单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 7061 - 7080 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7061 | 2024-10-20 |
Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in FFPE tissues
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.07.570603
PMID:38106230
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研究论文 | 本文对三种商业化的成像空间转录组学平台在福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中的表现进行了系统性基准测试 | 首次对三种商业化iST平台在FFPE组织中的相对技术性能和生物学性能进行了全面比较 | 不同平台在细胞分割错误频率和下游生物分析的子聚类程度方面存在差异 | 评估和比较不同成像空间转录组学平台在FFPE组织中的性能 | 三种商业化iST平台在23种肿瘤和正常组织类型中的表现 | 数字病理学 | NA | 成像空间转录组学（iST） | NA | 基因数据 | 23种肿瘤和正常组织类型的组织微阵列（TMAs） |
| 7062 | 2024-10-20 |
SpaceWalker enables interactive gradient exploration for spatial transcriptomics data
2023-12-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100645
PMID:37972590
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研究论文 | 介绍了一种名为SpaceWalker的视觉分析工具，用于探索空间转录组学数据的局部梯度结构 | SpaceWalker能够实时识别转录组学相似的细胞，并通过空间投影突出组织结构特征，支持多种空间转录组学协议 | NA | 开发一种工具，帮助研究人员在空间转录组学数据中发现生物学相关的特征 | 空间转录组学数据的局部梯度结构 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多切片3D全脑数据 |
| 7063 | 2024-10-20 |
Protein phosphatases regulate the formation of Müller glia-derived progenitor cells in the chick retina
2023-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.11.570629
PMID:38168320
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研究论文 | 研究了蛋白磷酸酶在鸡视网膜中调节Müller胶质细胞向Müller胶质细胞来源的前体细胞转化的作用 | 首次探讨了蛋白磷酸酶在Müller胶质细胞转化过程中的作用，并发现DUSP1/6和PP2C磷酸酶的抑制促进了前体细胞的形成，而PP2B磷酸酶的抑制则抑制了这一过程 | 研究主要集中在鸡视网膜，未涉及其他物种或组织 | 探讨蛋白磷酸酶在视网膜中Müller胶质细胞向前体细胞转化过程中的作用 | 鸡视网膜中的Müller胶质细胞及其前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 鸡视网膜样本 |
| 7064 | 2024-10-20 |
Scaling up single-cell RNA-seq data analysis with CellBridge workflow
2023-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad760
PMID:38113416
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CellBridge的自动化工作流程，旨在简化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析的标准流程 | CellBridge通过集成先进的计算方法，简化了scRNA-seq数据分析流程，无需专业计算知识，加速了大规模scRNA-seq数据的发现 | NA | 简化单细胞RNA测序数据分析流程，使其适用于高容量环境和应用 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 7065 | 2024-10-20 |
Ursa: A Comprehensive Multiomics Toolbox for High-Throughput Single-Cell Analysis
2023-Dec-01, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msad267
PMID:38091963
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研究论文 | 介绍了一个名为Ursa的综合性单细胞多组学工具箱，用于高通量单细胞分析 | 提供了6个自动化的单细胞组学和空间转录组学工作流程，涵盖基因组学、转录组学、表观遗传学、蛋白质组学和免疫组学 | 主要面向缺乏生物信息学专业知识的科学家，可能不适用于高级用户 | 旨在为科学家提供一个易于使用的生物信息学工具，以加速他们的研究潜力 | 单细胞水平的多组学数据分析 | 生物信息学 | NA | 单细胞多组学分析 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 7066 | 2024-10-20 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals That Adaptation of Human Aortic Endothelial Cells to Antiproliferative Therapies Is Modulated by Flow-Induced Shear Stress
2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319283
PMID:37732484
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了人类主动脉内皮细胞在抗增殖疗法中的适应性受到流体剪切应力的调节 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了流体剪切应力对内皮细胞在抗增殖疗法中适应性的调节作用 | 研究仅限于体外实验，未涉及体内实验验证 | 探讨内皮细胞在不同应激条件下的转录组变化及其对药物治疗的响应 | 人类主动脉内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类主动脉内皮细胞在不同流体剪切应力和药物刺激下的单细胞样本 |
| 7067 | 2024-10-20 |
Studying stochastic systems biology of the cell with single-cell genomics data
2023-10-18, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.08.004
