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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 701 | 2026-03-04 |
Single-cell profile reveals the landscape of cardiac immunity and identifies a cardio-protective Ym-1hi neutrophil in myocardial ischemia-reperfusion injury
2024-04-15, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2024.02.003
PMID:38395651
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了心肌缺血再灌注损伤中免疫细胞的动态变化,并鉴定出一种具有心脏保护作用的Ym-1hi中性粒细胞亚型 | 首次在MIRI中通过单细胞测序系统描绘了心脏免疫细胞景观,并发现了一种新型的Ym-1hi中性粒细胞亚型,该亚型具有心脏保护作用 | 研究主要基于小鼠模型,临床样本验证相对有限 | 探究心肌缺血再灌注损伤中免疫细胞亚型及其动态变化,并鉴定具有保护作用的细胞亚型 | 小鼠心肌组织中的CD45阳性免疫细胞,以及临床患者样本 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠心肌组织在六个时间点采集的CD45细胞,以及临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 702 | 2026-03-04 |
Integrating spatial and single-nucleus transcriptomic data elucidates microglial-specific responses in female cynomolgus macaques with depressive-like behaviors
2023-08, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01379-4
PMID:37443281
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据,揭示了雌性食蟹猴在抑郁样行为中特定于小胶质细胞的反应 | 首次在雌性非人灵长类动物中结合空间转录组学和单核RNA测序,识别出与抑郁样行为相关的小胶质细胞亚群及其在皮质层中的特异性分布 | 研究仅针对雌性食蟹猴,样本可能有限,且结果可能无法直接推广到人类或其他物种 | 探究重度抑郁障碍的细胞和分子机制,特别是在小胶质细胞中的特异性反应 | 雌性食蟹猴的背外侧前额叶皮质 | 数字病理学 | 重度抑郁障碍 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 雌性食蟹猴样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 703 | 2026-03-04 |
Atlas-scale single-cell chromatin accessibility using nanowell-based combinatorial indexing
2023-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276655.122
PMID:36792372
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研究论文 | 本文介绍了基于纳米孔芯片的单细胞组合索引染色质可及性测定技术的进展,实现了大规模细胞通量(>10^5个细胞)的低成本测量 | 利用5184纳米孔芯片在PCR索引阶段实现规模提升52倍并降低单细胞制备成本,优化工作流程获得高比例峰值内读数(>80%)和低细胞双联率 | NA | 开发低成本、高通量的单细胞染色质可及性测定技术 | 小鼠脑组织样本 | 表观遗传学 | NA | 单细胞组合索引ATAC-seq | NA | 染色质可及性数据 | >10^5个细胞 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | 基于纳米孔芯片的sciATAC平台 |
| 704 | 2026-03-04 |
V-SVA: an R Shiny application for detecting and annotating hidden sources of variation in single-cell RNA-seq data
2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa128
PMID:32119082
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研究论文 | 本文介绍了一个名为V-SVA的R Shiny应用,用于检测和注释单细胞RNA测序数据中的隐藏变异源 | 开发了一个交互式网络浏览器界面,结合了基因关联发现、公开数据库注释和数据可视化工具,以辅助解释单细胞RNA测序中的变异源 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 促进单细胞RNA测序数据中隐藏变异源的识别和注释,以区分技术变异和生物变异 | 单细胞RNA测序数据及其中的变异源 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | IA-SVA, SVA, ZINB-WaVE | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 705 | 2026-03-04 |
M3S: a comprehensive model selection for multi-modal single-cell RNA sequencing data
2019-Dec-20, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-3243-1
PMID:31861972
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研究论文 | 本文介绍了一个名为M3S的R包,用于单细胞RNA测序数据的多模态模型选择和下游分析 | 开发了首个能针对不同实验设计和平台生成的表达数据,从11种常用统计模型中基因水平选择最合适多模态模型的工具 | NA | 为单细胞RNA测序数据提供多模态统计模型选择方法,以改进基因表达分布拟合和差异表达分析 | 单细胞RNA测序表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多模态统计模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 706 | 2026-03-04 |
Insights from deconvolution of cell subtype proportions enhance the interpretation of functional genomic data
2019, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0215987
PMID:31022271
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研究论文 | 本研究探讨了如何通过解卷积细胞亚型比例从功能基因组学数据中获取与表型相关的细胞变化信息 | 展示了细胞亚型比例变化对功能基因组学特性的贡献可能是疾病特异性的,并利用单细胞RNA-seq参考数据集成功估算了缺乏纯化样本参考数据的组织(如小鼠肾脏)中的细胞亚型比例 | 研究仅聚焦于人类血液和小鼠肾脏两种混合细胞群体,且对于大多数缺乏参考数据集的组织,细胞类型预测方法尚不成熟 | 增强功能基因组学数据的解释,通过分析细胞亚型比例变化来理解其与表型的关联 | 人类血液和小鼠肾脏组织样本 | 功能基因组学 | 哮喘和系统性红斑狼疮 | 解卷积分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达和DNA甲基化数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 707 | 2026-03-03 |
Nerandomilast, a PDE4B inhibitor, alleviates silica-induced lung inflammation and fibrosis by inhibition of NLRP3 inflammasome and TGF-β/Smad signalling
2026-Apr, British journal of pharmacology
IF:6.8Q1
DOI:10.1111/bph.70240
PMID:41255094
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研究论文 | 本研究评估了PDE4B抑制剂nerandomilast在矽肺模型中的治疗效果及其机制,发现其通过抑制NLRP3炎症小体和TGF-β/Smad信号通路减轻炎症和纤维化 | 首次在矽肺模型中评估nerandomilast的疗效,并利用单细胞RNA测序识别PDE4B作为关键调控靶点 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系,未涉及人类临床试验,且机制探索可能未覆盖所有相关通路 | 探究PDE4B抑制剂nerandomilast在矽肺中的治疗潜力及其分子机制 | 雄性C57BL/6N小鼠、THP-1巨噬细胞和MRC-5细胞 | NA | 矽肺 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、转录组分析 | NA | RNA测序数据 | 未明确样本数量,涉及小鼠模型和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 | NA | NA |
| 708 | 2026-03-03 |
Intratumoral heterogeneity in microsatellite instability status at single-cell resolution
2026-Mar-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.114860
PMID:41767255
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据,揭示了肿瘤内微卫星不稳定性状态的异质性,挑战了MSI作为二元生物标志物的传统观点 | 首次在单细胞分辨率下量化肿瘤内MSI状态的异质性,发现MSI-H和MSS亚克隆共存现象 | 样本量有限(49例),需要更大规模研究验证异质性频率及临床意义 | 探究微卫星不稳定性在肿瘤内的异质性现象及其对生物标志物应用的影响 | 癌症患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 计算分析流程 | 单细胞RNA测序数据 | 49例个体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 709 | 2026-03-03 |
Differentiation of mesenchymal stem/stromal cells into CD45+ macrophage-like cells: expanding insights into MSC plasticity
2026-Mar-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.114906
PMID:41767265
|
研究论文 | 本研究探讨了间充质干细胞/基质细胞(MSCs)分化为CD45+巨噬细胞样细胞的潜力,揭示了MSCs的塑性及其在免疫调节和组织修复中的潜在作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了新鲜分离的MSCs中存在巨噬细胞样群体,证实了MSCs在体内外均可分化为M2型巨噬细胞,扩展了对MSCs塑性的理解 | 研究主要基于小鼠模型,人类MSCs的验证相对有限,且具体分化机制和体内功能影响需进一步探究 | 探究MSCs、纤维细胞和巨噬细胞之间的关系,特别是MSCs直接分化为巨噬细胞样细胞的可能性 | 小鼠PαS细胞(一种新鲜分离的MSC群体)和人类MSCs | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个小鼠品系和人类MSCs样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 710 | 2026-03-03 |
The non-metabolic role of MTHFD2 in regulating mitochondrial fission-dependent mitophagy via stabilizing TOP2A mRNA in glioblastoma
2026-Mar-16, Free radical biology & medicine
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研究论文 | 本研究揭示了代谢酶MTHFD2在胶质母细胞瘤中通过稳定TOP2A mRNA来调控线粒体分裂依赖性线粒体自噬的非代谢功能 | 首次发现代谢酶MTHFD2具有RNA结合功能,通过稳定TOP2A mRNA调控线粒体动力学,揭示了其非经典功能 | NA | 探究MTHFD2在胶质母细胞瘤中线粒体完整性和动力学中的非代谢功能 | 胶质母细胞瘤细胞及小鼠原位模型 | 分子生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、mt-Keima线粒体自噬流检测、RNA免疫沉淀测序、荧光素酶报告基因检测 | NA | RNA测序数据、荧光成像数据、报告基因数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 711 | 2026-03-03 |
Transfer of Damaged Mitochondria from Cancer Cells to Cancer-Associated Fibroblasts Promotes Tyrosine Kinase Inhibitor Tolerance in EGFR-Mutant Lung Cancer
2026-Mar-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0433
PMID:41329713
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研究论文 | 本研究揭示了EGFR突变肺癌中,癌细胞通过隧道纳米管将受损线粒体转移至癌症相关成纤维细胞,从而促进酪氨酸激酶抑制剂耐受的新机制 | 首次发现RGS5+MYL9+ CAF作为“代谢汇”通过接受肿瘤来源的受损线粒体促进DTP细胞存活,并证明靶向该过程的联合治疗策略 | 研究主要基于EGFR突变肺腺癌模型,其他肺癌亚型或癌症类型的普适性有待验证 | 阐明EGFR-TKI耐药性产生的细胞机制并探索克服耐药的治疗策略 | EGFR突变肺腺癌中的药物耐受持续细胞及癌症相关成纤维细胞 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 712 | 2026-03-03 |
Oncolytic HSV-1-Mediated JAG1 Blockade Induces Glioma Senescence-Associated Secretory Phenotype to Increase Macrophage Activation and Cetuximab-Mediated Senolysis
2026-Mar-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-1402
PMID:41411618
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研究论文 | 本研究开发了一种拮抗JAG1的溶瘤HSV-1病毒(OD-0J1),并揭示了其通过诱导胶质瘤细胞衰老、改变肿瘤微环境中的巨噬细胞表型,进而与西妥昔单抗联合增强抗肿瘤疗效的机制 | 首次将溶瘤病毒(OD-0J1)与JAG1阻断策略结合,并发现其诱导的细胞衰老表型为西妥昔单抗提供了新的溶衰老作用机会,提出了病毒治疗与靶向治疗协同的新联合疗法 | 研究主要在临床前动物模型(无胸腺裸鼠和人源化小鼠)中进行,其临床转化效果及安全性有待验证;机制研究集中于JAG1-Notch轴和EGFR通路,其他潜在信号通路的影响尚未完全阐明 | 探究JAG1介导的信号在胶质瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞中的作用,并开发新型溶瘤病毒联合靶向治疗策略 | 胶质瘤细胞、肿瘤相关巨噬细胞、临床前小鼠模型(无胸腺裸鼠和人源化小鼠) | 肿瘤免疫学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、激酶组分析、细胞共培养 | NA | 基因表达数据、流式细胞数据、蛋白质活性数据 | 临床前小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 713 | 2026-03-03 |
Microglial CR3-mediated synaptic pruning in the dmPFC promotes the generation and maintenance of chronic muscle pain via glutamatergic dysfunction
2026-Mar-02, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-026-01666-7
PMID:41765955
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研究论文 | 本研究探讨了慢性肌肉疼痛中,小胶质细胞CR3介导的突触修剪如何通过抑制背内侧前额叶皮层谷氨酸能神经元兴奋性促进疼痛生成与维持 | 首次揭示小胶质细胞CR3依赖的突触修剪在慢性肌肉疼痛中的作用机制,并发现其通过调控谷氨酸能神经元功能影响疼痛与焦虑行为 | 研究主要基于大鼠模型,人类临床转化需进一步验证;机制细节如CR3下游信号通路未完全阐明 | 阐明慢性肌肉疼痛生成与维持的神经机制,寻找潜在治疗靶点 | 慢性肌肉疼痛大鼠模型,聚焦背内侧前额叶皮层谷氨酸能神经元与小胶质细胞 | 神经科学 | 慢性肌肉疼痛 | 单细胞RNA测序,光纤光度法,膜片钳,流式细胞术,免疫荧光,光化学遗传学激活 | NA | 电生理记录,基因表达数据,细胞图像 | 未明确样本数量的大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 714 | 2026-03-03 |
P16+ Cells Drive Adverse Postischemic Cardiac Remodeling Through CCL8-Mediated Recruitment of Cytotoxic Lymphocytes
2026-Mar-02, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究揭示了心肌梗死后表达P16的细胞通过分泌CCL8招募细胞毒性淋巴细胞,从而驱动不良心脏重塑的机制 | 首次利用p16-CreER;R26-tdT报告小鼠系统性地绘制了心肌梗死后P16+细胞的异质性图谱,并明确了P16+成纤维细胞和巨噬细胞通过CCL8依赖的方式招募细胞毒性淋巴细胞(特别是CD8+ T细胞)是驱动不良重塑的关键机制 | 研究主要基于小鼠模型,其在人类疾病中的直接适用性尚需验证;此外,研究聚焦于CCL8通路,可能还有其他P16+细胞分泌的因子参与该过程 | 阐明心肌梗死后表达衰老标志物P16的细胞在心脏不良重塑中的具体作用机制 | p16-CreER;R26-tdT报告小鼠、心肌梗死后心脏组织中的P16+细胞(包括成纤维细胞、巨噬细胞、冠状动脉内皮细胞和心肌细胞) | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、定量聚合酶链反应、细胞通讯分析、遗传学消融、药物处理 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 使用p16-CreER;R26-tdT等多种遗传工程小鼠模型进行研究,具体样本数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 715 | 2026-03-03 |
Direct Cardiac Reprogramming in the Omics Era: Advances, Mechanisms, and Applications
2026-Mar-02, Cellular reprogramming
IF:1.2Q4
DOI:10.1177/21524971261427184
PMID:41766575
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综述 | 本文综述了基于多组学方法在直接心脏重编程领域的最新进展、机制和应用 | 整合了单细胞转录组学、表观基因组学、转录后分析、蛋白质组学和代谢研究等多组学数据,为理解成纤维细胞向诱导心肌样细胞转化的障碍和促进因素提供了一个综合框架 | 本文是一篇综述,未报告原始实验数据,其局限性在于依赖现有文献的总结和整合 | 探讨如何利用多组学方法推进直接心脏重编程的机制理解并促进其临床应用 | 成纤维细胞向诱导心肌样细胞的转化过程 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组学,表观基因组学(染色质可及性、组蛋白修饰、DNA甲基化分析),转录后分析,蛋白质组学,代谢研究 | NA | 多组学数据(转录组、表观基因组、蛋白质组、代谢组) | NA | NA | NA | NA | NA |
| 716 | 2026-03-03 |
GeneExt: a gene model extension tool for enhanced single-cell RNA-seq analysis
2026-Mar-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag094
PMID:41769841
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研究论文 | 本文介绍了GeneExt工具,该工具利用单细胞RNA-seq数据优化基因注释,以改进非模式物种中的基因表达量化 | GeneExt通过扩展和统一基因注释,特别是针对非模式物种中不准确的3'端注释,提高了单细胞RNA-seq分析的准确性和跨物种比较能力 | NA | 开发一个工具以改进单细胞RNA-seq分析中的基因表达量化,特别是在非模式物种中 | 八个非模式生物的单细胞图谱 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 717 | 2026-03-03 |
scDock: Streamlining drug discovery targeting cell-cell communication via scRNA-seq analysis and molecular docking
2026-Mar-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag103
PMID:41769845
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scDock的集成管道,用于通过scRNA-seq分析和分子对接简化针对细胞间通讯的药物发现 | scDock提供了一个用户友好的端到端解决方案,无缝连接scRNA-seq数据处理、细胞间通讯推断和基于分子对接的药物发现,无需编程技能 | NA | 简化针对细胞间通讯网络的药物发现过程 | 单细胞RNA测序数据和分子对接 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,分子对接 | NA | scRNA-seq数据,蛋白质结构数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 718 | 2026-03-03 |
Stereo-cell deciphers the spatial and functional heterogeneity of polyploid hepatocytes
2026-Mar-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag023
PMID:41770024
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研究论文 | 本研究利用空间分辨单细胞测序技术Stereo-cell,结合SCIPI技术流程,解析了多倍体肝细胞的转录组和功能异质性 | 开发了SCIPI技术流程,整合细胞轮廓识别、核面积与数量量化及单细胞转录组学,首次精确识别六种核心肝细胞多倍体亚型 | 未在摘要中明确提及研究的局限性 | 探究不同倍体肝细胞(二倍体、四倍体、八倍体)的功能差异和空间异质性 | 肝细胞,特别是多倍体肝细胞亚型 | 数字病理学 | NA | 空间分辨单细胞测序,单细胞转录组学 | NA | 图像,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | Stereo-cell | Stereo-cell空间分辨单细胞测序技术 |
| 719 | 2026-03-03 |
Integrated Bulk and Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Mitochondrial Transporter Gene Programs in Human Spermatogonial Stem Cells
2026-Mar-02, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-026-11092-x
PMID:41770292
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研究论文 | 本研究通过整合批量微阵列分析和单细胞RNA测序数据,揭示了人类精原干细胞中线粒体转运蛋白基因程序的独特表达模式 | 首次在人类精原干细胞中系统性地描述了线粒体转位酶复合物和转运蛋白基因的转录架构,并识别了关键的调控网络和miRNA-mRNA相互作用 | 研究样本量较小(每组3个生物学重复),且主要依赖于转录组数据,功能验证不足 | 探究人类精原干细胞中线粒体转运蛋白基因的转录调控网络及其在干细胞维持中的作用 | 人类精原干细胞富集群体和成纤维细胞 | 单细胞组学 | NA | 批量微阵列分析, 单细胞RNA测序 | limma, WGCNA, STRING/cytoHubba | 转录组数据 | 每组3个生物学重复的人类精原干细胞富集群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 720 | 2026-03-03 |
Single cell and multi-omics analysis reveal senescence-related molecular subtypes and a prognostic signature in clear cell renal cell carcinoma
2026-Mar-02, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04674-1
PMID:41770477
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据,揭示了透明细胞肾细胞癌中细胞衰老相关的分子亚型,并构建了一个基于衰老相关基因的预后风险评分模型 | 首次在ccRCC中系统表征细胞衰老特征,定义了两种基于衰老相关基因表达的新型分子亚型,并识别出ALDH18A1作为关键预后基因和潜在治疗靶点 | 研究主要基于转录组数据,需要进一步的实验验证来确认衰老相关特征的生物学功能 | 阐明细胞衰老在透明细胞肾细胞癌中的特征、临床意义及预后价值 | 透明细胞肾细胞癌患者组织样本 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | 随机生存森林 | 转录组数据 | TCGA-KIRC队列537例, E-MTAB-1980队列101例, CPTAC-ccRCC队列105例, 以及单细胞RNA测序数据集GSE222703和GSE210042 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |