单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7241	2024-10-17	Evaluation of single-cell sorting accuracy using antibody-derived tag-based qPCR 2024-Oct, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology DOI:10.1002/cyto.a.24888 PMID:39132928	研究论文	本文开发了一种基于抗体衍生标签（ADT）的qPCR方法，用于评估单细胞分选的准确性并表征单细胞水平的蛋白质表达	本文开发了一种新的检测方法，通过使用ADT和荧光抗体共染色细胞，并利用多重TaqMan™ qPCR放大ADT试剂的寡核苷酸，作为蛋白质表达的替代信号，从而确认单细胞分选的准确性	NA	开发一种新的方法来评估单细胞分选的准确性并表征单细胞水平的蛋白质表达	单细胞分选的准确性和单细胞水平的蛋白质表达	NA	NA	qPCR	NA	蛋白质表达数据	少量细胞
7242	2024-10-17	Integrated analysis reveals NLRC4 as a potential biomarker in sepsis pathogenesis 2024-Oct, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00293-4 PMID:39181981	研究论文	本文通过综合分析揭示了NLRC4作为脓毒症发病机制中的潜在生物标志物	本文首次通过综合分析方法，包括bulk RNA测序、单细胞RNA测序和酶联免疫吸附测定（ELISA），揭示了NLRC4在脓毒症中的高表达，并验证了其在脓毒症诊断和治疗中的潜在作用	本文的局限性在于样本量较小，且未进行临床验证	研究脓毒症免疫反应的分子机制，并寻找潜在的生物标志物	脓毒症患者和健康个体的基因表达差异	生物信息学	脓毒症	RNA测序、酶联免疫吸附测定（ELISA）	NA	基因表达数据	脓毒症患者和健康个体的样本
7243	2024-10-17	Integrated analyses reveal CST7 and DUSP5 regulate Th2 cells differentiation to promote chronic HBV infection 2024-Oct, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00296-1 PMID:39237681	研究论文	本研究通过综合分析揭示了CST7和DUSP5在调节Th2细胞分化以促进慢性HBV感染中的作用	首次揭示了CST7和DUSP5在慢性HBV感染中的关键作用，并阐明了它们通过调节Th2细胞分化来促进疾病进展的机制	研究主要基于bulk表达数据和scRNA-seq数据，缺乏体内实验验证	探讨HBV感染与宿主免疫系统之间的复杂相互作用，特别是Th2细胞分化在慢性HBV感染中的作用	慢性HBV感染患者的肝脏组织和Th2细胞	免疫学	肝炎	scRNA-seq	NA	基因表达数据	包括来自GSE83148和GSE84044的bulk表达数据，以及来自GSE182159的scRNA-seq数据
7244	2024-10-17	Gene inactivation of lysyl oxidase in smooth muscle cells reduces atherosclerosis burden and plaque calcification in hyperlipidemic mice 2024-10, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2024.118582 PMID:39260002	研究论文	研究了在平滑肌细胞中敲除赖氨酰氧化酶基因对高脂血症小鼠动脉粥样硬化和斑块钙化的影响	首次探讨了赖氨酰氧化酶在平滑肌细胞中的基因敲除对动脉粥样硬化和斑块钙化的保护作用	研究仅限于高脂血症小鼠模型，未涉及其他动物模型或人类样本	探讨赖氨酰氧化酶在平滑肌细胞中的作用及其对动脉粥样硬化和斑块钙化的影响	高脂血症小鼠的平滑肌细胞和动脉粥样硬化斑块	心血管疾病	心血管疾病	基因敲除技术	NA	RNA测序和免疫荧光	高脂血症条件性敲除小鼠和对照小鼠
7245	2024-10-17	Gene expression prediction from histology images via hypergraph neural networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae500 PMID:39401144	研究论文	提出了一种基于超图神经网络的基因表达预测模型HGGEP，用于从组织学图像中预测基因表达	引入超图神经网络模型HGGEP，通过梯度增强模块和注意力机制捕捉细胞形态信息与基因表达之间的关系，并利用多尺度特征关联提高预测性能	现有方法忽略了细胞形态信息与基因表达之间的复杂关系，以及未充分利用图像中提取的不同潜在阶段特征	解决从组织学图像预测基因表达的挑战，提高预测准确性	基因表达预测，组织学图像分析	计算机视觉	肿瘤疾病	超图神经网络	超图神经网络	图像	多个数据集，包括癌症和肿瘤疾病样本
7246	2024-10-17	Transcriptome sequencing reveals inflammation and macrophage heterogeneity in subacromial bursa from degenerative shoulder disorders 2024-Sep, Connective tissue research IF:2.8Q1 DOI:10.1080/03008207.2024.2386548 PMID:39109563	研究论文	研究了退行性肩部疾病中肩峰下滑囊（SAB）的转录组变化	首次通过转录组测序揭示了退行性和创伤性肩部疾病中SAB的炎症和巨噬细胞异质性	研究仅限于特定类型的肩部疾病，未涵盖所有可能的病理情况	探讨退行性或创伤性肩部疾病中肩峰下滑囊（SAB）的转录组变化	退行性肩袖撕裂（RCT）、创伤性RCT和肱骨近端骨折（PHF）患者的肩峰下滑囊（SAB）	数字病理学	肩部疾病	RNA测序	NA	转录组数据	退行性RCT、创伤性RCT和PHF患者的SAB样本
7247	2024-10-17	Retinal perivascular macrophages regulate immune cell infiltration during neuroinflammation in mouse models of ocular disease 2024-Aug-29, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI180904 PMID:39207852	研究论文	研究了视网膜周围血管巨噬细胞在小鼠眼部疾病模型中神经炎症期间调节免疫细胞浸润的作用	首次揭示了视网膜周围血管巨噬细胞在调节血视网膜屏障（BRB）免疫细胞迁移中的功能	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨视网膜周围血管巨噬细胞在眼部炎症性疾病中的作用	视网膜周围血管巨噬细胞及其在神经炎症中的功能	NA	糖尿病视网膜病变，葡萄膜炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了Pf4Cre小鼠进行实验
7248	2024-10-17	Spatiotemporal transcriptomic mapping of regenerative inflammation in skeletal muscle reveals a dynamic multilayered tissue architecture 2024-Aug-27, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173858 PMID:39190487	研究论文	研究重建了急性损伤和早期肌营养不良肌肉中分离的骨髓细胞的动态轨迹，揭示了再生炎症的动态多层组织结构	首次揭示了巨噬细胞在再生组织中空间适应和功能多样化的机制，并发现了支持再生过程的多层炎症区域	研究主要集中在急性损伤和早期肌营养不良肌肉，未涵盖其他类型的肌肉损伤或再生情况	探讨巨噬细胞在肌肉再生中的作用及其在组织结构中的动态分布	急性损伤和早期肌营养不良肌肉中的骨髓细胞	数字病理学	肌营养不良	空间转录组学分析	NA	转录组数据	急性损伤和早期肌营养不良肌肉中的骨髓细胞样本
7249	2024-10-17	KRT17high/CXCL8+ Tumor Cells Display Both Classical and Basal Features and Regulate Myeloid Infiltration in the Pancreatic Cancer Microenvironment 2024-Jun-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1421 PMID:37851080	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析胰腺导管腺癌样本，发现并表征了一种具有中间特征的KRT17high/CXCL8+癌细胞亚型，该亚型在肿瘤微环境和系统性免疫中影响髓系细胞	本文首次发现并表征了KRT17high/CXCL8+癌细胞亚型，该亚型兼具经典和基底特征，并能影响肿瘤微环境和系统性免疫中的髓系细胞	本文主要基于单细胞RNA测序数据和患者来源的胰腺癌类器官进行研究，未来需要更多临床数据验证其发现	表征胰腺导管腺癌中一种新的中间癌细胞亚型，并研究其在肿瘤微环境和系统性免疫中的作用	胰腺导管腺癌中的KRT17high/CXCL8+癌细胞亚型及其对髓系细胞的影响	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	18例人类胰腺导管腺癌样本
7250	2024-10-17	A Path to Persistence after EGFR Inhibition 2024-04-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0274 PMID:38616658	研究论文	研究EGFR抑制后残留癌细胞的持久性机制	首次使用患者来源的异种移植模型，结合批量和单细胞RNA测序，揭示了ASCL1在EGFR-突变型肺癌中诱导药物耐受持久性的机制	研究主要基于体外实验和患者来源的异种移植模型，缺乏直接的人体临床数据	探讨EGFR抑制后残留癌细胞的持久性机制及其潜在的治疗靶点	EGFR-突变型非小细胞肺癌中的药物耐受持久性细胞	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	RNA	患者来源的异种移植模型
7251	2024-10-17	The chemokine receptor CXCR3 promotes CD8+ T cell-dependent lung pathology during influenza pathogenesis 2024-Jan-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj1120 PMID:38170765	研究论文	研究探讨了CXCR3在流感发病过程中对CD8+ T细胞介导的肺病理的影响	通过单细胞RNA测序分析揭示了流感感染期间CD8 T细胞亚群的多样性，并发现CXCR3阻断可以减轻流感相关的肺损伤	研究主要基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探讨CXCR3在流感发病过程中对CD8+ T细胞介导的肺病理的影响	流感感染的小鼠肺部CD8 T细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
7252	2024-10-17	Highlighting fibroblast plasticity in lung fibrosis: the WI-38 cell line as a model for investigating the myofibroblast and lipofibroblast switch 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93519 PMID:38948058	研究论文	研究使用WI-38细胞系探讨肺纤维化中肌成纤维细胞和脂成纤维细胞的转换	首次使用WI-38细胞系研究肺纤维化中肌成纤维细胞和脂成纤维细胞的可逆转换	研究仅限于体外实验，未涉及体内验证	探讨肺纤维化中肌成纤维细胞和脂成纤维细胞的转换机制	WI-38细胞系在肺纤维化中的作用	数字病理学	肺纤维化	RNA测序	NA	基因表达数据	WI-38细胞系和IPF患者来源的肺成纤维细胞
7253	2024-10-17	The intricate cellular ecosystem of human peripheral veins as revealed by single-cell transcriptomic analysis 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0296264 PMID:38206912	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了人体外周静脉复杂的细胞生态系统	首次在单细胞水平上解析了上臂静脉的微解剖结构，并探讨了其与壁结构、重塑过程和炎症反应的关系	研究样本仅限于非疾病的静脉，且样本量较小	探讨静脉系统的细胞组成及其在血管炎症和重塑过程中的作用	人体上臂静脉的细胞组成和功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	4个非疾病的人体静脉样本（3个贵要静脉，1个头静脉），共20,006个细胞
7254	2024-10-17	IGFBP7+ subpopulation and IGFBP7 risk score in astrocytoma: insights from scRNA-Seq and bulk RNA-Seq 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1434300 PMID:39403379	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序探讨了星形细胞瘤中IGFBP7+亚群及其风险评分的影响	首次揭示了C0 IGFBP7+胶质瘤细胞在星形细胞瘤分化和进展中的重要作用，并开发了基于IGFBP7风险评分的预测模型	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏临床试验验证	深入理解星形细胞瘤的细胞组成多样性，探讨影响其预后的多种因素	星形细胞瘤中的IGFBP7+亚群及其风险评分	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	预测模型	RNA序列数据	七个不同亚组的星形细胞瘤样本
7255	2024-10-17	Macrophage Dysfunction in Respiratory Disease 2024, Results and problems in cell differentiation DOI:10.1007/978-3-031-65944-7_9 PMID:39406908	研究论文	本文探讨了肺泡巨噬细胞在呼吸系统疾病中的功能障碍及其机制	利用谱系追踪和单细胞RNA测序技术，深入理解了肺泡巨噬细胞在肺部稳态调节中的作用	未详细讨论具体的靶向治疗方法	研究肺泡巨噬细胞在呼吸系统疾病中的功能障碍及其机制，为开发针对性治疗提供理论基础	肺泡巨噬细胞及其在呼吸系统疾病中的功能变化	NA	呼吸系统疾病	谱系追踪、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
7256	2024-10-17	Transcription factors in fibroblast plasticity and CAF heterogeneity 2023-Dec-20, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-023-02934-4 PMID:38124183	综述	本文综述了转录因子在癌症相关成纤维细胞（CAF）异质性和可塑性中的作用	强调了单细胞RNA测序技术在揭示转录因子在不同癌症类型中将正常成纤维细胞转化为不同CAF亚型中的作用	目前尚未形成统一的CAF亚群功能分类，这为临床上开发靶向CAF疗法带来了挑战	揭示CAF的异质性，并识别不同肿瘤中的共性，以更有效地靶向肿瘤微环境中的促肿瘤基质	癌症相关成纤维细胞（CAF）及其异质性和可塑性	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
7257	2024-10-17	scNAT: a deep learning method for integrating paired single-cell RNA and T cell receptor sequencing profiles 2023-12-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03129-y PMID:38111007	研究论文	本文介绍了一种名为scNAT的深度学习方法，用于整合配对的单细胞RNA和T细胞受体测序数据	scNAT方法能够将配对的scRNA-seq和scTCR-seq数据整合到一个统一的潜在空间中，用于下游分析	NA	开发一种能够整合单细胞RNA和T细胞受体测序数据的深度学习方法	单细胞RNA测序数据和T细胞受体测序数据	机器学习	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq）	深度学习	单细胞RNA和T细胞受体测序数据	NA
7258	2024-10-17	Atypical B cells consist of subsets with distinct functional profiles 2023-Dec-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108496 PMID:38098745	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了慢性暴露于疟疾寄生虫的个体中非典型B细胞的转录组、细胞表面标记和B细胞受体，发现了三种先前未被描述的非典型B细胞亚群，并揭示了它们在适应性免疫反应中的不同功能	发现了三种先前未被描述的非典型B细胞亚群，并揭示了它们在适应性免疫反应中的不同功能	NA	更好地定义非典型B细胞在人类适应性免疫反应中的作用	非典型B细胞的转录组、细胞表面标记和B细胞受体	免疫学	疟疾	单细胞测序	NA	转录组数据	慢性暴露于疟疾寄生虫的个体
7259	2024-10-17	Challenges and opportunities to computationally deconvolve heterogeneous tissue with varying cell sizes using single-cell RNA-sequencing datasets 2023-12-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03123-4 PMID:38098055	研究论文	本文讨论了使用单细胞RNA测序数据进行异质组织解卷积的挑战和机遇	提出了使用正交的“黄金标准”数据集来评估解卷积方法	现有方法可能量化总mRNA而非细胞类型比例，缺乏细胞参考图谱和单细胞与空间转录组数据整合的标准	探讨如何解决使用单细胞RNA测序数据进行异质组织解卷积的关键挑战	异质组织中的细胞混合物	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
7260	2024-10-17	GNTD: reconstructing spatial transcriptomes with graph-guided neural tensor decomposition informed by spatial and functional relations 2023-Dec-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44017-0 PMID:38092776	研究论文	本文介绍了一种名为GNTD的图引导神经张量分解模型，用于重建组织中的全空间转录组	GNTD模型通过分层张量结构和三层神经网络的非线性分解，结合捕获点之间的空间关系和基因功能关系，提高了从高度稀疏的空间转录组数据中进行准确重建的能力	NA	开发一种新的方法来克服空间转录组技术在组织切片制备和RNA捕获与固定方面的技术限制，从而实现全空间转录组的重建	组织中的空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	神经网络	基因表达数据	22个Visium空间转录组数据集和3个高分辨率Stereo-seq数据集以及模拟数据