PMID:37751736
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review | 本文综述了单细胞基因组学数据在细胞随机系统生物学中的应用 | 提出了一个统一的数学框架，用于整合单分子生物随机性和基因组学技术变异 | NA | 探讨单细胞基因组学数据在系统生物学中的应用 | RNA转录过程和微流控单细胞RNA测序的封装及文库构建步骤 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 7068 | 2024-10-20 |
A distal lung organoid model to study interstitial lung disease, viral infection and human lung development
2023-07, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-023-00827-6
PMID:37165073
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研究论文 | 本文描述了一种将人类多能干细胞定向分化为远端肺类器官的策略 | 该方法能够重现肺发育过程，并生成具有分支形态、几乎无非肺内胚层谱系、含有间质且能重现间质性肺疾病的类器官 | NA | 研究间质性肺疾病、病毒感染和人类肺发育 | 人类多能干细胞定向分化为远端肺类器官 | 干细胞研究 | 间质性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 类器官生成时间约40天，可维持超过180天 |
| 7069 | 2024-10-20 |
Perivascular cells induce microglial phagocytic states and synaptic engulfment via SPP1 in mouse models of Alzheimer's disease
2023-03, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01257-z
PMID:36747024
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研究论文 | 研究探讨了在阿尔茨海默病模型中，周围血管细胞通过SPP1诱导小胶质细胞吞噬状态和突触吞噬的作用 | 首次揭示了SPP1在周围血管细胞与小胶质细胞间对话中的功能，调节小胶质细胞介导的突触吞噬 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨阿尔茨海默病中突触丢失的机制 | 小胶质细胞、周围血管细胞、突触 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 7070 | 2024-10-20 |
A guidebook of spatial transcriptomic technologies, data resources and analysis approaches
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.01.016
PMID:38213887
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review | 本文详细介绍了空间转录组技术的开发、数据资源和分析方法 | 本文整合了大量空间转录组数据，并介绍了多种计算方法来分析空间转录组数据，为研究人员提供了全面的指导 | NA | 帮助研究人员选择最适合其目标的空间转录组技术，并整合数据以促进数据的可访问性和可用性 | 空间转录组技术、数据资源和分析方法 | 基因组学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 7071 | 2024-10-20 |
Role of mitochondria-bound HK2 in rheumatoid arthritis fibroblast-like synoviocytes
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1103231
PMID:37529037
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研究论文 | 研究线粒体结合的HK2在类风湿性关节炎成纤维样滑膜细胞中的作用 | 首次提出线粒体结合的HK2是类风湿性关节炎成纤维样滑膜细胞表型的关键调控因子 | 研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探讨线粒体结合的HK2在类风湿性关节炎成纤维样滑膜细胞中的作用及其潜在治疗策略 | 类风湿性关节炎成纤维样滑膜细胞 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 7072 | 2024-10-20 |
Single cell RNA-sequencing profiling to improve the translation between human IBD and in vivo models
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1291990
PMID:38179052
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在炎症性肠病（IBD）及其体内模型中的应用，探讨了如何通过scRNA-seq提高临床转化 | 首次广泛应用scRNA-seq技术于IBD的临床前模型，揭示了免疫系统、基质细胞和上皮细胞之间的复杂相互作用 | NA | 探讨如何通过单细胞RNA测序提高炎症性肠病临床前模型的临床转化率 | 炎症性肠病（IBD）及其体内模型 | 基因组学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 7073 | 2024-10-20 |
Correlated gene modules uncovered by high-precision single-cell transcriptomics
2022-12-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2206938119
PMID:36508663
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研究论文 | 本文介绍了一种高精度单细胞转录组学方法，用于揭示基因表达的相关模块 | 提出了一种新的方法MALBAC-DT，通过测量单细胞中稳态基因表达波动的相关性，更准确地捕获相关基因模块 | NA | 通过高精度单细胞转录组学方法揭示基因表达的相关模块，提升对基因组功能的理解 | 单细胞基因表达相关性及其在功能和调控关系中的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 同质细胞群体中的多个单细胞样本 |
| 7074 | 2024-10-19 |
The astrocyte-enriched gene deathstar plays a crucial role in the development, locomotion, and lifespan of D. melanogaster
2024-Dec, Fly
IF:2.4Q3
DOI:10.1080/19336934.2024.2368336
PMID:38884422
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研究论文 | 研究探讨了基因deathstar在果蝇发育、运动和寿命中的关键作用 | 通过单细胞RNA测序技术，首次发现并验证了基因deathstar在星形胶质细胞中的特异性表达及其对果蝇发育和生理功能的影响 | 研究主要集中在雄性果蝇上，对雌性果蝇的影响未进行深入探讨 | 揭示星形胶质细胞特异性基因在果蝇发育和生理功能中的作用 | 果蝇的星形胶质细胞及其特异性基因deathstar | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及果蝇的视觉叶和脑部的多个发育阶段 |
| 7075 | 2024-10-19 |
Revolutionizing prognostic predictions in colorectal cancer: Macrophage‑driven transcriptional insights from single‑cell RNA sequencing and gene co‑expression network analysis
2024-Dec, Oncology letters
IF:2.5Q3
DOI:10.3892/ol.2024.14721
PMID:39411205
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和基因共表达网络分析，揭示了结直肠癌中巨噬细胞驱动的转录组特征，并构建了一个新的预后模型 | 本研究首次通过单细胞RNA测序和基因共表达网络分析，识别了与巨噬细胞相关的预后生物标志物，并构建了一个新的预后模型 | 研究结果需要进一步的前瞻性研究验证 | 提高结直肠癌免疫治疗的预后预测准确性 | 结直肠癌中的巨噬细胞及其相关生物标志物 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解算法 | 基因表达数据 | 23个样本 |
| 7076 | 2024-10-19 |
Gamma-aminobutyric acid-mediated neuro-immune interactions in glioblastoma: Implications for prognosis and immunotherapy response
2024-Nov-15, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2024.123067
PMID:39322177
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研究论文 | 研究探讨了伽马氨基丁酸（GABA）在胶质母细胞瘤（GBM）肿瘤免疫微环境中的作用及其对预后和免疫治疗反应的影响 | 引入了GABA相关评分模型（GABAAS），提供了新的预后指标，并揭示了GABA相关基因（如NDRG2和TIMP1）在免疫调节中的关键作用 | NA | 研究GABA在胶质母细胞瘤肿瘤免疫微环境中的作用及其对预后和免疫治疗反应的影响 | 胶质母细胞瘤（GBM）肿瘤免疫微环境中的GABA及其相关基因 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、非负矩阵分解（NMF）、免疫组化（IHC）、免疫荧光（IF）、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 7077 | 2024-10-19 |
High-Dimensional Overdispersed Generalized Factor Model With Application to Single-Cell Sequencing Data Analysis
2024-Nov-10, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.10213
PMID:39237124
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研究论文 | 本文提出了一种高维过度分散广义因子模型（OverGFM），用于处理高维非线性因子分析中的过度分散混合型数据 | 引入了一个额外的误差项来捕捉因子无法解释的过度分散，并提出了一种新的变分EM算法来解决计算挑战 | NA | 解决高维非线性因子模型在处理过度分散混合型数据时的不足 | 高维过度分散混合型数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 广义因子模型 | 混合型数据 | NA |
| 7078 | 2024-10-19 |
Integrated analysis of single-cell transcriptome and structural biology approach reveals the dynamics changes of NP subtypes and roles of Menaquinone in attenuating intervertebral disc degeneration
2024-Nov, Journal of biomolecular structure & dynamics
IF:2.7Q2
DOI:10.1080/07391102.2023.2275172
PMID:37902557
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和结构生物学方法，揭示了椎间盘退变过程中NP亚型的动态变化及甲萘醌在缓解椎间盘退变中的作用 | 首次报道了甲萘醌在缓解退变性NP细胞中的重要作用，并结合scRNA-seq、bulk-RNA seq和HTVS技术系统解析了IDD过程中NP亚型的纵向变化 | NA | 研究椎间盘退变（IDD）过程中NP细胞的异质性及其动态变化，并探索潜在的治疗药物 | 椎间盘退变过程中的NP细胞亚型及甲萘醌的作用 | 数字病理学 | 脊柱疾病 | 单细胞测序分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、差异表达分析、高通量筛选（HTVS）、分子动力学模拟 | NA | 转录组数据 | 5种NP亚群 |
| 7079 | 2024-10-19 |
The opposite aging effect to single cell transcriptome profile among cell subsets
2024-Nov, Biogerontology
IF:4.4Q1
DOI:10.1007/s10522-024-10138-2
PMID:39261411
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研究论文 | 本研究探讨了不同细胞亚群中单细胞转录组谱的相反衰老效应 | 首次报告了衰老在不同细胞亚群中对基因表达的相反效应，并强调了在干预衰老相关基因时考虑细胞亚群的重要性 | NA | 研究衰老对不同细胞亚群基因表达的影响 | 小鼠的单细胞RNA测序数据 | 基因表达 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用Tabula Muris Senis数据集，包含大量小鼠的单细胞RNA测序数据 |
| 7080 | 2024-09-27 |
Spatial transcriptomics of acute kidney injury
2024-Nov, Nature reviews. Nephrology
DOI:10.1038/s41581-024-00899-x
PMID:39322738
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |