单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 7301 - 7320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7301 | 2024-10-13 |
FICTURE: Scalable segmentation-free analysis of submicron resolution spatial transcriptomics
2023-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.04.565621
PMID:37961699
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FICTURE的无分割空间分解方法，用于处理亚微米分辨率的空间转录组数据 | FICTURE方法比现有方法效率高几个数量级，并且适用于基于测序和成像的空间转录组数据 | NA | 开发一种可扩展的无分割分析方法，用于处理高分辨率空间转录组数据 | 亚微米分辨率的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间分解 | NA | 空间转录组数据 | 数十亿个亚微米分辨率的空间坐标数据点 |
| 7302 | 2024-10-13 |
High-resolution alignment of single-cell and spatial transcriptomes with CytoSPACE
2023-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01697-9
PMID:36879008
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研究论文 | 介绍了一种名为CytoSPACE的优化方法，用于将单细胞RNA测序图谱中的单个细胞映射到空间表达谱 | CytoSPACE在噪声容忍度和准确性方面优于先前的方法，能够以单细胞分辨率进行组织图谱绘制 | NA | 提高空间转录组学的基因恢复和空间分辨率 | 单细胞和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 优化方法 | 转录组数据 | 多种平台和组织类型的数据 |
| 7303 | 2024-10-13 |
Performance of computational algorithms to deconvolve heterogeneous bulk ovarian tumor tissue depends on experimental factors
2023-10-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03077-7
PMID:37864274
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研究论文 | 研究了计算算法在解卷积异质性卵巢肿瘤组织时受实验因素影响的性能 | 首次系统研究了实验因素对肿瘤解卷积方法结果的影响，并提供了方法开发者和实验设计者的建议 | 未详细讨论所有可能的实验因素对解卷积方法的影响 | 探讨实验因素对肿瘤解卷积方法结果的影响 | 高级别浆液性卵巢肿瘤 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞基因表达谱 | NA | 基因表达数据 | 多个高级别浆液性卵巢肿瘤样本 |
| 7304 | 2024-10-13 |
Measuring cell-to-cell expression variability in single-cell RNA-sequencing data: a comparative analysis and applications to B cell aging
2023-10-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03036-2
PMID:37864221
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研究论文 | 本文系统评估了14种常用的变异性度量方法在单细胞RNA测序数据中测量细胞间表达变异性的表现，并应用于B细胞老化研究 | 本文通过模拟和真实数据集，比较了14种变异性度量方法的性能，并强调了在复杂生物过程中捕捉细胞间基因表达变异性的重要性 | 本文未明确指出最佳的统计方法，尤其是在面对单细胞RNA测序数据的独特数据结构如零膨胀问题时 | 评估不同变异性度量方法在单细胞RNA测序数据中的表现，并研究B细胞分化和老化过程中的细胞间表达变异性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞间表达变异性，以及B细胞分化和老化过程中的基因表达变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及造血干细胞（HSCs）和B淋巴细胞分化过程中的主要细胞类型 |
| 7305 | 2024-10-13 |
Data-driven identification of total RNA expression genes for estimation of RNA abundance in heterogeneous cell types highlighted in brain tissue
2023-10-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03066-w
PMID:37845779
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研究论文 | 本文定义并识别了一种新的控制基因类别，称为总RNA表达基因（TREGs），用于下一代测序，这些基因与不同大小和转录活性的细胞类型中的总RNA丰度相关 | 提出了一个新的数据驱动方法，从单细胞RNA测序数据中识别TREGs，用于估计总RNA量 | NA | 开发一种新的方法来识别与总RNA丰度相关的基因，用于估计不同细胞类型中的RNA量 | 总RNA表达基因（TREGs） | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 五个脑区 |
| 7306 | 2024-10-13 |
Spatial transcriptomics in development and disease
2023-Oct-09, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-023-00144-0
PMID:37806992
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综述 | 本文综述了空间转录组学在生物系统中的发展及其在疾病研究中的应用 | 空间转录组学技术能够同时捕获基因表达谱和细胞的空间位置信息，为研究区域基因表达、空间域和细胞间相互作用提供了新的维度 | 当前空间转录组学技术在通量和分辨率上仍存在局限，且数据分析和整合仍面临挑战 | 总结空间转录组学技术的发展历程、技术原理及其在生物医学研究中的应用，并探讨其未来发展方向 | 空间转录组学技术及其在发育和疾病研究中的应用 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 7307 | 2024-10-13 |
Fibroblast growth factor 18 stimulates the proliferation of hepatic stellate cells, thereby inducing liver fibrosis
2023-10-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42058-z
PMID:37813881
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研究论文 | 本文研究了成纤维细胞生长因子18（Fgf18）在肝星状细胞（HSCs）增殖和肝纤维化中的作用 | 首次揭示了Fgf18在肝纤维化中的关键作用，并提出了其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和人类肝活检样本，缺乏更大规模的人类临床数据 | 探讨Fgf18在肝纤维化中的作用机制 | 肝星状细胞（HSCs）和小鼠肝纤维化模型 | NA | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型和人类肝活检样本 |
| 7308 | 2024-10-13 |
Thalamocortical control of cell-type specificity drives circuits for processing whisker-related information in mouse barrel cortex
2023-09-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41749-x
PMID:37770450
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研究论文 | 研究了小鼠体感皮层中棘星形神经元和锥体神经元在处理胡须诱发信号中的不同作用 | 通过空间转录组学技术，识别了与细胞类型相关的基因表达模式，并揭示了这些模式与特定丘脑输入在发育过程中的关联 | NA | 探讨棘星形神经元在处理特定胡须信号和形成特定胡须相关皮层回路中的作用 | 小鼠体感皮层中的棘星形神经元和锥体神经元 | 神经科学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠体感皮层样本 |
| 7309 | 2024-10-13 |
scBridge embraces cell heterogeneity in single-cell RNA-seq and ATAC-seq data integration
2023-09-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41795-5
PMID:37770437
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研究论文 | 本文提出了一种名为scBridge的多组学数据整合方法，通过利用细胞异质性来提高单细胞RNA测序和ATAC测序数据的整合效果 | 本文创新性地利用细胞异质性来改善多组学数据整合，而不是将其视为干扰因素 | NA | 研究如何通过利用细胞异质性来提高单细胞多组学数据的整合效果 | 单细胞RNA测序和ATAC测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 基因组数据 | 七个多组学数据集 |
| 7310 | 2024-10-13 |
Spatial transcriptomics: recent developments and insights in respiratory research
2023-08-17, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-023-00471-x
PMID:37592342
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综述 | 本文综述了空间转录组学在呼吸系统研究中的最新进展及其应用 | 空间转录组学填补了传统RNA测序方法在空间定位和细胞相互作用方面的空白 | 当前挑战包括高通量全长转录组、多组学整合、时空组学和生物信息学分析等 | 探讨空间转录组学在呼吸系统生理和病理过程中的应用 | 呼吸系统的细胞异质性和空间定位 | 空间转录组学 | 呼吸系统疾病 | 空间转录组学 (ST) | NA | 转录组数据 | NA |
| 7311 | 2024-10-13 |
Cell-type-specific co-expression inference from single cell RNA-sequencing data
2023-08-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40503-7
PMID:37563115
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研究论文 | 本文提出了一种名为CS-CORE的统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型的共表达关系 | CS-CORE方法明确地建模了单细胞RNA测序数据中的测序深度变化和测量误差，解决了现有方法在这方面的不足 | NA | 旨在改进从单细胞RNA测序数据中推断特定细胞类型共表达关系的方法 | 单细胞RNA测序数据中的特定细胞类型共表达关系 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | RNA测序数据 | 包括阿尔茨海默病和COVID-19患者的脑组织和血液样本 |
| 7312 | 2024-10-13 |
Macrophage-organoid co-culture model for identifying treatment strategies against macrophage-related gemcitabine resistance
2023-Aug-09, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02756-4
PMID:37553567
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研究论文 | 研究通过巨噬细胞与肿瘤类器官共培养模型，揭示了巨噬细胞介导的吉西他滨耐药机制，并提出了新的治疗策略 | 首次揭示了巨噬细胞-CCL5-Sp1-AREG反馈环在吉西他滨耐药中的作用，并验证了靶向该反馈环的药物组合在胰腺癌治疗中的潜力 | 研究主要基于体外模型和动物模型，临床应用的有效性和安全性仍需进一步验证 | 揭示巨噬细胞在胰腺癌吉西他滨耐药中的作用机制，并开发新的治疗策略 | 胰腺癌患者来源的类器官、巨噬细胞、胰腺癌细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 48名胰腺癌患者，3年内的肿瘤组织样本 |
| 7313 | 2024-10-13 |
Identification of hepatocellular carcinoma-related subtypes and development of a prognostic model: a study based on ferritinophagy-related genes
2023-Aug-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-023-00756-6
PMID:37555866
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研究论文 | 本研究基于铁蛋白自噬相关基因，识别肝细胞癌相关亚型并开发预测模型 | 首次探讨了铁蛋白自噬相关基因在肝细胞癌中的潜在作用，并构建了基于这些基因的风险模型 | 研究主要基于TCGA数据库的数据，可能存在样本偏倚和数据异质性 | 深入研究肝细胞癌的发生和发展机制，识别新的治疗靶点 | 肝细胞癌患者及其铁蛋白自噬相关基因的表达 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | LASSO和COX回归分析 | 基因表达数据 | TCGA数据库中的肝细胞癌患者数据 |
| 7314 | 2024-10-13 |
An atlas of healthy and injured cell states and niches in the human kidney
2023-Jul, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05769-3
PMID:37468583
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研究论文 | 本文通过应用多种单细胞和单核测序技术以及空间成像技术，构建了健康和受损人类肾脏细胞状态和微环境的综合图谱 | 本文首次构建了包含51种主要细胞类型的高分辨率细胞图谱，其中包括罕见和先前未描述的细胞群体，并定义了28种在肾损伤中改变的细胞状态 | NA | 研究肾脏疾病的复杂性，定义细胞类型和状态及其在组织微环境中的相互作用 | 健康和患病的人类肾脏 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞测序、单核测序、空间转录组学 | NA | 细胞数据、图像数据 | 45个健康肾脏供体和48个患病肾脏患者，超过400,000个细胞或核 |
| 7315 | 2024-10-13 |
Influenza virus infection increases ACE2 expression and shedding in human small airway epithelial cells
2021-07, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.03988-2020
PMID:33419885
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研究论文 | 研究流感病毒感染如何增加人类小气道上皮细胞中ACE2的表达和脱落，从而增加COVID-19的风险 | 首次揭示了流感病毒感染会增加ACE2的表达和脱落，从而增加SARS-CoV-2感染的风险 | 研究主要集中在体外实验，需要进一步的体内实验验证 | 探讨流感病毒感染如何增加COVID-19的风险 | 人类小气道上皮细胞和相关分子 | NA | 呼吸道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自非疾病供体肺的初级小气道上皮细胞 |
| 7316 | 2024-10-13 |
Urinary EGF and MCP-1 and risk of CKD after cardiac surgery
2021-06-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147464
PMID:33974569
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研究论文 | 评估尿液中EGF和MCP-1在心脏手术后预测慢性肾病（CKD）风险的作用 | 首次评估了细胞完整性标志物EGF和炎症标志物MCP-1在心脏手术后长期肾功能结局中的预测作用，并结合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析了相关基因的转录组变化 | 研究样本仅来自加拿大和美国的两个中心，可能存在地域偏倚；研究未探讨EGF和MCP-1在其他类型手术或非手术情况下的预测作用 | 评估心脏手术后尿液中EGF和MCP-1对慢性肾病风险的预测作用 | 心脏手术后的成年患者及其尿液样本 | NA | 慢性肾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 尿液样本 | 865名成年患者 |
