单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2025-09-07	Single-cell transcriptome analysis profiles cellular and molecular alterations in aortic tissue from patients with Behçet's syndrome 2025-Sep-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf252 PMID:40372706	研究论文	通过单细胞转录组测序分析白塞综合征患者主动脉组织的细胞和分子变化	首次在单细胞水平揭示白塞综合征患者主动脉组织的细胞组成、功能及细胞间通讯差异	样本量较小（仅3例患者和3例对照），且来自单一医疗中心	分析白塞综合征患者病变主动脉组织中不同细胞亚群的表达谱、表型、功能及细胞间通讯	人类主动脉组织样本（来自白塞综合征患者和动脉粥样硬化患者）	单细胞组学	白塞综合征	单细胞RNA测序（SeekOne® MM High Flux Single Cell Transcriptome Kit V4.1）	Seurat, Harmony, CellChat v1.6.1	单细胞转录组数据	6例参与者（3例白塞综合征患者，3例动脉粥样硬化对照）
702	2025-09-07	LaGrACE: estimating gene program dysregulation with latent regulatory network 2025-Sep, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-025-00115-3 PMID:40588571	研究论文	提出LaGrACE方法，通过整合组学数据和临床信息评估基因程序失调	结合组学与临床数据估计基因程序失调的新方法，能识别具有生物学意义和预后价值的分子亚型	NA	开发评估基因程序失调的工具以揭示疾病亚群的分子机制	合成数据、bulk RNA-seq临床数据集（乳腺癌、COPD）和单细胞RNA-seq药物扰动数据集	生物信息学	乳腺癌、慢性阻塞性肺疾病	RNA-seq	NA	组学数据、临床信息	多个临床和单细胞RNA-seq数据集
703	2025-09-07	A semi-supervised Bayesian approach for marker gene trajectory inference from single-cell RNA-seq data 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf454 PMID:40802529	研究论文	提出一种半监督贝叶斯框架BayesTraj，用于从单细胞RNA测序数据中稳健推断细胞分化轨迹	结合谱系拓扑和标记基因表达的先验知识，通过概率混合模型和参数函数捕捉基因动态，采用HMC进行后验推断	NA	从静态单细胞转录组数据中准确推断细胞发育层次和命运转换的时序关系	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	贝叶斯概率模型，HMC	基因表达数据	模拟和真实数据集（具体数量未说明）
704	2025-09-07	After the bite: cellular responses to mosquito blood feeding 2025-Sep, Trends in parasitology IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.pt.2025.07.018 PMID:40803965	研究论文	通过单细胞转录组学和代谢组学分析埃及伊蚊中肠和脂肪体组织在吸血后的细胞响应	首次在吸血后蚊子组织中鉴定新细胞类型和标记物，并揭示转录组和代谢响应及病毒感染的动态过程	NA	解析蚊子吸血后组织层面的细胞生态系统及其功能	埃及伊蚊（Aedes aegypti）的中肠和脂肪体组织	单细胞组学	虫媒病毒传染病	单细胞转录组学, 代谢组学	NA	转录组数据, 代谢组数据	NA
705	2025-09-07	Comprehensive in silico analyses of keratin heterodimerisation 2025-Aug-29, European journal of cell biology IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.ejcb.2025.151513 PMID:40912191	研究论文	本研究通过整合多种计算方法系统研究角蛋白异源二聚化机制	开发结合AlphaFold Multimer建模、界面质量评估和能量计算的高通量计算流程，首次系统揭示角蛋白异源二聚化结构原则	计算方法仍需实验数据进一步验证，部分二聚化机制尚未完全阐明	探究角蛋白异源二聚化的特异性配对偏好和分子基础	角蛋白异源二聚体及波形蛋白同源二聚体	计算生物学	NA	AlphaFold Multimer建模、VoroIF-GNN界面评估、相互作用能计算、空间转录组学分析	神经网络（GNN）	蛋白质结构数据、转录组数据	多种角蛋白对及波形蛋白参考体系
