单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 7221 - 7240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7221 | 2024-10-16 |
Hepatocyte-specific Smad4 deficiency inhibits hepatocarcinogenesis by promoting CXCL10/CXCR3-dependent CD8+- T cell-mediated anti-tumor immunity
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.97276
PMID:39346534
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研究论文 | 研究探讨了肝细胞特异性Smad4缺乏对肝细胞癌发生的影响及其机制 | 首次揭示了肝细胞特异性Smad4缺乏通过促进CXCL10/CXCR3依赖的CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫抑制肝细胞癌的发生 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证 | 探讨Smad4在肝细胞中的特异性作用及其对肝细胞癌发生的影响 | 肝细胞特异性Smad4缺乏的小鼠模型及肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 免疫荧光、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型及肝细胞癌患者样本 |
| 7222 | 2024-10-16 |
A CD8+ T cell related immune score predicts survival and refines the risk assessment in acute myeloid leukemia
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1408109
PMID:39346926
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研究论文 | 研究开发了一种与CD8+ T细胞相关的免疫风险评分，用于预测急性髓系白血病患者的生存和细化风险评估 | 构建了一个包含15个基因的预测模型CTCG15，该模型在不同平台的数据集中得到了验证，并能独立于已有的预后标志物，提高预后预测的准确性 | NA | 开发一种新的免疫风险评分，以提高急性髓系白血病患者的预后预测和风险分层 | 急性髓系白血病患者及其骨髓中的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 血液系统疾病 | RNA测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 涉及六个不同平台的数据集 |
| 7223 | 2024-10-16 |
Construction and validation of immune-associated lncRNA model for predicting immune status and therapeutic reactions of triple-negative breast cancer
2024, American journal of translational research
IF:1.7Q4
DOI:10.62347/VIXN9362
PMID:39398616
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研究论文 | 构建并验证了一个与免疫相关的lncRNA模型，用于预测三阴性乳腺癌的免疫状态和治疗反应 | 首次构建了一个基于lncRNA的模型，用于区分三阴性乳腺癌的免疫沙漠和免疫炎症亚型，并评估其对肿瘤药物的敏感性 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏临床试验验证 | 探索与三阴性乳腺癌免疫状态相关的关键lncRNA，并构建预测模型 | 三阴性乳腺癌患者的免疫状态和治疗反应 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序、基因集富集分析、非负矩阵分解、加权基因共表达网络分析 | lncRNA模型 | RNA测序数据、临床信息 | 来自TCGA和GEO数据库的三阴性乳腺癌样本 |
| 7224 | 2024-10-16 |
Marine Invertebrates One Cell at A Time: Insights from Single-Cell Analysis
2023-Dec-12, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icad034
PMID:37188638
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在海洋无脊椎动物研究中的应用和进展 | 本文总结了scRNA-seq在海洋无脊椎动物中的关键发现，包括细胞类型组成的描述性研究、细胞在动态过程中的反应以及新细胞类型的进化 | 本文讨论了在进行实验间或不同物种数据集间比较时的重要考虑因素，并指出了未来的挑战 | 本文旨在综合当前关于海洋无脊椎动物scRNA-seq的文献，并展望未来单细胞分析在该领域的应用 | 本文主要研究对象是海洋无脊椎动物的单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 涉及多种海洋无脊椎动物物种的单细胞样本 |
| 7225 | 2024-10-16 |
Acute ischemia induces spatially and transcriptionally distinct microglial subclusters
2023-12-11, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01257-5
