本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
701 | 2025-10-05 |
Single-cell and bulk transcriptomic analyses reveal ITGA5-driven epithelial-mesenchymal transition and metabolic adaptation in thyroid cancer
2025-Sep-21, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152678
PMID:40992268
|
研究论文 | 通过单细胞和批量转录组分析揭示ITGA5驱动的上皮-间质转化和代谢适应在甲状腺癌中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和批量转录组数据系统分析ITGA5在甲状腺癌中的功能机制,发现其通过调控上皮-间质转化和肿瘤微环境重塑促进癌症进展 | 研究主要基于细胞系实验,缺乏体内动物模型验证;临床样本分析依赖于公共数据库 | 探究ITGA5在甲状腺癌进展中的分子机制和功能作用 | 甲状腺癌组织样本、BCPAP和8505C甲状腺癌细胞系 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, 功能富集分析, 细胞功能实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | TCGA甲状腺癌数据集, 两种甲状腺癌细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
702 | 2025-10-05 |
Natural killer cells and IFN-γ protect against liver injury during HAV infection in mice
2025-Sep-19, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01395-25
PMID:40970716
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示自然杀伤细胞和IFN-γ在甲型肝炎病毒感染早期对肝脏的保护作用 | 首次在免疫活性小鼠模型中证明NK细胞通过产生IFN-γ直接抑制HAV复制并保护肝脏,而非引起病理损伤 | 研究使用基因修饰小鼠模型,结果在人类中的直接适用性需要进一步验证 | 阐明NK细胞在甲型肝炎病毒感染早期的免疫保护机制 | 肝细胞特异性I型干扰素受体敲除小鼠和全局敲除小鼠 | 免疫学 | 病毒性肝炎 | 单细胞RNA测序,基因敲除技术,细胞耗竭实验 | 动物模型 | 基因表达数据,血清生化指标,组织病理学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
703 | 2025-10-05 |
YWHAG mediated epithelial-mesenchymal transition facilitates tumor progression and metastatic spread in non-small cell lung cancer
2025-Sep-15, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112139
PMID:40962000
|
研究论文 | 本研究揭示YWHAG通过LRRK2/PI3K/AKT轴促进非小细胞肺癌的上皮-间质转化和转移进程 | 首次阐明YWHAG在非小细胞肺癌中通过调控LRRK2/PI3K/AKT信号轴驱动上皮-间质转化的分子机制 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型,临床样本验证相对有限 | 阐明YWHAG在非小细胞肺癌进展中的功能和机制作用 | 非小细胞肺癌细胞系(NCI-H292, A549)、TCGA泛癌数据集、单细胞RNA测序数据、肺癌特异性YWHAG敲除小鼠模型 | 癌症生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, siRNA敲低, 过表达, 免疫共沉淀, 免疫荧光, 通路活性分析, 生物发光成像 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 图像数据 | TCGA泛癌数据集(29种癌症类型)、2个NSCLC单细胞RNA测序数据集(GSE117570 & GSE148071)、小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
704 | 2025-10-05 |
Engineering Spatial and Molecular Features from Cellular Niches to Inform Predictions of Inflammatory Bowel Disease
2025-Sep-12, ArXiv
PMID:40964085
|
研究论文 | 本研究开发了一种利用空间转录组学构建可解释机器学习模型来区分炎症性肠病亚型的新计算框架 | 首次将空间转录组学与可解释机器学习相结合,从细胞生态位中系统提取空间和分子特征用于IBD分类 | 样本量相对有限,需要更大规模验证 | 开发基于空间转录组学的IBD亚型分类和诊断方法 | 健康对照、溃疡性结肠炎和克罗恩病患者的结肠黏膜组织 | 空间转录组学 | 炎症性肠病 | 空间转录组学,非负矩阵分解,多层感知器 | MLP | 空间转录组数据 | 健康对照、UC和CD患者的结肠黏膜样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
705 | 2025-10-05 |
NNMT inhibition in cancer-associated fibroblasts restores antitumour immunity
2025-Sep, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09303-5
PMID:40702186
|
研究论文 | 本研究通过抑制癌症相关成纤维细胞中的NNMT酶活性,恢复抗肿瘤免疫反应 | 首次揭示NNMT通过诱导H3K27me3低甲基化驱动CAF分泌补体,招募免疫抑制性MDSC的机制,并开发了特异性NNMT抑制剂 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果需进一步验证 | 探索NNMT在肿瘤微环境免疫抑制中的作用及治疗潜力 | 高级别浆液性卵巢癌、乳腺癌和结肠癌模型 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、高通量筛选 | 基因敲除小鼠模型、同系肿瘤模型 | 基因表达数据、表观遗传数据 | 多个小鼠癌症模型 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
706 | 2025-10-05 |
Genome-wide association study identifies FUT2 rs601338 polymorphism linking intra-pancreatic fat deposition to chronic pancreatitis
2025-Sep, Pancreatology : official journal of the International Association of Pancreatology (IAP) ... [et al.]
