单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2025-09-02	Natural small molecule bergapten ameliorates rheumatoid arthritis by targeting STAT3 2025-Sep, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107878 PMID:40714303	研究论文	研究发现天然小分子佛手柑素通过靶向STAT3改善类风湿性关节炎	首次报道佛手柑素作为STAT3抑制剂治疗RA，并利用scRNA-seq揭示其调控炎症细胞互作的机制	机制研究部分依赖动物模型，尚未进行临床验证	探索天然小分子治疗类风湿性关节炎的疗效与机制	胶原诱导关节炎大鼠模型及滑膜组织细胞	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	动物疾病模型	基因表达数据	胶原诱导关节炎大鼠
702	2025-09-02	From molecular chaos to precision medicine in the treatment of cardiac hypertrophy: A rational use of natural products by integrating artificial intelligence and multi-omics data 2025-Sep, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107898 PMID:40754044	综述	本文综述了结合天然产物、人工智能和多组学技术治疗心脏肥大的创新策略	整合AI与多组学数据，提出天然产物在精准医疗中的理性应用新范式	NA	探索心脏肥大的精准药物治疗策略，实现从症状管理向疾病逆转的转变	心脏肥大（CH）的分子机制与治疗靶点	精准医疗	心血管疾病	多组学技术、单细胞空间转录组学、AI驱动方法	机器学习算法	多组学数据	NA
703	2025-09-02	Immunoregulatory Endothelial Cells Interact With T Cells After Myocardial Infarction 2025-Aug-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326145 PMID:40735785	研究论文	本研究揭示了心肌梗死后心脏内皮细胞的一种新型免疫调节功能，通过单细胞RNA测序和空间转录组学鉴定出一种免疫调节内皮细胞表型	首次发现并表征了心肌梗死后出现的CD45+CD11b+Cdh5+免疫调节内皮细胞表型(IMEC)，并阐明其通过IFN-γ信号通路诱导T细胞活化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性和临床转化价值需要进一步验证	探究心肌梗死后内皮细胞的免疫调节功能及其分子机制	小鼠心肌梗死模型中的内皮细胞和T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 骨髓移植, 谱系追踪实验	NA	基因表达数据, 空间定位数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
704	2025-09-02	Bacterial Infections Shape Cardiac Macrophages' Response to Ischemia 2025-Aug-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325147 PMID:40735767	研究论文	研究细菌感染如何通过改变心脏巨噬细胞特性加剧后续心肌缺血损伤	首次发现细菌感染后心脏巨噬细胞形成两个新亚群，并揭示其通过代谢活性和趋化特性放大缺血后炎症的机制	NA	探究细菌感染对心脏髓系细胞的长期影响及其在后续心肌缺血中的作用	心脏免疫细胞、外周白细胞、骨髓和脾脏中的造血干细胞与祖细胞	免疫学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、纳米颗粒介导的RNA干扰	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	NA
705	2025-09-02	Translating the Transcriptome: A Connectomics Approach for Gene-Network Mapping and Clinical Application 2025-Aug-12, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.08.25333301 PMID:40832435	研究论文	提出一种结合空间转录组学和规范功能连接性的基因网络映射框架，用于识别与基因表达相关的脑网络	开发了基因网络映射方法，能够捕获单个基因的分布式连接模式，并聚合形成疾病网络图谱	NA	研究基因表达如何影响大脑功能连接组，并开发用于精准医学的网络信息诊断和治疗工具	基因表达、大脑功能连接组、脑部疾病相关基因	神经科学	脑部疾病	空间转录组学、规范功能连接性分析、深部脑刺激（DBS）	NA	基因表达数据、功能连接数据、临床结果数据	NA
706	2025-09-02	Regulating the cell differentiation trajectory of progenitor cells in adipose tissue fibrosis 2025-Aug-06, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102231 PMID:40780446	研究论文	本研究探讨了基质Gla蛋白（MGP）在白色脂肪组织纤维化中对祖细胞分化轨迹的调控作用	发现MGP缺失导致脂肪祖细胞从成脂分化转向纤维化分化，并鉴定出两个新的脂肪源性干细胞群体ASC1和ASC4	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明MGP在白色脂肪组织纤维化中的作用机制	小鼠脂肪祖细胞（APCs）	细胞生物学	代谢性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），信号通路研究	基因敲除小鼠模型	基因表达数据，表型数据	使用全局和Pdgfra-Cre介导的Mgp缺失小鼠模型
707	2025-09-02	Leveraging RNA-seq deconvolution to improve complex in vitro model characterization 2025-Jul-21, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110510 PMID:40701251	研究论文	本文评估RNA-seq反卷积方法在复杂体外模型细胞组成分析中的应用与优化	利用公开scRNA-seq数据集通过反卷积方法预测复杂体外模型的细胞比例，并评估不同插补方法对反卷积准确性的提升	反卷积方法的准确性存在显著差异，需依赖不断增长的单细胞数据资源	开发复杂体外模型的表征方法以支持毒理学和药物研发	基于干细胞的人肠道类器官模型和新生啮齿动物睾丸模型	计算生物学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, 反卷积分析	NA	bulk RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	两种复杂体外模型系统
708	2025-09-02	StemDriver: a knowledgebase of gene functions for hematopoietic stem cell fate determination 2024-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad1063 PMID:37953308	研究论文	介绍了一个名为StemDriver的综合性知识库，专注于造血干细胞命运决定中基因功能的注释	整合了42项研究的单细胞RNA测序数据，构建了从胚胎到成年期的造血全过程谱系图谱，并提供了标准化的数据分析流程	NA	为造血干细胞命运决定研究提供基因功能注释和数据分析支持	人类和小鼠的造血干细胞及相关基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	涵盖42项研究、14种组织类型，评估了人类23,839个基因和小鼠29,533个基因
709	2025-09-02	Amyloid-beta and tau pathologies act synergistically to induce novel disease stage-specific microglia subtypes 2022-12-17, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-022-00589-x PMID:36536457	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了Aβ和tau病理在阿尔茨海默病进展中协同诱导新型疾病阶段特异性小胶质细胞亚型	发现了由Aβ和tau病理协同诱导的疾病阶段特异性小胶质细胞新亚型EADAM和LADAM，并鉴定Siglec基因作为AD进展的生物标志物	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需扩大样本量	探究Aβ和tau病理如何调控阿尔茨海默病进展中的小胶质细胞亚型	小鼠模型和人类脑组织（额上回和内嗅皮层）的小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	多个疾病阶段的小鼠模型和人类脑组织样本（具体数量未明确说明）
710	2025-09-01	CD38⁺ Endothelial Remodeling Defines Spatially Diverse Vasculopathy Programs in Rapidly Advancing Oral Inflammation 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.29.667333 PMID:40766487	研究论文	本研究通过微生物分析、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学揭示了快速进展性口腔炎症中CD38⁺内皮细胞重塑的空间特异性血管病变模式	首次发现CD38⁺内皮细胞扩张是快速进展性口腔炎症的空间特异性标志，并开发了三重空间分析方法AstroSuite	样本量相对有限（总计59个样本），且主要聚焦于特定炎症类型	探究快速进展性口腔炎症（种植体周围炎和重度牙周炎）的细胞机制和空间结构特征	人类口腔黏膜组织样本，包括种植体周围炎和不同严重程度的牙周炎组织	数字病理学	口腔炎症疾病	scRNA-seq, 空间蛋白质组学, 激光捕获显微切割, 微生物组分析	NA	单细胞转录组数据, 空间蛋白质组数据, 微生物组数据	总计59个样本（36个scRNA-seq样本，15个空间蛋白质组样本，8个配对活检样本），共683,792个细胞
