单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2025-04-23	Comprehensive evaluation of methods for identifying tissues or cell types of origin of the plasma cell-free transcriptome 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19241 PMID:40256737	研究论文	本文全面评估了用于识别血浆游离RNA（cfRNA）来源组织或细胞类型的方法	首次系统比较了七种解卷积方法在cfRNA来源分析中的性能，并利用单细胞RNA测序数据作为参考进行深入评估	未提及具体样本量限制或方法适用范围限制	评估和比较不同方法在识别血浆cfRNA来源方面的准确性和稳健性	血浆游离RNA（cfRNA）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	七种解卷积方法（未具体说明）	RNA测序数据	NA
702	2025-04-23	FaStaNMF: A Fast and Stable Non-Negative Matrix Factorization for Gene Expression 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3296979 PMID:37467096	研究论文	介绍了一种名为FaStaNMF的快速稳定非负矩阵分解方法，用于基因表达数据的解卷积分析	FaStaNMF在保证NMF结果全局稳定性的同时，兼顾了准确性和速度，解决了传统NMF方法无法保证全局唯一解的问题	未明确说明方法在更复杂数据集上的表现或计算资源需求	开发一种快速稳定的非负矩阵分解方法用于基因表达数据的解卷积分析	基因表达数据（特别是混合细胞类型的样本）	生物信息学	NA	非负矩阵分解（NMF）	FaStaNMF（基于NMF的改进方法）	基因表达数据	四个已知真实值的数据集（基于公开数据或RNAGinesis模拟生成）
703	2025-04-23	Human Umbilical Cord Mesenchymal Stromal Cell-Derived Extracellular Vesicles Induce Fetal Wound Healing Features Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2024-05-28, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c01401 PMID:38751164	research paper	该研究利用单细胞RNA测序技术探究了人脐带间充质干细胞来源的细胞外囊泡对小鼠皮肤伤口微环境的影响	揭示了hucMSC-EVs诱导的造血成纤维细胞和MMP13+成纤维细胞的出现，并发现了一条独特的PIEZO1-钙-HIF1α-VEGF-MMP13通路	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究hucMSC-EVs在伤口愈合中的作用机制	小鼠皮肤伤口微环境中的成纤维细胞和角质形成细胞	单细胞测序	伤口愈合	scRNA-seq	小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明小鼠数量
704	2025-04-23	A Panoramic View of Cell Population Dynamics in Mammalian Aging 2024-Mar-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.01.583001 PMID:38496474	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱PanSci，分析了623个小鼠组织样本中的2000多万个细胞，揭示了哺乳动物衰老过程中细胞群体动态的全景视图	创建了一个全面的单细胞转录组图谱，识别了3000多个独特的细胞状态和200多个与衰老相关的细胞群体，揭示了细胞动态的时间结构和器官特异性变化	研究仅基于小鼠模型，可能不完全适用于人类衰老过程	阐明衰老过程中全身细胞群体动态的变化	小鼠组织样本中的细胞群体	生物信息学	衰老相关疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	623个小鼠组织样本，超过2000万个细胞
705	2025-04-23	Multiplex generation and single cell analysis of structural variants in a mammalian genome 2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.22.576756 PMID:38405830	研究论文	开发了一种名为'的方法，用于在哺乳动物基因组中多重生成和定位结构变异（SVs）	提出了一种基于'混洗盒'的新方法，能够同时生成多种SVs，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据进行识别和定位	诱导的SVs在细胞群体中随时间迅速减少，可能是由于Cre介导的毒性或对重排本身的负选择	系统探索SVs对基因表达、染色质景观和3D核结构的功能影响	小鼠胚胎干细胞（mESCs）	基因组学	NA	Cre-loxP位点特异性重组、T7介导的转录、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	数千个基因组SVs在小鼠胚胎干细胞中诱导和定位
706	2025-04-23	Screening of four lysosome-related genes in sepsis based on RNA sequencing technology 2023-12-06, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-023-00588-7 PMID:38057716	研究论文	通过RNA测序技术筛选与脓毒症相关的溶酶体相关基因，为溶酶体靶向治疗提供方向	首次筛选出与脓毒症预后密切相关的四个溶酶体相关基因（GNLY、GZMB、PRF1和RASGRP1），并明确了它们在T细胞和NK细胞中的高表达	样本量较小（22例脓毒症患者和10例正常对照），可能影响结果的普遍性	筛选脓毒症患者中与溶酶体相关的基因，探索溶酶体靶向治疗的潜在靶点	脓毒症患者和正常对照者的外周血样本	基因表达分析	脓毒症	RNA测序、单细胞RNA测序、PPI分析、GO分析、KEGG分析	NA	RNA测序数据	22例脓毒症患者和10例正常对照者
707	2025-04-22	Single-cell transcriptomic reveals network topology changes of cancer at the individual level 2025-Aug, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108401 PMID:40037020	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了癌症在个体水平上的网络拓扑结构变化	首次在个体水平上分析细胞类型特异性网络的拓扑特征在不同病理状态下的变化	研究依赖于公开的scRNA-seq数据集，样本量有限	探索不同病理状态下细胞类型特异性网络的拓扑特征变化	癌症和溃疡性结肠炎患者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	scRNA-seq	PPI网络和共表达网络	单细胞RNA测序数据	四个公开的scRNA-seq数据集
708	2025-04-22	Multiple omics-based machine learning reveals specific macrophage sub-clusters in renal ischemia-reperfusion injury and constructs predictive models for transplant outcomes 2025-Aug, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108421 PMID:40086342	研究论文	本研究通过多组学机器学习方法揭示了肾缺血再灌注损伤中特定的巨噬细胞亚群，并构建了移植结果的预测模型	创新性地将基因表达矩阵转化为独特的图形像素模块，并应用先进的计算机视觉处理算法构建DGF预测模型，同时使用10种机器学习算法的111种组合开发移植存活的预测特征	研究主要基于GEO数据库的scRNA-Seq数据，可能受到数据来源的限制	分析巨噬细胞在IRI中的发育和分化特征，识别IRI的特定分子亚型，并建立DGF和移植存活的稳健预测策略	肾缺血再灌注损伤(IRI)中的巨噬细胞亚群	数字病理学	肾脏疾病	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, qRT-PCR, WB, IHC	深度学习算法, 随机生存森林算法	基因表达数据, 图像数据	GEO数据库的scRNA-Seq数据和小鼠IRI模型
709	2025-04-22	scRCA: A Siamese network-based pipeline for annotating cell types using noisy single-cell RNA-seq reference data 2025-May, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110068 PMID:40158457	research paper	该研究开发了一个基于Siamese网络的管道scRCA，用于在存在噪声的单细胞RNA-seq参考数据中准确注释细胞类型	提出了一种新的Siamese网络管道scRCA，能够在存在噪声的参考数据中进行细胞类型注释，并开发了解释器以评估预测的可靠性	未明确说明scRCA在处理极大规模数据集时的计算效率问题	开发一个能够在噪声参考数据中准确注释细胞类型的计算管道	单细胞RNA测序数据和细胞类型注释	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Siamese network	基因表达数据	14个数据集和4名多发性骨髓瘤患者的独立数据集
710	2025-04-22	Involvement of ryanodine receptors in the contraction of small pulmonary veins 2025-May-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00375.2024 PMID:40183687	研究论文	研究兰尼碱受体（RyRs）在小肺静脉收缩中的作用及其在钙离子调控中的机制	首次在小肺静脉平滑肌细胞中证实RyRs的表达，并揭示RyR2、RyR1和RyR3在不同刺激下的差异性参与机制	研究主要基于外植体肺切片模型，可能无法完全反映体内生理环境	阐明兰尼碱受体在小肺静脉收缩中的具体作用机制	人类和大鼠肺组织中的小肺静脉平滑肌细胞	生理学	肺部疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、外植体精准肺切片（PCLS）模型	NA	基因表达数据、功能实验数据	人类和大鼠肺组织样本（具体数量未明确说明）
711	2025-04-22	Single-Cell Atlas of the Peripheral Immune Response in Patients With Chronic Hepatitis B 2025-May, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70360 PMID:40255189	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了慢性乙型肝炎(CHB)患者外周血单个核细胞的免疫细胞组成和转录差异，揭示了HBV感染后淋巴和骨髓区室的表型变化	发现了一群具有免疫抑制和抗炎表型的新型CD14+CD163+VSIG4+ M2样巨噬细胞，并揭示了其在严重CHB和肝衰竭患者中的富集	研究仅基于外周血样本，未直接分析肝脏组织中的免疫反应	阐明慢性HBV感染的免疫病理特征，为免疫介导的疾病和未解决的慢性HBV感染提供新的治疗策略	慢性乙型肝炎患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞	digital pathology	hepatitis B	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	慢性乙型肝炎患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞样本
712	2025-04-22	Deciphering the complex clonal heterogeneity of polycythemia vera and the response to interferon alfa 2025-Apr-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024012600 PMID:39874500	research paper	该研究通过整合集落形成实验、单细胞RNA测序和基因分型技术，探究了干扰素α（IFN-α）在红细胞分化过程中如何靶向治疗真性红细胞增多症（PV）的病变克隆	揭示了IFN-α通过诱导凋亡或促进分化减少循环突变细胞的长期治疗效果，并强调了核糖体基因和克隆先决条件在IFN-α治疗机制中的重要性	研究中未明确所有导致分子响应的克隆因素，且样本量可能限制了某些亚组分析的统计效力	探究IFN-α在PV治疗中的作用机制及其对不同克隆的影响	真性红细胞增多症（PV）患者和健康对照（HCs）的细胞	NA	真性红细胞增多症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因分型、集落形成实验	NA	单细胞转录组数据、基因型数据	PV患者和健康对照的细胞样本
713	2025-04-22	Targeting FGFR Attenuates Tumor Growth in an Anal Squamous Cell Carcinoma Patient Derived Xenograft Model 2025-Apr-21, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23919 PMID:40256931	研究论文	本研究通过建立肛门鳞状细胞癌（ASCC）患者来源的异种移植（PDX）模型，利用单细胞RNA测序技术识别了FGFR作为潜在治疗靶点，并验证了FGFR抑制剂AZD4547对肿瘤生长的抑制作用	首次在ASCC PDX模型中验证了FGFR抑制剂的治疗效果，并通过单细胞RNA测序揭示了肿瘤细胞的异质性	研究仅基于单个患者样本的PDX模型，结果可能需要更大样本量验证	探索肛门鳞状细胞癌的有效治疗靶点	肛门鳞状细胞癌患者来源的肿瘤样本	精准医学	肛门鳞状细胞癌	单细胞RNA测序, 傅里叶变换红外光谱(FTIR)	PDX模型	基因表达数据, 光谱数据	1例转移性ASCC患者样本
714	2025-04-22	Unveiling the impact of ferroptosis on diabetes-associated cognitive decline through comprehensive single-cell RNA sequencing and experimental studies 2025-Apr-20, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.70101 PMID:40254912	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和实验研究揭示了铁死亡在糖尿病相关认知衰退中的作用	首次使用scRNA-seq技术研究铁死亡在DACD中的具体作用，并探索了Tfr1敲除和铁死亡抑制剂的治疗效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	阐明铁死亡在糖尿病相关认知衰退(DACD)发病机制中的作用	2型糖尿病小鼠模型中的小胶质细胞和少突胶质细胞	生物医学	糖尿病相关认知衰退	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), siRNA敲除	小鼠T2DM模型	RNA测序数据	T2DM和对照组小鼠的海马体样本
715	2025-04-22	Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration 2025-Apr-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07887-2 PMID:40251274	研究论文	利用空间转录组学技术研究光氧化应激下成年小鼠视网膜的时空基因表达变化，揭示了视网膜退化的区域特异性基因表达模式	首次在光氧化应激模型中应用空间转录组学技术，识别了视网膜上部的免疫相关基因高表达区域，并发现距离视神经头约800µm的关键驱动区域	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类视网膜疾病中验证	探究视网膜退化的分子机制和空间分布特征	成年小鼠视网膜	空间转录组学	年龄相关性黄斑变性	空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
