单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7301	2024-11-14	Background fluorescence and spreading error are major contributors of variability in high-dimensional flow cytometry data visualization by t-distributed stochastic neighboring embedding 2018-08, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology DOI:10.1002/cyto.a.23566 PMID:30107099	研究论文	本文探讨了在高维流式细胞术数据可视化中，背景荧光和扩散误差对t-分布随机邻域嵌入（tSNE）算法的影响	本文首次识别了背景值分布差异和扩散误差是高维流式细胞术数据可视化中tSNE算法的主要变异来源，并提出了通过双指数变换和限制扩散误差来改善数据可视化的方法	本文主要关注了背景荧光和扩散误差的影响，未全面探讨其他可能影响tSNE算法性能的因素	研究tSNE算法在高维流式细胞术数据可视化中的应用及其变异来源	高维流式细胞术数据及其在tSNE算法中的可视化效果	生物信息学	NA	流式细胞术	tSNE	流式细胞术数据	多个独立实验或临床试验中的大量样本
7302	2024-11-13	Spatial domains identification in spatial transcriptomics using modality-aware and subspace-enhanced graph contrastive learning 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.10.029 PMID:39507820	研究论文	本文提出了一种基于图对比学习和子空间分析的框架GRAS4T，用于空间转录组学中的空间域识别	结合对比学习和子空间分析模型，通过捕捉同一域内点的自表达性来准确区分不同的空间域	NA	开发一种新的方法来提高空间转录组学数据中空间域识别的准确性	空间转录组学数据中的空间域	空间转录组学	NA	图对比学习	图对比学习框架	空间转录组数据	八个来自五个不同平台的空间转录组数据集
7303	2024-11-13	Shared and unique transcriptomic signatures of antidepressant and probiotics action in the mammalian brain 2024-Nov, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-024-02619-0 PMID:38844534	研究论文	研究探讨了不同抗抑郁药物和益生菌对哺乳动物大脑不同区域的转录组影响	首次系统分析了抗抑郁药物和益生菌在哺乳动物大脑中的共同和独特转录组特征	研究仅限于特定药物和益生菌组合，未涵盖所有可能的治疗方案	揭示抗抑郁药物和益生菌在治疗情绪障碍中的共同和差异机制	抗抑郁药物（如安非他酮、地昔帕明、氟西汀）和益生菌（Lacidofil®）对大脑10个区域的影响	数字病理学	情绪障碍	空间转录组学	NA	转录组数据	涉及10个大脑区域，每个区域-治疗组合平均有2211个差异表达基因
7304	2024-11-13	Interpretable spatially aware dimension reduction of spatial transcriptomics with STAMP 2024-Nov, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02463-8 PMID:39407016	研究论文	本文介绍了一种名为STAMP的空间感知维度缩减方法，用于空间转录组学数据的高维基因表达测量	STAMP基于深度生成模型，能够返回生物学上有意义的低维空间主题和相关基因模块，适用于多种数据类型和样本	NA	开发一种可解释的空间感知维度缩减方法，以获得空间转录组学数据的有意义的低维表示	空间转录组学数据，包括单个切片、多个切片、不同技术以及时间序列数据	数字病理学	肺癌	深度生成模型	NA	基因表达数据	超过500,000个细胞
7305	2024-11-13	The multifaceted role of mitochondria in cardiac function: insights and approaches 2024-Oct-29, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01899-x PMID:39472951	综述	本文综述了线粒体在心脏功能中的多方面作用及其在心血管疾病中的重要性	讨论了线粒体异质性和亚群在维持心脏功能和疾病相关重塑中的作用，并强调了线粒体与核的逆向通讯	未提供具体的研究数据或实验结果	探讨线粒体在心脏功能中的作用及其在心血管疾病中的潜在治疗策略	线粒体及其在心脏功能和疾病中的作用	心血管疾病	心血管疾病	全基因组关联研究 (GWAS)	NA	NA	NA
7306	2024-11-13	Plasma proteometabolome in lung cancer: exploring biomarkers through bidirectional Mendelian randomization and colocalization analysis 2024-09-19, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddae110 PMID:39011643	研究论文	研究利用孟德尔随机化方法探索肺癌相关的血浆蛋白质组和代谢组生物标志物	首次通过双向孟德尔随机化和共定位分析识别出与肺癌相关的血浆蛋白质和代谢物的新关联	NA	开发非侵入性诊断生物标志物以改善肺癌管理	血浆蛋白质组和代谢组	生物标志物	肺癌	孟德尔随机化	NA	蛋白质组学数据、代谢组学数据	NA
7307	2024-11-13	ADAMTS12 promotes fibrosis by restructuring extracellular matrix to enable activation of injury-responsive fibroblasts 2024-Sep-17, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI170246 PMID:39286973	研究论文	研究揭示了ADAMTS12在纤维化过程中的作用，通过重构细胞外基质促进损伤响应性成纤维细胞的激活	首次发现ADAMTS12在纤维化中的关键作用，并阐明了其通过重构细胞外基质和切割HMCN1来激活特定成纤维细胞亚群的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证其结果	探讨ADAMTS12在纤维化中的作用及其分子机制	ADAMTS12在心脏和肾脏纤维化中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠模型
7308	2024-11-13	Predicting prognosis and immunotherapy response in colorectal cancer by pericytes insights from single-cell RNA sequencing 2024-07-06, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddae064 PMID:38652261	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据分析，揭示了结直肠癌微环境中周细胞的功能及其对预后和免疫治疗反应的影响	首次揭示了周细胞在结直肠癌微环境中的富集及其与不良预后和免疫治疗抵抗的关系	研究主要基于现有数据集，缺乏体内实验验证	探讨周细胞在结直肠癌中的作用及其对预后和免疫治疗反应的影响	结直肠癌中的周细胞及其在免疫微环境中的作用	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	超过1000个样本，包括453个免疫治疗数据集样本
7309	2024-11-13	Mapping Somatosensory Afferent Circuitry to Bone Identifies Neurotrophic Signals Required for Fracture Healing 2024-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.06.597786 PMID:38895367	研究论文	研究描述了在骨折愈合过程中，感觉神经元如何介导骨骼再生，并确定了神经源性信号在骨折修复中的关键作用	首次详细描述了感觉神经元在骨折愈合中的神经解剖学通路，并揭示了神经源性FGF9在骨折修复中的重要作用	研究主要基于小鼠模型，结果的临床应用可能受限	探讨感觉神经元在骨折愈合中的作用机制，并确定关键的神经源性信号	小鼠的长骨骨折及其愈合过程	神经科学	骨折	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	6648个背根神经节神经元
7310	2024-11-13	Effects of SPI1-mediated transcriptome remodeling on Alzheimer's disease-related phenotypes in mouse models of Aβ amyloidosis 2024-May-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48484-x PMID:38734693	研究论文	研究SPI1对阿尔茨海默病相关表型的影响	首次探讨了SPI1在阿尔茨海默病中的作用及其对疾病表型的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨调节SPI1水平对阿尔茨海默病发病机制的影响	SPI1基因敲除和过表达的小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	转录组分析	NA	转录组数据	SPI1基因敲除和过表达的小鼠模型
7311	2024-11-13	Peripheral HMGB1 is linked to O3 pathology of disease-associated astrocytes and amyloid 2024-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.13825 PMID:38624088	研究论文	研究了臭氧（O3）对疾病相关星形胶质细胞和淀粉样蛋白病理的影响，并探讨了外周高迁移率族蛋白B1（HMGB1）在其中的作用	首次探讨了外周髓系细胞中的HMGB1在O3诱导的疾病相关星形胶质细胞表型中的作用	NA	探讨臭氧（O3）对阿尔茨海默病（AD）相关病理的影响及其机制	疾病相关星形胶质细胞（DAAs）和外周髓系细胞中的高迁移率族蛋白B1（HMGB1）	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学和蛋白质组学	NA	转录组和蛋白质组数据	5xFAD小鼠和Hmgb1fl/fl LysM-Cre+小鼠
7312	2024-11-13	FixNCut: single-cell genomics through reversible tissue fixation and dissociation 2024-03-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03219-5 PMID:38553769	研究论文	介绍了一种名为FixNCut的方法，用于可逆的组织固定和解离，以提高单细胞基因组学在临床应用中的鲁棒性和可重复性	FixNCut方法克服了现有技术的局限性，能够在固定和解离过程中保持RNA完整性、测序库复杂性和细胞组成，同时减少应激相关的人工假象	NA	开发一种新的方法，以提高单细胞技术在临床应用中的鲁棒性和可重复性	人类和小鼠的组织	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和小鼠的组织样本
7313	2024-11-13	Single-cell time series analysis reveals the dynamics of HSPC response to inflammation 2024-03, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302309 PMID:38110222	研究论文	研究了HSPC在炎症反应中的动态变化和异质性	开发了新的计算方法来处理和分析单细胞时间序列数据，包括无偏细胞类型注释和丰度分析、全局和细胞类型特异性响应基因的鉴定工具，以及用于响应伪时间重建的半监督线性回归方法	NA	研究HSPC在急性炎症中的动态变化	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	NA	NA	单细胞测序	半监督线性回归	单细胞时间序列数据	10,046个细胞，来自四个时间点，涵盖炎症反应的前72小时
7314	2024-11-13	Exploration of neuron heterogeneity in human heart failure with dilated cardiomyopathy through single-cell RNA sequencing analysis 2024-02-03, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-024-03739-9 PMID:38310240	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析探索扩张型心肌病（DCM）患者心脏衰竭中神经元的异质性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了DCM患者心脏衰竭中神经元的异质性及其在免疫和炎症反应中的潜在作用	研究仅限于GSE183852和GSE120895数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性	探索扩张型心肌病（DCM）患者心脏衰竭中神经元的异质性	DCM患者和健康对照样本中的神经元	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	GSE183852数据集中的DCM患者和慢性心力衰竭患者及健康对照样本
7315	2024-11-13	Single-cell RNA sequencing reveals hub genes of myocardial infarction-associated endothelial cells 2024-01-24, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-024-03727-z PMID:38267885	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了心肌梗死相关内皮细胞的枢纽基因	首次通过单细胞RNA测序技术分析心肌梗死和假手术小鼠的内皮细胞，识别出关键的枢纽基因，并验证了这些基因对内皮细胞迁移和管形成的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证结果	揭示心肌梗死相关内皮细胞的具体机制，并识别关键的枢纽基因	心肌梗死和假手术小鼠的内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	心肌梗死和假手术小鼠的单细胞RNA测序数据，以及人类脐静脉内皮细胞的培养数据
7316	2024-11-13	Mechanosensitive genomic enhancers potentiate the cellular response to matrix stiffness 2024-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.10.574997 PMID:38260455	研究论文	研究探讨了机械微环境如何通过机械敏感的基因增强子影响细胞转录和表型	发现了新型机械敏感的基因增强子，这些增强子能够响应机械微环境的变化，调控细胞关键功能	NA	揭示机械微环境如何精确影响表观遗传状态以调控转录	机械敏感的基因增强子及其对细胞功能的影响	表观遗传学	NA	基因组范围的表观基因组分析、表观基因组编辑、单细胞RNA测序CRISPR筛选	NA	基因组数据、表观遗传数据、单细胞RNA测序数据	NA
7317	2024-11-13	Single-cell transcriptome analysis identifies a novel tumor-associated macrophage subtype predicting better prognosis in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1466767 PMID:39507421	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，鉴定出一种新的胰腺导管腺癌相关巨噬细胞亚型，该亚型预示着更好的预后	本研究首次通过单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，鉴定出一种新的良性M2样巨噬细胞亚型（bM2-like TAMs），并揭示其在胰腺导管腺癌中的抗肿瘤作用	本研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	深入了解胰腺导管腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞亚型及其对预后的影响，为免疫治疗提供新策略	胰腺导管腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	大量单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据
7318	2024-11-13	Comprehensive single-cell and bulk transcriptomic analyses to develop an NK cell-derived gene signature for prognostic assessment and precision medicine in breast cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1460607 PMID:39507529	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组分析，开发了一种基于NK细胞的基因特征，用于乳腺癌的预后评估和精准医疗	首次结合单细胞RNA测序和批量转录组分析，开发了一种新的NK细胞相关基因特征，用于乳腺癌的预后评估和治疗反应预测	NA	开发一种新的NK细胞相关基因特征，用于乳腺癌的预后评估和精准医疗	乳腺癌中的NK细胞相关基因及其在预后评估和治疗反应预测中的作用	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量转录组分析、加权相关网络分析（WGCNA）、LASSO回归、空间转录组学（ST）、免疫组化（IHC）	NA	基因表达数据	数据主要来源于TCGA和GEO数据库，具体样本数量未明确提及
7319	2024-11-13	Single-cell reconstruction and mutation enrichment analysis identifies dysregulated cardiomyocyte and endothelial cells in congenital heart disease 2023-Dec-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00070.2023 PMID:37811720	研究论文	本文通过单细胞转录组重构和突变富集分析，识别出先天性心脏病中失调的心肌细胞和内皮细胞	首次综合分析了基因组学和先天性心脏病的单细胞转录组学，识别出最常突变的先天性心脏病基因，并展示了先天性心脏病基因的异质性	NA	鉴定先天性心脏病的潜在风险基因	先天性心脏病病例中的心肌细胞和内皮细胞	基因组学	先天性心脏病	单细胞转录组分析	NA	基因变异数据	3166例先天性心脏病病例
7320	2024-11-13	Myoblast deactivation within engineered human skeletal muscle creates a transcriptionally heterogeneous population of quiescent satellite-like cells 2022-05, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2022.121508 PMID:35421801	研究论文	研究优化了在体外培养的人工骨骼肌组织中使人类肌原细胞失活的方法，形成了一种转录异质性的静止卫星细胞群	首次在体外人工骨骼肌环境中成功模拟了静止卫星细胞的形成，并利用单细胞RNA测序技术揭示了其转录组变化	研究主要集中在体外实验，尚未在体内验证其效果	探索在体外人工骨骼肌环境中形成静止卫星细胞的方法，为研究人类肌肉再生和疾病相关的卫星细胞功能障碍提供平台	人类肌原细胞和人工骨骼肌组织	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多个肌原细胞样本和人工骨骼肌组织样本