706	2025-09-07	Hair follicle epithelial stem cells contribute to interfollicular epidermis during homeostasis 2025-Aug-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.193496 PMID:40627455	研究论文	本研究揭示毛囊KROX20标记的干细胞群体在稳态下对表皮更新的贡献	首次发现毛囊Krox20谱系细胞迁移至表皮并参与其稳态维持	研究仅基于小鼠模型，人类中的适用性尚需验证	探究表皮稳态维持的细胞来源机制	小鼠毛囊和表皮细胞	细胞生物学	NA	谱系追踪、空间转录组学	NA	基因表达数据、显微图像	多种报告基因小鼠品系
707	2025-09-07	Bridging the gap of late-gestation nephrogenesis using a non-human primate model 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.18.670897 PMID:40894529	研究论文	利用非人灵长类模型研究晚期妊娠肾发生的分子机制	首次在恒河猴中发现妊娠晚期特有的分化肾单位祖细胞谱系，并揭示WNT和SEMA信号通路成分的组成性转变	样本量有限（n=9），且依赖公共数据库进行跨物种比较	探究灵长类晚期妊娠肾单位形成的分子基础	恒河猴和人类胎儿肾脏组织	发育生物学	肾脏疾病	scRNA-Seq, RNAScope™, 生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据	9个恒河猴胎儿肾脏样本+8个人类公共数据集样本
708	2025-09-07	Single-cell spatial transcriptomics unravels the cellular landscape of abdominal aortic aneurysm 2025-Aug-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.190534 PMID:40857411	研究论文	本研究利用单细胞空间转录组技术解析腹主动脉瘤的细胞空间异质性，揭示GPNMB高表达巨噬细胞通过诱导平滑肌细胞表型转换促进疾病发展	首次应用超高分辨率空间转录组技术Seq-Scope揭示AAA中细胞类型的空间分布特征及细胞间相互作用	研究基于小鼠模型，人类AAA中的适用性需进一步验证	解析腹主动脉瘤的细胞空间组成和分子机制	Apoe-/-小鼠的血管组织	空间转录组学	心血管疾病	Seq-Scope空间转录组技术、scRNA-seq、免疫荧光染色	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、图像数据	NA
709	2025-09-07	Cytoplasmic dynamics are overlooked in single nuclei RNA-seq but can be rescued by CytoRescue, a generative AI model to recover cytoplasm enriched gene 2025-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.15.670239 PMID:40894560	研究论文	提出一种名为CytoRescue的生成式AI模型，用于从单核RNA测序数据中恢复细胞质富集基因的表达信号	首次开发生成式AI模型解决snRNA-seq中细胞质信号缺失问题，采用raw-in-raw-out设计便于现有流程集成	模型性能依赖于训练数据的质量和代表性，在特定细胞类型或条件下的泛化能力需进一步验证	提升单核RNA测序技术对细胞质转录本的检测能力，实现更全面的转录组分析	单核RNA测序数据，特别是细胞质富集基因的表达信号	生物信息学	肺癌	单核RNA测序(snRNA-seq)	生成式AI模型	基因表达数据	NA
710	2025-09-07	Macrophages drive a fibrogenic gene program of periductal fibroblasts in pediatric primary sclerosing cholangitis 2025-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.14.670195 PMID:40894696	研究论文	本研究通过多组学方法揭示巨噬细胞通过驱动肝星状细胞的纤维化基因程序促进儿童原发性硬化性胆管炎的胆管周围纤维化	首次整合空间转录组、批量RNA测序和蛋白质组学技术，系统性解析胆管周围纤维化区域的细胞互作网络，并识别出17个巨噬细胞纤维化驱动基因和6个肝星状细胞效应基因	研究主要聚焦儿科患者群体，成年患者中的普适性仍需验证；空间互作机制的因果性需进一步功能实验证实	阐明原发性硬化性胆管炎胆管周围纤维化的细胞互作机制	儿童原发性硬化性胆管炎患者的肝组织样本和血浆样本	空间多组学	自身免疫性肝病	MERSCOPE空间转录组、bulk RNA-seq、SomaScan蛋白质组学、MR弹性成像	NA	空间转录组数据、RNA测序数据、蛋白质组数据、影像数据	包含不同纤维化阶段的PSC患者、自身免疫性肝炎患者及肝硬度异常患者的组织与血浆样本
711	2025-09-07	Spatial and multi-omic profiling reveals genes and pathways associated with cytotoxic lymphocyte infiltration in malignant rhabdoid tumor 2025-Aug-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7303174/v1 PMID:40894019	研究论文	本研究利用空间转录组学和多组学分析揭示恶性横纹肌样瘤中细胞毒性淋巴细胞浸润的相关基因和通路	首次结合空间转录组学与多组学分析MRT免疫细胞浸润，发现骨骼肌发育因子上调与CD8+T细胞浸润相关，并识别肿瘤相关巨噬细胞特异性基因	样本量有限且为观察性研究，需进一步验证机制	探究恶性横纹肌样瘤免疫细胞浸润的分子机制	恶性横纹肌样瘤（MRT）样本	数字病理学	儿科癌症	空间转录组学，多组学分析	NA	转录组数据，空间表达数据	未明确样本数量的MRT肿瘤样本
712	2025-09-07	Systematic characterization of cell type-specific master metabolic regulators in Alzheimer's disease 2025-Aug-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7207381/v1 PMID:40894034	研究论文	本研究开发了scFUMES算法，系统识别阿尔茨海默病中细胞类型特异性代谢主调控因子	开发了整合多组学数据的scFUMES算法，首次在单细胞水平揭示AD中神经元和小胶质细胞的代谢调控网络差异	NA	识别阿尔茨海默病中脑细胞类型特异性代谢主调控因子	人类大脑组织（中颞回和背外侧前额叶皮层）	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、相互作用组学、基因组学、转录组学、代谢组学	scFUMES算法	多组学数据	来自大型人脑生物样本库的样本
713	2025-09-07	Spatial transcriptomics reveals distinct cell type dynamics following opioid dependence in mice with the common human variant in the μ-opioid receptor, Oprm1 A118G 2025-Aug-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7199524/v1 PMID:40894067	研究论文	利用空间转录组学技术研究携带人类μ-阿片受体常见变异A118G的小鼠在阿片依赖后的细胞类型动态变化	首次结合空间转录组学揭示A118G变异通过胶质细胞（而非神经元）适应介导阿片依赖风险的新机制	NA	探究OPRM1基因A118G变异影响阿片依赖风险的分子机制	携带人类OPRM1 A118G变异的小鼠模型	空间转录组学	阿片使用障碍	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
714	2025-09-07	TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice 2025-Aug-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006 PMID:40609533	研究论文	研究发现TET2突变的克隆性造血可降低阿尔茨海默病风险，并通过小鼠模型揭示其通过外周髓系细胞浸润发挥保护作用的机制	首次发现TET2特异性突变（而非其他CH驱动因子）与AD风险降低47%相关，并证实突变髓系细胞通过增强吞噬和炎症反应渗透中枢神经系统	研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类直接证据仍需进一步验证	探究克隆性造血与阿尔茨海默病的相互作用机制	小鼠AD模型、UK Biobank人群数据、人iPSC来源的小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、iPSC技术、骨髓移植	NA	基因组数据、转录组数据、行为学数据	UK Biobank队列数据、小鼠模型实验
715	2025-09-07	Single-Cell Transcriptomic Changes in Patient-Derived Glioma and U87 Glioblastoma Cell Cultures Infected with the Oncolytic Virus VV-GMCSF-Lact 2025-07-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26146983 PMID:40725231	研究论文	利用单细胞RNA测序比较溶瘤病毒VV-GMCSF-Lact感染后人源胶质瘤细胞、非恶性脑细胞和U87胶质母细胞瘤细胞的转录组响应	首次在单细胞分辨率下揭示溶瘤病毒对不同类型胶质瘤细胞的感染特异性及早期转录事件决定细胞命运的机制	研究仅限于体外细胞模型，未涉及体内肿瘤微环境的影响	探究溶瘤病毒VV-GMCSF-Lact对胶质瘤细胞的感染机制和转录组响应	人源胶质瘤细胞、非恶性脑细胞、U87 MG胶质母细胞瘤细胞系	肿瘤免疫治疗	胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	患者来源胶质瘤培养物和U87细胞系的多细胞样本
716	2025-09-07	Chronic Alcohol Consumption Enhances the Differentiation Capacity of Hematopoietic Stem and Progenitor Cells into Osteoclast Precursors 2025-Jul-17, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.06.010 PMID:40683559	研究论文	本研究探讨慢性酒精摄入如何增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化的能力	首次在非人灵长类模型中揭示慢性酒精摄入通过改变HSPC的分化倾向促进破骨细胞生成	研究基于猕猴模型，结果向人类直接推广需谨慎	阐明酒精导致骨密度降低的细胞机制	猕猴造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	NA	骨质疏松症	光谱流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据, 基因表达数据	猕猴模型样本
717	2025-09-07	Inflammatory, Functional, and Compositional Changes of the Uterine Immune Microenvironment in a Lymphangioleiomyomatosis Mouse Model 2025, Journal of cellular immunology DOI:10.33696/immunology.7.227 PMID:40893807	研究论文	通过小鼠模型研究淋巴管平滑肌瘤病中子宫免疫微环境的炎症、功能及组成变化	首次在子宫特异性Tsc2敲除小鼠模型中揭示uNK细胞功能失调与LAMCore细胞肺转移的免疫逃逸机制	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究LAM疾病中子宫免疫微环境对肿瘤细胞转移的影响机制	Tsc2敲除LAM小鼠模型的子宫免疫细胞及血清样本	肿瘤免疫学	淋巴管平滑肌瘤病	单细胞RNA测序，ELISA，流式细胞术，IHC，功能实验	NA	基因表达数据，蛋白质浓度数据，细胞表型数据	Tsc2敲除小鼠及对照组的子宫组织和血清样本（具体数量未明确说明）
718	2025-09-07	Deciphering cellular heterogeneity and pathway dynamics in urinary samples: a UMAP-Based approach to understanding acute kidney injury 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1573469 PMID:40900831	研究论文	本研究利用UMAP方法分析急性肾损伤（AKI）患者尿液样本的单细胞RNA测序数据，揭示细胞异质性和ECM相关通路变化	首次应用UMAP技术解析AKI尿液样本的细胞组成差异，并鉴定MAPK1作为ECM通路调控的关键基因	研究基于公开数据集GSE180595，样本来源有限，需要进一步实验验证临床意义	探索AKI患者尿液样本中细胞组成和基因表达模式，识别与AKI相关的关键细胞互作和通路激活	AKI和非AKI患者的尿液单核细胞	生物信息学	急性肾损伤	scRNA-seq, UMAP, 差异基因表达分析	UMAP	基因表达数据	公开数据集GSE180595中的AKI和非AKI患者尿液样本
719	2025-09-07	PI3 as a Common Hub Gene Linking Atopic Dermatitis and Ulcerative Colitis Through Immune Cell Recruitment Mechanisms 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S527507 PMID:40901026	研究论文	本研究通过生物信息学分析识别了特应性皮炎和溃疡性结肠炎的共享枢纽基因PI3及其免疫细胞招募机制	首次发现PI3作为连接两种疾病的枢纽基因，并揭示其通过CCL/CXCL趋化因子招募免疫细胞的共同机制	研究基于公共数据库的回顾性分析，需要实验验证	探究特应性皮炎和溃疡性结肠炎之间的共同发病机制和分子连接	GSE121212和GSE75214基因表达数据集中的患者样本	生物信息学	特应性皮炎和溃疡性结肠炎	RNA-seq, 单细胞RNA测序, WGCNA, PPI网络分析	三种机器学习算法	基因表达数据	来自两个GEO数据集的多例患者样本
720	2025-09-07	Tumor associated neutrophils promote prostate cancer progression by mediating neutrophil trap secretion through PSMA1- NF-κB-HIF-1α signaling axis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1467357 PMID:40901472	研究论文	本研究通过多组学分析揭示肿瘤相关中性粒细胞通过PSMA1-NF-κB-HIF-1α信号轴介导中性粒细胞陷阱分泌促进前列腺癌进展	首次发现PSMA1-NF-κB-HIF-1α信号轴调控中性粒细胞陷阱形成的新机制，并构建了基于6个基因的预后预测模型	回顾性研究设计，需要前瞻性验证	探究肿瘤相关中性粒细胞在前列腺癌进展中的作用机制并开发预后预测模型	前列腺癌患者临床样本和数据	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序、LASSO回归、机器学习分析、去卷积算法、器官样模型	预后预测模型	临床数据、基因组数据、单细胞测序数据	前列腺癌患者回顾性临床数据