PMID:38082331
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研究论文 | 研究急性缺血诱导的微胶质亚群及其转录特征 | 发现了与中风相关的微胶质亚群，并定义了它们的空间分布和功能特征 | NA | 探讨中风后微胶质细胞的异质性及其机制 | 中风后小鼠大脑中的微胶质细胞 | 数字病理学 | 中风 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、RNAscope、免疫荧光、基因集变异分析（GSVA）、上游调控分析（IPA）、RT-qPCR、shRNA介导的敲低、靶向代谢组学 | NA | 转录组数据 | MCAO小鼠的三个时间点样本 |
| 7226 | 2024-10-16 |
Dynamic profiling of immune microenvironment during anti-PD-1 immunotherapy for head and neck squamous cell carcinoma: the IPRICE study
2023-Dec-08, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11672-x
PMID:38066522
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研究论文 | 研究旨在通过动态分析免疫微环境，识别预测头颈部鳞状细胞癌患者对PD-1免疫疗法反应的因素 | 采用多学科方法，包括空间转录组学和单细胞RNA测序，以深入了解免疫疗法的抗性和反应机制 | 研究为单中心、前瞻性、非随机、开放标签的干预性临床试验，样本量有限 | 识别预测头颈部鳞状细胞癌患者对PD-1免疫疗法反应的因素 | 54名接受PD-1免疫疗法的头颈部鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床数据、医学影像 | 54名复发/转移性头颈部鳞状细胞癌患者 |
| 7227 | 2024-10-16 |
Interaction dynamics between innate and adaptive immune cells responding to SARS-CoV-2 vaccination in non-human primates
2023-Dec-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43420-x
PMID:38042809
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研究论文 | 本文研究了非人灵长类动物在接受mRNA-1273疫苗后，先天性和适应性免疫细胞之间的相互作用动态 | 本文通过单细胞测序技术，综合分析了疫苗接种后先天性和适应性免疫细胞的转录组和适应性免疫受体，揭示了免疫系统中双向信号传递的机制 | NA | 研究SARS-CoV-2疫苗在非人灵长类动物中的免疫反应，指导人类临床实践 | 非人灵长类动物接种mRNA-1273疫苗后的先天性和适应性免疫细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 接种疫苗前后的先天性免疫细胞和抗原特异性外周B细胞和T细胞 |
| 7228 | 2024-10-16 |
Quartets enable statistically consistent estimation of cell lineage trees under an unbiased error and missingness model
2023-Dec-01, Algorithms for molecular biology : AMB
IF:1.5Q3
DOI:10.1186/s13015-023-00248-w
PMID:38041123
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研究论文 | 研究了在肿瘤细胞进化历史重建中，基于四元组（quartets）的方法在面对无偏误差和缺失数据模型时的统计一致性 | 提出了基于四元组的方法，证明了其在高度未解析的模型树和定义为假阴性分支数量的误差情况下的统计一致性 | 文章主要集中在理论分析，未详细讨论实际应用中的具体实施和效果 | 研究肿瘤进化历史的重建方法，特别是在面对单细胞测序数据中的稀疏性和错误时的有效性 | 肿瘤细胞的进化树重建 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 四元组（quartets） | 分子序列 | 四细胞 |
| 7229 | 2024-10-16 |
Single-Cell Profiling of Premature Neonate Airways Reveals a Continuum of Myeloid Differentiation
2023-12, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2022-0293OC
PMID:37643399
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序技术分析极早产新生儿气道中的细胞类型，揭示了髓系分化的连续性 | 首次在极早产新生儿气道中进行单细胞RNA测序，识别出髓系细胞的不同分化轨迹 | 研究样本量较小，仅限于极早产新生儿，且依赖于临床干预的采样方法 | 探索单细胞RNA测序在极早产新生儿气道细胞类型分析中的应用 | 极早产新生儿气道中的细胞类型及其髓系分化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10名极早产新生儿 |
| 7230 | 2024-10-16 |
A SELECTIVE REVIEW OF RECENT DEVELOPMENTS IN SPATIALLY VARIABLE GENE DETECTION FOR SPATIAL TRANSCRIPTOMICS
2023-Nov-23, ArXiv
PMID:38045476
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综述 | 本文综述了近年来在空间转录组学中检测空间变异基因（SVG）的最新进展 | 本文总结了多种新方法和创新概念，用于检测空间变异基因 | NA | 探讨空间转录组学数据分析中空间变异基因检测的重要性 | 空间变异基因（SVG） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 7231 | 2024-10-16 |
Latent feature extraction with a prior-based self-attention framework for spatial transcriptomics
2023-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277891.123
PMID:37903634
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研究论文 | 本文提出了一种基于先验的自注意力框架PAST，用于空间转录组学中的潜在特征提取 | PAST是首个集成参考数据分析空间转录组数据的方法，通过贝叶斯神经网络整合先验信息，自注意力机制捕捉空间模式，并采用涟漪行走采样策略实现可扩展应用 | NA | 开发一种有效的方法来表征空间转录组数据中的空间域，以促进下游分析和生物学解释 | 空间转录组数据中的空间域 | 空间转录组学 | NA | 贝叶斯神经网络 | 变分图卷积自编码器 | 转录组数据 | 多个技术生成的数据集 |
| 7232 | 2024-10-16 |
Mapping oto-pharyngeal development in a human inner ear organoid model
2023-10-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201871
PMID:37796037
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研究论文 | 研究使用人类内耳类器官模型绘制耳咽发育的时间线 | 开发了一种使用多能干细胞的三维培养模型，用于研究人类内耳发育，并建立了内耳类器官发育图谱（IODA） | 研究中仍有许多细胞类型未被定义，且类器官模型与体内发育存在潜在差异 | 旨在绘制内耳类器官的体外发育时间线，以理解其发育机制 | 人类内耳类器官的发育过程及其细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 在分化过程的前36天内，对10个阶段的样本进行了单细胞RNA测序 |
| 7233 | 2024-10-16 |
Transcript accumulation rates in the early Caenorhabditis elegans embryo
2023-08-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi1270
PMID:37611097
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研究论文 | 本文研究了早期秀丽隐杆线虫胚胎中转录积累速率 | 首次在全基因组范围内测量了早期胚胎中单细胞分辨率的转录积累速率，并识别了与高转录速率相关的核心启动子元件 | 研究仅限于早期胚胎阶段，且未涵盖所有发育基因 | 估计早期胚胎中合子mRNA的积累速率，并理解转录动力学如何驱动发育决策 | 早期秀丽隐杆线虫胚胎中的转录积累速率 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序和单分子转录成像 | NA | RNA序列数据 | 早期秀丽隐杆线虫胚胎的单细胞样本 |
| 7234 | 2024-10-16 |
Impaired PPARγ activation by cadmium exacerbates infection-induced lung injury
2023-05-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.166608
PMID:36928191
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研究论文 | 研究揭示了镉暴露和感染对肺部巨噬细胞中PPARγ激活的抑制作用，加剧了感染诱导的肺损伤 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了镉暴露和感染对肺部巨噬细胞中PPARγ基因表达的影响，并发现ERK激活介导的PPARγ降解加剧了肺损伤 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨环境重金属暴露与肺部疾病之间的关系，特别是感染诱导的肺损伤 | 肺部巨噬细胞、PPARγ基因、ERK激活 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类样本 |
| 7235 | 2024-10-16 |
Bacterial droplet-based single-cell RNA-seq reveals antibiotic-associated heterogeneous cellular states
2023-02-16, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.01.002
PMID:36708705
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研究论文 | 介绍了一种名为BacDrop的高可扩展性细菌单细胞RNA测序技术，用于研究抗生素压力下的细胞异质性 | BacDrop技术克服了细菌单细胞RNA测序的许多挑战，能够处理数千到数百万个细胞，并揭示了抗生素压力下的细胞异质性 | NA | 研究细菌在抗生素压力下的细胞异质性 | 肺炎克雷伯菌临床分离株及其对抗生素压力的异质性反应 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千到数百万个细菌细胞 |
| 7236 | 2024-10-16 |
Graph-based autoencoder integrates spatial transcriptomics with chromatin images and identifies joint biomarkers for Alzheimer's disease
2022-12-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-35233-1
PMID:36463283
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研究论文 | 本文提出了一种基于图的自编码器框架，用于整合空间转录组数据与染色质图像数据，并应用于阿尔茨海默病的研究 | 本文创新性地提出了STACI框架，能够整合多种空间数据模态，并实现对未见组织切片的空间转录组数据的预测 | NA | 研究目的是开发一种能够整合空间转录组数据与染色质图像数据的计算框架，并应用于阿尔茨海默病的研究 | 研究对象是阿尔茨海默病的空间转录组数据和染色质图像数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组技术 | 图自编码器 | 图像和基因表达数据 | NA |
| 7237 | 2024-10-16 |
CD38 Mediates Lung Fibrosis by Promoting Alveolar Epithelial Cell Aging
2022-08-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202109-2151OC
PMID:35687485
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研究论文 | 研究探讨了CD38在促进肺纤维化中的作用及其对肺泡上皮细胞衰老的影响 | 首次揭示了CD38在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的关键作用，并提出了通过靶向CD38作为治疗肺纤维化的新策略 | 研究主要集中在实验动物模型和体外实验，尚未在临床试验中验证其疗效 | 探讨CD38在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的作用，并寻找潜在的治疗策略 | 肺泡上皮细胞（AEC）和CD38在肺纤维化中的作用 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、实时PCR、流式细胞术和Western blotting | NA | 基因表达数据 | 包括人类IPF肺组织和年轻及老年小鼠的肺纤维化模型 |
| 7238 | 2024-10-16 |
Spatially Resolved Transcriptomic Analysis of Acute Kidney Injury in a Female Murine Model
2022-02, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2021081150
PMID:34853151
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研究论文 | 研究优化并验证了一种雌性小鼠双侧缺血-再灌注损伤模型，并使用10× Genomics Visium空间基因表达解决方案生成空间基因表达图谱，应用Giotto和SPOTlight工具分析细胞间相互作用动态 | 首次在雌性小鼠模型中进行空间分辨的转录组分析，揭示了急性肾损伤后的细胞间相互作用动态和区域特异性基因表达模式 | 研究仅限于雌性小鼠模型，未涵盖其他性别和物种 | 研究急性肾损伤后的空间基因表达模式和细胞间相互作用动态 | 雌性小鼠急性肾损伤模型 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 16,856个独特基因 |
| 7239 | 2024-10-16 |
Multi-domain translation between single-cell imaging and sequencing data using autoencoders
2021-01-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20249-2
PMID:33397893
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研究论文 | 本文提出了一种使用自编码器在单细胞成像和测序数据之间进行多领域翻译的方法 | 本文的创新点在于通过学习不同数据模态之间的概率耦合，使用自编码器将它们映射到一个共享的潜在空间，从而实现成像和测序数据的整合 | NA | 研究目的是整合不同数据模态，以研究细胞异质性及其功能 | 研究对象是单细胞RNA测序数据和染色质图像 | 计算机视觉 | NA | 自编码器 | 自编码器 | 图像和文本 | 涉及人类初始CD4+ T细胞的多个亚群 |
| 7240 | 2024-10-16 |
Slide-seq: A scalable technology for measuring genome-wide expression at high spatial resolution
2019-03-29, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaw1219
PMID:30923225
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Slide-seq的技术，用于在空间高分辨率下测量基因组范围内的基因表达 | Slide-seq技术通过将RNA从组织切片转移到覆盖有DNA条形码珠子的表面上，实现了高吞吐量、基因组范围的基因表达读取，并能推断RNA的位置 | NA | 开发一种能够在高空间分辨率下测量基因组范围内基因表达的技术 | 小鼠小脑和海马体的细胞类型及其在创伤性脑损伤模型中的细胞类型特异性反应 | 基因组学 | NA | Slide-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠小脑和海马体的组织切片 |