716	2025-04-22	GRLGRN: graph representation-based learning to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-seq data 2025-Apr-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06116-1 PMID:40251476	研究论文	提出了一种名为GRLGRN的深度学习模型，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	使用图变换网络从先验GRN中提取隐含链接，并结合基因表达谱矩阵编码基因特征，利用注意力机制改进特征提取	未明确提及具体局限性，但单细胞RNA测序数据的细胞异质性、测量噪声和数据丢失可能影响模型性能	从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	基因调控网络（GRN）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图变换网络（graph transformer network）	基因表达数据	七个细胞系数据集和三个真实网络
717	2025-04-22	Piezo1-Mediated Calcium Flux Transfers Mechanosignal to YAP to Stimulate Matrix Production in Keloid 2025-Apr-18, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.03.039 PMID:40254148	研究论文	该研究探讨了Piezo1介导的钙流如何通过YAP刺激瘢痕疙瘩中的基质产生	首次发现Piezo1和YAP作为瘢痕疙瘩中促粘附信号环的上游信号，并验证了Piezo1抑制剂GsMTx4和YAP抑制剂Verteporfin在减少瘢痕疙瘩体积和改善生物力学特性方面的效果	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探索瘢痕疙瘩中机械力信号转导的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	人类瘢痕疙瘩成纤维细胞(KFbs)和正常皮肤成纤维细胞(Fbs)	细胞生物学	瘢痕疙瘩	单细胞转录组分析、原子力显微镜、钙敏感荧光指示剂Fluo-3/AM、双标记免疫荧光染色	NA	转录组数据、生物力学数据、荧光成像数据	患者来源的瘢痕疙瘩异种移植模型
718	2025-04-22	Novel PD-1-targeted, activity-optimized IL-15 mutein SOT201 acting in cis provides antitumor activity superior to PD1-IL2v 2025-Apr-17, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010736 PMID:40250867	研究论文	本文介绍了一种新型的PD-1靶向免疫细胞因子SOT201，其在抗肿瘤活性上优于PD1-IL2v	SOT201是一种新型的顺式作用免疫细胞因子，通过靶向PD-1+ T细胞并递送减弱的IL-15，在抗肿瘤活性上表现出优于PD1-IL2v的效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中全面验证其安全性和有效性	评估SOT201在抗肿瘤治疗中的效果及其机制	PD-1+ CD8+肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）及小鼠肿瘤模型	免疫治疗	癌症	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠肿瘤模型（MC38, CT26, B16F10, CT26 STK11 KO）	细胞实验数据、流式细胞术数据、RNA测序数据	小鼠肿瘤模型及人类外周血单核细胞和细胞系
719	2025-04-22	Multi-omics analysis reveals key immunogenic signatures induced by oncolytic Zika virus infection of paediatric brain tumour cells 2025-Apr-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97804-8 PMID:40240536	research paper	该研究通过多组学分析揭示了寨卡病毒（ZIKV）感染儿童脑肿瘤细胞时诱导的关键免疫原性特征	首次全面研究了寨卡病毒感染儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）细胞的转录组反应，并发现TNF-alpha信号通路在溶瘤过程中的重要作用	研究主要基于体外实验，尚未进行临床验证	探索寨卡病毒作为溶瘤病毒治疗儿童脑肿瘤的分子机制	儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）细胞	digital pathology	brain tumour	multi-omics analysis, 49-plex ELISA, scRNA-Seq	NA	transcriptomic data, protein secretion data	未明确说明具体样本数量，但使用了多种儿童CNS肿瘤细胞
720	2025-04-22	An atlas of single-cell eQTLs dissects autoimmune disease genes and identifies novel drug classes for treatment 2025-Apr-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100820 PMID:40154479	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据构建了一个单细胞eQTL图谱，用于解析自身免疫疾病基因并识别新的治疗药物类别	提出了一种联合模型JOBS，将批量组织eQTLs作为单细胞eQTLs的加权和，显著提高了eQTLs的检测能力，并开发了一个药物再利用流程	单细胞eQTL数据集相对较小，可能影响结果的全面性	解析自身免疫疾病基因并识别新的治疗药物类别	14种免疫介导的疾病	基因组学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	JOBS模型	RNA-seq数据	OneK1K和eQTLGen数据集