单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 7301 - 7320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7301 | 2024-10-13 |
BootCellNet, a resampling-based procedure, promotes unsupervised identification of cell populations via robust inference of gene regulatory networks
2024-Sep, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012480
PMID:39348410
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BootCellNet的新方法，通过平滑和重采样技术推断基因调控网络（GRN），并进一步推断最小支配集（MDS），以促进单细胞RNA测序数据的无监督细胞群识别 | BootCellNet通过平滑和重采样技术推断GRN和MDS，提供了一种无监督且可解释的细胞类型识别方法 | NA | 开发一种新的数据分析方法，用于细胞类型识别和基因调控网络推断 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群和基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 外周血单核细胞和造血干细胞的scRNA-seq数据，以及COVID-19患者的细胞数据 |
| 7302 | 2024-10-13 |
MerTK-dependent efferocytosis by monocytic-MDSCs mediates resolution of ischemia/reperfusion injury after lung transplant
2024-Aug-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.179876
PMID:39172530
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研究论文 | 研究了Mer酪氨酸激酶受体在单核细胞来源的髓系抑制细胞（M-MDSCs）介导的吞噬作用中对肺移植后缺血再灌注损伤（IRI）的缓解作用 | 首次探讨了MerTK在M-MDSCs介导的吞噬作用中对肺移植后IRI的缓解作用 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本的单细胞RNA测序，缺乏大规模临床试验验证 | 探讨MerTK在M-MDSCs介导的吞噬作用中对肺移植后IRI的缓解作用 | 肺移植后缺血再灌注损伤（IRI）和慢性肺移植物功能障碍（CLAD） | NA | 肺移植 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括肺移植患者和小鼠模型的样本 |
| 7303 | 2024-10-13 |
Bank1 modulates the differentiation and molecular profile of key B cell populations in autoimmunity
2024-Aug-20, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.179417
PMID:39163122
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研究论文 | 本研究探讨了B细胞适配蛋白BANK1在年龄相关B细胞（ABCs）出现中的作用，特别是在两种系统性红斑狼疮（SLE）小鼠模型中的作用 | 首次揭示了BANK1在ABCs发育中的关键作用，以及其对早期B细胞向ABCs分化的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 定义B细胞适配蛋白BANK1在年龄相关B细胞（ABCs）出现中的作用 | B细胞适配蛋白BANK1在年龄相关B细胞（ABCs）中的作用 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 2种SLE小鼠模型（TLR7.tg6和咪喹莫特诱导的小鼠）与Bank1-/-小鼠杂交 |
| 7304 | 2024-10-13 |
A single-cell and spatially resolved atlas of human osteosarcomas
2024-Aug-20, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01598-7
PMID:39164791
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研究论文 | 本研究提供了人类骨肉瘤的单细胞和空间分辨转录组学分析，构建了一个细胞元地图，揭示了骨肉瘤组成的详细亚群 | 首次提供了人类骨肉瘤的单细胞和空间分辨转录组学分析，揭示了骨肉瘤的详细细胞组成和组织结构，并探讨了化疗对这些细胞亚群的影响 | NA | 深入理解骨肉瘤的细胞组成和组织结构，为更精准的治疗方法奠定基础 | 人类骨肉瘤的细胞组成和组织结构 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞和空间分辨转录组学分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 7305 | 2024-10-13 |
Tubular insulin-induced gene 1 deficiency promotes NAD+ consumption and exacerbates kidney fibrosis
2024-Jul, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-024-00081-7
PMID:38806641
