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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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701 | 2025-10-05 |
scHSC: enhancing single-cell RNA-seq clustering via hard sample contrastive learning
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf485
PMID:40977264
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研究论文 | 提出一种通过困难样本对比学习增强单细胞RNA测序聚类性能的深度学习方法 | 采用困难样本挖掘和对比学习策略,同时整合基因表达和细胞间拓扑结构信息,通过自适应权重策略将对比学习与ZINB模型相结合 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和细胞类型注释效果 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习, ZINB模型 | 基因表达数据 | 18个单细胞RNA测序真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
702 | 2025-10-05 |
Co-development of mesoderm and endoderm enables organotypic vascularization in lung and gut organoids
2025-Aug-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.041
PMID:40592324
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研究论文 | 通过共分化中胚层和内胚层实现肺和肠道类器官的器官特异性血管化 | 在同一球状体中共同分化中胚层和内胚层,生成具有组织特异性的血管化类器官,并揭示内皮细胞表现出组织特异性屏障功能 | NA | 研究人类器官发生和疾病中复杂的细胞间通讯 | 诱导多能干细胞(iPSCs)衍生的肺和肠道类器官 | 发育生物学 | FOXF1突变相关疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
703 | 2025-10-05 |
Deletion of gasdermin D promotes granulocytic myeloid-derived suppressor cell differentiation by decreased release of mitochondrial DNA to promote tumor escape
2025-Jul-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04104-1
PMID:40711527
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研究论文 | 本研究揭示了gasdermin D缺失通过抑制线粒体DNA释放促进粒细胞样髓源抑制细胞分化从而促进肿瘤免疫逃逸的机制 | 首次发现GSDMD缺失通过维持线粒体完整性、减少mtDNA释放,进而抑制cGAS/STING/TBK1/IRF8/7信号轴激活,促进G-MDSCs分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和部分临床样本,需要更多临床验证;GSDMD重组慢病毒治疗的临床应用潜力需进一步评估 | 探究GSDMD在髓源抑制细胞分化及肿瘤免疫逃逸中的作用机制 | 结直肠癌组织、外周血G-MDSCs、GSDMD缺陷小鼠模型 | 免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 慢病毒转染 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞功能数据 | 结直肠癌患者组织及外周血样本, 基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
704 | 2025-10-05 |
Prehabilitation during neoadjuvant chemotherapy results in an enhanced immune response in esophageal adenocarcinoma tumors: A randomized controlled trial
2025-Jun-09, Journal of sport and health science
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.jshs.2025.101063
PMID:40499717
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研究论文 | 本研究通过随机对照试验探讨术前预康复运动在新辅助化疗期间对食管腺癌患者肿瘤免疫反应的影响 | 首次通过随机对照试验证明术前预康复运动能显著增强食管腺癌肿瘤中的CD8+淋巴细胞浸润和三级淋巴结构成熟度 | 样本量较小(n=22),临床结局指标未见组间差异,需要更大规模研究验证临床意义 | 评估术前预康复运动是否能增强食管腺癌患者肿瘤浸润淋巴细胞水平 | 局部晚期食管癌患者 | 肿瘤免疫学 | 食管腺癌 | 高分辨率多光谱免疫组化,NanoString空间转录组学 | 随机对照试验 | 组织样本,心肺功能数据 | 22例局部晚期食管癌患者(预康复组11例,对照组11例) | NanoString | 空间转录组学 | NA | NA |
705 | 2025-10-05 |
Apoptosis inhibition reprograms alveolar myofibroblasts toward ductal myofibroblasts
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.26.654588
PMID:40492191
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研究论文 | 本研究通过抑制肺泡肌成纤维细胞凋亡,揭示了其向导管肌成纤维细胞重编程的命运可塑性 | 首次通过诱导性BCL2过表达证明肺泡肌成纤维细胞在凋亡抑制后能成熟为导管肌成纤维细胞 | 研究主要基于小鼠模型,人类细胞中的可塑性尚未验证 | 探究肺间充质细胞的命运可塑性和凋亡清除机制 | 小鼠肺泡肌成纤维细胞和导管肌成纤维细胞 | 细胞生物学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序, 谱系追踪, 诱导性基因过表达 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据, 成像数据 | 使用三种独立Cre驱动品系的小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
706 | 2025-10-05 |
A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation
2025-Apr-01, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2025.02.004
PMID:40054462
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研究论文 | 本研究通过器官靶向单细胞RNA测序发现PIEZO2机械敏感离子通道在脂肪感觉神经支配中起关键作用 | 首次揭示PIEZO2作为脂肪组织感觉神经支配的主要机械受体,并证明其功能获得性突变可反向调节脂肪表型 | 未明确PIEZO2在脂肪组织中的具体机械刺激来源及其下游信号通路 | 探究脂肪组织感觉神经支配的分子机制 | 脂肪组织支配的背根神经节神经元 | 单细胞组学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除和功能获得性突变模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 器官靶向单细胞RNA测序 |
707 | 2025-10-05 |
Population dynamics modeling reveals that myeloid bias involves both HSC differentiation and progenitor proliferation biases
2025-Mar-20, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024025598
PMID:39791596
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研究论文 | 通过群体动力学建模揭示了髓系偏倚涉及造血干细胞分化和祖细胞增殖的双重偏倚 | 首次定量证明髓系偏倚不仅源于造血干细胞分化偏倚,还涉及早期髓系祖细胞的增殖扩张 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究髓系偏倚形成的细胞动力学机制 | 造血干细胞和祖细胞(HSPCs) | 计算生物学 | 髓系肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 微分方程模型,偏微分方程模型 | 单细胞转录组数据 | IκB-突变小鼠、野生型小鼠、老年小鼠和人类髓系肿瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
708 | 2025-10-05 |
Cell type and region-specific transcriptional changes in the endometrium of women with RIF identify potential treatment targets
2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2421254122
PMID:40063812
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学分析复发性着床失败(RIF)患者子宫内膜的区域和细胞类型特异性基因表达差异 | 首次在RIF研究中采用空间转录组学技术,揭示子宫内膜不同区域和细胞类型的特异性转录变化 | 样本量较小(RIF组n=8,对照组n=8),需要在更大队列中验证发现 | 识别RIF患者子宫内膜的分子异常,寻找潜在治疗靶点 | 复发性着床失败患者和生育能力正常对照者的子宫内膜组织 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 16例(8例RIF患者,8例生育能力正常对照) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
709 | 2025-10-05 |
Distinct causes of three phenotypic hallmarks of hematopoietic aging
2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.632900
PMID:39868295
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研究论文 | 本研究通过实验模型解析NFkappaB活性在造血衰老表型中的作用机制 | 建立了NFkappaB活性升高实验模型,首次揭示造血衰老三个表型特征由不同调控机制驱动 | 实验模型可能无法完全模拟自然衰老过程 | 解析炎症如何促进造血衰老表型 | 造血干细胞(HSC)和造血系统 | 生物医学 | 造血系统衰老 | scRNA-seq, 表观基因组学, 转录组学 | IkappaBminus实验模型 | 单细胞RNA测序数据, 表观基因组数据, 转录组数据 | 小鼠和人类HSC数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
710 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomics reveals predominantly inflammatory endothelial cell responses and suppressed vascular repair in silicosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1629226
PMID:40969743
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示矽肺病中内皮细胞主要表现为炎症反应且血管修复功能受抑制 | 首次在矽肺病中发现两种功能不同的内皮细胞亚群:炎症型内皮细胞和修复型内皮细胞,并揭示其功能失衡机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究矽肺病中内皮细胞的功能特性和病理作用 | 二氧化硅暴露小鼠的肺组织内皮细胞 | 单细胞组学 | 矽肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 二氧化硅暴露小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
711 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals the heterogeneity and effect of TAMs in colorectal cancer
2025-Jan-01, Biochemistry and cell biology = Biochimie et biologie cellulaire
DOI:10.1139/bcb-2025-0041
PMID:40834430
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其作用 | 首次在结直肠癌中系统揭示肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的动态轨迹 | 基于公共数据库的回顾性分析,样本来源有限 | 研究结直肠癌肿瘤微环境的异质性及免疫细胞的作用 | 结直肠癌患者的肿瘤组织和正常组织 | 单细胞测序分析 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | Monocle3轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 27,414个细胞(来自正常组织、肿瘤核心和边界区域) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
712 | 2025-10-05 |
Comprehensive single-cell sequencing reveals the tumor microenvironment and tumor-specific characteristics in trachea squamous cell carcinoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1575647
PMID:40874228
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析气管鳞状细胞癌的肿瘤微环境和化疗反应机制 | 首次构建气管鳞状细胞癌的单细胞图谱,揭示化疗引起的T细胞状态转换关键转录调控因子 | 样本量较小(仅7个样本),缺乏独立验证队列 | 研究气管鳞状细胞癌的肿瘤微环境特征和化疗反应机制 | 气管鳞状细胞癌患者组织样本(5个恶性样本和2个非恶性样本) | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 7个TSCC样本(5恶性+2非恶性),70,682个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
713 | 2025-10-05 |
Preventive Treatment with a CD73 Small Molecule Inhibitor Enhances Immune Surveillance in K-Ras Mutant Pancreatic Intraepithelial Neoplasia
2024-Oct-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.)
DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-24-0200
PMID:39099209
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研究论文 | 本研究探讨CD73小分子抑制剂AB-680在K-Ras突变胰腺上皮内瘤变(PanIN)中的免疫预防作用 | 首次证明CD73抑制剂可通过增强免疫监视机制预防PanIN进展,并发现其能扩增TCR和BCR独特克隆型 | 研究仅使用基因工程小鼠模型,尚未在人体验证;观察时间有限(3个月治疗期) | 评估CD73抑制剂在胰腺癌前病变中的免疫预防效果 | KrasG12D; PdxCre1 (KC)基因工程小鼠模型的胰腺组织 | 癌症免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据 | KC基因工程小鼠(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
714 | 2025-10-05 |
Impeller: a path-based heterogeneous graph learning method for spatial transcriptomic data imputation
2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae339
PMID:38806165
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研究论文 | 提出一种基于路径的异质图学习方法Impeller,用于空间转录组数据插补 | 构建包含空间邻近性和表达相似性两种边的异质图,通过可学习路径算子避免传统拉普拉斯矩阵的过平滑问题,同时建模短程和长程细胞间相互作用 | NA | 解决空间转录组数据中过度缺失值的问题,提高数据完整性和可解释性 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | GNN(图神经网络) | 空间基因表达数据 | 来自三个流行平台和两个物种的多个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
715 | 2025-10-05 |
Molecular cascades and cell type-specific signatures in ASD revealed by single-cell genomics
2024-05-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adh2602
PMID:38781372
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研究论文 | 通过单细胞基因组学技术揭示自闭症谱系障碍中细胞类型特异的分子级联反应和特征 | 首次结合单核RNA测序、单核ATAC测序和空间转录组学技术,系统揭示自闭症中细胞类型特异性基因调控网络的失调 | 研究基于死后脑组织样本,可能无法完全反映活体状态下的分子变化 | 探索自闭症谱系障碍的分子机制和遗传易感性 | 自闭症患者死后脑组织 | 单细胞基因组学 | 自闭症谱系障碍 | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
716 | 2025-10-05 |
Single-cell analysis of 5-aminolevulinic acid intraoperative labeling specificity for glioblastoma
2024-04-01, Journal of neurosurgery
IF:3.5Q1
DOI:10.3171/2023.7.JNS23122
PMID:37773782
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析评估5-氨基乙酰丙酸在胶质母细胞瘤术中标记的特异性 | 首次在单细胞水平验证5-ALA标记胶质瘤细胞的特异性,发现其标记并非仅针对肿瘤细胞 | 需要进一步系统比较5-ALA与其他荧光引导手术替代方案的性能 | 确定5-ALA在胶质母细胞瘤中标记不同细胞类型的特异性 | 人类胶质母细胞瘤手术标本、胶质瘤细胞培养模型、小鼠胶质瘤模型 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞光学表型与表达测序(SCOPE-seq2)、单细胞RNA测序、细胞培养 | NA | 图像、RNA测序数据 | 人类胶质母细胞瘤手术标本、细胞培养模型、小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | SCOPE-seq2(配对单细胞成像和RNA测序方法) |
717 | 2025-10-05 |
Deep scRNA sequencing reveals a broadly applicable Regeneration Classifier and implicates antioxidant response in corticospinal axon regeneration
2023-12-20, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.09.019
PMID:37848024
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研究论文 | 通过深度单细胞RNA测序揭示了一个广泛适用的再生分类器,并证明抗氧化反应在皮质脊髓轴突再生中的重要作用 | 开发了可广泛应用的再生分类器,首次发现抗氧化反应和线粒体生物合成在皮质脊髓轴突再生中的关键作用 | 仅对数百个表型鉴定的神经元进行测序,样本规模有限 | 研究中枢神经系统轴突再生的分子机制,特别是皮质脊髓束的再生潜力 | 皮质脊髓束神经元,特别是在PTEN和SOCS3缺失后的再生神经元 | 单细胞基因组学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | 监督分类(Garnett) | 单细胞转录组数据 | 数百个表型鉴定的神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基于patch的单细胞RNA测序 |
718 | 2025-10-05 |
Brain-wide correspondence of neuronal epigenomics and distant projections
2023-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06823-w
PMID:38092919
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研究论文 | 通过epi-retro-seq技术将小鼠全脑33,034个神经元的表观基因组与远距离投射联系起来 | 首次在全脑范围内将单细胞表观基因组与神经元远距离投射特征进行系统关联 | 研究仅限于小鼠模型,样本来源区域划分可能不够精细 | 解析神经元表观基因组特征与远距离投射功能之间的关系 | 小鼠全脑33,034个神经元,涉及32个脑区向24个靶区的225种投射组合 | 神经科学 | NA | epi-retro-seq, 空间转录组学 | NA | 表观基因组数据, 转录组数据, 空间定位数据 | 33,034个神经元,32个脑区,24个投射靶区 | NA | 单细胞表观基因组学, 空间转录组学 | NA | NA |
719 | 2025-10-05 |
Single-cell DNA methylome and 3D multi-omic atlas of the adult mouse brain
2023-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06805-y
PMID:38092913
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研究论文 | 本研究构建了成年小鼠大脑的单细胞DNA甲基组和3D多组学图谱 | 首次在空间背景下生成全脑单细胞甲基组和染色质构象联合图谱,识别了4673个细胞群和274个跨模态注释亚类 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及人类或其他物种 | 构建大脑细胞类型及其基因调控景观的完整分子图谱 | 成年小鼠大脑117个解剖区域的细胞 | 表观基因组学 | 神经系统疾病 | 单核甲基组测序(snmC-seq3), 多组学测序(snm3C-seq), 空间转录组学 | NA | 甲基组数据, 染色质构象数据, 转录组数据 | 301,626个甲基组和176,003个染色质构象-甲基组联合图谱 | NA | 单细胞甲基组测序, 单细胞多组学测序, 空间转录组学 | NA | NA |
720 | 2025-10-05 |
The molecular cytoarchitecture of the adult mouse brain
2023-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06818-7
PMID:38092915
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据构建成年小鼠大脑细胞类型综合图谱 | 首次将高通量单核RNA测序与近细胞分辨率的Slide-seq空间转录组技术相结合,系统绘制全脑细胞类型图谱 | 研究仅限于小鼠模型,人类大脑的细胞架构可能存在差异 | 构建哺乳动物大脑细胞类型的综合空间图谱 | 成年小鼠大脑 | 空间转录组学 | 神经系统疾病 | 单核RNA测序, Slide-seq空间转录组 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 全脑范围样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | Slide-seq | 近细胞分辨率的空间转录组方法 |