711	2025-09-01	Quantum Annealing for Enhanced Feature Selection in Single-Cell RNA Sequencing Data Analysis 2025-Aug-15, ArXiv PMID:40832053	研究论文	本研究利用量子退火驱动的QUBO方法改进单细胞RNA测序数据中的特征选择	将量子退火技术应用于scRNA-seq数据特征选择，相比传统方法能识别更复杂的基因表达模式	NA	提升单细胞RNA测序数据分析中特征选择的效率和准确性	人类细胞分化系统和抗癌药物耐药性研究中的scRNA-seq数据	机器学习	癌症	scRNA-seq	QUBO	基因表达数据	NA
712	2025-09-01	Exosomal gene signature in esophageal carcinoma: Insights from single-cell and bulk RNA sequencing 2025-Aug-14, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102490 PMID:40816225	研究论文	本研究结合单细胞和bulk RNA测序数据，开发并验证了一个与食管癌外泌体相关的九基因风险特征模型	首次整合单细胞和bulk RNA测序数据构建外泌体相关基因特征，并实验验证HAPLN3的肿瘤抑制功能	需要在外泌体特异性免疫治疗队列中进行进一步验证	开发食管鳞状细胞癌的预后生物标志物并探索其免疫治疗指导潜力	食管鳞状细胞癌(ESCA)患者	生物信息学	食管癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归	九基因风险模型	RNA测序数据	TCGA-ESCA、GSE53625、GSE196756等多个队列数据
713	2025-09-01	Coxiella burnetii strains elicit distinct inflammatory responses in human macrophages 2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.10.669536 PMID:40832301	研究论文	研究不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人肺泡巨噬细胞后引发的差异化炎症反应	首次通过单细胞RNA测序揭示巨噬细胞对Coxiella burnetii感染的异质性反应，并比较不同毒力菌株的免疫激活特征	研究仅关注体外巨噬细胞模型，未涉及体内免疫应答或临床相关性验证	解析宿主-病原体相互作用机制，为Q热靶向治疗提供理论基础	人肺泡巨噬细胞(hAMs)和三种Coxiella burnetii菌株(NMI, NMII, Dugway)	感染免疫学	Q热	RNA测序，单细胞RNA测序，细胞因子检测	NA	转录组数据	人肺泡巨噬细胞样本（具体数量未明确说明）
714	2025-09-01	Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication 2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020 PMID:40798884	研究论文	研究发现人肺来源的外泌体通过细胞间通讯增强造血干细胞的自我更新和移植能力	首次揭示肺细胞通过外泌体通讯调控造血干细胞稳态，突破传统骨髓微环境单一调控的认知	研究主要基于实验条件，临床转化潜力尚需进一步验证	探究肺源外泌体对造血干细胞功能的调控机制	人造血干细胞和肺小气道上皮细胞	细胞生物学	血液疾病（镰状细胞病、骨髓衰竭）	单细胞外泌体追踪、单细胞RNA测序、外泌体miRNA分析、蛋白质组学、体内移植实验	NA	单细胞测序数据、miRNA数据、蛋白质数据	NA（未明确样本数量，但涉及原代细胞实验和移植研究）
715	2025-09-01	High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer 2025-Jul-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adx3800 PMID:40705858	研究论文	介绍PEtracer技术，一种基于prime editing的演化谱系追踪方法，用于高分辨率绘制细胞状态和谱系动态	开发了兼容单细胞测序和多模态成像的prime editing谱系追踪技术，可在保留组织空间背景的同时联合分析细胞状态和谱系	NA	绘制发育和疾病中细胞命运决定的时空动态	小鼠肿瘤转移模型中的细胞	生物技术	肿瘤	prime editing, MERFISH空间转录组分析	NA	空间转录组数据，成像数据	NA