| 7317 | 2024-10-12 |
MIR4435-2HG: A novel biomarker for triple-negative breast cancer diagnosis and prognosis, activating cancer-associated fibroblasts and driving tumor invasion through EMT associated with JNK/c-Jun and p38 MAPK signaling pathway activation
2024-Dec-05, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113191
PMID:39317050
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研究论文 | 本研究旨在鉴定MIR4435-2HG作为三阴性乳腺癌（TNBC）的诊断和预后生物标志物，并探讨其在TNBC中的生物学作用 | 首次鉴定MIR4435-2HG作为TNBC的诊断和预后生物标志物，并揭示其在激活癌症相关成纤维细胞和驱动肿瘤侵袭中的作用 | NA | 鉴定MIR4435-2HG作为TNBC的诊断和预后生物标志物，并探讨其在TNBC中的生物学作用 | MIR4435-2HG在三阴性乳腺癌中的表达及其生物学功能 | NA | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序分析、肿瘤微环境浸润分析、CCK-8、transwell实验、伤口愈合实验、RNA-seq、qRT-PCR、western blotting | NA | 转录组数据 | 来自TCGA数据库的临床病理信息和转录组数据 |
| 7318 | 2024-10-12 |
Spatial transcriptomics reveal tumor microenvironment and SLCO2A1 correlated with tumor suppression in hypopharyngeal squamous cell carcinoma
2024-Dec-05, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113243
PMID:39340989
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研究论文 | 本文通过空间转录组学分析了喉下鳞状细胞癌（HSCC）的肿瘤微环境，并发现SLCO2A1与肿瘤抑制相关 | 首次报道了HSCC的空间转录组学分析，揭示了肿瘤微环境和SLCO2A1在肿瘤抑制中的作用 | 研究样本量较小，仅涉及四名患者 | 探讨喉下鳞状细胞癌的肿瘤和成纤维细胞异质性以及免疫微环境 | 喉下鳞状细胞癌的肿瘤组织、肿瘤周围组织和淋巴转移组织 | 数字病理学 | 头颈部肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 四名喉下鳞状细胞癌患者 |
| 7319 | 2024-10-12 |
Pivotal role of JNK protein in the therapeutic efficacy of parthenolide against breast cancer: Novel and comprehensive evidences from network pharmacology, single-cell RNA sequencing and metabolomics
2024-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.135209
PMID:39244135
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研究论文 | 本研究通过整合网络药理学、单细胞RNA测序和代谢组学，评估了小白菊内酯（PTL）在乳腺癌（BC）中的疗效和治疗机制 | 本研究首次综合运用网络药理学、单细胞RNA测序和代谢组学，揭示了JNK蛋白在PTL治疗乳腺癌中的关键作用，并提出了新的治疗策略 | 本研究主要基于体外和体内模型进行验证，未来需要更多临床数据支持 | 评估小白菊内酯在乳腺癌中的疗效和治疗机制 | 小白菊内酯、JNK蛋白、乳腺癌 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、代谢组学 | NA | RNA、代谢物 | 70个治疗靶点，16个核心靶点 |
| 7320 | 2024-10-12 |
Knock-out of CD73 delays the onset of HR-negative breast cancer by reprogramming lipid metabolism and is associated with increased tumor mutational burden
2024-Nov, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2024.102035
PMID:39304062
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研究论文 | 研究探讨了CD73在HR阴性乳腺癌中的作用，通过代谢重编程影响脂质代谢，并增加肿瘤突变负担 | 首次揭示了CD73在乳腺癌发生过程中的重要作用，特别是通过调节脂质代谢和增加肿瘤突变负担来影响HR阴性乳腺癌的发展 | 研究主要基于小鼠模型和公共数据集，需要进一步在人类样本中验证 | 探讨CD73在乳腺癌发生中的作用及其对脂质代谢和肿瘤突变负担的影响 | CD73在HR阴性乳腺癌中的作用及其对脂质代谢和肿瘤突变负担的影响 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序、免疫组化、蛋白质印迹、气相色谱-电子电离-质谱 | NA | RNA、蛋白质、脂质 | 小鼠模型、公共数据集中的乳腺癌组织和细胞系 |