单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2025-04-22	Unveiling the impact of ferroptosis on diabetes-associated cognitive decline through comprehensive single-cell RNA sequencing and experimental studies 2025-Apr-20, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.70101 PMID:40254912	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和实验研究揭示了铁死亡在糖尿病相关认知衰退中的作用	首次使用scRNA-seq技术研究铁死亡在DACD中的具体作用，并探索了Tfr1敲除和铁死亡抑制剂的治疗效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	阐明铁死亡在糖尿病相关认知衰退(DACD)发病机制中的作用	2型糖尿病小鼠模型中的小胶质细胞和少突胶质细胞	生物医学	糖尿病相关认知衰退	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), siRNA敲除	小鼠T2DM模型	RNA测序数据	T2DM和对照组小鼠的海马体样本
702	2025-04-22	Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration 2025-Apr-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07887-2 PMID:40251274	研究论文	利用空间转录组学技术研究光氧化应激下成年小鼠视网膜的时空基因表达变化，揭示了视网膜退化的区域特异性基因表达模式	首次在光氧化应激模型中应用空间转录组学技术，识别了视网膜上部的免疫相关基因高表达区域，并发现距离视神经头约800µm的关键驱动区域	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类视网膜疾病中验证	探究视网膜退化的分子机制和空间分布特征	成年小鼠视网膜	空间转录组学	年龄相关性黄斑变性	空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
703	2025-04-22	GRLGRN: graph representation-based learning to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-seq data 2025-Apr-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06116-1 PMID:40251476	研究论文	提出了一种名为GRLGRN的深度学习模型，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	使用图变换网络从先验GRN中提取隐含链接，并结合基因表达谱矩阵编码基因特征，利用注意力机制改进特征提取	未明确提及具体局限性，但单细胞RNA测序数据的细胞异质性、测量噪声和数据丢失可能影响模型性能	从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	基因调控网络（GRN）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图变换网络（graph transformer network）	基因表达数据	七个细胞系数据集和三个真实网络
704	2025-04-22	Piezo1-Mediated Calcium Flux Transfers Mechanosignal to YAP to Stimulate Matrix Production in Keloid 2025-Apr-18, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.03.039 PMID:40254148	研究论文	该研究探讨了Piezo1介导的钙流如何通过YAP刺激瘢痕疙瘩中的基质产生	首次发现Piezo1和YAP作为瘢痕疙瘩中促粘附信号环的上游信号，并验证了Piezo1抑制剂GsMTx4和YAP抑制剂Verteporfin在减少瘢痕疙瘩体积和改善生物力学特性方面的效果	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探索瘢痕疙瘩中机械力信号转导的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	人类瘢痕疙瘩成纤维细胞(KFbs)和正常皮肤成纤维细胞(Fbs)	细胞生物学	瘢痕疙瘩	单细胞转录组分析、原子力显微镜、钙敏感荧光指示剂Fluo-3/AM、双标记免疫荧光染色	NA	转录组数据、生物力学数据、荧光成像数据	患者来源的瘢痕疙瘩异种移植模型
705	2025-04-22	Novel PD-1-targeted, activity-optimized IL-15 mutein SOT201 acting in cis provides antitumor activity superior to PD1-IL2v 2025-Apr-17, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010736 PMID:40250867	研究论文	本文介绍了一种新型的PD-1靶向免疫细胞因子SOT201，其在抗肿瘤活性上优于PD1-IL2v	SOT201是一种新型的顺式作用免疫细胞因子，通过靶向PD-1+ T细胞并递送减弱的IL-15，在抗肿瘤活性上表现出优于PD1-IL2v的效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中全面验证其安全性和有效性	评估SOT201在抗肿瘤治疗中的效果及其机制	PD-1+ CD8+肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）及小鼠肿瘤模型	免疫治疗	癌症	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠肿瘤模型（MC38, CT26, B16F10, CT26 STK11 KO）	细胞实验数据、流式细胞术数据、RNA测序数据	小鼠肿瘤模型及人类外周血单核细胞和细胞系
706	2025-04-22	Multi-omics analysis reveals key immunogenic signatures induced by oncolytic Zika virus infection of paediatric brain tumour cells 2025-Apr-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97804-8 PMID:40240536	research paper	该研究通过多组学分析揭示了寨卡病毒（ZIKV）感染儿童脑肿瘤细胞时诱导的关键免疫原性特征	首次全面研究了寨卡病毒感染儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）细胞的转录组反应，并发现TNF-alpha信号通路在溶瘤过程中的重要作用	研究主要基于体外实验，尚未进行临床验证	探索寨卡病毒作为溶瘤病毒治疗儿童脑肿瘤的分子机制	儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）细胞	digital pathology	brain tumour	multi-omics analysis, 49-plex ELISA, scRNA-Seq	NA	transcriptomic data, protein secretion data	未明确说明具体样本数量，但使用了多种儿童CNS肿瘤细胞
707	2025-04-22	An atlas of single-cell eQTLs dissects autoimmune disease genes and identifies novel drug classes for treatment 2025-Apr-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100820 PMID:40154479	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据构建了一个单细胞eQTL图谱，用于解析自身免疫疾病基因并识别新的治疗药物类别	提出了一种联合模型JOBS，将批量组织eQTLs作为单细胞eQTLs的加权和，显著提高了eQTLs的检测能力，并开发了一个药物再利用流程	单细胞eQTL数据集相对较小，可能影响结果的全面性	解析自身免疫疾病基因并识别新的治疗药物类别	14种免疫介导的疾病	基因组学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	JOBS模型	RNA-seq数据	OneK1K和eQTLGen数据集
708	2025-04-22	JAK3 A573V and JAK3 M511I mutations in peripheral T-cell lymphoma mediating resistance to anti-PD-1 therapy through the STAT3/PD-L1 pathway 2025-Apr-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010783 PMID:40199606	research paper	该研究探讨了JAK3 A573V和JAK3 M511I突变通过STAT3/PD-L1通路介导外周T细胞淋巴瘤对抗PD-1治疗的耐药性	首次系统地描绘了r/r PTCL患者的全面突变谱，并揭示了JAK3突变通过STAT3/PD-L1通路导致抗PD-1治疗耐药的新机制	研究样本量相对有限（109例患者），且主要关注JAK3突变，可能忽略了其他潜在耐药机制	阐明外周T细胞淋巴瘤对抗PD-1治疗耐药的生物学决定因素	复发/难治性外周T细胞淋巴瘤（r/r PTCL）患者	肿瘤免疫学	外周T细胞淋巴瘤	靶向下一代测序（440个癌症相关基因）、单细胞转录组学、Western blotting、流式细胞术	JAK3突变模型（Jurkat和BA/F3细胞系）、JAK3突变同源小鼠模型	基因组数据、转录组数据、蛋白质表达数据	109例r/r PTCL患者
709	2025-04-22	Genome-coverage single-cell histone modifications for embryo lineage tracing 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08656-1 PMID:40011786	研究论文	本文开发了一种名为TACIT的方法，用于在小鼠早期胚胎中进行基因组覆盖的单细胞组蛋白修饰分析，并结合单细胞RNA测序数据绘制了单细胞分辨率的表观遗传景观	开发了TACIT方法，首次实现了基因组覆盖的单细胞七种组蛋白修饰分析，并结合机器学习鉴定了全能性基因调控网络	研究仅限于小鼠早期胚胎，尚未在人类或其他物种中验证	探索早期胚胎发育过程中的单细胞表观遗传重编程和细胞命运决定机制	小鼠早期胚胎	发育生物学	NA	TACIT（靶向染色质索引和标签化）、单细胞RNA测序、CRISPR激活	机器学习模型	表观遗传组数据、转录组数据	小鼠早期胚胎（具体数量未明确说明）
710	2025-04-22	RETRACTION: Exploring Wound Management in Dental Pulp: Utilizing Single-Cell RNA Sequencing for Global Transcriptomic Analysis in Healthy and Inflamed Pulpal Tissues 2025-Apr, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.70539 PMID:40251782	撤稿声明	该文章因同行评审过程存在问题而被撤稿	NA	同行评审过程被破坏，导致文章被撤稿	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
711	2025-04-22	Adhesion-Assisted Antioxidant-Engineered Mesenchymal Stromal Cells for Enhanced Cardiac Repair in Myocardial Infarction 2025-03-25, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c00820 PMID:40073336	research paper	该研究通过化学修饰间充质基质细胞（MSC）增强其在心肌梗死（MI）治疗中的存活率和修复效果	使用抗VCAM1和多巴胺（PD）化学修饰MSC，显著提高细胞存活率并促进心脏修复	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人体中验证	提高MSC在心肌梗死治疗中的疗效	间充质基质细胞（MSC）和心肌梗死（MI）大鼠模型	细胞治疗	心肌梗死	化学修饰、单细胞RNA测序	NA	NA	大鼠模型
712	2025-04-22	Single-Cell Proteomic Characterization of Drug-Resistant Prostate Cancer Cells Reveals Molecular Signatures Associated with Morphological Changes 2025-Mar-14, Molecular & cellular proteomics : MCP IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.mcpro.2025.100949 PMID:40090465	研究论文	本研究通过单细胞蛋白质组学技术揭示了耐药前列腺癌细胞的蛋白质组特征及其与形态变化的关联	采用优化的高通量数据非依赖采集(DIA)方法进行单细胞蛋白质组分析，平均每个细胞鉴定超过1300种蛋白质，并发现与细胞大小变化密切相关的蛋白质亚群	NA	探索前列腺癌耐药细胞的分子特征及其生物学行为	前列腺癌耐药细胞(DRCs)和亲本PC3细胞	蛋白质组学	前列腺癌	单细胞蛋白质组学(SCP)、数据非依赖采集(DIA)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据	NA
713	2025-04-22	Resolving the spatial and cellular architecture of intra-tumor heterogeneity by multi-region dissection of lung adenocarcinoma 2025-Feb-22, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2025.02.006 PMID:39993622	research paper	通过多区域解剖肺腺癌，解析肿瘤内异质的空间和细胞结构	揭示了肺腺癌中两种癌细胞亚群（Cancer_c1和Cancer_c2）的空间分布及其与免疫细胞的相互作用机制	研究仅基于空间转录组学和单细胞RNA测序数据，未涉及其他分子层面的验证	解析肺腺癌肿瘤微环境的空间异质性及其对肿瘤进展和免疫逃逸的驱动机制	肺腺癌（LUAD）的多区域活检样本（肿瘤核心、肿瘤边缘和正常区域）	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics (ST), single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq)	NA	spatial transcriptomics data, single-cell RNA-seq data	多区域肺腺癌活检样本（具体数量未明确说明）
714	2025-04-22	Integrative machine learning approach for identification of new molecular scaffold and prediction of inhibition responses in cancer cells using multi-omics data 2025-Jan-15, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elaf006 PMID:40251828	研究论文	本研究利用多组学数据和机器学习方法，识别新的分子支架并预测癌细胞中的抑制反应	结合机器学习和多组学数据（包括单细胞RNA-seq数据）来预测药物反应，并识别新的潜在先导化合物	研究为计算机模拟（in silico）工作，尚未进行临床验证	提高癌症治疗的个性化和有效性，设计新的靶向癌症治疗药物	癌细胞系（特别是对Idasanutlin有反应的细胞系）和ChEMBL数据库中的化合物	机器学习	癌症	多组学数据分析、单细胞RNA-seq、分子对接和动力学研究	机器学习模型（具体类型未明确说明）	多组学数据、单细胞RNA-seq数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个癌细胞系和ChEMBL数据库中的化合物
715	2025-04-22	Understanding developing kidneys and Wilms tumors one cell at a time 2025, Current topics in developmental biology DOI:10.1016/bs.ctdb.2024.11.005 PMID:40254343	review	本文综述了单细胞测序技术在正常肾脏发育和Wilms肿瘤研究中的应用及其技术选择	总结了当前可用的单细胞测序技术，并讨论了它们在肾脏发育和Wilms肿瘤研究中的应用及技术组合的潜力	未提及具体实验数据或样本量的限制	探讨单细胞测序技术在肾脏发育和Wilms肿瘤研究中的应用	正常肾脏发育和Wilms肿瘤	生物医学	Wilms肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
716	2025-04-22	Nanoceria-Mediated Cyclosporin A Delivery for Dry Eye Disease Management through Modulating Immune-Epithelial Crosstalk 2024-04-30, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.3c11514 PMID:38632691	research paper	该研究开发了一种基于纳米酶的滴眼液，用于通过调节免疫-上皮细胞间的相互作用来治疗干眼病	开发了具有长期抗氧化和抗炎能力的纳米酶滴眼液，通过再生活性氧清除能力和持续释放环孢素A来打破氧化应激-炎症的恶性循环	NA	开发一种新型干眼病治疗方法，通过调节角膜微环境中的免疫-上皮细胞相互作用	干眼病(DED)患者	纳米医学	干眼病	流式细胞术、单细胞测序	NA	实验数据	NA
717	2025-04-22	Interleukin-1β polarization in M1 macrophage mediates myocardial fibrosis in diabetes 2024-Apr-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111858 PMID:38492336	研究论文	本研究探讨了M1巨噬细胞通过白细胞介素-1β（IL-1β）与成纤维细胞相互作用介导糖尿病心肌纤维化的机制	揭示了M1巨噬细胞通过IL-1β与成纤维细胞相互作用在糖尿病心肌纤维化中的关键作用	研究主要基于db/db小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	探究巨噬细胞在糖尿病心肌纤维化中的机制	db/db小鼠的心脏组织、巨噬细胞、成纤维细胞和内皮细胞	糖尿病研究	糖尿病心肌病	超声心动图、Masson三色染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	db/db小鼠模型	基因表达数据、图像数据	db/db小鼠的心脏组织样本
718	2025-04-22	KRT19 is a Promising Prognostic Biomarker and Associates with Immune Infiltrates in Serous Ovarian Cystadenocarcinoma 2023, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S419235 PMID:37916194	research paper	该研究通过生物信息学分析探讨了KRT19在浆液性卵巢囊腺癌中的预后价值和与免疫浸润的关联	首次揭示了KRT19作为浆液性卵巢囊腺癌预后生物标志物的潜力及其与肿瘤免疫细胞浸润的相关性	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索KRT19在卵巢癌中的生物学功能和临床意义	浆液性卵巢囊腺癌患者样本	digital pathology	ovarian cancer	生物信息学分析（TCGA、GTEx、GEO、HPA数据库）	NA	基因表达数据	多个公共数据库中的卵巢癌样本（具体数量未明确说明）
719	2025-04-21	Development and validation of a transcription factor regulatory network-based signature for individualized prognostic risk in lung adenocarcinoma 2025-Jun-15, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35375 PMID:39960662	研究论文	本研究开发并验证了一个基于转录因子调控网络的签名（scGPS），用于肺腺癌（LUAD）患者的个体化预后风险评估	利用单细胞RNA测序数据构建了上皮细胞特异性转录因子调控网络，并从中提取了3521个基因对作为预后签名，相较于现有基因签名具有更优的预后分层能力	研究依赖于多个数据集的整合分析，可能存在批次效应或数据异质性问题	开发可靠的肺腺癌预后签名以实现风险分层	肺腺癌患者	数字病理	肺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列	scGPS（单细胞基因对签名）	基因表达数据	来自23个LUAD队列的2740名患者，包括1个scRNA-seq数据集、5个bulk RNA-seq数据集和17个微阵列数据集
720	2025-04-21	Propionate alleviates diabetes-induced cardiac fibrosis in mice via regulating Serpinf1 2025-May-05, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151641 PMID:40203653	研究论文	本研究探讨了丙酸盐对糖尿病小鼠心脏纤维化的治疗作用及其机制	发现丙酸盐通过上调Serpinf1基因表达，抑制Wnt信号通路的异常激活，从而改善糖尿病心脏纤维化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	研究丙酸盐对糖尿病心脏纤维化的治疗作用及机制	糖尿病小鼠模型和原代小鼠心脏成纤维细胞	心血管疾病	糖尿病心肌病	单细胞RNA测序、shRNA敲除实验	小鼠模型	基因表达数据、组织学数据	未明确说明小鼠数量