IF:2.8Q2
DOI:10.1016/j.pan.2025.07.407
PMID:40744837
|
研究论文 | 通过全基因组关联研究揭示FUT2基因rs601338多态性通过影响胰腺脂肪沉积与慢性胰腺炎风险的关联机制 | 首次通过大规模GWAS发现胰腺脂肪沉积的遗传基础,结合单细胞转录组学确认FUT2基因在胰腺外分泌部的特异性表达 | 研究人群主要为欧洲裔,样本代表性有限;未深入探讨FUT2影响胰腺脂肪沉积的具体分子机制 | 探索胰腺脂肪沉积的遗传基础及其对胰腺疾病风险的影响 | 20,040名欧洲裔个体(排除急/慢性胰腺炎和胰腺癌患者) | 基因组学 | 慢性胰腺炎 | 全基因组关联研究(GWAS), 共定位分析, 转录组关联研究(TWAS), 单细胞转录组学 | 回归模型, 交互作用分析 | 基因组数据, 转录组数据, 临床数据 | 20,040人 | UK Biobank | 基因组测序, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
707 | 2025-10-05 |
scHSC: enhancing single-cell RNA-seq clustering via hard sample contrastive learning
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf485
PMID:40977264
|
研究论文 | 提出一种通过困难样本对比学习增强单细胞RNA测序聚类性能的深度学习方法 | 采用困难样本挖掘和对比学习策略,同时整合基因表达和细胞间拓扑结构信息,通过自适应权重策略将对比学习与ZINB模型相结合 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和细胞类型注释效果 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习, ZINB模型 | 基因表达数据 | 18个单细胞RNA测序真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
708 | 2025-10-05 |
Co-development of mesoderm and endoderm enables organotypic vascularization in lung and gut organoids
2025-Aug-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.041
PMID:40592324
|
研究论文 | 通过共分化中胚层和内胚层实现肺和肠道类器官的器官特异性血管化 | 在同一球状体中共同分化中胚层和内胚层,生成具有组织特异性的血管化类器官,并揭示内皮细胞表现出组织特异性屏障功能 | NA | 研究人类器官发生和疾病中复杂的细胞间通讯 | 诱导多能干细胞(iPSCs)衍生的肺和肠道类器官 | 发育生物学 | FOXF1突变相关疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
709 | 2025-10-05 |
Deletion of gasdermin D promotes granulocytic myeloid-derived suppressor cell differentiation by decreased release of mitochondrial DNA to promote tumor escape
2025-Jul-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04104-1
PMID:40711527
|
研究论文 | 本研究揭示了gasdermin D缺失通过抑制线粒体DNA释放促进粒细胞样髓源抑制细胞分化从而促进肿瘤免疫逃逸的机制 | 首次发现GSDMD缺失通过维持线粒体完整性、减少mtDNA释放,进而抑制cGAS/STING/TBK1/IRF8/7信号轴激活,促进G-MDSCs分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和部分临床样本,需要更多临床验证;GSDMD重组慢病毒治疗的临床应用潜力需进一步评估 | 探究GSDMD在髓源抑制细胞分化及肿瘤免疫逃逸中的作用机制 | 结直肠癌组织、外周血G-MDSCs、GSDMD缺陷小鼠模型 | 免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 慢病毒转染 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞功能数据 | 结直肠癌患者组织及外周血样本, 基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
710 | 2025-10-05 |
Prehabilitation during neoadjuvant chemotherapy results in an enhanced immune response in esophageal adenocarcinoma tumors: A randomized controlled trial
2025-Jun-09, Journal of sport and health science
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.jshs.2025.101063
PMID:40499717
|
研究论文 | 本研究通过随机对照试验探讨术前预康复运动在新辅助化疗期间对食管腺癌患者肿瘤免疫反应的影响 | 首次通过随机对照试验证明术前预康复运动能显著增强食管腺癌肿瘤中的CD8+淋巴细胞浸润和三级淋巴结构成熟度 | 样本量较小(n=22),临床结局指标未见组间差异,需要更大规模研究验证临床意义 | 评估术前预康复运动是否能增强食管腺癌患者肿瘤浸润淋巴细胞水平 | 局部晚期食管癌患者 | 肿瘤免疫学 | 食管腺癌 | 高分辨率多光谱免疫组化,NanoString空间转录组学 | 随机对照试验 | 组织样本,心肺功能数据 | 22例局部晚期食管癌患者(预康复组11例,对照组11例) | NanoString | 空间转录组学 | NA | NA |
711 | 2025-10-05 |