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研究论文 | 研究探讨了胰岛素诱导基因1（Insig1）在肾纤维化中的作用及其机制 | 首次发现管状Insig1缺乏会促进NAD+消耗并加剧肾纤维化 | NA | 探究Insig1在肾纤维化中的作用及其潜在治疗价值 | 肾纤维化中的近端小管细胞（PTCs） | NA | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 7306 | 2024-10-13 |
Revealing the association between East Asian oral microbiome and colorectal cancer through Mendelian randomization and multi-omics analysis
2024, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2024.1452392
PMID:39355266
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研究论文 | 本研究利用孟德尔随机化（MR）和多组学分析探讨东亚人口口腔微生物群与结直肠癌（CRC）之间的关联 | 首次通过MR分析和多组学整合揭示口腔微生物群与结直肠癌之间的因果关系，并利用单细胞RNA测序和药物预测分析揭示关键通路和潜在治疗药物 | NA | 探索口腔微生物群与结直肠癌之间的因果关系，并揭示其影响细胞代谢和癌症发展的机制 | 口腔微生物群与结直肠癌的关联 | NA | 结直肠癌 | 孟德尔随机化（MR）、全基因组关联研究（GWAS）、单细胞RNA测序 | NA | 微生物组数据、基因组数据、单细胞RNA数据 | 2017个舌样本和1915个唾液样本，6692个CRC病例和27178个对照组 |
| 7307 | 2024-10-13 |
A comprehensive analysis of genes associated with hypoxia and cuproptosis in pulmonary arterial hypertension using machine learning methods and immune infiltration analysis: AHR is a key gene in the cuproptosis process
2024, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2024.1435068
PMID:39391037
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研究论文 | 本研究通过机器学习方法和免疫浸润分析，全面分析了与低氧和铜死亡相关的基因在肺动脉高压中的作用，并确定AHR是铜死亡过程中的关键基因 | 本研究首次将机器学习方法应用于肺动脉高压中与低氧和铜死亡相关的基因分析，并构建了诊断模型 | 本研究主要基于GEO数据库和genecad的表达谱和单细胞RNA-seq数据，未涵盖所有可能的数据来源 | 探讨肺动脉高压与低氧和铜死亡相关基因之间的关联，并寻找潜在的生物标志物 | 肺动脉高压患者与对照组的基因表达差异，以及免疫细胞浸润情况 | 机器学习 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA-seq | LASSO和随机森林 | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 7308 | 2024-10-13 |
Case report: Tenosynovial giant cell tumor
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1445427
PMID:39391235
|
病例报告 | 报告了一例45岁男性患者右髋部疼痛和肿胀的病例，通过全外显子测序和RNA测序确诊为腱鞘巨细胞瘤 | 通过全外显子测序和RNA测序发现CSF1::GAPDHP64融合，并使用单细胞转录组分析揭示了肿瘤细胞与巨噬细胞之间的相互作用 | 病例报告的局限性在于其样本量小，结果可能不适用于所有腱鞘巨细胞瘤患者 | 探讨腱鞘巨细胞瘤的分子诊断和治疗策略 | 腱鞘巨细胞瘤及其分子机制 | NA | 腱鞘巨细胞瘤 | 全外显子测序、RNA测序、单细胞转录组分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 1例患者 |
| 7309 | 2024-10-13 |
Sphingosine 1-phosphate receptor 2 in keratinocytes plays a key role in reducing inflammation in psoriasis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1469829
PMID:39391307
|
研究论文 | 研究探讨了角质形成细胞中的S1PR2受体在银屑病炎症中的作用 | 首次研究了S1PR2在银屑病中的作用，并发现其作为下调因子抑制Th17细胞的招募 | 仅限于IMQ诱导的银屑病样炎症模型，未涉及其他银屑病模型 | 探讨S1PR2在银屑病中的作用及其潜在治疗价值 | S1PR2受体在角质形成细胞中的功能及其对银屑病炎症的影响 | NA | 银屑病 | 空间转录组学、RT-qPCR、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞数据 | S1pr2fl/fl K14-Cre小鼠和野生型小鼠 |
| 7310 | 2024-10-13 |
Identification and validation of SHC1 and FGFR1 as novel immune-related oxidative stress biomarkers of non-obstructive azoospermia
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1356959
PMID:39391879
|
