单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2025-07-17	Acrylamide-induced noradrenergic axon degeneration is promoted via a non-cell autonomous mechanism, involving microglial Tnfaip2/TNF-α and oxidative stress pathways 2025-Jul-03, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.139125 PMID:40664071	研究论文	本研究揭示了丙烯酰胺通过非细胞自主机制促进去甲肾上腺素能轴突退化的机制，涉及小胶质细胞的Tnfai p2/TNF-α和氧化应激通路	首次发现丙烯酰胺通过小胶质细胞的Tnfai p2/TNF-α和氧化应激通路促进去甲肾上腺素能轴突退化	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的验证尚未进行	探究丙烯酰胺诱导的去甲肾上腺素能神经元退化的分子机制	丙烯酰胺暴露的小鼠和体外培养的1C11神经元及BV2小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	RNA-seq（包括bulk和单细胞RNA-seq）	体内和体外模型	转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠模型和体外细胞实验
702	2025-07-17	Stratification of Hepatocellular Carcinoma Using N6-Methyladenosine 2025-Jul-02, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17132220 PMID:40647517	research paper	该研究通过m6A相关基因构建了一个风险模型，用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫治疗效果	首次利用m6A相关基因构建风险模型，预测HCC患者的预后和免疫治疗效果，并通过单细胞转录组分析验证模型基因与免疫细胞亚群的关系	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和数据处理方法的限制	评估m6A相关基因在预测HCC患者总体生存和免疫治疗效果中的潜力	肝细胞癌（HCC）患者	digital pathology	liver cancer	RNA-seq, single-cell RNA sequencing	LASSO Cox regression, multivariate Cox regression	transcriptomic data	485名HCC患者（来自TCGA-LIHC和GSE76427数据集）
703	2025-07-17	Current Landscape of Preclinical Models for Pediatric Gliomas: Clinical Implications and Future Directions 2025-Jul-02, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17132221 PMID:40647519	综述	本文回顾了儿童高级别胶质瘤（pHGGs）特别是弥漫性中线胶质瘤（DMGs）的临床前模型研究进展及其未来发展方向	总结了最新的体外、离体和体内模型，包括患者来源的脑类器官、基因工程小鼠模型（GEMMs）以及区域特异性中线类器官，这些模型结合了SHH、BMP和FGF2/8/19信号通路来模拟脑桥胶质瘤	未提及具体模型的临床应用效果或局限性	推进儿童胶质瘤的有效治疗	儿童高级别胶质瘤（pHGGs）特别是弥漫性中线胶质瘤（DMGs）	数字病理学	胶质瘤	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	GEMMs, 脑类器官	NA	NA
704	2025-07-17	Scalable and unsupervised discovery from raw sequencing reads using SPLASH2 2025-Jul, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02381-2 PMID:39313645	research paper	介绍SPLASH2，一种基于高效k-mer计数方法的快速、可扩展实现，用于在大规模数据集中检测调控序列变异	SPLASH2能够处理多种测序技术和生物背景的大规模数据，并在单细胞RNA测序和批量RNA测序数据中展示生物学发现	未明确提及具体局限性	开发一种快速、可扩展的工具，用于检测调控序列变异	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	生物信息学	癌症	RNA-seq	NA	测序数据	Cancer Cell Line Encyclopedia中的批量RNA测序数据及单细胞RNA测序数据
705	2025-07-17	Multiplexed, image-based pooled screens in primary cells and tissues with PerturbView 2025-Jul, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02391-0 PMID:39375449	研究论文	本文介绍了一种名为PerturbView的光学池化筛选技术，能够在包括原代细胞和组织在内的多种系统中进行高多重表型读出筛选	通过体外转录扩增条形码再进行原位测序，克服了现有技术限制，将光学池化筛选技术扩展到原代细胞和组织	NA	开发一种更强大的光学池化筛选技术，扩展其在生物医学研究中的应用范围	诱导多能干细胞衍生的神经元、原代免疫细胞和动物模型肿瘤组织切片	生物医学工程	NA	光学池化筛选(OPS)、体外转录、原位测序、空间转录组学	NA	图像数据、转录组数据	诱导多能干细胞衍生的神经元、原代骨髓来源巨噬细胞、小鼠异种移植模型组织切片
706	2025-07-17	Unveiling the impact of ferroptosis on diabetes-associated cognitive decline through comprehensive single-cell RNA sequencing and experimental studies 2025-Jul, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.70101 PMID:40254912	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和实验研究揭示了铁死亡在糖尿病相关认知衰退中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术研究铁死亡在糖尿病相关认知衰退中对小胶质细胞和少突胶质细胞的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明糖尿病相关认知衰退的发病机制	2型糖尿病小鼠的海马体样本	生物医学	糖尿病相关认知衰退	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), 小干扰RNA敲除	小鼠T2DM模型	RNA测序数据	T2DM和对照小鼠的海马体样本
707	2025-07-17	SpotSweeper: spatially aware quality control for spatial transcriptomics 2025-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02713-3 PMID:40481362	研究论文	本文介绍了一种名为SpotSweeper的空间感知质量控制方法，用于空间转录组学数据	SpotSweeper利用局部邻域校正空间混杂，识别局部异常值和区域伪影，填补了现有方法在空间转录组学质量控制中的空白	未提及具体的样本量限制或技术适用范围	开发一种针对空间转录组学数据的质量控制方法，提高数据可靠性	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	NA	空间转录组学数据	使用公开可用的Visium数据，具体样本量未说明
708	2025-07-17	Cancer-Associated Fibroblasts: Heterogeneity, Cancer Pathogenesis, and Therapeutic Targets 2025-Jul, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70292 PMID:40656546	综述	本文系统回顾了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在癌症发病机制中的作用，并探讨了其作为治疗靶点的潜力	整合单细胞多组学和空间转录组学的最新进展，识别了具有不同分子特征和空间分布的CAF亚型，并提出了针对这些亚型的精准治疗策略	治疗策略在调和CAF功能双重性方面仍面临挑战，阻碍了临床转化	系统分类CAF亚型并评估其作为治疗靶点的潜力	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤微环境研究	癌症	单细胞多组学、空间转录组学	NA	分子特征数据、空间分布数据	NA
709	2025-07-17	KIL transcription factors facilitate embryo growth in maize by promoting endosperm elimination via lytic cell death 2025-Jul-01, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koaf162 PMID:40579219	research paper	该研究揭示了玉米中KIL转录因子通过促进胚乳溶解性细胞死亡来促进胚胎生长的机制	发现了KIL1和KIL2两个NAC转录因子在胚乳溶解性细胞死亡中的关键作用，并揭示了父本基因对胚乳细胞死亡的调控	研究仅聚焦于玉米中的特定转录因子，未探讨其他作物中类似机制的存在	探究玉米籽粒发育过程中胚乳细胞死亡的分子机制及其对胚胎生长的影响	玉米(Zea mays)籽粒发育过程中的胚乳细胞	植物发育生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	使用功能获得型和功能缺失型kil突变体进行分析
710	2025-07-17	Exploring the sublayer formation process in layer V of the neocortex through two newly identified molecular markers 2025-Jul-01, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991) DOI:10.1093/cercor/bhaf174 PMID:40668607	研究论文	本研究通过识别两个新的分子标记Pcp4和FoxO1，探索了大脑新皮层第五层亚层的形成过程	发现了两个新的分子标记Pcp4和FoxO1，用于定义第五层的两个亚层Va和Vb，并揭示了microRNA在神经元亚型特化中的关键作用	研究主要聚焦在第五层的神经元亚型，未涉及其他皮层层的分子机制	探索大脑新皮层第五层神经元亚型多样化的分子机制	哺乳动物新皮层第五层的兴奋性锥体神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Dicer条件性敲除小鼠模型	NA	基因表达数据	使用两种Dicer条件性敲除小鼠模型进行研究
