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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7301 | 2025-10-06 |
Immune checkpoint inhibitor-associated pneumonitis: focus on diagnosis and underlying mechanisms
2025-Jul-01, Current opinion in pulmonary medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.1097/MCP.0000000000001175
PMID:40265506
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综述 | 本文综述免疫检查点抑制剂相关肺炎的诊断、风险因素、治疗策略及其病理生理机制 | 重点关注支气管肺泡灌洗液单细胞RNA测序等新技术在揭示疾病机制中的应用 | NA | 更新对免疫检查点抑制剂相关肺炎的认识,特别关注其病理生理机制 | 免疫检查点抑制剂相关肺炎 | NA | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
7302 | 2025-10-06 |
Improving predictive accuracy in multiple myeloma using a plasma cell profile derived from single-cell RNA sequencing
2025-May-29, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2025.287586
PMID:40438979
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序开发多发性骨髓瘤血浆细胞特征,建立整合风险分层模型改善预后预测准确性 | 首次在单细胞分辨率识别多发性骨髓瘤中具有染色体不稳定、高耐药性和高风险基因特征的侵袭性细胞亚群,并基于此开发7基因特征评分 | 样本量相对较小(12例新诊断患者),需要在更大队列中进一步验证 | 改善多发性骨髓瘤风险分层和预后预测准确性 | 多发性骨髓瘤患者肿瘤细胞 | 单细胞测序分析 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,数字PCR | Cox比例风险模型,整合风险分层模型 | 单细胞RNA测序数据,临床预后数据 | 12例新诊断多发性骨髓瘤患者,并在5个独立数据集中验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7303 | 2025-10-06 |
Elevating single-particle encapsulation in droplet microfluidics by utilizing surface acoustic wave and flow control
2025-May-28, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d4lc00787e
PMID:40302630
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研究论文 | 提出了一种集成表面声波和鞘流控制的液滴微流控系统,显著提高了单颗粒封装效率 | 结合表面声波和鞘流控制实现颗粒线性排列,突破传统方法的泊松分布限制 | 未明确说明系统在更复杂生物样本中的应用限制 | 提高液滴微流控中单颗粒封装效率 | 聚苯乙烯微球、磁珠和H22细胞 | 微流控技术 | NA | 表面声波(SAW)、鞘流控制、液滴微流控 | NA | 实验数据 | 多种浓度溶液的聚苯乙烯微球、磁珠和H22细胞 | NA | 液滴微流控、单细胞分析 | NA | 集成表面声波和鞘流控制的液滴微流控系统 |
7304 | 2025-10-06 |
Exploring the Epidemiology and Molecular Mechanisms of Riboflavin Against Chronic Kidney Disease Based on Data Mining, Single-Cell RNA Sequencing and Molecular Docking
2025-May-28, Journal of the American Nutrition Association
IF:6.8Q1
DOI:10.1080/27697061.2025.2509900
PMID:40435123
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研究论文 | 本研究通过数据挖掘、单细胞RNA测序和分子对接探索核黄素与慢性肾脏病的流行病学关联及分子机制 | 首次结合流行病学调查、单细胞RNA测序和分子对接技术系统揭示核黄素通过IL1B等靶点预防慢性肾脏病的多层面机制 | 研究主要基于公共数据库和回顾性数据分析,缺乏前瞻性干预实验验证 | 探索核黄素与慢性肾脏病的流行病学关联及其分子作用机制 | 慢性肾脏病患者及相关的分子靶点 | 生物信息学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序, 分子对接, 数据挖掘, 逻辑回归模型 | 逻辑回归模型, 限制性立方样条, 中介分析 | 流行病学调查数据, 基因表达数据, 蛋白质结构数据 | 美国国家健康与营养调查数据库样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7305 | 2025-10-06 |
Image guided construction of a common coordinate framework for spatial transcriptome data
2025-May-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-01862-x
PMID:40413226
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研究论文 | 提出深度学习算法STaCker,通过图像配准统一空间转录组切片的坐标框架 | 开发了首个通过整合组织图像和基因表达构建复合图像表示的空间转录组坐标统一算法,仅使用合成数据进行训练 | 未提及算法在极端组织变形情况下的性能表现 | 解决空间转录组切片间缺乏统一坐标框架的问题,实现数据比较和整合 | 空间转录组数据切片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 深度学习 | 图像、基因表达数据 | 多个基准测试数据集和真实空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
7306 | 2025-10-06 |
Dynamic heterogeneity towards drug resistance in AML cells is primarily driven by epigenomic mechanism unveiled by multi-omics analysis
2025-May-21, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.05.038
PMID:40409464
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研究论文 | 通过多组学分析揭示急性髓系白血病细胞耐药性的动态异质性主要由表观基因组机制驱动 | 开发了新型多重单细胞RNA测序策略NAMUL-seq,并首次系统整合scRNA-seq、scATAC-seq、DNA甲基化分析和全外显子组测序来解析AML耐药机制 | 研究主要使用AML细胞系而非原代患者样本,且样本量有限 | 阐明AML细胞耐药性的细胞和分子机制 | AML细胞系(KG-1a、Kasumi-1和HL-60) | 多组学分析 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, 染色质可及性分析, DNA甲基化分析, 全外显子组测序 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 基因组数据 | 3种AML细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 全外显子组测序 | NA | NA |
7307 | 2025-10-06 |
Construction of a deep learning model and identification of the pivotal characteristics of FGF7- and MGST1- positive fibroblasts in heart failure post-myocardial infarction
2025-May, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143171
PMID:40258553
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析构建深度学习模型,揭示了FGF7+和MGST1+成纤维细胞在心肌梗死后心力衰竭中的关键特征 | 首次发现FGF7MGST1成纤维细胞在心肌梗死后心力衰竭中下调,并通过多组学分析揭示其细胞通讯特征和因果关联 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞测序数据,需要在人类样本中进一步验证 | 探究成纤维细胞异质性在心肌梗死后心力衰竭中的作用机制 | 心脏组织中的成纤维细胞,特别是FGF7+和MGST1+成纤维细胞亚群 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,孟德尔随机化分析 | 深度学习模型,机器学习算法 | 单细胞转录组数据,基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量,包含小鼠心脏组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7308 | 2025-10-06 |
Neurotrophin-3/chitosan inhibits cuproptosis-related genes to enable functional recovery after spinal cord injury
2025-May, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143403
PMID:40268016
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研究论文 | 本研究探讨了铜死亡相关基因在脊髓损伤中的调控机制,并评估了神经营养因子-3/壳聚糖在促进功能恢复方面的治疗潜力 | 首次整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq分析脊髓损伤后铜死亡相关基因的调控网络,发现神经营养因子-3/壳聚糖可抑制铜死亡相关基因表达 | 需要在更大样本队列中验证研究结果,并进一步探索NT3-壳聚糖调控铜死亡相关基因的详细机制 | 研究脊髓损伤中铜死亡相关基因的调控机制及潜在治疗方法 | 小鼠脊髓组织 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | RNA-seq, scRNA-seq, 分子对接分析 | 机器学习 | 基因表达数据 | 小鼠脊髓组织在不同时间点的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
7309 | 2025-10-06 |
Role of Galactosylceramide Metabolism in Satellite Glial Cell Dysfunction and Neuron-Glia Interactions in Painful Diabetic Peripheral Neuropathy
2025-03-07, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14060393
PMID:40136642
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研究论文 | 本研究探讨了半乳糖神经酰胺代谢在痛性糖尿病周围神经病变中卫星胶质细胞功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的作用 | 首次揭示半乳糖神经酰胺耗竭是痛性糖尿病周围神经病变中卫星胶质细胞功能障碍的核心介质,并识别出易受影响的卫星胶质细胞亚群 | 研究仅使用大鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 研究半乳糖神经酰胺在糖尿病周围神经病变进展过程中对卫星胶质细胞功能和神经元-胶质细胞相互作用的影响 | 痛性糖尿病周围神经病变大鼠模型的背根神经节卫星胶质细胞和神经元 | 神经科学 | 糖尿病周围神经病变 | 单细胞RNA测序、靶向质谱分析、免疫荧光分析 | NA | 基因表达数据、质谱数据、图像数据 | 痛性糖尿病周围神经病变大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7310 | 2025-10-06 |
Multihormone-producing capabilities of normal pancreatic islet cells-spatial transcriptomics analysis using Xenium
2025, Biomedical research (Tokyo, Japan)
DOI:10.2220/biomedres.46.129
PMID:40436764
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研究论文 | 通过Xenium空间转录组学分析研究成人胰岛细胞的多激素产生能力 | 首次使用Xenium空间转录组技术揭示成人胰岛细胞具有同时产生多种胰腺激素的基因表达潜力 | 样本量较小(仅3例患者),仅基于基因转录水平推测激素产生能力,未验证蛋白质表达 | 阐明成人胰岛细胞是否严格维持单一激素产生能力或保留多激素产生可塑性 | 人胰腺胰岛细胞 | 空间转录组学 | 胰腺肿瘤 | 空间转录组学分析 | NA | 空间基因表达数据 | 3例胰腺肿瘤患者的11个胰岛,共773个胰岛细胞 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间基因表达平台,使用477个探针 |
7311 | 2025-10-06 |
GRACE: Unveiling Gene Regulatory Networks With Causal Mechanistic Graph Neural Networks in Single-Cell RNA-Sequencing Data
2025-05, IEEE transactions on neural networks and learning systems
IF:10.2Q1
DOI:10.1109/TNNLS.2024.3412753
PMID:38896510
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研究论文 | 提出一种基于图神经网络和结构因果模型的GRACE框架,用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络并进行因果推理 | 将结构因果模型与图神经网络结合,首次在单细胞RNA测序数据中实现基因因果关系的显式建模和推理 | 未明确说明模型的计算复杂度或对大规模数据集的扩展性 | 从单细胞RNA测序数据中准确推断基因调控网络并揭示基因间的因果关系 | 基因调控网络和基因因果关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络, 自编码器, 结构因果模型 | 基因表达数据 | 7个基准数据集和人类外周血单核细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7312 | 2025-10-06 |
GALNT5 promotes migration and invasion of pancreatic ductal adenocarcinoma cells by activating Erk signaling pathway
2025-03, Biochimica et biophysica acta. General subjects
DOI:10.1016/j.bbagen.2025.130769
PMID:39870120
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研究论文 | 本研究揭示了GALNT5通过激活Erk信号通路促进胰腺导管腺癌细胞的迁移和侵袭 | 首次通过TCGA和GTEx数据鉴定GALNT5为PDAC中最显著上调的糖基化相关基因,并阐明其通过Erk信号通路促进肿瘤进展的机制 | 研究主要基于细胞系实验,缺乏体内动物模型验证 | 探究GALNT5在胰腺导管腺癌进展中的作用机制 | 胰腺导管腺癌细胞系(PANC-1、MIAPaCa-2、AsPC-1) | 癌症生物学 | 胰腺癌 | RNA-seq,单细胞测序 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | TCGA和GTEx数据库的RNA-seq数据,公开可用的单细胞测序数据 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
7313 | 2025-10-06 |
Inhibition of CDH11 Activates cGAS-STING by Stimulating Branched Chain Amino Acid Catabolism and Mitigates Lung Metastasis of Adenoid Cystic Carcinoma
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202408751
PMID:39739317
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研究论文 | 本研究揭示CDH11通过调控支链氨基酸代谢促进腺样囊性癌肺转移的机制,并发现塞来昔布可通过抑制CDH11激活cGAS-STING通路抑制转移 | 首次发现CDH11作为混合EMT细胞标志物通过BCAA代谢调控cGAS-STING通路的新机制,并验证塞来昔布的治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化仍需进一步验证 | 探索腺样囊性癌肺转移的分子机制并寻找治疗靶点 | 唾液腺腺样囊性癌及其肺转移灶 | 癌症生物学 | 腺样囊性癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NOD-SCID小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
7314 | 2025-10-06 |
Integrative spatial and genomic analysis of tumor heterogeneity with Tumoroscope
2024-10-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53374-3
PMID:39472583
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研究论文 | 提出首个概率模型Tumoroscope,通过整合病理图像、全外显子组测序和空间转录组数据,在接近单细胞分辨率下推断癌症克隆及其定位 | 首个能够基于体细胞点突变直接定位肿瘤组织中克隆的概率模型,解决了空间转录组位点中克隆比例反卷积的问题 | NA | 研究肿瘤的空间和基因组异质性对癌症进展、治疗和生存的影响 | 前列腺癌和乳腺癌数据集 | 数字病理学 | 前列腺癌,乳腺癌 | 全外显子组测序,空间转录组学 | 概率模型 | 病理图像,基因组测序数据,空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学,全外显子组测序 | NA | NA |
7315 | 2025-10-06 |
Interactions between cancer cells and immune cells drive transitions to mesenchymal-like states in glioblastoma
2021-06-14, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2021.05.002
PMID:34087162
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能实验揭示了巨噬细胞通过分泌oncostatin M诱导胶质母细胞瘤细胞向间充质样状态转变的机制 | 首次系统阐明巨噬细胞通过OSM-STAT3信号通路驱动胶质母细胞瘤细胞向间充质亚型转变的细胞间相互作用机制 | 研究主要关注巨噬细胞与肿瘤细胞的相互作用,对其他免疫细胞类型的影响可能未完全阐明 | 解析胶质母细胞瘤中间充质亚型的形成机制及其与肿瘤微环境的相互作用 | 人类胶质母细胞瘤肿瘤样本和模型系统中的癌细胞与免疫细胞 | 单细胞测序分析 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 体外和体内功能实验 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7316 | 2025-10-06 |
Genomic sequencing of single microbial cells from environmental samples
2008-Jun, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2008.05.006
PMID:18550420
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综述 | 本文综述了环境样本中单微生物细胞基因组测序的研究策略与实验方法 | 无需培养即可直接从单个微生物细胞进行基因组测序,突破了传统微生物研究的限制 | 多重置换扩增可能无法完整回收细菌单拷贝基因组,且在DNA扩增过程中可能发生序列重排 | 开发和应用单细胞基因组测序技术以研究环境样本中的微生物 | 环境样本中的单个微生物细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞基因组测序,多重置换扩增 | NA | 基因组DNA序列 | 多个大型测序中心的数据,单细胞基因组回收率通常>70% | NA | 单细胞基因组测序 | NA | NA |
7317 | 2025-10-06 |
Decellularised Amniotic Membrane for the Neurogenic Expression of Human Mesenchymal Stem Cells
2025-Jun, Journal of biomedical materials research. Part B, Applied biomaterials
DOI:10.1002/jbm.b.35588
PMID:40424302
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研究论文 | 本研究探讨脱细胞羊膜促进人间充质干细胞神经源性分化的能力及其在周围神经病变修复中的应用 | 首次结合空间转录组学与网络药理学分析脱细胞羊膜对干细胞神经分化的诱导机制 | 未明确说明样本数量及动物模型的具体细节 | 研究脱细胞羊膜诱导干细胞神经分化以促进神经再生的能力 | 人间充质干细胞和脱细胞羊膜 | 组织工程与再生医学 | 周围神经病变 | 免疫荧光染色、细胞粘附实验、活/死细胞染色、空间转录组测序、网络药理学分析 | NA | 基因表达数据、图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
7318 | 2025-10-06 |
Targeting Ferroptosis Alleviates Pulmonary Arterial Hypertension, Insights from Transcriptomic and Experimental Analyses
2025-May-28, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202500001
PMID:40432432
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研究论文 | 本研究通过转录组学和实验分析探讨铁死亡在肺动脉高压发病机制中的作用 | 首次揭示铁死亡是肺动脉高压内皮细胞损伤的关键机制,并发现HIF1α信号在铁死亡诱导中的重要作用 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步在人类患者中验证 | 研究铁死亡在肺动脉高压发展中的作用及其分子机制 | 肺动脉高压患者和小鼠模型 | 生物医学 | 肺动脉高压 | 转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,组织学数据 | PAH患者和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7319 | 2025-10-06 |
Single-cell targeted transcriptomics reveals subset-specific immune signatures differentiating asymptomatic and cardiac patients with chronic Chagas disease
2025-May-28, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiaf269
PMID:40434116
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研究论文 | 通过单细胞靶向转录组学揭示慢性恰加斯病患者不同临床亚型的免疫特征差异 | 首次应用免疫基因靶向单细胞RNA测序技术比较无症状和心脏型慢性恰加斯病患者的免疫细胞特征 | 研究样本量有限,仅分析外周血单个核细胞 | 揭示慢性恰加斯病不同临床形式的免疫机制和疾病标志物 | 无症状(IND)和心脏型(CCC)慢性恰加斯病患者的免疫细胞 | 单细胞组学 | 恰加斯病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | IND和CCC患者的外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 免疫基因靶向单细胞RNA测序 |
7320 | 2025-05-29 |
Author Correction: Single-cell transcriptomics analysis reveals dynamic changes and prognostic signature in tumor microenvironment of PDAC
2025-May-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-02747-9
PMID:40425739
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |