单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 7281 - 7300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7281 | 2025-10-06 |
Computational assignment of cell-cycle stage from single-cell transcriptome data
2015-Sep-01, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2015.06.021
PMID:26142758
|
研究论文 | 本文比较了五种监督机器学习方法和一种定制预测器在基于单细胞转录组数据分配细胞周期阶段方面的性能 | 系统评估不同归一化策略和先验知识使用对细胞周期阶段预测性能的影响，并开发了基于PCA的方法和定制预测器 | 方法在已发布数据集上测试，未在新实验数据上验证 | 开发计算方法来准确分配单细胞的细胞周期阶段 | 单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 监督机器学习, PCA, 定制预测器 | 单细胞转录组数据 | 已发布数据集中的单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7282 | 2025-10-06 |
BASiCS: Bayesian Analysis of Single-Cell Sequencing Data
2015-Jun, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1004333
PMID:26107944
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞测序数据贝叶斯分析的集成分层模型BASiCS | 集成贝叶斯分层模型，可同时估计细胞特异性标准化常数、基于spike-in基因量化技术变异、分解总变异为技术和生物组分 | 仅在小鼠胚胎干细胞数据上验证，需要spike-in基因作为技术对照 | 解决单细胞测序数据中技术噪声高的问题，识别真正的基因表达异质性 | 单细胞mRNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞mRNA测序 | 贝叶斯分层模型 | 基因表达计数数据 | 小鼠胚胎干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7283 | 2025-10-06 |
Spatial reconstruction of single-cell gene expression data
2015-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.3192
PMID:25867923
|
研究论文 | 提出一种名为Seurat的计算方法，通过整合单细胞RNA测序数据和原位RNA模式来推断细胞的空间定位 | 开发了首个能够整合单细胞RNA-seq数据与空间信息以重建基因表达空间模式的计算策略 | 方法依赖于单细胞RNA-seq数据的质量以及可用的原位RNA模式参考数据 | 开发计算方法来重建单细胞基因表达数据的空间定位 | 斑马鱼胚胎中分离的851个单细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 原位RNA分析 | Seurat算法 | 基因表达数据, 空间定位数据 | 851个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7284 | 2025-10-06 |
Brain structure. Cell types in the mouse cortex and hippocampus revealed by single-cell RNA-seq
2015-Mar-06, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaa1934
PMID:25700174
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术对小鼠大脑皮层和海马体细胞进行分类研究 | 首次通过大规模单细胞RNA测序揭示了小鼠大脑47种分子特征不同的细胞亚类，发现了新的细胞类型标记基因 | 研究仅限于小鼠体感皮层和海马CA1区域，未涵盖其他脑区 | 解析哺乳动物大脑皮层和海马体的细胞类型组成与分子特征 | 小鼠体感皮层和海马CA1区域的细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7285 | 2025-10-06 |
Integrated genome and transcriptome sequencing of the same cell
2015-Mar, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.3129
PMID:25599178
|
研究论文 | 开发了一种在同一细胞中同时测序基因组DNA和mRNA的集成方法 | 提出准线性扩增策略，无需在扩增前物理分离核酸即可从同一细胞定量基因组DNA和mRNA | NA | 实现同一细胞中基因组变异和转录组异质性的直接比较 | 单细胞 | 单细胞测序技术 | 癌症 | 单细胞基因组测序, 单细胞转录组测序 | NA | 基因组DNA, mRNA | NA | NA | 单细胞基因组测序, 单细胞转录组测序 | NA | NA |
| 7286 | 2025-10-06 |
Biased allelic expression in human primary fibroblast single cells
2015-Jan-08, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2014.12.001
PMID:25557783
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究人类原代成纤维细胞中基因的等位基因偏向性表达模式 | 首次在单细胞水平系统分析人类原代成纤维细胞的等位基因表达模式，发现76.4%的杂合SNV存在随机单等位基因表达 | 仅分析了单一时点的基因表达快照，未追踪等位基因表达的动态变化过程 | 探究单细胞水平等位基因表达的随机性和调控机制 | 人类原代成纤维细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 203个单个人类原代成纤维细胞，覆盖133,633个独特杂合SNV | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7287 | 2025-10-06 |
Dynamics of genomic clones in breast cancer patient xenografts at single-cell resolution
2015-Feb-19, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature13952
PMID:25470049
|
研究论文 | 通过单细胞分辨率研究乳腺癌患者异种移植模型中基因组克隆的动态演化 | 首次在单细胞分辨率系统研究乳腺癌异种移植过程中克隆选择与动态演化的规律 | 研究样本量有限（15例），且仅在免疫缺陷小鼠模型中进行验证 | 探究乳腺癌异种移植过程中基因组克隆架构的变化规律和可重复性 | 原发性和转移性人类乳腺癌样本及免疫缺陷小鼠模型 | 癌症基因组学 | 乳腺癌 | 深度基因组测序,单细胞测序 | NA | 基因组测序数据,单细胞测序数据 | 15例乳腺癌病例 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 7288 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing identifies extracellular matrix gene expression by pancreatic circulating tumor cells
2014-Sep-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2014.08.029
PMID:25242334
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定胰腺循环肿瘤细胞中细胞外基质基因的表达特征 | 首次在单细胞水平揭示循环肿瘤细胞异常表达基质来源的细胞外基质基因，并发现SPARC基因敲低可抑制癌细胞迁移和侵袭 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 解析胰腺癌循环肿瘤细胞的分子特征及其在癌症转移中的作用 | 胰腺癌循环肿瘤细胞、匹配的原发肿瘤 | 单细胞组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和有限人类胰腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 表位非依赖性微流控捕获技术结合单细胞RNA测序 |
| 7289 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq reveals dynamic paracrine control of cellular variation
2014-Jun-19, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature13437
PMID:24919153
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示细胞间通讯如何控制细胞异质性 | 首次证明干扰素介导的旁分泌信号传导在协调细胞群体动态响应中的关键作用 | 研究仅限于小鼠骨髓来源的树突状细胞，未验证其他细胞类型 | 理解基因表达变异的程度、基础和功能 | 1,700多个原代小鼠骨髓来源树突状细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过1,700个原代小鼠骨髓来源树突状细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7290 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals T helper cells synthesizing steroids de novo to contribute to immune homeostasis
2014-May-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2014.04.011
PMID:24813893
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现辅助性T细胞能够从头合成类固醇激素孕烯醇酮，并揭示其在免疫稳态中的作用 | 首次发现并表征了免疫细胞（特别是Th2细胞）具有从头合成类固醇的能力，提出了'淋巴类固醇'的新概念 | 研究主要聚焦于Th2细胞，其他免疫细胞类型的类固醇合成能力尚未完全探索 | 探究Th2细胞是否具有合成类固醇的能力及其在免疫调节中的作用 | 辅助性T细胞（Th2细胞）、B细胞、蠕虫感染模型 | 免疫学 | 蠕虫感染、免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序，定量PCR | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7291 | 2025-10-06 |
PyClone: statistical inference of clonal population structure in cancer
2014-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.2883
PMID:24633410
|
研究论文 | 介绍用于推断癌症克隆群体结构的统计模型PyClone | 开发了贝叶斯聚类方法，能够在考虑片段拷贝数变化和正常细胞污染导致的等位基因不平衡情况下，对深度测序的体细胞突变进行克隆聚类并估计其细胞流行度 | NA | 推断癌症中的克隆群体结构 | 癌症中的体细胞突变 | 生物信息学 | 癌症 | 深度测序，单细胞测序验证 | 贝叶斯聚类模型 | 基因组测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 7292 | 2025-10-06 |
A tripartite transcription factor network regulates primordial germ cell specification in mice
2013-Aug, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/ncb2798
PMID:23851488
|
研究论文 | 本研究揭示了一个由BLIMP1、PRDM14和AP2γ组成的三方转录因子网络调控小鼠原始生殖细胞特化的机制 | 首次发现BLIMP1、AP2γ和PRDM14三方相互依赖的转录网络足以实现PGC特化和表观基因组重置 | 研究主要基于小鼠模型，未涉及其他物种验证 | 探究原始生殖细胞特化过程中转录因子的组合功能 | 小鼠原始生殖细胞 | 发育生物学 | NA | 染色质免疫沉淀测序, 单细胞转录组分析 | NA | 基因组测序数据, 转录组数据 | 正常和突变型原始生殖细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7293 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals bimodality in expression and splicing in immune cells
2013-Jun-13, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature12172
PMID:23685454
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示小鼠骨髓来源树突状细胞在免疫应答中基因表达和剪接模式的广泛双峰性变异 | 首次在单细胞水平发现关键免疫基因表达和RNA剪接模式的广泛双峰性变异，即使在高表达基因中也存在这种异质性 | 研究仅针对小鼠骨髓来源树突状细胞，结果在其他细胞类型中的普适性需要进一步验证 | 探究免疫细胞在单细胞水平的转录组异质性及其调控机制 | 小鼠骨髓来源树突状细胞(BMDCs) | 单细胞基因组学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序，RNA-荧光原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量的小鼠骨髓来源树突状细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7294 | 2025-10-06 |
DNA template strand sequencing of single-cells maps genomic rearrangements at high resolution
2012-Nov, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.2206
PMID:23042453
|
研究论文 | 开发了Strand-seq方法用于单细胞DNA模板链测序，实现了对姐妹染色单体交换的高分辨率定位 | 首次实现独立测序单细胞亲本DNA模板链，将SCE检测分辨率提高了数个数量级 | 仅在小鼠胚胎干细胞中进行了验证，样本量相对有限 | 开发高分辨率检测基因组重排的新方法 | 小鼠胚胎干细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞DNA测序 | NA | DNA序列数据 | 62个单细胞 | NA | 单细胞DNA测序 | NA | Strand-seq技术 |
| 7295 | 2025-10-06 |
Full-length mRNA-Seq from single-cell levels of RNA and individual circulating tumor cells
2012-Aug, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.2282
PMID:22820318
|
研究论文 | 本文介绍了一种适用于单细胞水平的全长mRNA测序方法Smart-Seq，并应用于循环肿瘤细胞的转录组分析 | 开发了改进的Smart-Seq协议，提高了转录本覆盖度，增强了对可变转录异构体和单核苷酸多态性的分析能力 | 单细胞基因表达估计存在增加的噪声 | 开发适用于单细胞水平的全转录组分析方法 | 单细胞RNA和黑色素瘤循环肿瘤细胞 | 基因组学 | 黑色素瘤 | mRNA测序，单细胞转录组学 | NA | RNA测序数据 | 总RNA稀释系列和少量细胞类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | Smart-Seq协议 |
| 7296 | 2025-10-06 |
Drug targets: single-cell transcriptomics hastens unbiased discovery
2012-Jan, Trends in pharmacological sciences
IF:13.9Q1
DOI:10.1016/j.tips.2011.09.006
PMID:22032985
|
综述 | 本文探讨单细胞转录组学在神经精神药理学药物靶点发现中的应用价值 | 提出使用单细胞转录组学可无偏倚地发现被忽视的受体靶点，包括孤儿受体和受体异源二聚体 | 未提及具体实验验证结果和临床应用数据 | 推动神经精神药理学领域的新药靶点发现 | 神经元中的受体和通道蛋白 | 生物信息学 | 神经精神疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7297 | 2025-10-06 |
Development and applications of single-cell transcriptome analysis
2011-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.1557
PMID:21451510
|
综述 | 本文回顾了单细胞转录组分析技术的发展历程、应用潜力与未来展望 | 整合活细胞成像与谱系追踪技术，探索胚胎和成体个体细胞生理功能的完整基因表达网络 | NA | 解析基因型与表型关系，推动发育生物学和医学研究 | 胚胎和成体中的个体细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7298 | 2025-10-06 |
Transcriptome study for early hematopoiesis--achievement, challenge and new opportunity
2010-Jun, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.22065
PMID:20143329
|
综述 | 本文综述了早期造血转录组研究的成就、挑战及单细胞转录组技术带来的新机遇 | 系统阐述了单细胞转录组方法和二代测序技术为早期造血研究提供的新机遇 | 造血干祖细胞稀有性对研究造成物理限制，传统基因组学技术难以实现全面转录组检测 | 理解控制早期造血的遗传程序并识别干预造血疾病的基因靶点 | 造血干祖细胞 | 基因组学 | 造血疾病 | 单细胞转录组测序, 二代测序 | 系统生物学方法 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7299 | 2025-10-06 |
Tracing the derivation of embryonic stem cells from the inner cell mass by single-cell RNA-Seq analysis
2010-May-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2010.03.015
PMID:20452321
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析追踪胚胎干细胞从内细胞团衍生的分子机制 | 首次在单细胞分辨率下揭示ICM向ESC转化过程中的转录组变异和表观遗传调控变化 | 研究主要关注转录组水平变化，未深入验证功能机制 | 探索内细胞团向胚胎干细胞转化过程中的分子调控机制 | 小鼠胚胎内细胞团和胚胎干细胞 | 单细胞组学 | 发育生物学 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 7300 | 2025-10-06 |
Landscape of spatial disruption of homeostasis in the middle temporal gyrus of epileptic patients
2025-Aug-01, Brain research
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.brainres.2025.149688
PMID:40350141
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析癫痫患者颞中回的细胞和空间稳态破坏 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学揭示癫痫患者颞中回的细胞空间重组和稳态破坏机制 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证发现 | 阐明癫痫相关的细胞和空间稳态破坏机制 | 癫痫患者和对照组的颞中回脑组织 | 空间转录组学 | 癫痫 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 空间转换张量算法 | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |