单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2025-05-23	Inactivation of GSK3β by Ser389 phosphorylation prevents thymocyte necroptosis and impacts Tcr repertoire diversity 2025-May, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01441-z PMID:39779909	研究论文	本研究通过高分辨率单细胞RNA测序分析，揭示了DN3和DN4胸腺细胞在Tcrb和Tcra基因重组过程中的G2M细胞周期检查点，并发现GSK3β通过Ser389磷酸化失活对胸腺细胞存活及TCRα/β库多样性的影响	发现了GSK3β通过Ser389磷酸化失活对胸腺细胞在V(D)J重组过程中存活的关键作用，以及这一过程对TCRα/β库多样性的影响	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类细胞中验证	探究胸腺细胞在Tcrb和Tcra基因重组过程中的细胞周期检查点和存活机制	小鼠DN3和DN4胸腺细胞	分子生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	个体分选的小鼠DN3和DN4胸腺细胞
702	2025-05-23	Comprehensive Multi-Omics Analysis of Copper Metabolism Related Molecular Subtypes and Prognostic Risk Stratification in Colon Adenocarcinoma 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70591 PMID:40391581	研究论文	通过多组学分析铜代谢相关分子亚型，构建结肠腺癌预后风险分层模型	首次结合铜代谢相关基因（CMRG）构建结肠腺癌预后风险模型，并通过单细胞测序揭示CMRG在肿瘤微环境中的空间和细胞分布	研究主要基于TCGA和GEO数据库，需要进一步临床样本验证	探究铜代谢在结肠腺癌进展中的作用并寻找潜在治疗靶点	结肠腺癌（COAD）	生物信息学	结肠癌	多组学分析、单细胞测序、western blot、PCR、siRNA、集落形成实验、Transwell实验	CMRG-based风险模型	基因组数据、转录组数据	TCGA和GEO数据库样本
703	2025-05-23	Lipoxin A4/FPR2 Signaling Mitigates Ferroptosis of Alveolar Epithelial Cells via NRF2-Dependent Pathway During Lung Ischemia-Reperfusion Injury 2025-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401475R PMID:40270323	研究论文	本研究探讨了Lipoxin A4 (LxA)通过FPR2/NRF2信号通路减轻肺泡上皮细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤(IRI)中的作用	首次揭示了LxA/FPR2信号通过NRF2依赖的途径减轻肺泡上皮细胞铁死亡的新机制	研究主要基于小鼠模型，在人体中的效果需要进一步验证	探究LxA是否能够通过FPR2/NRF2通路保护肺组织免受IRI引起的铁死亡	肺泡II型上皮细胞(ATII cells)	呼吸系统疾病	肺缺血再灌注损伤	单细胞RNA测序	小鼠肺缺血再灌注模型和原位肺移植模型	基因表达数据、氧化脂质水平数据	C57BL/6野生型小鼠、Fpr2和Nrf2敲除小鼠、人肺移植患者组织样本
704	2025-05-23	Vagal Sensory Gut-Brain Pathways That Control Eating-Satiety and Beyond 2025-Apr, Comprehensive Physiology IF:4.2Q1 DOI:10.1002/cph4.70010 PMID:40229922	review	本文综述了迷走神经在肠道与大脑之间传递信息的多重作用，挑战了其仅作为饱腹感信号被动传递者的传统观点	揭示了迷走神经传入神经元（VANs）的多样化亚群、多种感觉模式及其在摄食行为、代谢和认知中的复杂作用	综述性文章，未涉及具体实验数据或样本量的限制	探讨迷走神经感觉通路在肠道-大脑通信中的多重作用，超越饱腹感信号传递	迷走神经传入神经元（VANs）及其下游大脑回路	神经科学	NA	单细胞转录组学、神经回路映射、功能成像	NA	NA	NA
705	2025-05-23	Single-cell omics technologies - Fundamentals on how to create single-cell looking glasses for reproductive health 2025-Apr, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2024.08.041 PMID:40253074	综述	本文回顾了单细胞组学技术在妇科疾病和女性生命周期中的系统性生物适应研究中的应用	探讨了单细胞技术在生殖医学中的最新应用，包括测序和蛋白质组学方法，以及空间转录组学和高维蛋白质组成像	讨论了单细胞技术在数据分析和临床转化中的统计限制和计算挑战	研究单细胞技术在妇科疾病和女性生殖健康中的应用，以开发新的诊断方法和靶向治疗	女性生殖道组织、妊娠及妊娠相关疾病、妇科恶性肿瘤、子宫和卵巢生理及衰老	生物医学	妇科疾病	单细胞测序、蛋白质组学、空间转录组学、高维蛋白质组成像	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	NA
706	2025-05-23	Contribution of germline and somatic mutations to risk of neuromyelitis optica spectrum disorder 2025-Mar-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100776 PMID:39986280	research paper	该研究通过基因组范围的荟萃分析和单细胞RNA测序，探讨了神经脊髓炎视神经谱系障碍（NMOSD）的遗传和体细胞突变背景	发现了与NMOSD风险相关的CCR6常见变异和体细胞嵌合染色体改变（mCAs），并揭示了这些突变在CD4T细胞亚群中的疾病特异性表达数量性状位点效应	样本量相对较小，特别是单细胞RNA测序分析部分仅包括25名患者和101名对照	探索神经脊髓炎视神经谱系障碍（NMOSD）的遗传和体细胞突变背景	日本人群中的NMOSD患者（240名患者和50,578名对照）及单细胞RNA测序样本（25名患者和101名对照）	genetics	neuromyelitis optica spectrum disorder	genome-wide meta-analysis, single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	NA	genomic data, RNA-seq data	240 patients and 50,578 controls for genome-wide meta-analysis, 25 patients and 101 controls for scRNA-seq
707	2025-05-23	EfficientNet-resDDSC: A Hybrid Deep Learning Model Integrating Residual Blocks and Dilated Convolutions for Inferring Gene Causality in Single-Cell Data 2025-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-024-00667-2 PMID:39578307	research paper	提出了一种名为EfficientNet-resDDSC的混合深度学习模型，用于从单细胞数据中推断基因间的因果关系	结合了残差块和扩张卷积，增强了模型在初级阶段的低层次特征提取能力，并通过深度可分离卷积和扩张卷积在不增加计算量的情况下扩大了模型的感受野	NA	构建基因调控网络（GRNs）以揭示基因间的因果关系	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	machine learning	breast cancer	scRNA-seq	EfficientNet-resDDSC（结合了EfficientNet-B0、残差块和扩张卷积）	scRNA-seq数据	四个数据集
708	2025-05-23	Association of 5α-reductase inhibitor prescription with immunotherapy efficacy in metastatic renal cell carcinoma: a multicenter retrospective analysis 2025-Feb-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011154 PMID:40010773	研究论文	本研究探讨了5α-还原酶抑制剂（5-ARIs）对转移性肾细胞癌（mRCC）患者免疫检查点抑制剂（ICIs）疗效的影响	首次发现5-ARIs使用史与mRCC患者对ICI治疗反应改善相关，并揭示了潜在的免疫调节机制	回顾性研究设计可能引入选择偏倚，样本量相对较小（185例患者）	评估5-ARIs对mRCC免疫治疗疗效的影响	185例接受ICIs治疗的mRCC患者	肿瘤免疫治疗	肾细胞癌	单细胞RNA测序分析	Cox比例风险模型	临床数据和RNA测序数据	185例mRCC患者
709	2025-05-23	Brain-wide cell-type-specific transcriptomic signatures of healthy ageing in mice 2025-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08350-8 PMID:39743592	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，系统地描绘了小鼠大脑中与健康衰老相关的细胞类型特异性转录组变化	提供了包含约120万个高质量单细胞转录组的全面数据集，揭示了847个细胞簇和14个与衰老相关的细胞簇，并识别了2449个差异表达基因	研究仅基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探究哺乳动物大脑中不同类型细胞对衰老的差异敏感性和抵抗性	年轻和老年小鼠的大脑细胞	单细胞转录组学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	约120万个单细胞转录组，来自年轻和老年小鼠的大脑不同区域
710	2025-05-23	Single-cell analyses of intestinal epithelium reveal the dysregulation of gut immune microenvironment in systemic lupus erythematosus 2025-Jan-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06147-5 PMID:39871323	research paper	通过单细胞RNA测序分析揭示了系统性红斑狼疮中肠道免疫微环境的失调	首次在系统性红斑狼疮背景下揭示了肠道上皮免疫和结构细胞间的通讯模式改变，以及抗氧化硒对γδT细胞损失的逆转作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚不充分	探究系统性红斑狼疮中肠道免疫微环境的失调机制	MRL/Lpr狼疮小鼠和MRL/Mpj对照小鼠的肠道上皮细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、定量PCR(qPCR)、流式细胞术、体内实验	NA	单细胞转录组数据	MRL/Lpr狼疮小鼠和MRL/Mpj对照小鼠的肠道上皮细胞样本
711	2025-05-23	Mechanism of enhancing chemotherapy efficacy in pancreatic ductal adenocarcinoma with paricalcitol and hydroxychloroquine 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101881 PMID:39730001	研究论文	探讨帕立骨化醇和羟氯喹联合使用在增强胰腺导管腺癌化疗效果中的分子机制及其潜力	揭示了帕立骨化醇和羟氯喹联合使用通过调节自噬和内质网应激相关转录物，增强吉西他滨对胰腺导管腺癌的治疗效果	研究结果主要基于体外实验和小鼠模型，临床样本量有限	阐明帕立骨化醇和羟氯喹联合使用在增强胰腺导管腺癌对吉西他滨敏感性中的分子机制	胰腺导管腺癌(PDAC)	肿瘤学	胰腺癌	蛋白质组学、单细胞RNA测序(RNA-seq)	体外实验、原位小鼠模型、患者来源的异种移植模型(PDX)	分子生物学数据、转录组数据	体外实验、小鼠模型及临床试验(NCT04524702)中的患者配对活检样本
712	2025-05-23	Author Correction: Uncovering functional lncRNAs by scRNA-seq with ELATUS 2025-Jan-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55730-9 PMID:39774948	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
713	2025-05-23	Self and parasite-derived peptides selected upon DERAA-bearing HLA-DRB1 alleles activate CD4+ T cells from Chagas cardiomyopathy patients and are associated with ventricular dysfunction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1527115 PMID:40391216	研究论文	该研究探讨了特定HLA-DRB1等位基因与恰加斯心肌病严重临床表现的关联，以及这些等位基因如何通过激活CD4+ T细胞参与心肌病的病理过程	发现携带DERAA基序的HLA-DRB1等位基因与恰加斯心肌病的严重临床表现相关，并揭示了这些等位基因通过激活CD4+ T细胞参与病理过程的机制	研究样本可能有限，且未涵盖所有可能的HLA-DRB1等位基因	探究特定HLA-DRB1等位基因在恰加斯心肌病病理过程中的作用	恰加斯心肌病患者（心脏型CCC和不确定型IND）的CD4+ T细胞	免疫学	恰加斯心肌病	计算分析、体外功能实验、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、肽段序列数据	恰加斯心肌病患者（包括CCC和IND）的CD4+ T细胞样本
714	2025-05-23	Comprehensive Single-Cell RNA Sequencing Analysis of Cervical Cancer: Insights Into Tumor Microenvironment and Gene Expression Dynamics 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/5027347 PMID:40395456	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析宫颈癌的肿瘤微环境和基因表达动态	利用scRNA-seq技术揭示了宫颈癌的细胞异质性和基因表达动态，识别了与肿瘤进展相关的关键基因	未明确提及样本量是否足够大以覆盖所有亚型，以及是否进行了实验验证	探索宫颈癌的细胞异质性和基因表达动态，以寻找潜在的治疗靶点	宫颈癌样本	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, 高级生物信息学工具	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
715	2025-05-23	Pan-cancer analysis of phagocytosis regulators in female-specific cancers: a focus on HMGB2 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565924 PMID:40396172	research paper	该研究通过公共数据库分析，探讨了吞噬作用调节因子在女性特异性癌症中的作用，特别关注HMGB2的功能	首次全面分析了吞噬作用调节因子在女性特异性癌症中的表达、突变及功能，并验证了HMGB2在肿瘤细胞行为中的关键作用	研究主要基于公共数据库分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	探讨吞噬作用调节因子在女性特异性癌症中的作用，为开发有效治疗策略提供依据	女性特异性癌症（如乳腺癌、宫颈癌、卵巢癌和子宫内膜癌）中的吞噬作用调节因子	digital pathology	female-specific cancers	公共数据库分析、DNA甲基化分析、单细胞测序、体外实验	NA	genomic data, methylation data, single-cell sequencing data	基于公共数据库的多癌症样本分析，具体数量未明确说明
716	2025-05-23	Integrative single-cell and spatial transcriptomics analysis reveals MDK-NCL pathway's role in shaping the immunosuppressive environment of lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1546382 PMID:40396179	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学分析，揭示了MDK-NCL通路在肺腺癌免疫抑制微环境形成中的作用	首次揭示了MDK-NCL信号通路在肺腺癌免疫抑制微环境中的关键作用，并提出了其作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于公共数据集和有限的自有样本，需要更大规模的临床验证	探究肺腺癌肿瘤微环境的细胞组成及MDK-NCL信号通路的作用	肺腺癌肿瘤微环境中的细胞群	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学(ST), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	Seurat, inferCNV	RNA测序数据	TCGA-LUAD队列和内部队列样本
717	2025-05-23	Application of Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing (CITE-Seq) to Precisely Dissect the Brain Tumor Immune Microenvironment 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4558-1_3 PMID:40402445	研究论文	本文探讨了CITE-Seq技术在精确解析脑肿瘤免疫微环境中的应用	利用CITE-Seq技术同时获取单细胞的转录组和表面蛋白信息，为细胞表型和功能研究提供了新方法	未提及具体样本量或实验设计的局限性	研究脑肿瘤免疫微环境的细胞组成和相互作用	脑肿瘤微环境中的恶性细胞、免疫细胞、星形胶质细胞和其他基质细胞	数字病理学	脑肿瘤	CITE-Seq, scRNAseq	NA	转录组数据、蛋白质组数据	NA
718	2025-05-23	Immune Single-Cell Annotation by Molecular Signature-Based Deconvolution with MIXTURE 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4558-1_13 PMID:40402455	研究论文	本文提出了一种基于MIXTURE算法的单细胞RNA测序数据注释协议，用于提高肿瘤免疫微环境中细胞类型识别的准确性	使用v-SVR反卷积算法MIXTURE，解决了无监督注释方法的局限性，提供了更精确和细致的细胞类型注释	仅应用于黑色素瘤的单细胞RNA测序数据集，未在其他类型的数据集上验证	优化免疫治疗策略，解析肿瘤免疫微环境	单细胞RNA测序数据集中的细胞类型	数字病理学	黑色素瘤	scRNA-seq	v-SVR	RNA测序数据	一个已注释的黑色素瘤scRNA-seq数据集
719	2025-05-23	The IL-1β inhibitor canakinumab in previously treated lower-risk myelodysplastic syndromes: a phase 2 clinical trial 2024-11-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54290-2 PMID:39537648	研究论文	本文报道了一项关于IL-1β抑制剂canakinumab在先前治疗过的低风险骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的二期临床试验结果	首次在低风险MDS患者中评估了IL-1β抑制剂canakinumab的安全性和疗效，并通过单细胞RNA测序分析了其作用机制	研究样本量较小（25例患者），且为非随机单臂试验设计	评估靶向IL-1β信号通路是否能挽救MDS患者的无效红细胞生成	先前治疗过的低风险MDS患者	临床医学	骨髓增生异常综合征	单细胞RNA测序	NA	临床数据和RNA测序数据	25例MDS患者（中位年龄74岁，60%男性）
720	2025-05-23	Reconstructing the regulatory programs underlying the phenotypic plasticity of neural cancers 2024-11-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53954-3 PMID:39516198	研究论文	本文提出了一种名为'single-cell regulatory-driven clustering' (scregclust)的方法，用于从单细胞RNA测序数据中重建细胞调控程序	开发了scregclust算法，能高效地将目标基因划分为模块，并预测关键转录因子和激酶，计算时间短	对神经癌症细胞状态调控的理解仍有限	研究神经癌症的表型可塑性调控程序	成人和儿童脑癌	生物信息学	神经癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scregclust算法	单细胞RNA测序数据	15种肿瘤类型的数据