单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7141	2024-10-17	A pan-cancer single-cell RNA-seq atlas of intratumoral B cells 2024-Oct-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.09.011 PMID:39406187	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术构建了一个泛癌肿瘤内B细胞的图谱	首次提供了泛癌肿瘤内B细胞和浆细胞的单细胞RNA测序图谱，揭示了这些细胞在肿瘤微环境中的异质性和功能多样性	NA	旨在填补肿瘤浸润B细胞缺乏全面分类系统的空白	肿瘤浸润B细胞和浆细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	大量样本
7142	2024-10-17	Immunotherapy and pan-apoptotic characterization of the tumor microenvironment in gastric cancer (STAD): a single-cell multidimensional analysis 2024-Oct-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01429-8 PMID:39397186	研究论文	本研究通过单细胞多维分析，探讨了胃癌肿瘤微环境中自噬相关基因聚集的关键作用及其在细胞功能中的主要作用	本研究首次通过单细胞RNA测序和非负矩阵分解技术，揭示了自噬相关基因在胃癌肿瘤微环境中的动态表达及其在细胞间通信中的作用	本研究主要集中在胃癌肿瘤微环境中的细胞亚群和基因表达模式，未涉及其他癌症类型或更广泛的应用场景	阐明自噬相关基因在胃癌肿瘤微环境细胞中的关键作用及其在细胞功能中的主要作用	胃癌肿瘤微环境中的细胞亚群及其自噬相关基因的表达模式	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	非负矩阵分解 (NMF)	基因表达数据	多个胃癌肿瘤微环境中的细胞亚群
7143	2024-10-17	Heterogeneity in extracellular matrix and immune microenvironment of anterior vaginal wall revealed by single-cell sequencing in women with stress urinary incontinence 2024-Oct-10, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2024.114280 PMID:39395557	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析了压力性尿失禁患者前阴道壁中不同细胞类型的转录组特征，揭示了细胞外基质和免疫微环境的异质性	首次通过单细胞测序技术揭示了压力性尿失禁患者前阴道壁中细胞外基质和免疫微环境的异质性，并发现了与疾病发生相关的特定细胞类型和细胞间通信变化	研究样本仅限于压力性尿失禁患者，且样本量未明确提及，可能影响结果的普适性	探索压力性尿失禁病理生理学中的细胞外基质和免疫微环境的异质性	压力性尿失禁患者前阴道壁中的不同细胞类型	NA	泌尿系统疾病	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
7144	2024-10-17	Multimodal screen identifies noise-regulatory proteins 2024-Oct-10, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.09.015 PMID:39406240	研究论文	本文通过多模态筛选方法识别出调控基因表达噪声的蛋白质	本文首次通过整合单细胞RNA测序、蛋白质组学和调控因子富集分析，识别出32个潜在的噪声调控因子，并证明SON蛋白能够独立于平均表达水平调控转录噪声	本文主要集中在SON蛋白的研究，未全面探讨其他潜在噪声调控因子的功能	研究是否存在独立于平均表达水平调控基因表达噪声的蛋白质或通路	基因表达噪声调控蛋白	基因组学	NA	单细胞RNA测序、蛋白质组学、长读长RNA测序	NA	RNA、蛋白质	小鼠胚胎干细胞
7145	2024-10-17	Exposure to PFOA, PFOS, and PFHxS induces Alzheimer's disease-like neuropathology in cerebral organoids 2024-Oct-09, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.125098 PMID:39389246	研究论文	研究探讨了全氟烷基物质（PFASs）暴露对大脑类器官的神经毒性影响	首次使用单细胞RNA测序和大脑类器官模型，揭示了PFASs暴露与阿尔茨海默病样神经病理学之间的关联	研究仅限于体外模型，需要进一步的体内实验验证	探究PFASs暴露对人类长期神经健康的影响	大脑类器官和单细胞RNA测序数据	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	大脑类器官暴露于不同浓度的PFAS混合物，持续35天，并在第70天进行后续分析
7146	2024-10-17	Bulk integrated single-cell-spatial transcriptomics reveals the impact of preoperative chemotherapy on cancer-associated fibroblasts and tumor cells in colorectal cancer, and construction of related predictive models using machine learning 2024-10-05, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167535 PMID:39374811	研究论文	研究探讨了术前化疗对结直肠癌中成纤维细胞和上皮细胞生物学功能的影响，并构建了相关的预测模型	首次识别了与术前化疗相关的三个细胞亚群（NOTCH3+成纤维细胞、TNNT1+上皮细胞和HSPA1A+上皮细胞），并构建了术前化疗风险签名模型（PCRSM），该模型在结直肠癌的预后和治疗中显示出潜力	NA	探讨术前化疗对结直肠癌中成纤维细胞和上皮细胞的影响，并构建预测模型以改善患者预后	结直肠癌中的成纤维细胞和上皮细胞	数字病理学	结直肠癌	转录组测序	机器学习	转录组数据	22个独立结直肠癌队列的数据
7147	2024-10-17	Mechanism exploration and model construction for small cell transformation in EGFR-mutant lung adenocarcinomas 2024-Oct-02, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01981-3 PMID:39353908	研究论文	研究探索了EGFR突变型肺腺癌中向小细胞肺癌转化的机制，并构建了一个预测模型	首次通过转录组分析和多重免疫荧光技术揭示了EGFR-TKI治疗后肺腺癌向小细胞肺癌转化的潜在分子机制，并构建了一个高灵敏度和特异性的预测模型	研究样本量较小，且仅限于EGFR突变型肺腺癌，可能限制了结果的普适性	探索EGFR突变型肺腺癌中向小细胞肺癌转化的分子机制，并开发预测模型	EGFR-TKI治疗前后的肺腺癌和小细胞肺癌样本	数字病理学	肺癌	转录组分析、空间转录组学、多重免疫荧光	预测模型	转录组数据、免疫荧光图像	包括LUAD-NT、SCLC-P、LUAD-BT和SCLC-AT的多个样本
7148	2024-10-17	Exploring the impact of PDGFD in osteosarcoma metastasis through single-cell sequencing analysis 2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-00949-3 PMID:38652223	研究论文	通过单细胞RNA测序分析探索PDGFD在骨肉瘤转移中的影响	使用单细胞RNA测序技术验证了非转移性和转移性骨肉瘤之间的差异表达基因和信号通路，揭示了PDGFD在抑制骨肉瘤转移中的作用	研究主要集中在PDGFD和PDGFRB的表达和功能上，未全面探讨其他潜在的转移机制	验证非转移性和转移性骨肉瘤之间的差异表达基因和信号通路，以增强对转移机制的理解并揭示潜在的治疗靶点	非转移性和转移性骨肉瘤的基因表达和信号通路	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两个原发性骨肉瘤病变（1个非转移性和1个转移性）
7149	2024-10-17	Machine-learning and scRNA-Seq-based diagnostic and prognostic models illustrating survival and therapy response of lung adenocarcinoma 2024-Oct, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00289-0 PMID:39075270	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据开发了用于诊断和预测肺腺癌生存和治疗反应的机器学习模型	本研究通过随机森林算法和Cox回归模型开发了高度准确的诊断和预后模型，并验证了其在独立队列中的有效性	NA	开发用于肺腺癌诊断和预后的高精度机器学习模型	肺腺癌的诊断和预后	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	随机森林算法, Cox回归模型	基因表达数据	NA
7150	2024-10-17	Osteocyte ferroptosis induced by ATF3/TFR1 contributes to cortical bone loss during ageing 2024-Oct, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13657 PMID:38764128	研究论文	研究揭示了激活转录因子3（ATF3）通过调节铁摄取和脂质过氧化，诱导成骨细胞铁死亡，从而导致老年皮质骨丢失	首次揭示了ATF3在老年成骨细胞铁死亡中的关键作用，并提出了通过抑制ATF3来缓解老年皮质骨丢失的治疗策略	研究主要在老年小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨老年皮质骨丢失的机制，并寻找潜在的治疗策略	老年小鼠的皮质骨和成骨细胞	NA	骨质疏松症	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	老年小鼠
7151	2024-10-17	Autoimmunity Against Surfactant Protein B Is Associated with Pneumonitis During Checkpoint Blockade 2024-Oct-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202311-2136OC PMID:38626354	研究论文	研究探讨了自体抗体和自反应T细胞对表面活性蛋白B在免疫检查点抑制剂相关肺炎发展中的作用	首次揭示了表面活性蛋白B特异性免疫球蛋白G自体抗体和CD4 T细胞的共存与免疫检查点抑制剂治疗期间肺炎发展的关联	研究样本量有限，需要进一步验证和扩大样本以确认结果的普适性	探究自体抗体和自反应T细胞在免疫检查点抑制剂相关肺炎发展中的作用	非小细胞肺癌和黑色素瘤患者	免疫学	肺癌	蛋白质组学分析、T细胞刺激试验、单细胞RNA测序	NA	血液样本	包括非小细胞肺癌和黑色素瘤患者的两组队列
7152	2024-10-17	Epigenetic reprogramming of CAR T cells for in vivo functional persistence against solid tumors 2024-Oct, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00262-x PMID:38388813	研究论文	研究通过基因破坏人源CAR T细胞中的SUV39H1，增强其在实体肿瘤中的功能持久性	通过基因破坏SUV39H1，实现CAR T细胞的表观遗传重编程，增强其在实体肿瘤中的功能持久性	NA	增强CAR T细胞在实体肿瘤患者中的治疗效果	人源CAR T细胞和SUV39H1基因	数字病理学	实体肿瘤	单细胞转录组测序（scRNA-seq）和染色质可及性测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据和染色质可及性数据	NA
7153	2024-10-17	Disrupting YAP1-mediated glutamine metabolism induces synthetic lethality alongside ODC1 inhibition in osteosarcoma 2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-00967-1 PMID:39115605	研究论文	研究通过干扰YAP1介导的谷氨酰胺代谢，增强DFMO在骨肉瘤中的疗效	揭示了YAP1介导的谷氨酰胺代谢在DFMO抗性中的关键作用，并提出了DFMO与YAP1抑制剂CIL56联合治疗的新策略	NA	探索骨肉瘤的新治疗靶点，特别是针对转移性和复发性骨肉瘤	骨肉瘤细胞及其代谢途径	数字病理学	骨肉瘤	RNA测序、代谢组学、免疫荧光染色、CCK-8检测、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、转录组数据、代谢数据	包括MTAP缺失的骨肉瘤患者样本、复发和非复发患者组织样本、PDX和CDX模型
7154	2024-10-17	Evaluation of single-cell sorting accuracy using antibody-derived tag-based qPCR 2024-Oct, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology DOI:10.1002/cyto.a.24888 PMID:39132928	研究论文	本文开发了一种基于抗体衍生标签（ADT）的qPCR方法，用于评估单细胞分选的准确性并表征单细胞水平的蛋白质表达	本文开发了一种新的检测方法，通过使用ADT和荧光抗体共染色细胞，并利用多重TaqMan™ qPCR放大ADT试剂的寡核苷酸，作为蛋白质表达的替代信号，从而确认单细胞分选的准确性	NA	开发一种新的方法来评估单细胞分选的准确性并表征单细胞水平的蛋白质表达	单细胞分选的准确性和单细胞水平的蛋白质表达	NA	NA	qPCR	NA	蛋白质表达数据	少量细胞
7155	2024-10-17	Integrated analysis reveals NLRC4 as a potential biomarker in sepsis pathogenesis 2024-Oct, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00293-4 PMID:39181981	研究论文	本文通过综合分析揭示了NLRC4作为脓毒症发病机制中的潜在生物标志物	本文首次通过综合分析方法，包括bulk RNA测序、单细胞RNA测序和酶联免疫吸附测定（ELISA），揭示了NLRC4在脓毒症中的高表达，并验证了其在脓毒症诊断和治疗中的潜在作用	本文的局限性在于样本量较小，且未进行临床验证	研究脓毒症免疫反应的分子机制，并寻找潜在的生物标志物	脓毒症患者和健康个体的基因表达差异	生物信息学	脓毒症	RNA测序、酶联免疫吸附测定（ELISA）	NA	基因表达数据	脓毒症患者和健康个体的样本
7156	2024-10-17	Integrated analyses reveal CST7 and DUSP5 regulate Th2 cells differentiation to promote chronic HBV infection 2024-Oct, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00296-1 PMID:39237681	研究论文	本研究通过综合分析揭示了CST7和DUSP5在调节Th2细胞分化以促进慢性HBV感染中的作用	首次揭示了CST7和DUSP5在慢性HBV感染中的关键作用，并阐明了它们通过调节Th2细胞分化来促进疾病进展的机制	研究主要基于bulk表达数据和scRNA-seq数据，缺乏体内实验验证	探讨HBV感染与宿主免疫系统之间的复杂相互作用，特别是Th2细胞分化在慢性HBV感染中的作用	慢性HBV感染患者的肝脏组织和Th2细胞	免疫学	肝炎	scRNA-seq	NA	基因表达数据	包括来自GSE83148和GSE84044的bulk表达数据，以及来自GSE182159的scRNA-seq数据
7157	2024-10-17	Gene inactivation of lysyl oxidase in smooth muscle cells reduces atherosclerosis burden and plaque calcification in hyperlipidemic mice 2024-10, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2024.118582 PMID:39260002	研究论文	研究了在平滑肌细胞中敲除赖氨酰氧化酶基因对高脂血症小鼠动脉粥样硬化和斑块钙化的影响	首次探讨了赖氨酰氧化酶在平滑肌细胞中的基因敲除对动脉粥样硬化和斑块钙化的保护作用	研究仅限于高脂血症小鼠模型，未涉及其他动物模型或人类样本	探讨赖氨酰氧化酶在平滑肌细胞中的作用及其对动脉粥样硬化和斑块钙化的影响	高脂血症小鼠的平滑肌细胞和动脉粥样硬化斑块	心血管疾病	心血管疾病	基因敲除技术	NA	RNA测序和免疫荧光	高脂血症条件性敲除小鼠和对照小鼠
7158	2024-10-17	Gene expression prediction from histology images via hypergraph neural networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae500 PMID:39401144	研究论文	提出了一种基于超图神经网络的基因表达预测模型HGGEP，用于从组织学图像中预测基因表达	引入超图神经网络模型HGGEP，通过梯度增强模块和注意力机制捕捉细胞形态信息与基因表达之间的关系，并利用多尺度特征关联提高预测性能	现有方法忽略了细胞形态信息与基因表达之间的复杂关系，以及未充分利用图像中提取的不同潜在阶段特征	解决从组织学图像预测基因表达的挑战，提高预测准确性	基因表达预测，组织学图像分析	计算机视觉	肿瘤疾病	超图神经网络	超图神经网络	图像	多个数据集，包括癌症和肿瘤疾病样本
7159	2024-10-17	Transcriptome sequencing reveals inflammation and macrophage heterogeneity in subacromial bursa from degenerative shoulder disorders 2024-Sep, Connective tissue research IF:2.8Q1 DOI:10.1080/03008207.2024.2386548 PMID:39109563	研究论文	研究了退行性肩部疾病中肩峰下滑囊（SAB）的转录组变化	首次通过转录组测序揭示了退行性和创伤性肩部疾病中SAB的炎症和巨噬细胞异质性	研究仅限于特定类型的肩部疾病，未涵盖所有可能的病理情况	探讨退行性或创伤性肩部疾病中肩峰下滑囊（SAB）的转录组变化	退行性肩袖撕裂（RCT）、创伤性RCT和肱骨近端骨折（PHF）患者的肩峰下滑囊（SAB）	数字病理学	肩部疾病	RNA测序	NA	转录组数据	退行性RCT、创伤性RCT和PHF患者的SAB样本
7160	2024-10-17	Retinal perivascular macrophages regulate immune cell infiltration during neuroinflammation in mouse models of ocular disease 2024-Aug-29, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI180904 PMID:39207852	研究论文	研究了视网膜周围血管巨噬细胞在小鼠眼部疾病模型中神经炎症期间调节免疫细胞浸润的作用	首次揭示了视网膜周围血管巨噬细胞在调节血视网膜屏障（BRB）免疫细胞迁移中的功能	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨视网膜周围血管巨噬细胞在眼部炎症性疾病中的作用	视网膜周围血管巨噬细胞及其在神经炎症中的功能	NA	糖尿病视网膜病变，葡萄膜炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了Pf4Cre小鼠进行实验