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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7241 | 2025-10-06 |
Molecular interrogation of hypothalamic organization reveals distinct dopamine neuronal subtypes
2017-02, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/nn.4462
PMID:27991900
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示下丘脑中62种神经元亚型,特别是发现共表达Onecut3和Nmur2基因的多巴胺神经元亚型 | 首次使用单细胞RNA测序系统绘制下丘脑神经元身份图谱,发现具有任务依赖性神经递质转换能力的多巴胺神经元新亚型 | 研究主要基于转录组数据,功能验证和机制研究需要进一步实验证实 | 解析下丘脑神经元多样性及其组织结构和功能 | 下丘脑神经元细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7242 | 2025-10-06 |
Cerebral cortical neuron diversity and development at single-cell resolution
2017-02, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2016.11.001
PMID:27888678
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术研究大脑皮层神经元多样性和发育的最新进展 | 将单细胞RNA测序技术应用于神经元分类,提供全基因组基因表达模式作为新的分类标准 | 仅回顾早期研究成果,尚未涉及具体实验数据验证 | 阐明神经元亚型及其发育过程 | 大脑皮层神经元 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 数十万个单细胞转录组构建的参考图谱 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7243 | 2025-10-06 |
XACT Noncoding RNA Competes with XIST in the Control of X Chromosome Activity during Human Early Development
2017-01-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2016.10.014
PMID:27989768
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研究论文 | 本研究揭示了人类早期胚胎发育中X染色体活性调控的新机制,发现非编码RNA XACT与XIST在活性X染色体上共同激活并积累 | 首次发现人类特异性X染色体调控机制,揭示XACT和XIST在早期胚胎中的拮抗作用,以及XIST在此时期呈现异常分散结构 | 功能研究主要在转基因小鼠细胞中进行,需在人类胚胎中进一步验证 | 探究人类早期发育过程中X染色体剂量补偿的调控机制 | 人类早期着床前胚胎和naive人类胚胎干细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,成像技术 | NA | RNA测序数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7244 | 2025-10-06 |
Evolution of multiple cell clones over a 29-year period of a CLL patient
2016-12-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/ncomms13765
PMID:27982015
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研究论文 | 通过对一名CLL患者29年病程的追踪研究,揭示了白血病细胞克隆的演化规律 | 首次对单个CLL患者进行长达29年的连续基因组和转录组分析,揭示了疾病演化过程中克隆动态变化和表达模式演变 | 仅基于单个病例的研究,结果可能不具有普遍代表性 | 探究慢性淋巴细胞白血病在长期病程中的克隆演化规律 | 一名CLL患者 | 基因组学 | 慢性淋巴细胞白血病 | 单核苷酸多态性微阵列分析,转录组测序,全基因组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,转录组数据 | 1名患者29年间的系列样本 | NA | 单细胞RNA测序,全基因组测序,转录组测序 | NA | NA |
7245 | 2025-10-06 |
A Multiplexed Single-Cell CRISPR Screening Platform Enables Systematic Dissection of the Unfolded Protein Response
2016-Dec-15, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2016.11.048
PMID:27984733
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研究论文 | 开发了一种结合单细胞RNA测序与CRISPR扰动条形码技术的Perturb-seq平台,用于系统解析哺乳动物未折叠蛋白响应 | 首次将液滴单细胞RNA测序与CRISPR扰动条形码技术相结合,实现高通量扰动筛选与复杂表型测量的同步进行 | 未明确说明技术平台的通量限制和实验验证的充分性 | 系统解析哺乳动物未折叠蛋白响应机制 | 哺乳动物细胞 | 功能基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR干扰筛选 | NA | 单细胞基因表达数据 | 约100个基因扰动 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 液滴单细胞RNA测序平台 |
7246 | 2025-10-06 |
Perturb-Seq: Dissecting Molecular Circuits with Scalable Single-Cell RNA Profiling of Pooled Genetic Screens
2016-Dec-15, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2016.11.038
PMID:27984732
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研究论文 | 开发了结合单细胞RNA测序和CRISPR扰动技术的Perturb-seq方法,用于大规模分析基因功能 | 首次将单细胞RNA测序与CRISPR扰动技术结合,实现了在混合样本中大规模分析复杂表型 | NA | 开发能够大规模分析基因功能的高通量方法 | 免疫细胞和细胞系,特别是树突状细胞对脂多糖反应的转录因子 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR基因编辑 | NA | 基因表达数据 | 200,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7247 | 2025-10-06 |
Single-Cell Resolution of Temporal Gene Expression during Heart Development
2016-11-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2016.10.001
PMID:27840107
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析小鼠心脏发育过程中不同细胞谱系的时空基因表达程序 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘了从胚胎期到出生后心脏发育的完整转录组动态变化 | 研究仅基于小鼠模型,样本数量相对有限(约1200个细胞) | 揭示心脏发育过程中细胞谱系特异性的时空基因表达程序 | 小鼠心脏细胞(包括心肌细胞、内皮细胞和成纤维细胞富集细胞) | 单细胞生物学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约1200个小鼠心脏细胞,涵盖胚胎期9.5天到出生后21天共7个时间点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7248 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq ties macrophage polarization to growth rate of intracellular Salmonella
2016-Nov-14, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/nmicrobiol.2016.206
PMID:27841856
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞对胞内沙门氏菌不同生长状态的极化响应机制 | 首次将细菌分裂荧光报告系统与单细胞RNA测序相结合,揭示巨噬细胞对胞内沙门氏菌生长异质性的功能响应谱系 | 研究仅限于沙门氏菌模型,未验证其他胞内病原体的类似机制 | 探究宿主细胞如何响应胞内细菌病原体生长异质性 | 感染沙门氏菌的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序, 荧光报告系统 | 聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 单个感染沙门氏菌的巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7249 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq supports a developmental hierarchy in human oligodendroglioma
2016-11-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature20123
PMID:27806376
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类少突胶质细胞瘤的发育层次结构 | 首次在人类少突胶质细胞瘤中通过单细胞RNA测序无偏倚地鉴定出癌症干细胞群体 | 需要完整的系统发育树来明确遗传进化对细胞层次结构的影响 | 探索人类少突胶质细胞瘤的细胞层次结构和癌症干细胞模型 | 6个IDH1或IDH2突变的人类少突胶质细胞瘤样本 | 单细胞测序分析 | 少突胶质细胞瘤 | 单细胞RNA测序,拷贝数变异分析,点突变分析 | 癌症干细胞模型 | 单细胞RNA测序数据 | 4,347个单细胞来自6个肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7250 | 2025-10-06 |
Revealing the vectors of cellular identity with single-cell genomics
2016-Nov-08, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.3711
PMID:27824854
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综述 | 本文探讨单细胞基因组学如何揭示细胞身份的多维特征及其计算分析方法 | 提出将细胞身份表示为'基向量'的叠加,从离散细胞类型到连续动态过渡的多维度解析 | 计算方法需克服技术噪音、数据规模等挑战,尚未实现完整的细胞身份参考图谱构建 | 构建细胞身份参考图谱并解析其分子调控机制 | 人类细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7251 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq identifies a PD-1hi ILC progenitor and defines its development pathway
2016-11-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature20105
PMID:27749818
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术鉴定出高表达PD-1的先天淋巴样细胞祖细胞并揭示其发育通路 | 首次发现PD-1高表达可作为定型ILC祖细胞的标志物,并阐明PD-1/IL-25R作为ILC2发育的早期检查点 | 研究主要基于小鼠模型,人类ILC发育路径可能存在差异 | 解析先天淋巴样细胞祖细胞的异质性、发育轨迹和信号依赖性 | 小鼠骨髓祖细胞 | 单细胞生物学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠骨髓祖细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7252 | 2025-10-06 |
Analysis of allelic expression patterns in clonal somatic cells by single-cell RNA-seq
2016-11, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/ng.3678
PMID:27668657
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析克隆体细胞中的等位基因表达模式 | 首次在克隆原代小鼠成纤维细胞和新鲜分离的人类CD8 T细胞中同时分析克隆性和动态性单等位基因表达模式 | 主要关注最弱表达基因,克隆性aRME检测率极低(<1%) | 解析体细胞中随机单等位基因表达(aRME)的克隆遗传性与动态随机性 | 克隆原代小鼠成纤维细胞和人类CD8 T细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 克隆原代小鼠成纤维细胞和人类CD8 T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7253 | 2025-10-06 |
Direct chromosome-length haplotyping by single-cell sequencing
2016-11, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.209841.116
PMID:27646535
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研究论文 | 介绍一种通过单细胞测序直接获得染色体长度单倍型的新方法 | 首次使用单细胞DNA模板链测序技术直接构建完整染色体长度的单倍型,无需世代信息或统计推断 | NA | 开发直接绘制每个亲本染色体完整单倍型的方法 | 人类HapMap个体和家系三人的基因组 | 基因组学 | 癌症 | 单细胞DNA模板链测序 | NA | 基因组测序数据 | HapMap个体NA12878和家系三人 | NA | 单细胞测序 | NA | Strand-seq单细胞DNA模板链测序技术 |
7254 | 2025-10-06 |
A generic, cost-effective, and scalable cell lineage analysis platform
2016-11, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.202903.115
PMID:27558250
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研究论文 | 开发了一种通用、经济高效且可扩展的单细胞谱系分析平台 | 整合了生物化学与计算方法,提供回顾性、成本效益高且可扩展的单细胞谱系分析解决方案 | 仅通过体外培养的细胞树进行验证,尚未在复杂体内环境中测试 | 开发改进的单细胞谱系分析方法 | 单个细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 靶向单细胞测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞谱系分析 | NA | 整合生物化学-计算流程,输入单个细胞并生成谱系树 |
7255 | 2025-10-06 |
Characterizing polymorphic inversions in human genomes by single-cell sequencing
2016-11, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.201160.115
PMID:27472961
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研究论文 | 本研究通过单细胞链测序技术开发了一种识别和表征人类基因组中多态性倒位的新方法 | 结合单细胞DNA模板链测序(Strand-seq)与定制分析软件,首次实现了在单细胞水平高分辨率发现、定位和基因分型基因组重排 | NA | 研究人类基因组中的结构变异和基因组异质性 | 人类基因组中的多态性倒位和结构重排 | 基因组学 | NA | 单细胞DNA模板链测序(Strand-seq) | NA | 基因组测序数据 | 两名无关个体的全基因组 | NA | 单细胞DNA测序 | NA | 单细胞链测序(Strand-seq) |
7256 | 2025-10-06 |
A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Human Pancreas
2016-10-26, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2016.09.002
PMID:27693023
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术构建了人类胰腺细胞图谱 | 开发了结合FACS、机器人和CEL-Seq2协议的自动化平台,首次在单细胞水平系统解析人类胰腺细胞类型 | 样本来源于已故器官捐献者,可能无法完全代表健康人群的胰腺状态 | 建立人类胰腺细胞类型及其标记基因的完整目录 | 人类胰腺细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 数千个单胰腺细胞(来自已故器官捐献者) | NA | 单细胞RNA-seq | CEL-Seq2 | 结合FACS和机器人的自动化单细胞转录组平台 |
7257 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptome Profiling of Human Pancreatic Islets in Health and Type 2 Diabetes
2016-10-11, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2016.08.020
PMID:27667667
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析健康人和2型糖尿病患者胰岛细胞的基因表达特征 | 首次在单细胞水平全面表征人类胰岛各细胞类型的转录程序,包括罕见的δ、γ、ε和星状细胞,并发现α、β和腺泡细胞的亚群 | 功能验证研究尚未完成,发现的候选基因需要进一步实验确认 | 研究人类胰岛细胞在健康和2型糖尿病状态下的转录组特征 | 人类胰岛细胞,包括健康供体和2型糖尿病供体 | 单细胞生物学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 数千个人类胰岛细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7258 | 2025-10-06 |
Molecular Diversity of Midbrain Development in Mouse, Human, and Stem Cells
2016-Oct-06, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2016.09.027
PMID:27716510
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序比较了人类、小鼠和干细胞来源的中脑发育分子多样性 | 首次在单细胞水平系统定义了人类胚胎腹侧中脑的细胞类型,并建立了评估干细胞来源多巴胺神经元保真度的定量方法 | 研究主要关注发育早期阶段,成年阶段的细胞类型变化仍需进一步探索 | 解析中脑发育的分子程序,为帕金森病细胞替代疗法提供基础 | 人类和小鼠的胚胎腹侧中脑组织,以及人类多能干细胞来源的多巴胺神经元 | 单细胞基因组学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类和小鼠中脑发育多个阶段的单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7259 | 2025-10-06 |
scphaser: haplotype inference using single-cell RNA-seq data
2016-10-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btw484
PMID:27497440
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研究论文 | 开发了一个用于利用单细胞RNA测序数据进行单倍型推断的R软件包 | 首次利用单细胞RNA-seq数据中的等位基因波动特性进行单倍型推断,能够对稀有变异和基因内远距离变异进行分型 | NA | 开发基于单细胞RNA测序数据的单倍型推断方法 | 人类和小鼠的转录组区域 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7260 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals that Differentiation and Spatial Signatures Shape Epidermal and Hair Follicle Heterogeneity
2016-09-28, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2016.08.010
PMID:27641957
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示小鼠表皮和毛囊异质性的分化与空间特征 | 首次在单细胞水平系统揭示表皮细胞异质性主要由分化状态和空间位置两个维度决定,并发现干细胞区室遵循相同的组织原则 | 研究仅限于小鼠模型,且样本数量相对有限(1,422个细胞) | 解析表皮组织细胞异质性的转录组基础和组织原理 | 小鼠休止期表皮和毛囊细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 1,422个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |