上皮细胞和相关分子	NA	呼吸道疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自非疾病供体肺的初级小气道上皮细胞
7329	2024-10-13	Urinary EGF and MCP-1 and risk of CKD after cardiac surgery 2021-06-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.147464 PMID:33974569	研究论文	评估尿液中EGF和MCP-1在心脏手术后预测慢性肾病（CKD）风险的作用	首次评估了细胞完整性标志物EGF和炎症标志物MCP-1在心脏手术后长期肾功能结局中的预测作用，并结合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析了相关基因的转录组变化	研究样本仅来自加拿大和美国的两个中心，可能存在地域偏倚；研究未探讨EGF和MCP-1在其他类型手术或非手术情况下的预测作用	评估心脏手术后尿液中EGF和MCP-1对慢性肾病风险的预测作用	心脏手术后的成年患者及其尿液样本	NA	慢性肾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	尿液样本	865名成年患者
7330	2024-10-12	MIR4435-2HG: A novel biomarker for triple-negative breast cancer diagnosis and prognosis, activating cancer-associated fibroblasts and driving tumor invasion through EMT associated with JNK/c-Jun and p38 MAPK signaling pathway activation 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113191 PMID:39317050	研究论文	本研究旨在鉴定MIR4435-2HG作为三阴性乳腺癌（TNBC）的诊断和预后生物标志物，并探讨其在TNBC中的生物学作用	首次鉴定MIR4435-2HG作为TNBC的诊断和预后生物标志物，并揭示其在激活癌症相关成纤维细胞和驱动肿瘤侵袭中的作用	NA	鉴定MIR4435-2HG作为TNBC的诊断和预后生物标志物，并探讨其在TNBC中的生物学作用	MIR4435-2HG在三阴性乳腺癌中的表达及其生物学功能	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序分析、肿瘤微环境浸润分析、CCK-8、transwell实验、伤口愈合实验、RNA-seq、qRT-PCR、western blotting	NA	转录组数据	来自TCGA数据库的临床病理信息和转录组数据
7331	2024-10-12	Spatial transcriptomics reveal tumor microenvironment and SLCO2A1 correlated with tumor suppression in hypopharyngeal squamous cell carcinoma 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113243 PMID:39340989	研究论文	本文通过空间转录组学分析了喉下鳞状细胞癌（HSCC）的肿瘤微环境，并发现SLCO2A1与肿瘤抑制相关	首次报道了HSCC的空间转录组学分析，揭示了肿瘤微环境和SLCO2A1在肿瘤抑制中的作用	研究样本量较小，仅涉及四名患者	探讨喉下鳞状细胞癌的肿瘤和成纤维细胞异质性以及免疫微环境	喉下鳞状细胞癌的肿瘤组织、肿瘤周围组织和淋巴转移组织	数字病理学	头颈部肿瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	四名喉下鳞状细胞癌患者
7332	2024-10-12	Pivotal role of JNK protein in the therapeutic efficacy of parthenolide against breast cancer: Novel and comprehensive evidences from network pharmacology, single-cell RNA sequencing and metabolomics 2024-Nov, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.135209 PMID:39244135	研究论文	本研究通过整合网络药理学、单细胞RNA测序和代谢组学，评估了小白菊内酯（PTL）在乳腺癌（BC）中的疗效和治疗机制	本研究首次综合运用网络药理学、单细胞RNA测序和代谢组学，揭示了JNK蛋白在PTL治疗乳腺癌中的关键作用，并提出了新的治疗策略	本研究主要基于体外和体内模型进行验证，未来需要更多临床数据支持	评估小白菊内酯在乳腺癌中的疗效和治疗机制	小白菊内酯、JNK蛋白、乳腺癌	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序、代谢组学	NA	RNA、代谢物	70个治疗靶点，16个核心靶点
7333	2024-10-12	Knock-out of CD73 delays the onset of HR-negative breast cancer by reprogramming lipid metabolism and is associated with increased tumor mutational burden 2024-Nov, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.102035 PMID:39304062	研究论文	研究探讨了CD73在HR阴性乳腺癌中的作用，通过代谢重编程影响脂质代谢，并增加肿瘤突变负担	首次揭示了CD73在乳腺癌发生过程中的重要作用，特别是通过调节脂质代谢和增加肿瘤突变负担来影响HR阴性乳腺癌的发展	研究主要基于小鼠模型和公共数据集，需要进一步在人类样本中验证	探讨CD73在乳腺癌发生中的作用及其对脂质代谢和肿瘤突变负担的影响	CD73在HR阴性乳腺癌中的作用及其对脂质代谢和肿瘤突变负担的影响	数字病理学	乳腺癌	RNA测序、免疫组化、蛋白质印迹、气相色谱-电子电离-质谱	NA	RNA、蛋白质、脂质	小鼠模型、公共数据集中的乳腺癌组织和细胞系
7334	2024-10-12	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics of bladder Ewing sarcoma 2024-Oct-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110921 PMID:39386756	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，深入研究了膀胱Ewing肉瘤/原始神经外胚层肿瘤的发病机制	首次揭示了膀胱Ewing肉瘤/原始神经外胚层肿瘤中特化的上皮细胞和肥大细胞的存在，并发现了TNFRSF12A的显著上调	NA	探讨膀胱Ewing肉瘤/原始神经外胚层肿瘤的发病机制	膀胱Ewing肉瘤/原始神经外胚层肿瘤中的特化细胞类型及其相互作用	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	RNA	涉及膀胱Ewing肉瘤/原始神经外胚层肿瘤的多个细胞类型
7335	2024-10-12	CD8+ T cell associated scoring model helps prognostic diagnosis and immunotherapy selection in patients with colon adenocarcinoma 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37998 PMID:39386801	研究论文	研究构建了一个基于CD8+ T细胞标记基因的评分模型，用于结肠腺癌患者的预后诊断和免疫治疗选择	首次基于CD8+ T细胞标记基因构建了一个新的预后评分模型，并验证了其在区分患者免疫治疗反应中的有效性	研究仅使用了5个数据集，样本量相对较小，可能影响模型的普适性	开发一种新的预后评分模型，用于结肠腺癌患者的预后预测和免疫治疗选择	结肠腺癌患者及其免疫治疗反应	数字病理学	结肠腺癌	单细胞转录组测序和Bulk转录组测序	Lasso回归模型	转录组数据	5个数据集，包括单细胞和Bulk转录组数据
7336	2024-10-12	Single-cell sequencing analysis revealed that NEAT1 was a potential biomarker and therapeutic target of prostate cancer 2024-Oct-08, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12926-y PMID:39379919	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了NEAT1作为前列腺癌潜在生物标志物和治疗靶点的可能性	首次通过单细胞RNA测序数据探讨NEAT1在前列腺癌中的作用，并验证了其作为潜在生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和细胞衍生异种移植模型，缺乏临床试验验证	探索前列腺癌发生相关的生物标志物，并验证NEAT1作为潜在治疗靶点的可能性	前列腺癌样本及其相关细胞亚群	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	包括正常、良性前列腺增生和前列腺癌样本，具体数量未明确提及
7337	2024-10-12	The small inhibitor WM-1119 effectively targets KAT6A-rearranged AML, but not KMT2A-rearranged AML, despite shared KAT6 genetic dependency 2024-Oct-08, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01610-0 PMID:39380002	研究论文	研究评估了小分子抑制剂WM-1119对KAT6A重排的AML的疗效，并探讨了其在KMT2A重排的AML中的作用	首次评估了KAT6A抑制剂WM-1119在KAT6A和KMT2A重排的AML中的作用，发现其对KAT6A重排的AML有显著疗效，但对KMT2A重排的AML影响有限	研究主要集中在细胞和分子水平，缺乏临床试验数据支持	评估KAT6A抑制剂WM-1119在不同类型AML中的疗效	KAT6A和KMT2A重排的AML细胞	数字病理学	血液肿瘤	流式细胞术、克隆形成实验、细胞生长实验、shRNA敲减、CRISPR敲除、bulk和单细胞RNA-seq、ChIP-seq	NA	RNA	包括KAT6A和KMT2A重排的AML细胞系及患者原代AML细胞
7338	2024-10-12	Single-cell dissection reveals promotive role of ENO1 in leukemia stem cell self-renewal and chemoresistance in acute myeloid leukemia 2024-Oct-08, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03969-w PMID:39380054	研究论文	研究探讨了ENO1在急性髓系白血病（AML）中对白血病干细胞（LSCs）自我更新和化疗耐药性的促进作用	首次揭示了ENO1在AML中对LSCs自我更新和化疗耐药性的关键作用，并提出了ENO1作为AML靶向治疗和预后标志物的潜力	研究样本量较小，且仅限于AML患者和健康对照组，未来需要更大规模的研究来验证结果	探讨ENO1在AML中对LSCs自我更新和化疗耐药性的影响及其机制	AML患者的骨髓样本和AML细胞系	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序	机器学习	RNA	8名复发/难治性AML患者和4名健康对照者的骨髓样本，以及37名对照者的样本
7339	2024-10-12	Single-cell RNA sequencing reveals the pro-inflammatory roles of liver-resident Th1-like cells in primary biliary cholangitis 2024-Oct-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53104-9 PMID:39375367	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示原发性胆汁性胆管炎中肝脏驻留Th1样细胞的促炎作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了原发性胆汁性胆管炎中肝脏驻留Th1样细胞的促炎作用及其分子机制	研究主要基于小鼠模型和PBC患者样本，可能存在种属差异	揭示原发性胆汁性胆管炎的病理机制并寻找潜在治疗靶点	原发性胆汁性胆管炎患者的肝脏免疫细胞	数字病理学	肝脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	PBC患者和小鼠PBC模型的肝脏样本
7340	2024-10-12	Single-cell sequencing unveils the impact of aging on the progenitor cell diversity in the telencephalon of the female killifish N. furzeri 2024-Oct, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14251 PMID:38949249	研究论文	研究揭示了非洲蓝绿杀鱼（N. furzeri）端脑中衰老对前体细胞多样性的影响	首次通过单细胞RNA测序揭示了年轻成年雌性杀鱼端脑中前体细胞的多样性及其在衰老过程中的变化	研究仅限于特定品系的雌性杀鱼，结果的普适性有待进一步验证	探讨衰老对端脑中前体细胞多样性的影响及其分子机制	非洲蓝绿杀鱼（N. furzeri）端脑中的前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	年轻成年雌性杀鱼（GRZ-AD品系）的端脑样本