711	2025-07-17	GPX1 and RCN1 as New Endoplasmic Reticulum Stress-Related Biomarkers in Multiple Sclerosis Brain Tissue and Their Involvement in the APP-CD74 Pathway: An Integrated Study Combining Machine Learning and Multi-Omics 2025-Jun-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136286 PMID:40650067	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析、单细胞测序和动物模型验证，鉴定了与多发性硬化症（MS）相关的13个内质网应激（ERS）相关生物标志物，并探讨了它们在APP-CD74通路中的作用	首次结合机器学习算法和多组学方法，鉴定了MS中新的ERS相关生物标志物GPX1和RCN1，并揭示了它们在APP-CD74通路中的参与机制	研究结果主要基于生物信息学分析和动物模型，需要在更大规模的临床样本中进行验证	探索多发性硬化症中内质网应激相关生物标志物的作用机制及其诊断和治疗潜力	多发性硬化症患者脑组织和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型	生物信息学	多发性硬化症	加权基因共表达网络分析、机器学习算法、单细胞测序	机器学习算法	基因表达数据	未明确说明样本数量，涉及MS患者和EAE小鼠模型
712	2025-07-17	Epidermal γδ T cells, CD8 T cells and macrophages are increased in number in alopecia areata and express BST2 as part of an interferon-driven antiviral gene signature 2025-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.26.661822 PMID:40667382	research paper	该研究探讨了斑秃中表皮γδ T细胞、CD8 T细胞和巨噬细胞数量的增加及其表达的BST2作为干扰素驱动的抗病毒基因特征的一部分	确定了表皮γδ T细胞和巨噬细胞在斑秃中的作用，并将BST2定位为干扰素驱动的免疫激活标志物	研究主要基于小鼠模型和公开的单细胞RNA测序数据，人类样本的研究相对有限	阐明斑秃发病机制中其他免疫细胞群的作用	斑秃患者和小鼠模型中的免疫细胞	免疫学	斑秃	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	C3H/HeJ小鼠和人类斑秃皮肤样本
713	2025-07-17	Single-cell RNA profiling identifies immune cell population shifts in diabetes associated mucosal inflammation 2025-Jun-27, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.06.008 PMID:40582570	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究糖尿病相关牙周炎中免疫细胞群体的变化	首次在糖尿病牙周组织中识别出γ T细胞的增加、Tregs的减少以及中性粒细胞极化的增强作为糖尿病加重牙周炎的关键介质	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证相对有限	探索糖尿病如何加剧牙周炎的分子机制	糖尿病牙周组织中的免疫细胞群体	单细胞RNA测序	糖尿病和牙周炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据和流式细胞数据	糖尿病小鼠和人类糖尿病牙周组织样本
714	2025-07-17	Identification of Potential Therapeutic Targets for Coronary Atherosclerosis from an Inflammatory Perspective Through Integrated Proteomics and Single-Cell Omics 2025-Jun-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136201 PMID:40649979	研究论文	通过整合蛋白质组学和单细胞组学数据，从炎症角度识别冠状动脉粥样硬化的潜在治疗靶点	首次通过蛋白质组范围的孟德尔随机化分析结合单细胞RNA测序，识别出与冠状动脉粥样硬化相关的11种蛋白质，并确认其中5种基因在平滑肌细胞中的特异性表达	研究主要基于欧洲人群数据，可能不适用于其他种族群体	识别冠状动脉粥样硬化的炎症相关治疗靶点	冠状动脉粥样硬化患者	生物医学	心血管疾病	孟德尔随机化分析(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、蛋白质组学	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	UK-PPP队列(54,219名参与者，2,923种蛋白质)和冰岛队列(35,559名参与者，4,907种蛋白质)
715	2025-07-17	A pre-menopausal single-cell atlas for ovarian drug discovery 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.20.660779 PMID:40666883	research paper	该研究构建了一个绝经前女性的单细胞图谱（PreMeno Atlas），用于卵巢生物学研究和避孕靶点发现	首次整合了绝经前女性的单细胞数据集，包括卵巢在内的14种组织的511,365个细胞，为卵巢生物学研究提供了新的资源	研究主要关注绝经前女性，可能不适用于其他年龄段的人群	构建绝经前女性的单细胞图谱，以促进对卵巢生物学的理解和支持卵巢基因靶点的识别	绝经前女性的卵巢及其他13种组织	生物信息学	生育管理	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	511,365个细胞来自14种组织
716	2025-07-17	Strain-Specific Tropism and Transcriptional Responses of Enterovirus D68 Infection in Human Spinal Cord Organoids 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661907 PMID:40666885	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了人类脊髓类器官中肠道病毒D68（EV-D68）感染的细胞趋向性和转录反应	首次在人类脊髓类器官模型中揭示了EV-D68不同毒株的细胞趋向性差异及其宿主转录反应	研究仅使用了体外类器官模型，可能无法完全模拟体内感染情况	探究EV-D68感染导致急性弛缓性脊髓炎（AFM）的潜在机制	人类脊髓类器官（hSCOs）	神经生物学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	人类诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的脊髓类器官模型	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用了两种EV-D68毒株（B2和B3）感染的人类脊髓类器官
717	2025-07-17	EVscope: A Comprehensive Bioinformatics Pipeline for Accurate and Robust Analysis of Total RNA Sequencing from Extracellular Vesicles 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.24.660984 PMID:40666973	研究论文	介绍了一个名为EVscope的开源生物信息学流程，专门用于处理EV RNA-seq数据集，以提高RNA生物标志物和细胞间通讯研究的准确性和鲁棒性	EVscope采用优化的全基因组期望最大化（EM）算法，显著提高了单碱基分辨率下的多映射读取分配，并首次生成基于EM的BigWig文件用于下游分析	未明确提及具体限制，但可能涉及对特定RNA类型的分析能力或对参考数据集的依赖	开发一个标准化的计算工作流程，以确保EV RNA测序数据的质量控制和特征分析	细胞外囊泡（EV）RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	EM算法	RNA测序数据	NA
718	2025-07-17	Uncovering the Regional and Cell Specific Bioactivity of Injectable Extracellular Matrix Biomaterials in Myocardial Infarction through Spatial and Single Nucleus Transcriptomics 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.25.661525 PMID:40667036	研究论文	通过空间转录组学和单核RNA测序技术，研究可注射细胞外基质生物材料在心肌梗死中的区域和细胞特异性生物活性	首次将单细胞和空间分辨转录组学应用于探究生物材料支架在心脏中的治疗活性	未提及具体样本量或实验设计的详细限制	揭示ECM水凝胶在心肌梗死治疗中的区域和细胞特异性生物活性	心肌梗死模型中的细胞外基质生物材料	生物医学工程	心血管疾病	空间转录组学、单核RNA测序	NA	转录组数据	NA
719	2025-07-17	Genital herpes shedding episodes associate with alterations in the spatial organization and activation of mucosal immune cells 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.24.661157 PMID:40667113	研究论文	本文研究了HSV-2感染对宫颈阴道道免疫的影响，通过流式细胞术、免疫荧光成像、可溶性免疫因子分析和空间转录组学等方法，分析了232名HSV-2血清阳性和阴性参与者的样本	首次利用空间转录组学技术定义了HSV-2脱落期间阴道黏膜免疫细胞亚群的空间分布和局部基因表达变化	研究样本量相对有限，且未探讨长期HSV-2感染对免疫系统的累积影响	探究HSV-2感染对宫颈阴道道免疫系统的影响	HSV-2血清阳性和阴性参与者的宫颈阴道组织和血液样本	免疫学	生殖器疱疹	流式细胞术, 免疫荧光成像, 可溶性免疫因子分析, 空间转录组学	NA	组织样本, 血液样本, 基因表达数据	232名HSV-2血清阳性和阴性参与者
720	2025-07-17	Personalized Gut-Liver Microphysiological System Maps Donor-Specific Tissue-Resident Immunity and Reveals a Conserved Metabolic Crosstalk 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.05.652244 PMID:40667172	研究论文	本研究构建了一个个性化的肠道-肝脏微生理系统（MPS），用于模拟个体特异的组织驻留免疫（TRI）特征，并揭示了一种保守的代谢互作	首次构建了个性化的肠道-肝脏微生理系统，结合原代结肠上皮细胞、肝细胞和自体CD45⁺ TRI细胞，揭示了TRI的个体差异和保守的代谢互作	研究仅涉及两名供体的样本，样本量较小	探索个体特异的组织驻留免疫特征及其在免疫代谢疾病中的作用	肠道和肝脏的组织驻留免疫细胞及其代谢互作	免疫代谢	免疫代谢疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	微生理系统（MPS）	单细胞转录组数据	两名供体的原代结肠上皮细胞、肝细胞和自体CD45⁺ TRI细胞