Apoptosis inhibition reprograms alveolar myofibroblasts toward ductal myofibroblasts
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.26.654588
PMID:40492191
|
研究论文 | 本研究通过抑制肺泡肌成纤维细胞凋亡,揭示了其向导管肌成纤维细胞重编程的命运可塑性 | 首次通过诱导性BCL2过表达证明肺泡肌成纤维细胞在凋亡抑制后能成熟为导管肌成纤维细胞 | 研究主要基于小鼠模型,人类细胞中的可塑性尚未验证 | 探究肺间充质细胞的命运可塑性和凋亡清除机制 | 小鼠肺泡肌成纤维细胞和导管肌成纤维细胞 | 细胞生物学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序, 谱系追踪, 诱导性基因过表达 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据, 成像数据 | 使用三种独立Cre驱动品系的小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
712 | 2025-10-05 |
A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation
2025-Apr-01, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2025.02.004
PMID:40054462
|
研究论文 | 本研究通过器官靶向单细胞RNA测序发现PIEZO2机械敏感离子通道在脂肪感觉神经支配中起关键作用 | 首次揭示PIEZO2作为脂肪组织感觉神经支配的主要机械受体,并证明其功能获得性突变可反向调节脂肪表型 | 未明确PIEZO2在脂肪组织中的具体机械刺激来源及其下游信号通路 | 探究脂肪组织感觉神经支配的分子机制 | 脂肪组织支配的背根神经节神经元 | 单细胞组学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除和功能获得性突变模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 器官靶向单细胞RNA测序 |
713 | 2025-10-05 |
Population dynamics modeling reveals that myeloid bias involves both HSC differentiation and progenitor proliferation biases
2025-Mar-20, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024025598
PMID:39791596
|
研究论文 | 通过群体动力学建模揭示了髓系偏倚涉及造血干细胞分化和祖细胞增殖的双重偏倚 | 首次定量证明髓系偏倚不仅源于造血干细胞分化偏倚,还涉及早期髓系祖细胞的增殖扩张 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究髓系偏倚形成的细胞动力学机制 | 造血干细胞和祖细胞(HSPCs) | 计算生物学 | 髓系肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 微分方程模型,偏微分方程模型 | 单细胞转录组数据 | IκB-突变小鼠、野生型小鼠、老年小鼠和人类髓系肿瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
714 | 2025-10-05 |
Cell type and region-specific transcriptional changes in the endometrium of women with RIF identify potential treatment targets
2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2421254122
PMID:40063812
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学分析复发性着床失败(RIF)患者子宫内膜的区域和细胞类型特异性基因表达差异 | 首次在RIF研究中采用空间转录组学技术,揭示子宫内膜不同区域和细胞类型的特异性转录变化 | 样本量较小(RIF组n=8,对照组n=8),需要在更大队列中验证发现 | 识别RIF患者子宫内膜的分子异常,寻找潜在治疗靶点 | 复发性着床失败患者和生育能力正常对照者的子宫内膜组织 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 16例(8例RIF患者,8例生育能力正常对照) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
715 | 2025-10-05 |
Distinct causes of three phenotypic hallmarks of hematopoietic aging
2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.632900
PMID:39868295
|
研究论文 | 本研究通过实验模型解析NFkappaB活性在造血衰老表型中的作用机制 | 建立了NFkappaB活性升高实验模型,首次揭示造血衰老三个表型特征由不同调控机制驱动 | 实验模型可能无法完全模拟自然衰老过程 | 解析炎症如何促进造血衰老表型 | 造血干细胞(HSC)和造血系统 | 生物医学 | 造血系统衰老 | scRNA-seq, 表观基因组学, 转录组学 | IkappaBminus实验模型 | 单细胞RNA测序数据, 表观基因组数据, 转录组数据 | 小鼠和人类HSC数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
716 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomics reveals predominantly inflammatory endothelial cell responses and suppressed vascular repair in silicosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1629226
PMID:40969743
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示矽肺病中内皮细胞主要表现为炎症反应且血管修复功能受抑制 | 首次在矽肺病中发现两种功能不同的内皮细胞亚群:炎症型内皮细胞和修复型内皮细胞,并揭示其功能失衡机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究矽肺病中内皮细胞的功能特性和病理作用 | 二氧化硅暴露小鼠的肺组织内皮细胞 | 单细胞组学 | 矽肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 二氧化硅暴露小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
717 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals the heterogeneity and effect of TAMs in colorectal cancer
2025-Jan-01, Biochemistry and cell biology = Biochimie et biologie cellulaire
DOI:10.1139/bcb-2025-0041
PMID:40834430
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其作用 | 首次在结直肠癌中系统揭示肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的动态轨迹 | 基于公共数据库的回顾性分析,样本来源有限 | 研究结直肠癌肿瘤微环境的异质性及免疫细胞的作用 | 结直肠癌患者的肿瘤组织和正常组织 | 单细胞测序分析 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | Monocle3轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 27,414个细胞(来自正常组织、肿瘤核心和边界区域) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
718 | 2025-10-05 |
Comprehensive single-cell sequencing reveals the tumor microenvironment and tumor-specific characteristics in trachea squamous cell carcinoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1575647
PMID:40874228
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析气管鳞状细胞癌的肿瘤微环境和化疗反应机制 | 首次构建气管鳞状细胞癌的单细胞图谱,揭示化疗引起的T细胞状态转换关键转录调控因子 | 样本量较小(仅7个样本),缺乏独立验证队列 | 研究气管鳞状细胞癌的肿瘤微环境特征和化疗反应机制 | 气管鳞状细胞癌患者组织样本(5个恶性样本和2个非恶性样本) | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 7个TSCC样本(5恶性+2非恶性),70,682个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
719 | 2025-10-05 |
Preventive Treatment with a CD73 Small Molecule Inhibitor Enhances Immune Surveillance in K-Ras Mutant Pancreatic Intraepithelial Neoplasia
2024-Oct-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.)
DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-24-0200
PMID:39099209
|
研究论文 | 本研究探讨CD73小分子抑制剂AB-680在K-Ras突变胰腺上皮内瘤变(PanIN)中的免疫预防作用 | 首次证明CD73抑制剂可通过增强免疫监视机制预防PanIN进展,并发现其能扩增TCR和BCR独特克隆型 | 研究仅使用基因工程小鼠模型,尚未在人体验证;观察时间有限(3个月治疗期) | 评估CD73抑制剂在胰腺癌前病变中的免疫预防效果 | KrasG12D; PdxCre1 (KC)基因工程小鼠模型的胰腺组织 | 癌症免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据 | KC基因工程小鼠(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
720 | 2025-10-05 |
Impeller: a path-based heterogeneous graph learning method for spatial transcriptomic data imputation
2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae339
PMID:38806165
|
研究论文 | 提出一种基于路径的异质图学习方法Impeller,用于空间转录组数据插补 | 构建包含空间邻近性和表达相似性两种边的异质图,通过可学习路径算子避免传统拉普拉斯矩阵的过平滑问题,同时建模短程和长程细胞间相互作用 | NA | 解决空间转录组数据中过度缺失值的问题,提高数据完整性和可解释性 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | GNN(图神经网络) | 空间基因表达数据 | 来自三个流行平台和两个物种的多个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |