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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7121 | 2025-10-06 |
Single-Cell Sequencing in Normal and Malignant Hematopoiesis
2018 Mar-Apr, HemaSphere
IF:7.6Q1
DOI:10.1097/HS9.0000000000000034
PMID:31723762
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在正常和恶性造血系统中的最新研究进展 | 应用新兴单细胞测序技术解析造血系统细胞群体异质性和群体间关系,并比较正常与疾病状态的差异 | NA | 探讨单细胞测序技术在造血系统研究中的应用 | 造血干细胞及其分化产生的10多种成熟细胞类型 | 单细胞生物学 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 数千个单个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7122 | 2025-10-06 |
Maturing Human CD127+ CCR7+ PDL1+ Dendritic Cells Express AIRE in the Absence of Tissue Restricted Antigens
2018, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2018.02902
PMID:30692988
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研究论文 | 本研究识别并分析了人类扁桃体中表达AIRE的树突状细胞及其特征 | 首次在人类外周组织中明确识别AIRE表达细胞为树突状细胞,并发现其表达与组织限制性抗原无关 | 研究主要基于扁桃体组织,未验证其他外周组织中的情况 | 探索人类外周组织中AIRE表达细胞的来源和功能特征 | 人类扁桃体组织中的AIRE+树突状细胞 | 免疫学 | 自身免疫疾病 | 流式细胞术,CyTOF,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,蛋白质表达数据 | 人类扁桃体样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7123 | 2025-10-06 |
GPseudoRank: a permutation sampler for single cell orderings
2019-02-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty664
PMID:30052778
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研究论文 | 开发了一种用于单细胞RNA测序数据排序的置换采样方法GPseudoRank | 能够从复杂多峰分布中采样细胞排序,并估计生物过程中伪时间不确定性的变化 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中细胞排序不确定性的建模问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞排序 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯模型,MCMC | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7124 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing of Microglia throughout the Mouse Lifespan and in the Injured Brain Reveals Complex Cell-State Changes
2019-01-15, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2018.11.004
PMID:30471926
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠生命周期和脑损伤中的小胶质细胞状态变化 | 首次系统揭示小胶质细胞在整个生命周期和脑损伤条件下存在至少9种转录组学不同状态 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探索小胶质细胞在不同生理和病理状态下的分子和功能特征 | 小鼠小胶质细胞 | 单细胞组学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 超过76,000个小胶质细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7125 | 2025-10-06 |
Metabolic regulation of pluripotency and germ cell fate through α-ketoglutarate
2019-01-03, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.201899518
PMID:30257965
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研究论文 | 本研究探讨了α-酮戊二酸通过代谢调控在多能性维持和生殖细胞命运决定中的功能机制 | 揭示了线粒体三羧酸循环活性通过IDH2介导的α-酮戊二酸产生调控表观遗传机制的新途径 | 研究基于小鼠早期胚胎发育模型,在人类系统中的适用性需要进一步验证 | 探索代谢与细胞身份决定之间的分子联系机制 | 小鼠早期胚胎发育过程中的幼稚多能性细胞和原始生殖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 统计建模, 能量代谢调控 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
7126 | 2025-10-06 |
foxF-1 Controls Specification of Non-body Wall Muscle and Phagocytic Cells in Planarians
2018-12-03, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2018.10.030
PMID:30471994
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了foxF-1作为涡虫非体壁肌肉和吞噬细胞的主转录调控因子 | 首次鉴定foxF-1为涡虫所有非体壁肌肉的主转录调控因子,并发现其同时调控多种吞噬细胞的特化 | 未明确foxF-1调控的部分细胞类型功能 | 解析涡虫不同类型肌肉纤维和吞噬细胞的转录调控程序 | 涡虫的背腹肌、肠肌、咽肌及吞噬细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7127 | 2025-10-06 |
The adult human testis transcriptional cell atlas
2018-12, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-018-0099-2
PMID:30315278
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建成年人类睾丸转录组细胞图谱,揭示精子发生过程中的细胞状态和发育可塑性 | 识别出五个离散的转录/发育精原细胞状态,包括新型早期精原干细胞状态(State 0),并发现成年State 0与婴儿精原干细胞的相似性 | 研究样本量相对有限(约6500个睾丸细胞),主要聚焦年轻成年人群体 | 解析人类成年精子发生过程中的细胞状态、发育可塑性和生殖细胞-微环境相互作用 | 年轻成年人睾丸细胞(约6500个)和婴儿睾丸细胞 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约6500个年轻成年人睾丸细胞,另包含婴儿睾丸细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7128 | 2025-10-06 |
High-Dimensional Single-Cell Analysis Identifies Organ-Specific Signatures and Conserved NK Cell Subsets in Humans and Mice
2018-11-20, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2018.09.009
PMID:30413361
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研究论文 | 通过高维单细胞分析识别人类和小鼠中器官特异性特征和保守的NK细胞亚群 | 首次在单细胞分辨率下系统比较人类和小鼠不同器官中NK细胞的异质性,发现跨器官和跨物种保守的NK细胞亚群 | 仅分析了脾脏和血液样本,未包含其他组织器官;样本来源相对有限 | 解析自然杀伤细胞在不同器官和物种间的异质性特征 | 人类和小鼠的脾脏和血液中的自然杀伤细胞 | 单细胞生物学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 无监督转录组聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 数千个从脾脏和血液分离的单个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7129 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptional analysis reveals ILC-like cells in zebrafish
2018-11-16, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aau5265
PMID:30446505
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了斑马鱼中类先天淋巴样细胞(ILC-like cells)的存在及其免疫功能 | 首次在斑马鱼中发现并表征了类先天淋巴样细胞,揭示了这些细胞在免疫挑战时表达不同类型细胞因子的能力 | 研究主要关注斑马鱼肠道组织,其他组织中ILC样细胞的存在和功能尚不清楚 | 探索斑马鱼中先天淋巴样细胞的存在、特征和免疫功能 | 斑马鱼肠道淋巴细胞,包括野生型和缺乏T、B细胞的缺陷型斑马鱼 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 14,080个来自斑马鱼肠道的单个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7130 | 2025-10-06 |
Simulation-based benchmarking of isoform quantification in single-cell RNA-seq
2018-11-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1571-5
PMID:30404663
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研究论文 | 对单细胞RNA测序中五种常用异构体定量工具进行基准测试 | 首次系统评估单细胞RNA-seq中异构体定量工具的性能,并发现单个细胞中基因倾向于仅表达一种或完全不表达异构体 | 基于模拟数据的评估可能无法完全反映真实数据的复杂性 | 评估单细胞RNA测序中异构体定量方法的性能 | 五种异构体定量工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | SMARTer, SMART-seq2 | NA |
7131 | 2025-10-06 |
Paired-cell sequencing enables spatial gene expression mapping of liver endothelial cells
2018-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.4231
PMID:30222169
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研究论文 | 本研究通过配对细胞测序技术实现了肝脏内皮细胞空间基因表达图谱的构建 | 开发了配对细胞测序新方法,利用附着细胞对的mRNA测序数据,通过一种细胞类型的基因表达来推断配对的组织坐标 | 对于mRNA含量低的小细胞或缺乏高表达标志基因的细胞类型,空间定位仍具挑战性 | 重建非实质细胞在组织中的空间表达图谱 | 小鼠肝细胞和肝脏内皮细胞(LECs) | 空间转录组学 | NA | 配对细胞测序,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据,空间映射数据 | 小鼠肝细胞和肝脏内皮细胞配对样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
7132 | 2025-10-06 |
Gene expression variability across cells and species shapes innate immunity
2018-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0657-2
PMID:30356220
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研究论文 | 本研究通过跨物种和单细胞水平的转录组分析,揭示了先天免疫反应的表达变异模式及其进化机制 | 首次系统性地揭示了先天免疫反应中不同功能基因在物种间和细胞间的表达变异规律,提出了基因表达变异性作为免疫调控精细平衡机制的新观点 | 研究主要基于转录组数据,对蛋白质水平和功能验证的深入分析可能不足 | 探究先天免疫反应在物种进化和细胞异质性层面的表达调控机制 | 成纤维细胞和单核吞噬细胞 | 转录组学 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | 转录组数据 | 多个物种的成纤维细胞和单核吞噬细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
7133 | 2025-10-06 |
Disease-relevant transcriptional signatures identified in individual smooth muscle cells from healthy mouse vessels
2018-11-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-06891-x
PMID:30385745
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学结合谱系追踪技术,在健康小鼠血管中识别出与血管疾病相关的转录特征 | 首次在健康血管的单个平滑肌细胞中发现疾病相关转录特征,并鉴定出表达多能祖细胞标志物Sca1的罕见VSMC谱系细胞群 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类血管中验证 | 探究健康小鼠血管中血管平滑肌细胞的异质性及其与血管疾病的关系 | 小鼠血管平滑肌细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序,谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7134 | 2025-10-06 |
Single-molecule DNA-mapping and whole-genome sequencing of individual cells
2018-10-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1804194115
PMID:30322920
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研究论文 | 开发用于单细胞DNA提取和基因组结构分析的低成本微纳流控芯片 | 结合单分子DNA光学图谱和全基因组测序技术,直接揭示单细胞基因组结构变异 | 实验样本量较小,仅使用LS174T结直肠癌细胞系进行验证 | 解析组织和肿瘤中的细胞异质性和克隆进化 | LS174T结直肠癌细胞系中的单个细胞 | 单细胞基因组学 | 结直肠癌 | 单分子DNA光学图谱, 全基因组测序, 微纳流控技术 | NA | 基因组DNA, 光学图谱数据, 测序数据 | LS174T细胞系中的单个细胞 | NA | 单细胞全基因组测序, 单分子光学图谱 | NA | 微纳流控芯片,包含DNA提取、测序和变性-复性光学图谱模块 |
7135 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis uncovers convergence of cell identities during axolotl limb regeneration
2018-10-26, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaq0681
PMID:30262634
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示蝾螈肢体再生过程中细胞身份的趋同现象 | 首次结合Cre-loxP报告基因谱系追踪和单细胞mRNA测序技术,在分子水平追踪成熟结缔组织细胞向肢体芽基状态的转变过程 | 研究仅针对蝾螈前肢再生模型,结果在其他脊椎动物中的普适性有待验证 | 揭示脊椎动物复杂器官再生过程中的分子和细胞重编程机制 | 蝾螈前肢再生过程中的结缔组织细胞和芽基前体细胞 | 单细胞生物学 | 组织再生 | Cre-loxP谱系追踪, scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7136 | 2025-10-06 |
Isolation of Adult Spinal Cord Nuclei for Massively Parallel Single-nucleus RNA Sequencing
2018-10-12, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/58413
PMID:30371670
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研究论文 | 开发了一种用于大规模并行单核RNA测序的成年脊髓核分离方法 | 提出了一种高通量核分离方案,可与两种大规模并行液滴封装平台兼容,适用于新鲜或冷冻脊髓样本 | NA | 开发适用于单核RNA测序的脊髓核分离方法 | 成年脊髓样本 | 单细胞测序 | NA | 单核RNA测序(snRNA-Seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单核RNA测序,大规模并行液滴封装 | NA | NA |
7137 | 2025-10-06 |
Reproducibility of Molecular Phenotypes after Long-Term Differentiation to Human iPSC-Derived Neurons: A Multi-Site Omics Study
2018-10-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2018.08.013
PMID:30245212
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研究论文 | 通过多中心研究评估人类iPSC衍生神经元长期分化后分子表型的可重复性 | 首次在五个独立实验室对相同iPSC系进行长期神经元分化协议的可重复性系统评估 | 仅使用两个iPSC细胞系,样本规模有限 | 评估干细胞分化协议在多实验室环境下的可重复性 | 人类诱导多能干细胞(iPSC)衍生的神经元 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组测序 | 因子分析 | 基因表达数据 | 两个iPSC细胞系在五个实验室的重复实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7138 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analysis of Quiescent HIV Infection Reveals Host Transcriptional Profiles that Regulate Proviral Latency
2018-10-02, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.09.020
PMID:30282021
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研究论文 | 通过单细胞分析研究HIV潜伏感染的宿主转录调控机制 | 首次在单细胞水平揭示HIV潜伏与特定宿主转录特征之间的关联 | 使用细胞系和原代细胞模型,可能存在与体内真实情况的差异 | 探索HIV潜伏感染的建立和维持机制 | HIV潜伏感染的细胞系和原代细胞 | 单细胞组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
7139 | 2025-10-06 |
Terminal exon characterization with TECtool reveals an abundance of cell-specific isoforms
2018-10, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-018-0114-z
PMID:30202060
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研究论文 | 开发了一种用于识别RNA末端外显子的TECtool工具,并发现人类细胞中存在大量未知的细胞特异性异构体 | 开发了TECtool工具,能够从RNA测序数据中识别未知的转录本异构体和细胞类型特异性末端外显子 | 需要具有RNA切割和polyA位点注释的基因组数据支持 | 识别和表征RNA末端外显子及细胞特异性异构体 | 人类细胞中的RNA转录本 | 生物信息学 | NA | RNA测序,单细胞测序,核糖体分析 | NA | RNA测序数据,单细胞测序数据 | NA | NA | RNA-seq,单细胞测序 | NA | NA |
7140 | 2025-10-06 |
Correcting the Mean-Variance Dependency for Differential Variability Testing Using Single-Cell RNA Sequencing Data
2018-09-26, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2018.06.011
PMID:30172840
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研究论文 | 提出一种校正单细胞RNA测序数据均值-方差依赖性的分析方法,用于差异变异性检验 | 扩展BASiCS统计框架,推导出不受均值表达影响的变异性残差度量,并开发无需技术spike-in分子的稳健技术噪声量化程序 | NA | 解决单细胞RNA测序中技术变异和变异性与均值估计混淆的问题,实现细胞群体间表达变异性的有意义的比较 | 免疫细胞(特别是CD4 T细胞)的细胞间转录变异性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | BASiCS统计框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |