单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2025-04-18	Differential chromatin accessibility and transcriptional dynamics define breast cancer subtypes and their lineages 2024-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00773-6 PMID:39478117	research paper	该研究通过多组学技术分析乳腺癌亚型及其起源细胞之间的基因表达和染色质可及性特征	首次在单细胞水平上揭示了乳腺癌亚型特异性转录网络与染色质可及性的关联，并鉴定了关键调控因子	样本量相对有限（61个样本来自37名患者），且未涉及其他癌症类型的比较	阐明乳腺癌不同分子亚型与其起源细胞之间的转录调控网络	乳腺癌患者肿瘤样本及其假定的起源细胞	digital pathology	breast cancer	bulk/single-cell/single-nucleus multi-omics, spatial transcriptomics, multiplex imaging	NA	genomic, transcriptomic, epigenomic	61个样本（来自37名乳腺癌患者）
702	2025-04-18	A targetable type III immune response with increase of IL-17A expressing CD4+ T cells is associated with immunotherapy-induced toxicity in melanoma 2024-09, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00810-4 PMID:39210005	研究论文	该研究探讨了免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤时引发的免疫相关不良事件与III型免疫反应及IL-17A表达CD4+ T细胞增加之间的关系	首次揭示了III型CD4 T细胞在免疫治疗相关不良事件发展中的潜在作用，并提供了使用抗IL-17A治疗这些不良事件的临床前证据	样本量较小，仅在两例患者中测试了抗IL-17A的效果	研究免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤时引发免疫相关不良事件的机制	黑色素瘤患者	免疫治疗	黑色素瘤	蛋白质组学分析、多重细胞因子和趋化因子检测、流式细胞术、多重免疫组化、空间转录组学	NA	血清样本、外周血、皮肤疹和结肠炎组织	未明确说明总样本量，仅提及在两例患者中进行了抗IL-17A治疗
703	2025-04-18	Morphine-responsive neurons that regulate mechanical antinociception 2024-08-30, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.ado6593 PMID:39208104	研究论文	通过单细胞转录组学和对吗啡响应神经元的操作，研究揭示了rostral ventromedial medulla (RVM)中一组调节小鼠机械性伤害感受的神经元	识别了RVM中调节机械性伤害感受的神经元群体，并揭示了它们通过BDNF/TrkB依赖机制和抑制性脊髓galanin阳性神经元的激活来调节吗啡诱导的机械性抗伤害感受	研究仅在小鼠中进行，尚未在人类中验证	探索阿片类药物镇痛作用的神经解剖学基础	rostral ventromedial medulla (RVM)中的神经元	神经科学	疼痛管理	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
704	2025-04-18	The proteogenomic landscape of multiple myeloma reveals insights into disease biology and therapeutic opportunities 2024-08, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00784-3 PMID:38942927	研究论文	本文通过多组学分析揭示了多发性骨髓瘤的蛋白质基因组学特征，为疾病生物学和治疗提供了新的见解	首次系统评估了多发性骨髓瘤的蛋白质组，并整合了(磷)蛋白质组学、RNA测序和纳米孔DNA测序数据，发现了与疾病侵袭性相关的预后蛋白标志物	样本量相对有限(138例)，且未明确说明随访时间	探索多发性骨髓瘤的蛋白质基因组学特征以改善风险分层和发现新治疗靶点	138例原发性患者来源的浆细胞恶性肿瘤(包括初治MM、浆细胞白血病和意义未明的单克隆丙种球蛋白病)及健康对照	癌症研究	多发性骨髓瘤	定量全局(磷)蛋白质组学、RNA测序、纳米孔DNA测序、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、基因组数据、转录组数据	138例患者样本(包括不同疾病阶段)及健康对照
705	2025-04-18	An atlas of transcribed enhancers across helper T cell diversity for decoding human diseases 2024-07-05, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.add8394 PMID:38963856	研究论文	通过5'单细胞RNA测序方法，构建了人类CD4 T细胞中增强子RNA及其他编码和非编码RNA的转录起始位点图谱，揭示了细胞异质性和分化轨迹	整合单细胞染色质图谱，发现具有双向RNA转录的活性增强子具有高度细胞类型特异性，且疾病遗传性在这些增强子中显著富集	NA	解码人类疾病相关的辅助性T细胞多样性	人类CD4 T细胞	基因组学	免疫介导疾病	5'单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、染色质图谱数据	NA
706	2025-04-18	TNBC response to paclitaxel phenocopies interferon response which reveals cell cycle-associated resistance mechanisms 2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.04.596911 PMID:38895265	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）对紫杉醇的反应，揭示了与干扰素反应相似的现象及细胞周期相关的耐药机制	通过单细胞RNA测序和转录因子富集分析，发现了紫杉醇诱导的干扰素样反应及关键转录因子ELF3在耐药性中的作用	研究主要基于体外细胞实验和公共数据库分析，缺乏临床样本验证	解析TNBC对紫杉醇的耐药机制并寻找潜在生物标志物	三阴性乳腺癌细胞系	癌症生物学	乳腺癌	scRNA-seq, siRNA敲除, 活细胞成像	NA	基因表达数据, 影像数据	未明确提及具体样本量（基于细胞系实验）
707	2025-04-18	The neuroendocrine transition in prostate cancer is dynamic and dependent on ASCL1 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.09.588557 PMID:38645223	research paper	该研究描述了前列腺癌中神经内分泌转化的动态过程及其对ASCL1的依赖性	开发了一个多功能平台来识别和探究前列腺癌进展不同阶段神经内分泌谱系转化的分子决定因素，揭示了ASCL1+细胞来源于KRT8+腔上皮细胞	该谱系转化需要原生微环境，而传统的类器官培养无法复制这一条件	探究前列腺癌中神经内分泌谱系转化的分子机制	前列腺癌模型中的神经内分泌转化过程	癌症研究	前列腺癌	多重免疫荧光、空间转录组学和PrismSpot技术	NA	基因表达数据和空间转录组数据	使用原发性小鼠前列腺类器官进行原位移植
708	2025-04-18	Multiomic spatial landscape of innate immune cells at human central nervous system borders 2024-Jan, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-023-02673-1 PMID:38123840	研究论文	通过多组学空间分析，揭示了人类中枢神经系统边界先天免疫细胞的多样性和分布特征	整合单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术和单细胞空间转录组学，首次全面表征了人类CNS界面的免疫系统	样本量相对有限（102名个体），且主要关注髓系细胞	探索人类中枢神经系统边界先天免疫细胞的时空分布特征	人类中枢神经系统边界的先天免疫细胞（如小胶质细胞和CNS相关巨噬细胞）	免疫学	神经胶质瘤	单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术、单细胞空间转录组学、命运图谱、高级免疫组织化学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	102名个体的356,000个转录组，15名接受外周血干细胞移植的个体
709	2025-04-18	Differential chromatin accessibility and transcriptional dynamics define breast cancer subtypes and their lineages 2023-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.31.565031 PMID:37961519	研究论文	通过分析染色质可及性和转录动态，定义乳腺癌亚型及其谱系	应用单细胞、单核多组学技术及空间转录组学，揭示了乳腺癌亚型与起源细胞之间的基因表达和染色质可及性特征联系	样本量相对较小（61个样本来自37名患者），可能影响结果的广泛适用性	探究乳腺癌亚型的起源细胞及其转录网络	乳腺癌患者样本（包括肿瘤和正常组织）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核ATAC测序（snATAC）、空间转录组学、多重成像	PAM50亚型分析算法	转录组数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	61个样本来自37名乳腺癌患者
710	2025-04-18	Whole-body senescent cell clearance alleviates age-related brain inflammation and cognitive impairment in mice 2021-02, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.13296 PMID:33470505	研究论文	该研究探讨了清除衰老细胞对缓解老年小鼠认知功能障碍的影响	首次证明清除衰老细胞可以改善老年小鼠的认知功能，为抗衰老干预提供了新的治疗途径	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究衰老细胞清除对年龄相关认知功能障碍的缓解作用	老年小鼠	老年病学	老年病	单核和单细胞RNA-seq	INK-ATTAC小鼠模型	RNA-seq数据	年轻和老年小鼠的海马体样本
711	2025-04-17	Nanoparticle-mediated sodium butyrate delivery for repairing hypoxic-ischemic brain injury in premature infants 2025-Jun, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.101665 PMID:40230649	研究论文	本研究探讨了载有丁酸钠的磁性荧光纳米颗粒（MNs@SB）通过调节Sp1和TGF-β1信号通路修复早产儿缺氧缺血性脑损伤的分子机制	首次利用磁性荧光纳米颗粒（MNs@SB）靶向递送丁酸钠，通过调节Sp1和TGF-β1信号通路修复缺氧缺血性脑损伤	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	探索纳米颗粒介导的丁酸钠递送对早产儿缺氧缺血性脑损伤的修复作用	早产儿缺氧缺血性脑损伤（HIEP）小鼠模型	纳米医学	早产儿缺氧缺血性脑病	单细胞RNA测序、高通量转录组分析、TEM、DLS	小鼠模型	代谢组学数据、转录组数据、图像数据	HIEP小鼠模型
712	2025-04-17	Regulatory role of CD177+ neutrophils in BMP signaling pathway and its implications for inflammatory bowel disease, sepsis, and intestinal tumors 2025-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102336 PMID:40158420	研究论文	本研究探讨了CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的调控作用及其对炎症性肠病、败血症和肠道肿瘤的影响	首次揭示了CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的关键调控作用，并提供了潜在的治疗靶点	需要进一步的临床验证以转化为有效的治疗策略	探索CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的调控作用及其对疾病发生、发展和治疗的影响	炎症性肠病(IBD)、败血症和肠道肿瘤	生物信息学与分子生物学	炎症性肠病、败血症、肠道肿瘤	生物信息学分析(WGCNA、功能富集分析)、单细胞分析、体外实验(细胞培养、CCK-8、流式细胞术、qRT-PCR、平板克隆形成实验)	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	来自GEO数据库的IBD和败血症基因表达数据，以及体外实验使用的Caco-2细胞
713	2025-04-17	Dissection of tumoral niches using spatial transcriptomics and deep learning 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112214 PMID:40230519	研究论文	本研究介绍了一种名为TG-ME的创新计算框架，结合了transformer和图变分自编码器（GraphVAE）模型，用于利用空间转录组学数据和形态学图像解析肿瘤微环境	TG-ME框架整合了transformer和GraphVAE模型，能够有效识别和表征肿瘤微环境中的特定区域，为肿瘤微环境的空间组织提供了新的见解	研究未提及TG-ME在不同类型癌症中的泛化能力，以及在实际临床应用中的验证情况	解析肿瘤微环境，揭示其空间组织和分子变化，以指导个性化治疗策略	肿瘤微环境中的特定区域（niches）	数字病理学	肺癌（NSCLC）	空间转录组学	transformer, GraphVAE	空间转录组学数据, 形态学图像	未明确提及具体样本数量，但包括基准数据集和高分辨率NSCLC数据集
714	2025-04-17	Dynamic changes of molecular pattern and cellular subpopulation in puncture-induced tendon injury model 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112034 PMID:40230536	research paper	该研究通过建立穿刺诱导的肌腱损伤模型，探究了早期肌腱损伤过程中的分子模式和细胞亚群	揭示了肌腱早期修复阶段的七个基因集和参与修复过程的八种髓系细胞类型及七种间充质细胞类型	临床早期肌腱损伤样本获取有限可能影响研究结果的普适性	阐明早期肌腱修复的分子机制和细胞动态变化	穿刺诱导的肌腱损伤模型	分子生物学	肌腱损伤	RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
715	2025-04-17	Embryological cellular origins and hypoxia-mediated mechanisms in PIK3CA-driven refractory vascular malformations 2025-Apr-16, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00235-1 PMID:40234712	research paper	研究探讨了PIK3CA驱动的难治性血管畸形的胚胎细胞起源和缺氧介导机制	揭示了Pik3ca在CPM中表达导致头颈部血管异常的机制，并通过单细胞RNA测序发现HIF介导的缺氧信号上调Vegf-a表达	研究主要基于小鼠模型，人类样本的支持仍需进一步验证	探究血管畸形的发病机制，为治疗难治性血管畸形提供理论基础	小鼠模型和人类血管畸形样本	developmental biology	vascular malformations	single-cell RNA sequencing	mouse model	RNA-seq data, human tissue samples	小鼠模型和人类血管畸形样本
716	2025-04-17	Senescent CD8+ T cells: a novel risk factor in atrial fibrillation 2025-Apr-15, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae222 PMID:39382426	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和多色流式细胞术，揭示了衰老CD8+ T细胞在心房颤动（AF）中的重要作用及其潜在机制	首次发现衰老CD8+ T细胞与AF的患病率和术后复发独立相关，并揭示了其通过分泌IFN-γ诱导心房肌细胞钙处理异常的机制	研究样本量有限，且机制研究主要基于体外实验，需要进一步的体内验证	探究免疫细胞在AF发展中的作用及其潜在机制	AF患者和非AF对照者的外周静脉和左心房组织	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 多色流式细胞术, 心脏光学标测	NA	基因表达数据, 流式细胞数据	AF患者和非AF对照者（具体数量未提及）
717	2025-04-17	Dual regulation of Atf3 and Lonp1 as therapeutic targets in cerebral ischaemia-reperfusion injury 2025-Apr-15, Stroke and vascular neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1136/svn-2024-003324 PMID:40044488	研究论文	本研究探讨了Atf3和Lonp1在脑缺血再灌注损伤中的作用及其调控机制	揭示了Atf3通过调控Lonp1表达影响线粒体功能和神经元存活的分子机制	研究结果需要在动物模型中进行进一步验证	探究Atf3和Lonp1在脑缺血再灌注损伤中的分子机制及其治疗潜力	脑缺血再灌注损伤中的神经元	神经科学	脑血管疾病	单细胞转录组学和蛋白质组学分析	NA	转录组数据和蛋白质组数据	NA
718	2025-04-17	Shared roles of immune and stromal cells in the pathogenesis of human bronchiolitis obliterans syndrome 2025-Apr-15, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176596 PMID:40232854	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人类闭塞性细支气管炎综合征（BOS）的发病机制，发现免疫细胞和基质细胞在疾病发展中具有共同作用	首次在BOS患者中发现了CD8+组织驻留记忆T细胞（TRM）的扩增群体，并揭示了BOS中巨噬细胞趋化和增殖相关基因及通路的表达	样本量较小（4例CLAD-BOS患者、3例cGVHD-BOS患者和3例对照）	深入了解BOS的疾病机制，寻找潜在的治疗干预途径	人类闭塞性细支气管炎综合征（BOS）患者和对照组的肺组织	生物医学研究	闭塞性细支气管炎综合征	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	4例CLAD-BOS患者、3例cGVHD-BOS患者和3例对照
719	2025-04-17	A Multi-View Graph Convolutional Network Framework Based on Adaptive Adjacency Matrix and Multi-Strategy Fusion Mechanism for Identifying Spatial Domains 2025-Apr-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf172 PMID:40233119	research paper	提出了一种基于自适应邻接矩阵和多策略融合机制的多视图图卷积网络框架STMGAMF，用于识别空间转录组学中的空间域	STMGAMF通过自适应邻接矩阵动态调整边权重以捕捉复杂空间结构，并通过多策略融合机制优化嵌入特征	未明确提及具体限制	解决空间转录组学中空间域识别的挑战，如高噪声水平和数据稀疏性	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	多视图图卷积网络（GCN）	空间转录组学数据	多个空间转录组学数据集
720	2025-04-17	Multiomics approaches for identifying the PANoptosis signature and prognostic model via a multimachine-learning computational framework for intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Apr-15, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001352 PMID:40233411	研究论文	本研究通过多组学方法和多机器学习计算框架，识别肝内胆管癌(ICC)中的PANoptosis特征并构建预后模型	整合了Cox回归分析和五种机器学习算法的新框架，识别出五个关键基因，并构建了PANoptosis风险评分(PANRS)，在预测预后和临床转化方面表现出色	研究样本量相对较小(85个PANoptosis相关基因)，且主要依赖公共队列数据	表征ICC患者的PANoptosis特征，构建指导临床诊断和治疗的模型，并探索耐药相关的分子机制	肝内胆管癌(ICC)患者	机器学习	肝内胆管癌	转录组学和蛋白质组学测序	Cox回归分析和五种机器学习算法	转录组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据	85个PANoptosis相关基因，来自公共队列OEP001105和重庆医科大学附属第一医院的数据