本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
7081 | 2025-10-06 |
Agouti-Related Protein 2 Is a New Player in the Teleost Stress Response System
2019-06-17, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2019.05.021
PMID:31178320
|
研究论文 | 本研究揭示了斑马鱼中AgRP2蛋白在应激反应系统中的新功能 | 首次发现AgRP2作为神经内分泌因子调节应激轴并减少皮质醇分泌 | AgRP2在松果体细胞中的具体功能机制仍需进一步研究 | 探究斑马鱼中两种agrp基因的功能差异 | 斑马鱼幼虫和松果体agrp2表达细胞 | 神经内分泌学 | NA | 单细胞测序,基因敲除,神经元消融 | NA | 基因表达数据,解剖数据 | 斑马鱼幼虫 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7082 | 2025-10-06 |
Lgr5+ stem and progenitor cells reside at the apex of a heterogeneous embryonic hepatoblast pool
2019-06-12, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.174557
PMID:31142540
|
研究论文 | 本研究揭示了小鼠胚胎肝母细胞的功能异质性,并鉴定出Lgr5作为双潜能肝脏祖细胞的标志物 | 首次发现E9.5-E10.0肝母细胞中存在功能异质性,并鉴定出表达Lgr5的双潜能肝脏祖细胞亚群 | 研究仅针对小鼠胚胎发育特定时期,人类相关性尚需验证 | 探究胚胎肝母细胞的异质性和干细胞特性 | 小鼠胚胎肝母细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,谱系追踪,类器官培养 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠胚胎E9.5-E10.0时期肝母细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7083 | 2025-10-06 |
Neocortical Projection Neurons Instruct Inhibitory Interneuron Circuit Development in a Lineage-Dependent Manner
2019-06-05, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2019.03.036
PMID:31027966
|
研究论文 | 本研究揭示新皮质投射神经元通过谱系依赖方式指导抑制性中间神经元环路发育的机制 | 首次证明IT型投射神经元通过非细胞自主方式调控CGE来源抑制性中间神经元的电路整合 | 研究仅聚焦于Satb2敲除模型,未涵盖其他转录因子或神经环路 | 探究新皮质投射神经元与抑制性中间神经元之间的发育调控机制 | 小鼠新皮质投射神经元和抑制性中间神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序,基因敲除 | NA | 基因表达数据,神经解剖数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7084 | 2025-10-06 |
Adventitial Cell Atlas of wt (Wild Type) and ApoE (Apolipoprotein E)-Deficient Mice Defined by Single-Cell RNA Sequencing
2019-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.119.312399
PMID:30943771
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建野生型和ApoE缺陷小鼠血管外膜的细胞图谱,揭示早期动脉粥样硬化中细胞异质性和细胞间通讯 | 首次通过单细胞RNA测序系统描绘动脉粥样硬化早期血管外膜的细胞组成和细胞间相互作用 | 研究仅针对早期动脉粥样硬化阶段,样本来源于小鼠模型 | 解析血管外膜在动脉粥样硬化早期阶段的细胞组成和功能变化 | 12周龄C57BL/6J野生型和ApoE缺陷小鼠的主动脉外膜 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | Seurat聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 野生型和ApoE缺陷小鼠主动脉外膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7085 | 2025-10-06 |
Preparation of Cells from Embryonic Organs for Single-Cell RNA Sequencing
2019-06, Current protocols in cell biology
DOI:10.1002/cpcb.86
PMID:30957983
|
研究论文 | 介绍从胚胎器官制备用于单细胞RNA测序的细胞的方法 | 提出使用低温嗜冷蛋白酶在低温下进行解离的冷解离技术,以及优化细胞活性和保留的过滤和洗涤方法 | 未提供具体实验数据验证方法效果 | 优化单细胞RNA测序的细胞制备流程 | 胚胎器官细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7086 | 2025-10-06 |
Wnt Signaling Separates the Progenitor and Endocrine Compartments during Pancreas Development
2019-05-21, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.083
PMID:31116975
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了胰腺发育过程中内分泌细胞与前体细胞通过Wnt信号通路分离的机制 | 发现体外分化过程中内分泌细胞与前体细胞存在于通过不同遗传通路激活的独立区室,并证实WNT通路抑制对胰岛形成的关键作用 | 研究主要基于体外hESCs分化模型,体内验证仍需进一步深入 | 探索胰腺发育过程中细胞自主反应机制,提高体外β细胞分化效率 | 人类胚胎干细胞(hESCs)及其分化过程中的细胞群体 | 发育生物学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 分化球状簇中的hESCs单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7087 | 2025-10-06 |
An Atlas of Vagal Sensory Neurons and Their Molecular Specialization
2019-05-21, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.096
PMID:31116992
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术系统鉴定和分类了迷走神经感觉神经元的分子特化特征 | 首次全面揭示了不同胚胎起源(神经嵴与鳃弓)迷走神经感觉神经元的分子差异,发现了许多先前未知的神经元类型 | NA | 识别、分类和验证迷走神经感觉神经元的类型及其分子特化 | 神经嵴来源(颈静脉神经节)和鳃弓来源(结状神经节)的迷走神经感觉神经元 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7088 | 2025-10-06 |
Identification of a regeneration-organizing cell in the Xenopus tail
2019-05-17, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aav9996
PMID:31097661
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序在蝌蚪尾部鉴定出一种新型再生组织细胞(ROC),揭示了其在尾部再生过程中的关键作用 | 首次发现并鉴定了一种新型再生组织细胞(ROC),证明其在蝌蚪尾部再生过程中起关键组织作用 | 研究仅限于蝌蚪模型,尚未在哺乳动物中验证ROC的存在和功能 | 探究蝌蚪尾部再生的细胞机制 | 非洲爪蟾蝌蚪尾部组织 | 发育生物学 | 组织再生 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 自然发生再生能力和无再生能力蝌蚪的对比样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7089 | 2025-10-06 |
Temporal patterning of apical progenitors and their daughter neurons in the developing neocortex
2019-05-10, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aav2522
PMID:31073041
|
研究论文 | 通过高时间分辨率单细胞RNA测序研究小鼠胚胎新皮质发育过程中顶端祖细胞及其子代神经元的时间分子模式 | 首次在单细胞水平揭示顶端祖细胞随时间变化的分子特征及其向子代神经元的传递机制,发现PRC2表观遗传调控祖细胞时间进程 | 研究仅限于小鼠胚胎模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探索新皮质发育过程中神经元亚型顺序产生的分子时序调控机制 | 小鼠胚胎新皮质中的顶端祖细胞及其分化的子代神经元 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠胚胎新皮质细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7090 | 2024-08-07 |
How to Find a Resident Kidney Macrophage: the Single-Cell Sequencing Solution
2019-May, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2019030245
PMID:30948628
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
7091 | 2025-10-06 |
Deconstructing Retinal Organoids: Single Cell RNA-Seq Reveals the Cellular Components of Human Pluripotent Stem Cell-Derived Retina
2019-05, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1002/stem.2963
PMID:30548510
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术解析人胚胎干细胞来源视网膜类器官的细胞组成 | 首次应用单细胞RNA测序技术系统分析视网膜类器官在三个分化时间点的细胞组成动态变化 | 仅使用人胚胎干细胞来源的视网膜类器官,未与其他干细胞来源进行比较 | 解析视网膜类器官的细胞组成和发育过程 | 人胚胎干细胞来源的视网膜类器官 | 单细胞组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三个分化时间点的视网膜类器官样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7092 | 2025-10-06 |
Endothelial-to-haematopoietic transition: an update on the process of making blood
2019-04-30, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20180320
PMID:30902922
|
综述 | 本文总结了内皮-造血转化过程的最新研究进展及其在造血干细胞生成中的应用前景 | 整合多种模型系统的最新研究成果,重点介绍活体成像技术和单细胞RNA测序等先进技术对EHT研究的重要推动 | 作为综述文章,不包含原始实验数据,主要依赖已有文献的总结和分析 | 阐明内皮-造血转化过程的分子机制及其在临床造血干细胞生成中的应用 | 小鼠、鸡和斑马鱼胚胎以及多能干细胞分化系统 | 发育生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA-Seq, 活体成像技术, 转录谱分析 | NA | 转录组数据, 影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7093 | 2025-10-06 |
Comparative analysis of sequencing technologies for single-cell transcriptomics
2019-04-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1676-5
PMID:30961669
|
研究论文 | 比较BGISEQ-500和Illumina HiSeq平台在单细胞转录组测序中的性能表现 | 首次系统比较低成本BGISEQ-500平台与主流Illumina HiSeq平台在scRNA-seq中的应用效果 | 仅使用两种细胞系和有限样本量进行验证 | 评估不同测序平台在单细胞转录组测序中的技术性能 | 人类细胞系(含RNA spike-ins) | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 468个单细胞和1297个匹配单cDNA样本 | 华大基因,Illumina | 单细胞RNA-seq | BGISEQ-500,HiSeq | 采用单端和双端测序模式,使用SMARTer和Smart-seq2建库协议 |
7094 | 2025-10-06 |
Multimodal Single-Cell Analysis Reveals Physiological Maturation in the Developing Human Neocortex
2019-04-03, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2019.01.027
PMID:30770253
|
研究论文 | 通过多模态单细胞分析揭示发育中人类新皮质的生理成熟过程 | 首次将细胞内钙响应测量与单细胞RNA测序相结合,揭示了生理异质性与细胞类型的关联,并发现人类特异性HTR2A受体在放射状胶质细胞中的功能 | 研究主要关注神经递质受体介导的钙响应,可能未覆盖其他类型的生理响应机制 | 探索发育中人类新皮质细胞的生理异质性与分子特征的关系 | 发育中人类新皮质的祖细胞和新生神经元 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序, 钙成像 | NA | 单细胞转录组数据, 生理响应数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 多模态单细胞分析 | NA | NA |
7095 | 2024-08-05 |
Cerebral organoids at the air-liquid interface generate diverse nerve tracts with functional output
2019-04, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-019-0350-2
PMID:30886407
|
研究论文 | 本文探讨了大脑类器官在气液界面培养条件下的神经轨迹形成及其功能输出 | 通过气液界面培养,显著提高了神经元存活率和轴突生长,显示出不同的神经轨迹形态及功能 | 研究未提及样本数量的限制或长期功能观察 | 旨在改善对人脑发育和神经疾病的理解 | 研究对象为大脑类器官及其形成的神经网络 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 组织样本 | NA | NA | NA | NA | NA |
7096 | 2025-10-06 |
EmptyDrops: distinguishing cells from empty droplets in droplet-based single-cell RNA sequencing data
2019-03-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1662-y
PMID:30902100
|
研究论文 | 提出一种新的统计方法EmptyDrops,用于区分液滴单细胞RNA测序数据中的真实细胞与空液滴 | 基于检测与周围溶液表达谱显著偏离的新统计方法,相比现有方法具有更高检测效能且能控制假发现率 | NA | 开发区分液滴单细胞RNA测序数据中真实细胞与空液滴的计算方法 | 液滴单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 液滴单细胞RNA测序 |
7097 | 2025-10-06 |
Unravelling Intratumoral Heterogeneity through High-Sensitivity Single-Cell Mutational Analysis and Parallel RNA Sequencing
2019-03-21, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2019.01.009
PMID:30765193
|
研究论文 | 开发了TARGET-seq方法,用于在单细胞水平同时进行高灵敏度突变检测和全转录组分析 | 开发了TARGET-seq技术,能够在同一单细胞中并行检测基因组和编码DNA的多个突变,同时进行无偏倚的全转录组分析 | NA | 解析肿瘤内异质性,关联遗传突变与转录组特征 | 骨髓增生性肿瘤(MPN)干细胞和祖细胞 | 单细胞多组学 | 骨髓增生性肿瘤 | 单细胞RNA测序,突变分析 | NA | 基因组DNA,转录组数据 | 4,559个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞多组学 | NA | TARGET-seq(作者开发的新方法) |
7098 | 2025-10-06 |
PAGA: graph abstraction reconciles clustering with trajectory inference through a topology preserving map of single cells
2019-03-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1663-x
PMID:30890159
|
研究论文 | 提出一种名为PAGA的图抽象方法,用于在单细胞数据分析中协调聚类与轨迹推断 | 通过估计流形分区的连通性,提供可解释的图状数据流形映射,保持数据全局拓扑结构 | NA | 开发单细胞RNA测序数据的拓扑保持可视化与分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图抽象模型 | 基因表达数据 | 四个造血数据集、成年涡虫、斑马鱼胚胎及一百万神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7099 | 2025-10-06 |
In Vivo Generation of Post-infarct Human Cardiac Muscle by Laminin-Promoted Cardiovascular Progenitors
2019-03-19, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.083
PMID:30893597
|
研究论文 | 开发了一种基于层粘连蛋白的方法生成心血管祖细胞,用于心肌梗死后的心脏肌肉再生 | 首次鉴定层粘连蛋白-221促进人多能干细胞向心血管谱系分化,建立了化学限定、无动物源成分的分化方案 | 研究仅在心肌梗死小鼠模型中进行验证,尚未进行人体临床试验 | 开发可重复生成临床级心血管祖细胞的方法用于心脏再生 | 人胚胎干细胞、心血管祖细胞、心肌梗死小鼠模型 | 再生医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 超声心动图, 组织学分析 | NA | 基因表达数据, 影像数据, 组织学数据 | 多个人胚胎干细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
7100 | 2025-10-06 |
Dissecting Cell Lineage Specification and Sex Fate Determination in Gonadal Somatic Cells Using Single-Cell Transcriptomics
2019-03-19, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.069
PMID:30893600
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序研究性腺体细胞谱系特化和性别命运决定机制 | 首次在单细胞分辨率下揭示性腺早期祖细胞通过非性别特异性转录程序分化为支持细胞,并发现XX细胞在类固醇生成前体细胞命运获得中存在相对延迟 | 研究仅聚焦于卵巢Nr5a1-GFP体细胞,未涵盖所有性腺细胞类型 | 解析性腺体细胞谱系特化和性别命运决定的分子机制 | 小鼠卵巢Nr5a1-GFP体细胞,包括XX和XY性腺体细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 时间序列单细胞RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |