单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2025-05-06	Identification of leukemia-enriched signature through the development of a comprehensive pediatric single-cell atlas 2025-May-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59362-5 PMID:40316535	研究论文	该研究通过开发一个全面的儿科单细胞图谱，识别了白血病富集的基因特征	构建了包含超过54万个细胞的儿科白血病单细胞图谱，并识别出9个白血病富集的基因特征	研究主要基于单细胞转录组数据，可能未涵盖所有白血病亚型的分子特征	识别儿科白血病中的特异性基因特征并构建单细胞图谱	儿科急性白血病（髓系、淋巴系、混合表型）和健康骨髓样本	数字病理学	白血病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA-seq数据	159个儿科白血病和健康骨髓样本，超过54万个细胞
702	2025-05-06	Identification of PANoptosis related biomarkers to predict hepatic ischemia‒reperfusion injury after liver transplantation 2025-May-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99264-6 PMID:40316717	研究论文	通过生物信息学分析揭示肝缺血再灌注损伤（HIRI）中PANoptosis相关分子机制，并构建预测模型	鉴定了6个与HIRI相关的PANoptosis基因生物标志物，揭示了巨噬细胞亚群在HIRI中的异质性和动态变化，以及MIF和VISFATIN信号通路在细胞间相互作用中的重要作用	未提及样本量的具体大小，可能影响模型的泛化能力	研究肝移植后肝缺血再灌注损伤（HIRI）的分子机制和预测生物标志物	人肝组织在HIRI前后的bulk和单细胞RNA测序数据	生物信息学	肝缺血再灌注损伤	bulk和单细胞RNA测序	机器学习方法构建的诊断预测模型	RNA测序数据	NA
703	2025-05-06	CD55 upregulation in T cells of COVID-19 patients suppresses type-I interferon responses 2025-May-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08066-z PMID:40316776	research paper	研究发现COVID-19重症患者T细胞中CD55上调抑制了I型干扰素反应	首次揭示了CD55在COVID-19重症患者中对I型干扰素反应的新调控作用	研究主要针对重症和危重症患者，未涵盖轻症或无症状感染者	探究COVID-19患者中补体调节蛋白表达异常与疾病发病机制的关系	COVID-19重症和危重症患者的PBMCs、T细胞和单核细胞	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术(FACS)	NA	基因表达数据	COVID-19重症和危重症患者的PBMCs样本
704	2025-05-06	Integrating analysis of multi-omics summary data identifies novel plasma protein biomarkers and drug targets for bladder cancer 2025-May-02, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02476-5 PMID:40316856	研究论文	通过整合多组学摘要数据分析，识别出与膀胱癌风险相关的14种血浆蛋白生物标志物和药物靶点	使用孟德尔随机化方法和大样本多中心数据，首次系统地识别与膀胱癌发病机制有因果关系的血浆蛋白	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源可能影响结果的普适性	解决膀胱癌的诊断和治疗挑战，寻找潜在的血浆蛋白生物标志物和药物靶点	膀胱癌患者和血浆蛋白质组数据	生物信息学	膀胱癌	孟德尔随机化(MR)、单细胞转录组分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析	NA	多组学数据(蛋白质组、基因组)	来自6个研究的5538种血浆蛋白数据和3个膀胱癌数据集
705	2025-05-06	Whole-body CT scanning radiation improves the immune microenvironment of tumor tissues to enhance the antitumor effect of ICI 2025-May-02, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14119-7 PMID:40316957	研究论文	探讨全身CT扫描辐射对免疫检查点抑制剂（ICI）治疗患者抗肿瘤免疫的影响	首次研究CT扫描辐射对ICI治疗的影响，发现多次CT扫描可能延缓肿瘤进展	研究为回顾性临床研究和小鼠模型，需要更多临床数据验证	研究CT扫描频率与ICI治疗缓解持续时间（DOR）的相关性	IV期非小细胞肺癌（NSCLC）患者和小鼠模型	肿瘤免疫治疗	非小细胞肺癌	全身CT扫描、单细胞测序	小鼠模型	临床数据、实验数据	未明确提及患者数量，使用小鼠模型进行实验