研究论文 | 本文通过现有数据集识别并验证了SHC1和FGFR1作为非阻塞性无精子症的新型免疫相关氧化应激生物标志物 | 本文首次识别并验证了SHC1和FGFR1作为非阻塞性无精子症的新型免疫相关氧化应激生物标志物，并探讨了其在诊断和预后中的应用 | NA | 识别和验证非阻塞性无精子症的新型生物标志物 | SHC1和FGFR1基因在非阻塞性无精子症中的表达和功能 | 数字病理学 | 男性不育症 | RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 非阻塞性无精子症和阻塞性无精子症患者的睾丸组织样本 |
| 7311 | 2024-10-13 |
Improved cell-type identification and comprehensive mapping of regulatory features with spatial epigenomics 96-channel microfluidic platform
2023-Dec, GEN biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1089/genbio.2023.0044
PMID:39380764
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研究论文 | 本文比较了50通道和96通道平台上的空间表观基因组分析，展示了96通道微流控芯片在细胞类型识别和调控元件识别方面的显著改进 | 开发了96通道微流控芯片，显著提高了细胞类型识别和调控元件识别的精度 | NA | 研究空间表观基因组学工具在细胞类型识别和调控元件识别中的应用 | 大脑结构中的胶质细胞和神经元定位以及控制细胞功能的顺式调控元件 | 数字病理学 | NA | 空间ATAC-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 7312 | 2024-10-13 |
A statistical framework for differential pseudotime analysis with multiple single-cell RNA-seq samples
2023-11-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42841-y
PMID:37949861
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研究论文 | 介绍了一种用于多单细胞RNA测序样本差异伪时间分析的统计框架Lamian | Lamian考虑了跨样本变异性，减少了样本特定的假发现，提高了结果的可推广性 | NA | 开发一种能够比较不同实验条件下多个样本伪时间模式的统计方法 | 单细胞RNA测序数据中的伪时间轨迹 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 统计框架 | 基因表达数据 | 包括COVID-19患者在内的真实和模拟数据 |
| 7313 | 2024-10-13 |
Evaluation of deep learning-based feature selection for single-cell RNA sequencing data analysis
2023-11-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03100-x
PMID:37950331
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研究论文 | 本文评估了基于深度学习的特征选择方法在单细胞RNA测序数据分析中的应用 | 本文探讨了基于深度学习的特征选择方法与传统基于差异分布的方法相比的优势 | NA | 评估基于深度学习的特征选择方法在单细胞RNA测序数据分析中的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 深度学习 | 基因表达数据 | 从Tabula Muris和Tabula Sapiens图谱中抽取的样本 |
| 7314 | 2024-10-13 |
FICTURE: Scalable segmentation-free analysis of submicron resolution spatial transcriptomics
2023-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.04.565621
PMID:37961699
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为FICTURE的无分割空间分解方法，用于处理亚微米分辨率的空间转录组数据 | FICTURE方法比现有方法效率高几个数量级，并且适用于基于测序和成像的空间转录组数据 | NA | 开发一种可扩展的无分割分析方法，用于处理高分辨率空间转录组数据 | 亚微米分辨率的空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间分解 | NA | 空间转录组数据 | 数十亿个亚微米分辨率的空间坐标数据点 |
| 7315 | 2024-10-13 |
High-resolution alignment of single-cell and spatial transcriptomes with CytoSPACE
2023-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01697-9
PMID:36879008
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研究论文 | 介绍了一种名为CytoSPACE的优化方法，用于将单细胞RNA测序图谱中的单个细胞映射到空间表达谱 | CytoSPACE在噪声容忍度和准确性方面优于先前的方法，能够以单细胞分辨率进行组织图谱绘制 | NA | 提高空间转录组学的基因恢复和空间分辨率 | 单细胞和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 优化方法 | 转录组数据 | 多种平台和组织类型的数据 |
| 7316 | 2024-10-13 |
Performance of computational algorithms to deconvolve heterogeneous bulk ovarian tumor tissue depends on experimental factors
2023-10-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03077-7
PMID:37864274
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研究论文 | 研究了计算算法在解卷积异质性卵巢肿瘤组织时受实验因素影响的性能 | 首次系统研究了实验因素对肿瘤解卷积方法结果的影响，并提供了方法开发者和实验设计者的建议 | 未详细讨论所有可能的实验因素对解卷积方法的影响 | 探讨实验因素对肿瘤解卷积方法结果的影响 | 高级别浆液性卵巢肿瘤 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞基因表达谱 | NA | 基因表达数据 | 多个高级别浆液性卵巢肿瘤样本 |
| 7317 | 2024-10-13 |
Measuring cell-to-cell expression variability in single-cell RNA-sequencing data: a comparative analysis and applications to B cell aging
2023-10-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03036-2
PMID:37864221
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研究论文 | 本文系统评估了14种常用的变异性度量方法在单细胞RNA测序数据中测量细胞间表达变异性的表现，并应用于B细胞老化研究 | 本文通过模拟和真实数据集，比较了14种变异性度量方法的性能，并强调了在复杂生物过程中捕捉细胞间基因表达变异性的重要性 | 本文未明确指出最佳的统计方法，尤其是在面对单细胞RNA测序数据的独特数据结构如零膨胀问题时 | 评估不同变异性度量方法在单细胞RNA测序数据中的表现，并研究B细胞分化和老化过程中的细胞间表达变异性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞间表达变异性，以及B细胞分化和老化过程中的基因表达变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及造血干细胞（HSCs）和B淋巴细胞分化过程中的主要细胞类型 |
| 7318 | 2024-10-13 |
Data-driven identification of total RNA expression genes for estimation of RNA abundance in heterogeneous cell types highlighted in brain tissue
2023-10-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03066-w
PMID:37845779
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研究论文 | 本文定义并识别了一种新的控制基因类别，称为总RNA表达基因（TREGs），用于下一代测序，这些基因与不同大小和转录活性的细胞类型中的总RNA丰度相关 | 提出了一个新的数据驱动方法，从单细胞RNA测序数据中识别TREGs，用于估计总RNA量 | NA | 开发一种新的方法来识别与总RNA丰度相关的基因，用于估计不同细胞类型中的RNA量 | 总RNA表达基因（TREGs） | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 五个脑区 |
| 7319 | 2024-10-13 |
Spatial transcriptomics in development and disease
2023-Oct-09, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-023-00144-0
PMID:37806992
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综述 | 本文综述了空间转录组学在生物系统中的发展及其在疾病研究中的应用 | 空间转录组学技术能够同时捕获基因表达谱和细胞的空间位置信息，为研究区域基因表达、空间域和细胞间相互作用提供了新的维度 | 当前空间转录组学技术在通量和分辨率上仍存在局限，且数据分析和整合仍面临挑战 | 总结空间转录组学技术的发展历程、技术原理及其在生物医学研究中的应用，并探讨其未来发展方向 | 空间转录组学技术及其在发育和疾病研究中的应用 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 7320 | 2024-10-13 |
Fibroblast growth factor 18 stimulates the proliferation of hepatic stellate cells, thereby inducing liver fibrosis
2023-10-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42058-z
PMID:37813881
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研究论文 | 本文研究了成纤维细胞生长因子18（Fgf18）在肝星状细胞（HSCs）增殖和肝纤维化中的作用 | 首次揭示了Fgf18在肝纤维化中的关键作用，并提出了其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和人类肝活检样本，缺乏更大规模的人类临床数据 | 探讨Fgf18在肝纤维化中的作用机制 | 肝星状细胞（HSCs）和小鼠肝纤维化模型 | NA | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型和人类肝活检样本 |