716	2025-09-01	Spatial isoform sequencing at sub-micrometer single-cell resolution reveals novel patterns of spatial isoform variability in brain cell types 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.25.661563 PMID:40667010	研究论文	开发并应用高分辨率空间异构体测序技术Spl-ISO-Seq2，揭示小鼠大脑中细胞类型内空间异构体变异的新模式	实现220纳米点大小和500纳米分辨率的亚微米单细胞分辨率空间测序，首次在兴奋性神经元等特定细胞类型中证实空间异构体变异的存在	NA	解析大脑空间转录组中异构体水平的变异模式，区分细胞类型内变异与区域间细胞丰度差异	成年小鼠大脑组织	空间转录组学	NA	Spl-ISO-Seq2, 长读长测序	NA	空间转录组数据	NA
717	2025-09-01	Hepatocyte Apolipoprotein J Accelerates Injury-induced Liver Fibrosis by Activation Signal Transducer and Activator of Transcription 3 Through Ranbp2 Mediated-SUMOylation 2025-Jun-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101556 PMID:40545037	研究论文	本研究探讨肝细胞载脂蛋白J通过Ranbp2介导的SUMO化激活STAT3通路，加速损伤诱导的肝纤维化进程	首次揭示ApoJ通过促进STAT3的K679位点SUMO化增强其核转位，激活STAT3通路并驱动肝星状细胞活化的分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床验证尚需进一步开展	阐明肝细胞ApoJ调控STAT3通路介导肝星状细胞活化的旁分泌信号机制	肝细胞、肝星状细胞、小鼠模型和肝硬化患者单细胞RNA测序数据	分子病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序、基因敲除和过表达模型、细胞培养上清处理	NA	基因表达数据、病理学数据	肝硬化患者和健康对照的单细胞RNA测序数据集，以及多种肝纤维化小鼠模型
718	2025-09-01	A novel frameshift mutation in Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 1 ( PIK3R1 ) causes immunodeficiency and Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655625 PMID:40568112	研究论文	本文报道了一种PIK3R1基因的新型移码突变导致免疫缺陷和肌萎缩侧索硬化（ALS）的机制研究	首次发现PIK3R1 c.1710dup突变通过单倍体不足导致AKT激活、神经元电功能紊乱和凋亡增加，揭示了该突变在神经功能与存活中的新作用	NA	探究PIK3R1基因突变导致免疫缺陷和ALS的分子机制	携带PIK3R1 c.1710dup突变的患者来源iPSC、运动神经元及脑类器官	分子遗传学	肌萎缩侧索硬化	iPSC技术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、通路分析	NA	基因测序数据、RNA表达数据	1例患者及匹配对照的细胞和类器官模型
719	2025-09-01	Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data 2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.14.643160 PMID:40161614	研究论文	提出基于图神经网络的细胞分割工具Segger，用于成像空间转录组数据中快速准确的转录本-细胞分配	将细胞分割转化为转录本-细胞链接预测任务，利用异构图表示和单细胞RNA-seq信息提升分配准确性	NA	解决成像空间转录组技术中转录本细胞来源分配的准确性问题	成像空间转录组数据中的细胞和转录本	数字病理学	NA	成像空间转录组技术，单细胞RNA-seq	图神经网络(GNN)	空间转录组成像数据	多个Xenium数据集基准测试
720	2025-09-01	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Dec-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5398491/v1 PMID:39711562	研究论文	介绍DBiTplus技术，整合基于测序和成像的空间组学方法在同一组织切片上实现转录组和蛋白质组的空间映射	开发了DBiTplus多模态空间组学方法，首次在同一组织切片上结合测序空间转录组和成像空间蛋白质分析，实现单细胞分辨率细胞分型和基因组尺度通路研究	NA	推进对异质性细胞过程的理解并连接细胞类型与功能	小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织	空间组学	淋巴瘤	空间转录组测序、CODEX高复用蛋白质成像、微流控DNA寡核苷酸递送、RNaseH酶处理	NA	空间转录组数据、蛋白质成像数据	多种组织类型包括小鼠胚胎、人淋巴结和淋巴瘤FFPE样本