706	2025-05-06	Exploring ribosome biogenesis in lung adenocarcinoma to advance prognostic methods and immunotherapy strategies 2025-May-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06489-0 PMID:40316986	research paper	本研究探讨了核糖体生物发生（RiboSis）与肺腺癌（LUAD）的关系，并开发了一种与核糖体生物发生相关的特征（RBS）作为预后生物标志物	首次利用单细胞RNA测序技术分析LUAD中T细胞亚群与RiboSis的关系，并构建了优于现有140个LUAD预后模型的RBS特征	研究主要基于生物信息学分析，虽然进行了体外实验验证，但仍需更多体内实验和临床样本验证	探索RiboSis在LUAD中的作用机制并开发新型预后预测方法	肺腺癌细胞和肿瘤微环境中的T细胞亚群	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, 免疫组化, 体外实验	machine learning algorithms, monocle2	RNA-seq数据, 免疫组化图像, 体外实验数据	未明确说明样本数量，但比较了140个已发表的LUAD预后模型
707	2025-05-06	Exploring secondary extramedullary myeloma disease: a five-predictor scoring system with spotlight on double-hit cytogenetics 2025-May-02, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04086-y PMID:40316968	研究论文	本研究探索了继发性髓外骨髓瘤疾病（sEMD），提出了一个包含五个预测因子的评分系统，并重点关注了双打击细胞遗传学的作用	提出了一个基于五个独立预测因子的评分系统，用于分层sEMD风险，并通过单细胞RNA测序揭示了双打击骨髓瘤中MAPK通路的激活和潜在治疗靶点	样本量相对较小（77例sEMD患者），且研究为回顾性设计	识别sEMD的预测标志物并探索其潜在机制，以改善临床管理	618例新诊断的多发性骨髓瘤患者中的77例sEMD患者	血液肿瘤学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	时间-事件模型	临床数据和RNA测序数据	618例新诊断的多发性骨髓瘤患者（其中77例发展为sEMD）
708	2025-05-06	Decoding per- and polyfluoroalkyl substances (PFAS) in hepatocellular carcinoma: a multi-omics and computational toxicology approach 2025-May-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06517-z PMID:40317014	研究论文	本研究采用多组学和计算毒理学方法，探索全氟和多氟烷基物质（PFAS）在肝细胞癌（HCC）中的作用机制	结合网络毒理学、机器学习、单细胞RNA测序、空间转录组学等多种技术，首次构建了PFAS相关的HCC生存风险模型（PFASRHSig）	研究主要基于公开的转录组数据，实验验证样本量有限	揭示PFAS暴露导致HCC的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	肝细胞癌（HCC）及其与PFAS暴露的关联	计算毒理学	肝细胞癌	网络毒理学、机器学习、单细胞RNA测序、空间转录组学、分子对接模拟	PFASRHSig生存风险模型	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	多个公开HCC队列数据，实验验证样本未明确说明
709	2025-05-06	PD-1 regulates the anti-tumor immune function of macrophages through JAK2-STAT3 signaling pathway in colorectal cancer tumor microenvironment 2025-May-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06469-4 PMID:40317043	研究论文	本研究探讨了PD-1通过JAK2-STAT3信号通路在结直肠癌肿瘤微环境中调控巨噬细胞抗肿瘤免疫功能的作用	揭示了PD-1在肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)上的表达及其通过JAK2-STAT3信号通路调控巨噬细胞功能的分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证不足	探究PD-1在肿瘤微环境中对巨噬细胞功能的调控机制及其在肿瘤进展中的作用	肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)和结直肠癌微环境	肿瘤免疫学	结直肠癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	荧光标记的荷瘤小鼠模型	RNA测序数据、细胞功能实验数据	小鼠模型和体外培养的骨髓来源巨噬细胞(BMDMs)
710	2025-05-06	SlideCNA: spatial copy number alteration detection from Slide-seq-like spatial transcriptomics data 2025-May-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03573-y PMID:40317049	研究论文	开发了一个名为SlideCNA的计算工具，用于从稀疏的空间转录组数据中提取拷贝数变异信号	利用RNA识别拷贝数变异，并通过表达感知的空间分箱克服数据稀疏性	仅针对Slide-seq数据进行了测试，未涉及其他空间转录组技术	从空间转录组数据中检测拷贝数变异	乳腺癌（包括转移性乳腺癌）	数字病理学	乳腺癌	空间转录组测序	NA	空间转录组数据	模拟和真实的Slide-seq数据
