单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 7121 - 7140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7121 | 2025-10-06 |
The adult human testis transcriptional cell atlas
2018-12, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-018-0099-2
PMID:30315278
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建成年人类睾丸转录组细胞图谱，揭示精子发生过程中的细胞状态和发育可塑性 | 识别出五个离散的转录/发育精原细胞状态，包括新型早期精原干细胞状态（State 0），并发现成年State 0与婴儿精原干细胞的相似性 | 研究样本量相对有限（约6500个睾丸细胞），主要聚焦年轻成年人群体 | 解析人类成年精子发生过程中的细胞状态、发育可塑性和生殖细胞-微环境相互作用 | 年轻成年人睾丸细胞（约6500个）和婴儿睾丸细胞 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约6500个年轻成年人睾丸细胞，另包含婴儿睾丸细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7122 | 2025-10-06 |
High-Dimensional Single-Cell Analysis Identifies Organ-Specific Signatures and Conserved NK Cell Subsets in Humans and Mice
2018-11-20, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2018.09.009
PMID:30413361
|
研究论文 | 通过高维单细胞分析识别人类和小鼠中器官特异性特征和保守的NK细胞亚群 | 首次在单细胞分辨率下系统比较人类和小鼠不同器官中NK细胞的异质性，发现跨器官和跨物种保守的NK细胞亚群 | 仅分析了脾脏和血液样本，未包含其他组织器官；样本来源相对有限 | 解析自然杀伤细胞在不同器官和物种间的异质性特征 | 人类和小鼠的脾脏和血液中的自然杀伤细胞 | 单细胞生物学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 无监督转录组聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 数千个从脾脏和血液分离的单个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7123 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptional analysis reveals ILC-like cells in zebrafish
2018-11-16, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aau5265
PMID:30446505
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了斑马鱼中类先天淋巴样细胞(ILC-like cells)的存在及其免疫功能 | 首次在斑马鱼中发现并表征了类先天淋巴样细胞，揭示了这些细胞在免疫挑战时表达不同类型细胞因子的能力 | 研究主要关注斑马鱼肠道组织，其他组织中ILC样细胞的存在和功能尚不清楚 | 探索斑马鱼中先天淋巴样细胞的存在、特征和免疫功能 | 斑马鱼肠道淋巴细胞，包括野生型和缺乏T、B细胞的缺陷型斑马鱼 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 14,080个来自斑马鱼肠道的单个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7124 | 2025-10-06 |
Simulation-based benchmarking of isoform quantification in single-cell RNA-seq
2018-11-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-018-1571-5
PMID:30404663
|
研究论文 | 对单细胞RNA测序中五种常用异构体定量工具进行基准测试 | 首次系统评估单细胞RNA-seq中异构体定量工具的性能，并发现单个细胞中基因倾向于仅表达一种或完全不表达异构体 | 基于模拟数据的评估可能无法完全反映真实数据的复杂性 | 评估单细胞RNA测序中异构体定量方法的性能 | 五种异构体定量工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | SMARTer, SMART-seq2 | NA |
| 7125 | 2025-10-06 |
Paired-cell sequencing enables spatial gene expression mapping of liver endothelial cells
2018-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.4231
PMID:30222169
|
研究论文 | 本研究通过配对细胞测序技术实现了肝脏内皮细胞空间基因表达图谱的构建 | 开发了配对细胞测序新方法，利用附着细胞对的mRNA测序数据，通过一种细胞类型的基因表达来推断配对的组织坐标 | 对于mRNA含量低的小细胞或缺乏高表达标志基因的细胞类型，空间定位仍具挑战性 | 重建非实质细胞在组织中的空间表达图谱 | 小鼠肝细胞和肝脏内皮细胞(LECs) | 空间转录组学 | NA | 配对细胞测序，单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据，空间映射数据 | 小鼠肝细胞和肝脏内皮细胞配对样本 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 7126 | 2025-10-06 |
Gene expression variability across cells and species shapes innate immunity
2018-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0657-2
PMID:30356220
|
研究论文 | 本研究通过跨物种和单细胞水平的转录组分析，揭示了先天免疫反应的表达变异模式及其进化机制 | 首次系统性地揭示了先天免疫反应中不同功能基因在物种间和细胞间的表达变异规律，提出了基因表达变异性作为免疫调控精细平衡机制的新观点 | 研究主要基于转录组数据，对蛋白质水平和功能验证的深入分析可能不足 | 探究先天免疫反应在物种进化和细胞异质性层面的表达调控机制 | 成纤维细胞和单核吞噬细胞 | 转录组学 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | 转录组数据 | 多个物种的成纤维细胞和单核吞噬细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 7127 | 2025-10-06 |
Disease-relevant transcriptional signatures identified in individual smooth muscle cells from healthy mouse vessels
2018-11-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-06891-x
PMID:30385745
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学结合谱系追踪技术，在健康小鼠血管中识别出与血管疾病相关的转录特征 | 首次在健康血管的单个平滑肌细胞中发现疾病相关转录特征，并鉴定出表达多能祖细胞标志物Sca1的罕见VSMC谱系细胞群 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类血管中验证 | 探究健康小鼠血管中血管平滑肌细胞的异质性及其与血管疾病的关系 | 小鼠血管平滑肌细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序，谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7128 | 2025-10-06 |
Single-molecule DNA-mapping and whole-genome sequencing of individual cells
2018-10-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1804194115
PMID:30322920
|
研究论文 | 开发用于单细胞DNA提取和基因组结构分析的低成本微纳流控芯片 | 结合单分子DNA光学图谱和全基因组测序技术，直接揭示单细胞基因组结构变异 | 实验样本量较小，仅使用LS174T结直肠癌细胞系进行验证 | 解析组织和肿瘤中的细胞异质性和克隆进化 | LS174T结直肠癌细胞系中的单个细胞 | 单细胞基因组学 | 结直肠癌 | 单分子DNA光学图谱, 全基因组测序, 微纳流控技术 | NA | 基因组DNA, 光学图谱数据, 测序数据 | LS174T细胞系中的单个细胞 | NA | 单细胞全基因组测序, 单分子光学图谱 | NA | 微纳流控芯片，包含DNA提取、测序和变性-复性光学图谱模块 |
| 7129 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis uncovers convergence of cell identities during axolotl limb regeneration
2018-10-26, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaq0681
PMID:30262634
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示蝾螈肢体再生过程中细胞身份的趋同现象 | 首次结合Cre-loxP报告基因谱系追踪和单细胞mRNA测序技术，在分子水平追踪成熟结缔组织细胞向肢体芽基状态的转变过程 | 研究仅针对蝾螈前肢再生模型，结果在其他脊椎动物中的普适性有待验证 | 揭示脊椎动物复杂器官再生过程中的分子和细胞重编程机制 | 蝾螈前肢再生过程中的结缔组织细胞和芽基前体细胞 | 单细胞生物学 | 组织再生 | Cre-loxP谱系追踪, scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7130 | 2025-10-06 |
Isolation of Adult Spinal Cord Nuclei for Massively Parallel Single-nucleus RNA Sequencing
2018-10-12, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/58413
PMID:30371670
|
研究论文 | 开发了一种用于大规模并行单核RNA测序的成年脊髓核分离方法 | 提出了一种高通量核分离方案，可与两种大规模并行液滴封装平台兼容，适用于新鲜或冷冻脊髓样本 | NA | 开发适用于单核RNA测序的脊髓核分离方法 | 成年脊髓样本 | 单细胞测序 | NA | 单核RNA测序(snRNA-Seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单核RNA测序,大规模并行液滴封装 | NA | NA |
| 7131 | 2025-10-06 |
Reproducibility of Molecular Phenotypes after Long-Term Differentiation to Human iPSC-Derived Neurons: A Multi-Site Omics Study
2018-10-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2018.08.013
PMID:30245212
|
研究论文 | 通过多中心研究评估人类iPSC衍生神经元长期分化后分子表型的可重复性 | 首次在五个独立实验室对相同iPSC系进行长期神经元分化协议的可重复性系统评估 | 仅使用两个iPSC细胞系，样本规模有限 | 评估干细胞分化协议在多实验室环境下的可重复性 | 人类诱导多能干细胞(iPSC)衍生的神经元 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组测序 | 因子分析 | 基因表达数据 | 两个iPSC细胞系在五个实验室的重复实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7132 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analysis of Quiescent HIV Infection Reveals Host Transcriptional Profiles that Regulate Proviral Latency
2018-10-02, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.09.020
PMID:30282021
|
研究论文 | 通过单细胞分析研究HIV潜伏感染的宿主转录调控机制 | 首次在单细胞水平揭示HIV潜伏与特定宿主转录特征之间的关联 | 使用细胞系和原代细胞模型，可能存在与体内真实情况的差异 | 探索HIV潜伏感染的建立和维持机制 | HIV潜伏感染的细胞系和原代细胞 | 单细胞组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 7133 | 2025-10-06 |
Terminal exon characterization with TECtool reveals an abundance of cell-specific isoforms
2018-10, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-018-0114-z
PMID:30202060
|
研究论文 | 开发了一种用于识别RNA末端外显子的TECtool工具，并发现人类细胞中存在大量未知的细胞特异性异构体 | 开发了TECtool工具，能够从RNA测序数据中识别未知的转录本异构体和细胞类型特异性末端外显子 | 需要具有RNA切割和polyA位点注释的基因组数据支持 | 识别和表征RNA末端外显子及细胞特异性异构体 | 人类细胞中的RNA转录本 | 生物信息学 | NA | RNA测序，单细胞测序，核糖体分析 | NA | RNA测序数据，单细胞测序数据 | NA | NA | RNA-seq，单细胞测序 | NA | NA |
| 7134 | 2025-10-06 |
Correcting the Mean-Variance Dependency for Differential Variability Testing Using Single-Cell RNA Sequencing Data
2018-09-26, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2018.06.011
PMID:30172840
|
研究论文 | 提出一种校正单细胞RNA测序数据均值-方差依赖性的分析方法，用于差异变异性检验 | 扩展BASiCS统计框架，推导出不受均值表达影响的变异性残差度量，并开发无需技术spike-in分子的稳健技术噪声量化程序 | NA | 解决单细胞RNA测序中技术变异和变异性与均值估计混淆的问题，实现细胞群体间表达变异性的有意义的比较 | 免疫细胞（特别是CD4 T细胞）的细胞间转录变异性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | BASiCS统计框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7135 | 2025-10-06 |
Aligning Single-Cell Developmental and Reprogramming Trajectories Identifies Molecular Determinants of Myogenic Reprogramming Outcome
2018-09-26, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2018.07.006
PMID:30195438
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析MYOD介导的成纤维细胞向肌管重编程过程，并开发轨迹对齐技术比较发育与重编程轨迹 | 引入轨迹对齐这一新型分析技术，能够定量比较两个生物过程中的基因表达动力学 | 仅研究MYOD介导的特定重编程系统，结果可能不适用于其他重编程模型 | 揭示重编程效率低下的分子障碍，识别决定重编程结果的关键分子因素 | 人类成纤维细胞向肌管的重编程过程 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 轨迹对齐分析 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7136 | 2025-10-06 |
Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Reveals Molecular Signatures of Heterogeneous Populations of Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Endothelial Cells
2018-08-03, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.118.312913
PMID:29986945
|
研究论文 | 通过大规模单细胞RNA测序揭示人诱导多能干细胞来源内皮细胞异质性群体的分子特征 | 首次利用液滴单细胞RNA测序技术系统分析人iPSC-EC分化过程中的细胞异质性，鉴定出四个主要内皮细胞亚群 | 分化技术效率不足，存在非内皮细胞污染 | 解析人诱导多能干细胞来源内皮细胞的异质性特征 | 人诱导多能干细胞分化后的内皮细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 数千个人iPSC细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 液滴单细胞RNA测序平台 |
| 7137 | 2025-10-06 |
RNA velocity of single cells
2018-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0414-6
PMID:30089906
|
研究论文 | 本研究提出并验证了通过区分未剪接和已剪接mRNA来直接估计单细胞RNA速度的方法 | 首次提出RNA速度概念，通过分析未剪接和已剪接mRNA的比例来预测细胞未来状态 | 仅能预测数小时时间尺度内的细胞状态变化 | 开发能够分析时间分辨生物学过程的新计算方法 | 单细胞基因表达数据 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个已发表数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7138 | 2025-10-06 |
Genome-Scale Oscillations in DNA Methylation during Exit from Pluripotency
2018-07-25, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2018.06.012
PMID:30031774
|
研究论文 | 本研究揭示了多能性退出过程中DNA甲基化存在基因组尺度的振荡现象 | 首次发现DNA甲基化在全基因组范围内存在协调振荡，且振幅与CpG密度相关 | NA | 探索早期胚胎发育过程中表观遗传异质性的产生机制 | 多能性干细胞及其向体细胞谱系分化的过程 | 表观遗传学 | NA | 单细胞测序,定量生物物理建模 | 生物物理模型 | 表观遗传数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞测序,平行单细胞转录和表观遗传分析 | NA | NA |
| 7139 | 2025-10-06 |
Interferon gene therapy reprograms the leukemia microenvironment inducing protective immunity to multiple tumor antigens
2018-07-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-05315-0
PMID:30042420
|
研究论文 | 本研究通过单核细胞介导的IFNα基因疗法重塑白血病微环境，诱导针对多种肿瘤抗原的保护性免疫 | 首次证明IFN基因疗法能逆转白血病诱导的免疫抑制性髓系细胞扩增，并通过单细胞转录组分析揭示微环境重编程机制 | 研究仅使用小鼠模型，临床转化潜力尚需进一步验证 | 开发通过基因疗法改善肿瘤微环境以增强免疫治疗效果的新策略 | 白血病小鼠模型 | 免疫治疗 | 白血病 | 基因治疗，单细胞转录组分析，批量转录组分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 7140 | 2025-10-06 |
Detection and removal of barcode swapping in single-cell RNA-seq data
2018-07-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-05083-x
PMID:29991676
|
研究论文 | 本文研究了单细胞RNA测序数据中的条形码交换问题，并开发了相应的校正算法 | 首次使用两种统计方法量化条形码交换比例，并开发了针对10x Genomics实验的分子级校正算法 | 研究主要基于HiSeq 4000平台，在其他测序平台上的适用性需要进一步验证 | 检测和校正单细胞RNA测序中的条形码交换现象 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 测序数据 | 两个板式单细胞RNA测序数据集 | Illumina, 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | HiSeq 4000, 10x Chromium | Illumina HiSeq 4000图案化流动槽测序仪，10x Genomics单细胞测序平台 |