711	2025-05-06	scCompass: An Integrated Multi-Species scRNA-seq Database for AI-Ready 2025-May-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500870 PMID:40317650	research paper	介绍了一个名为scCompass的综合多物种单细胞RNA测序数据库，旨在为AI模型训练提供标准化和高质量的数据资源	提出了一个集成和标准化处理的多物种单细胞RNA测序数据库，支持AI模型训练，并提供了预训练模型检查点	未提及具体的数据处理或模型训练中的技术限制	构建一个大规模、多物种、模型友好的单细胞数据集合，以支持AI在生命科学研究中的应用	来自13个物种的近1.05亿个单细胞的转录组数据	digital pathology	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	近1.05亿个单细胞
712	2025-05-06	Investigating the molecular mechanisms and clinical potential of APO+ endothelial cells associated with PANoptosis in the tumor microenvironment of hepatocellular carcinoma using single-cell sequencing data 2025-May-02, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102402 PMID:40318262	research paper	该研究利用单细胞RNA测序数据探讨了肝细胞癌肿瘤微环境中与PANoptosis相关的APO+内皮细胞的分子机制和临床潜力	首次系统性地研究了PANoptosis在肝细胞癌肿瘤微环境中的具体功能和机制，并揭示了APO+内皮细胞的临床相关性及其在改善预后和免疫治疗效果中的潜在作用	样本量较小（16例HCC患者），且研究结果需要进一步的实验验证	探究PANoptosis在肝细胞癌肿瘤微环境中的分子机制及其临床潜力	肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据	digital pathology	hepatocellular carcinoma	single-cell RNA sequencing, AUCell algorithm, CytoTRACE, scMetabolism, immunofluorescence staining, CCK8 assay	NA	single-cell RNA sequencing data	16例HCC患者样本
713	2025-05-06	Machine learning approach to single cell transcriptomic analysis of Sjogren's disease reveals altered activation states of B and T lymphocytes 2025-May-02, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2025.103419 PMID:40318561	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了Sjögren病患者B和T淋巴细胞的异常激活状态	首次在Sjögren病中应用单细胞转录组技术分析PBMCs，揭示了B和T细胞中独特的基因表达模式及Th1细胞的关键作用	样本来源仅限于外周血单核细胞，未涉及病变组织	探究Sjögren病发病机制中免疫细胞的功能变化	Sjögren病患者和对照组的PBMCs	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞转录组测序	NMF(非负矩阵分解)	基因表达数据	Sjögren病患者与对照组的PBMCs样本
714	2025-05-06	Multi-omics analysis identified and confirmed TNF-α as a key initiator of the inflammatory response following spinal cord injury 2025-May-02, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143866 PMID:40319972	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了锌离子如何通过调节TNF-α信号通路来减轻脊髓损伤后的免疫炎症反应	首次结合转录组学、代谢组学和单细胞RNA测序技术，系统解析了锌离子在脊髓损伤后免疫炎症反应中的调控机制，并确认TNF-α信号通路的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步开展	阐明锌离子调控脊髓损伤后免疫炎症反应的分子机制	脊髓损伤后的免疫炎症反应及锌离子的调控作用	多组学分析	脊髓损伤	转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、代谢物数据	人类和小鼠免疫细胞图谱
715	2025-05-06	Single-cell transcriptomics reveals extracellular matrix remodeling and collagen dynamics during lactation in sheep mammary gland 2025-May-02, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143669 PMID:40319976	研究论文	通过单细胞转录组学揭示绵羊乳腺在哺乳期间的细胞外基质重塑和胶原蛋白动态变化	首次利用单细胞转录组学技术绘制了绵羊乳腺在哺乳期间的细胞图谱，并揭示了上皮细胞和肌上皮细胞在细胞外基质重塑中的关键作用	研究仅关注了产后60天和150天两个时间点，未能全面覆盖整个哺乳期的动态变化	探究绵羊乳腺在哺乳期间的细胞结构和分子机制，为人类乳腺健康研究提供参考	绵羊乳腺组织	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	产后60天和150天的绵羊乳腺组织样本
716	2025-05-06	Oncogenic Ras, Yki and Notch signals converge to confer clone competitiveness through Upd2 2025-May-02, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2025.04.017 PMID:40320143	研究论文	本文探讨了Ras、Yki和Notch信号如何通过上调Upd2来逆转scrib突变克隆的命运，使其从被消除转变为肿瘤性生长	发现Upd2作为Ras、Yki和Notch信号下游的关键汇聚点，并证明其在细胞竞争和肿瘤发生中的重要作用	研究主要基于果蝇模型，人类细胞中的类似机制尚需进一步验证	探究细胞竞争中信号通路的汇聚机制及其对克隆命运的影响	果蝇翅盘中的scrib突变克隆和肠道干细胞	细胞生物学	癌症	单细胞转录组学	果蝇模型	基因表达数据	NA
717	2025-05-06	Intercellular communication after myocardial infarction: macrophage as the centerpiece 2025-May-02, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2025.102757 PMID:40320153	综述	本文综述了心肌梗死后巨噬细胞作为核心的细胞间通讯及其在损伤修复中的作用	揭示了巨噬细胞亚群的动态变化及其在心肌梗死后细胞间通讯中的核心作用，提出了以巨噬细胞为中心的新靶向治疗策略	NA	探讨心肌梗死后巨噬细胞在损伤修复和重塑过程中的作用及其治疗潜力	心肌梗死后巨噬细胞及其与其他心脏细胞的相互作用	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	NA	基因表达谱	NA
718	2025-05-06	Human skeletal development and regeneration are shaped by functional diversity of stem cells across skeletal sites 2025-May-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.02.013 PMID:40118065	research paper	该研究通过整合人类骨骼干细胞（hSSCs）的前瞻性分离、功能实验和单细胞RNA测序分析，揭示了骨骼发育和再生过程中hSSCs的功能多样性及其与骨骼表型的关联	发现了hSSCs在发育过程中的软骨生成、骨生成、基质和纤维生成亚型，并揭示了这些亚型在不同骨骼部位的独特组成及其在体内的克隆动态	研究主要关注人类骨骼干细胞，可能无法完全代表其他物种或更广泛的骨骼疾病	探究人类骨骼干细胞的功能多样性及其在骨骼发育、再生和衰老过程中的作用	人类骨骼干细胞（hSSCs）	干细胞生物学	骨骼疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自十个骨骼部位的hSSCs样本
719	2025-05-06	Integrated molecular-phenotypic profiling reveals metabolic control of morphological variation in a stem-cell-based embryo model 2025-May-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.03.012 PMID:40245869	研究论文	该研究通过整合分子和表型分析，揭示了干细胞胚胎模型中形态变异的代谢控制机制	利用机器学习整合时间分辨单细胞RNA测序与基于成像的表型分析，识别出预测表型终态的早期特征，并揭示了氧化磷酸化和糖酵解的早期失衡导致形态异常和神经谱系偏好的机制	研究结果可能仅限于特定的干细胞胚胎模型，需要进一步验证在其他模型中的普适性	探究干细胞胚胎模型中表型变异的生物学基础并提高其可重复性	模拟胚胎躯干形成的个体结构的转录组状态和形态历史	干细胞研究	NA	单细胞RNA测序、成像表型分析	机器学习	转录组数据、图像数据	NA
720	2025-05-06	Pooled tagging and hydrophobic targeting of endogenous proteins for unbiased mapping of unfolded protein responses 2025-May-01, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.002 PMID:40273915	研究论文	开发了一种生成内源性标记蛋白质复合细胞池的方法，用于高通量可视化和扰动，以研究蛋白质组的组织、调控和功能	提出了一种新方法，通过内源性标记和配体诱导的蛋白质错误折叠，结合单细胞RNA测序，揭示了蛋白质质量控制的响应机制	未明确提及样本量或实验的具体限制条件	实现蛋白质组组织、调控和功能的系统水平理解	内源性标记的蛋白质及其在细胞中的定位和错误折叠响应	蛋白质组学	NA	高通量成像、原位条形码测序、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	NA