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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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7021 | 2025-10-06 |
scRNA-seq assessment of the human lung, spleen, and esophagus tissue stability after cold preservation
2019-12-31, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1906-x
PMID:31892341
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研究论文 | 评估冷保存对人体肺、脾和食管组织稳定性的单细胞RNA测序研究 | 首次系统评估多种人体器官在冷保存条件下单细胞RNA测序数据的稳定性,为样本收集提供时间窗口指导 | 仅评估了三种器官组织,样本量相对有限(≥5名供体),未涵盖所有人体组织类型 | 研究冷保存时间对单细胞RNA测序数据质量的影响,优化样本处理流程 | 健康人体肺组织、脾组织和食管组织 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,全基因组测序 | NA | 单细胞转录组数据,基因组序列数据 | ≥5名供体的肺、脾和食管组织,共240,000个高质量单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7022 | 2025-10-06 |
Discrimination of Dormant and Active Hematopoietic Stem Cells by G0 Marker Reveals Dormancy Regulation by Cytoplasmic Calcium
2019-12-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.11.061
PMID:31851939
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研究论文 | 本研究通过建立G0标记小鼠系区分休眠和活跃的造血干细胞,并揭示细胞质钙浓度对干细胞休眠的调控机制 | 开发了能够可视化静息细胞的G0标记小鼠系,首次在传统静息造血干细胞群中识别出活跃与休眠亚群,发现细胞质钙浓度调控干细胞休眠的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,在人类造血干细胞中的适用性需要进一步验证 | 探究休眠与活跃造血干细胞的区分标志及其调控机制 | 小鼠造血干细胞 | 干细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序,高通量小分子筛选 | NA | 基因表达数据,细胞成像数据 | 小鼠造血干细胞群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7023 | 2025-10-06 |
IL-33 Signaling Alters Regulatory T Cell Diversity in Support of Tumor Development
2019-12-03, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.10.120
PMID:31801068
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示IL-33信号通过调控调节性T细胞多样性促进肿瘤发展的机制 | 首次纵向追踪肺腺癌模型中调节性T细胞的动态变化,发现ST2受体在晚期疾病中主导效应表型形成 | 研究基于基因工程小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究调节性T细胞在肿瘤发展过程中的动态变化及其免疫抑制机制 | 肺腺癌基因工程小鼠模型中的调节性T细胞 | 免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 基因工程小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7024 | 2025-10-06 |
Characterizing smoking-induced transcriptional heterogeneity in the human bronchial epithelium at single-cell resolution
2019-12, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaw3413
PMID:31844660
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析吸烟对人类支气管上皮细胞转录异质性的影响 | 首次在单细胞分辨率下识别出吸烟者支气管上皮中表达支气管癌前病变标志物的新型杯状细胞周围亚群 | 样本量较小(仅12名参与者),未包含戒烟者群体 | 表征吸烟诱导的人类支气管上皮转录异质性 | 人类支气管上皮细胞 | 单细胞生物学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 无监督分析 | 单细胞转录组数据 | 12名参与者(6名从不吸烟者,6名当前吸烟者) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7025 | 2025-10-06 |
Data generation and network reconstruction strategies for single cell transcriptomic profiles of CRISPR-mediated gene perturbations
2020-06, Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms
DOI:10.1016/j.bbagrm.2019.194441
PMID:31756390
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综述 | 讨论单细胞RNA测序与CRISPR/Cas9技术结合进行大规模基因扰动研究的数据生成和网络重建策略 | 系统分析单细胞CRISPR扰动数据特有的技术挑战,并介绍网络重建新方法如嵌套效应模型 | 主要关注方法学讨论,缺乏实际数据验证 | 开发单细胞转录组基因扰动数据的生成和分析方法,以重建细胞网络模型 | 单细胞转录组CRISPR扰动数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9 | 共表达网络, 贝叶斯网络, 嵌套效应模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7026 | 2025-10-06 |
Expression profiling of single cells and patient cohorts identifies multiple immunosuppressive pathways and an altered NK cell phenotype in glioblastoma
2020-04, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1111/cei.13403
PMID:31784984
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研究论文 | 本研究通过单细胞和患者队列分析揭示了胶质母细胞瘤中多种免疫抑制途径及NK细胞表型改变 | 首次结合单细胞转录组和患者队列数据系统揭示胶质母细胞瘤中NK细胞功能抑制机制及多种免疫逃避途径 | 研究主要基于体外实验和转录组数据分析,需要进一步体内功能验证 | 阐明胶质母细胞瘤免疫抑制机制及NK细胞在肿瘤微环境中的功能状态 | 胶质母细胞瘤患者样本、神经胶质瘤干细胞、正常神经前体细胞、NK细胞 | 单细胞测序 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组测序, 基因表达谱分析, 蛋白质表达分析, NK细胞功能检测 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, 患者队列数据 | 患者队列样本 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | NA | NA |
7027 | 2025-10-06 |
Commensal microbiota drive the functional diversification of colon macrophages
2020-03, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1038/s41385-019-0228-3
PMID:31772323
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示肠道菌群对结肠巨噬细胞功能多样化的驱动作用 | 首次在分子水平揭示肠道菌群通过调控转录程序驱动结肠巨噬细胞发育轨迹和功能分化 | 研究仅使用C57BL/6小鼠模型,未验证其他物种或人类样本 | 探究肠道菌群对结肠髓系细胞发育和功能分化的影响 | 无特定病原体(SPF)和无菌(GF) C57BL/6小鼠的结肠髓系细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络推断 | 单细胞转录组数据 | SPF和GF C57BL/6小鼠结肠髓系细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7028 | 2025-10-06 |
Transcriptional dynamics of pluripotent stem cell-derived endothelial cell differentiation revealed by single-cell RNA sequencing
2020-03-01, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehz351
PMID:31242503
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示多能干细胞分化为内皮细胞的转录动态过程 | 首次使用单细胞RNA测序技术绘制人多能干细胞向内皮细胞定向分化的转录景观和细胞动态过程,发现了新的转录特征 | 研究仅使用人类胚胎干细胞系,未涵盖其他类型的多能干细胞 | 解析多能干细胞向内皮细胞分化的分子机制和转录动态 | 人类胚胎干细胞及其分化的内皮细胞产物 | 单细胞组学 | 缺血性血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 105,727个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7029 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics: A High-Resolution Avenue for Plant Functional Genomics
2020-02, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2019.10.008
PMID:31780334
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在植物功能基因组学中的应用与潜力 | 首次系统阐述单细胞RNA测序技术在植物复杂组织中研究调控过程的新能力,无需依赖报告基因系即可分析任何植物组织 | 面临复杂数据集处理和分析的挑战 | 探索单细胞转录组学在植物功能基因组学研究中的应用 | 植物组织和单细胞 | 植物基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7030 | 2025-10-06 |
The genetic architecture of Parkinson's disease
2020-02, The Lancet. Neurology
DOI:10.1016/S1474-4422(19)30287-X
PMID:31521533
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综述 | 本文综述了帕金森病的遗传结构研究现状与挑战 | 系统总结了90个已鉴定的独立风险相关变异,并指出新兴技术将推动该领域发展 | 大多数遗传研究基于欧洲血统患者,对其他人群的遗传学了解有限 | 解析帕金森病的遗传结构及其对疾病风险、发病和进展的影响 | 帕金森病相关遗传变异(罕见和常见变异) | 遗传学 | 帕金森病 | 全基因组关联研究、单细胞RNA测序、机器学习、高通量筛选 | NA | 遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7031 | 2025-10-06 |
Probabilistic cell typing enables fine mapping of closely related cell types in situ
2020-01, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0631-4
PMID:31740815
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研究论文 | 提出一种名为pciSeq的概率细胞分型方法,通过原位测序技术实现紧密相关细胞类型的精细空间定位 | 结合单细胞RNA测序分类结果,利用多重原位RNA检测技术实现细胞类型的概率识别和空间定位 | 方法依赖于先前的scRNA-seq分类结果,需要已有充分的基础研究数据支持 | 开发能够精确定位紧密相关细胞类型空间组织的新方法 | 小鼠海马CA1区抑制性神经元和等皮质锥体细胞 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 原位测序 | 概率模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | pciSeq(概率细胞分型原位测序) |
7032 | 2025-10-06 |
Transcriptomic, epigenetic, and functional analyses implicate neutrophil diversity in the pathogenesis of systemic lupus erythematosus
2019-12-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1908576116
PMID:31754025
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研究论文 | 本研究通过转录组学、表观遗传学和功能分析揭示了系统性红斑狼疮中中性粒细胞的异质性及其在疾病发病机制中的作用 | 首次系统性地识别了狼疮低密度粒细胞的两个亚群(中间成熟和未成熟中性粒细胞),并揭示了它们在染色质可及性、转录因子基序和功能特征上的差异 | 研究样本量未明确说明,且主要关注中性粒细胞亚群,可能未完全涵盖其他免疫细胞在疾病中的作用 | 阐明系统性红斑狼疮中中性粒细胞异质性及其在疾病发病机制中的具体作用 | 系统性红斑狼疮患者的低密度粒细胞、自体正常密度中性粒细胞和健康对照中性粒细胞 | 生物医学研究 | 系统性红斑狼疮 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, ATAC-seq | NA | 转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, ATAC-seq | NA | NA |
7033 | 2025-10-06 |
Ontogenic Changes in Hematopoietic Hierarchy Determine Pediatric Specificity and Disease Phenotype in Fusion Oncogene-Driven Myeloid Leukemia
2019-12, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-18-1463
PMID:31662298
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研究论文 | 本研究揭示了融合癌基因驱动的儿童急性髓系白血病中造血层次结构的个体发育变化决定了疾病表型和儿科特异性 | 首次证明融合癌基因在不同发育阶段的造血干细胞中具有不同的致白血病潜能,并发现表型由关键转录因子活性的可逆改变维持 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 探究融合癌基因驱动髓系白血病中年龄与表型特异性的关联机制 | 胎儿和成年小鼠造血干细胞、白血病细胞 | 血液肿瘤学 | 急性髓系白血病 | 单细胞转录组分析、染色质可及性分析、可诱导转基因小鼠模型 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7034 | 2025-10-06 |
Next-generation computational tools for interrogating cancer immunity
2019-12, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-019-0166-7
PMID:31515541
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综述 | 本文综述了用于解析癌症免疫机制的计算工具,讨论了各种方法的优缺点并提供了方法选择指南 | 系统梳理了新兴计算工具在癌症免疫研究中的应用,为多维数据分析提供方法选择指导 | 作为综述文章,未提出新的计算方法,主要基于现有工具进行评述 | 评述用于解析癌症免疫机制的计算工具和方法选择 | 癌症免疫研究中的计算分析工具 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞测序,质谱流式细胞术,多重空间细胞表型分析 | NA | 多维分子和细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
7035 | 2025-10-06 |
High-Throughput Single-Cell Sequencing with Linear Amplification
2019-11-21, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2019.08.002
PMID:31495564
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研究论文 | 本文介绍了一种结合组合索引和线性扩增的高通量单细胞测序方法sci-L3 | 开发了采用3级索引方案的单细胞测序方法,在最小化扩增偏差的同时实现通量的指数级增长 | NA | 开发高通量、高覆盖度的单细胞测序技术 | 小鼠精子和精子前体细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞全基因组测序, 靶向测序, 基因组与转录组共检测 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | >10,000个小鼠精子和精子前体细胞 | NA | 单细胞全基因组测序, 单细胞靶向测序, 单细胞多组学 | sci-L3 | sci-L3-WGS(单细胞全基因组测序), sci-L3-target-seq(单细胞靶向测序), sci-L3-RNA/DNA(基因组与转录组共检测) |
7036 | 2025-10-06 |
Zebrafish MITF-Low Melanoma Subtype Models Reveal Transcriptional Subclusters and MITF-Independent Residual Disease
2019-Nov-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-0037
PMID:31582381
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研究论文 | 利用斑马鱼MITF-low黑色素瘤模型研究MITF低表达状态对黑色素瘤进展的影响及MITF非依赖性残留疾病特征 | 首次建立斑马鱼MITF-low黑色素瘤模型,揭示MITF低表达状态直接导致黑色素瘤进展,并发现MITF非依赖性残留细胞亚群 | 动物模型研究,需要进一步验证在人类临床样本中的适用性 | 研究MITF-low黑色素瘤的生物学意义和进展机制 | 斑马鱼黑色素瘤模型 | 癌症生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | 斑马鱼遗传模型 | 基因表达数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7037 | 2025-10-06 |
Genetic Identification of Vagal Sensory Neurons That Control Feeding
2019-11-14, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.10.031
PMID:31730854
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了控制进食的迷走神经感觉神经元,并发现肠道机械感受器在调节摄食行为中起关键作用 | 首次采用靶向特异性单细胞RNA测序方法绘制胃肠道迷走神经细胞类型图谱,并发现肠道机械感受器而非营养激活的粘膜传入神经对摄食行为具有关键调控作用 | 研究主要关注迷走神经感觉神经元,可能未完全涵盖其他神经通路在能量稳态中的作用 | 识别调控食物摄入的关键感觉神经元及其信号机制 | 迷走神经感觉神经元及其对胃肠道的神经支配 | 神经科学 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
7038 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics Uncovers Zonation of Function in the Mesenchyme during Liver Fibrosis
2019-11-12, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.10.024
PMID:31722201
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了肝纤维化过程中肝星状细胞的功能分区 | 首次发现肝星状细胞在肝小叶中存在空间分区和功能分区,鉴定出中央静脉相关HSCs是主要的致病性胶原产生细胞 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证尚不充分 | 解析肝纤维化过程中间质细胞的功能异质性和空间分布 | 小鼠肝脏中的肝星状细胞和其他间质细胞 | 单细胞生物学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康和小鼠肝纤维化模型中的肝间质细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7039 | 2025-10-06 |
Human Cortical Organoids Expose a Differential Function of GSK3 on Cortical Neurogenesis
2019-11-12, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2019.09.005
PMID:31607568
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研究论文 | 本研究利用人类皮质脑类器官探究GSK3抑制对皮质神经发生的纵向影响 | 首次在人类皮质脑类器官模型中揭示GSK3对谷氨酸能谱系和外放射状胶质细胞输出的选择性调控作用 | 研究基于体外类器官模型,与体内真实脑发育环境存在差异 | 阐明GSK3信号在人类皮质发生中的功能相关性 | 人类皮质脑类器官 | 发育神经生物学 | NA | 单细胞转录组分析 | 脑类器官模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
7040 | 2025-10-06 |
Glucose-Dependent Insulinotropic Polypeptide Receptor-Expressing Cells in the Hypothalamus Regulate Food Intake
2019-11-05, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2019.07.013
PMID:31447324
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研究论文 | 本研究通过创建Gipr-Cre基因敲入小鼠,揭示了表达葡萄糖依赖性促胰岛素多肽受体的下丘脑细胞在调节食物摄入中的作用 | 首次创建Gipr-Cre基因敲入小鼠模型,系统鉴定下丘脑中表达GIPR的细胞类型及其在食欲调节中的功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类验证数据有限;未详细探讨GIPR激动剂与拮抗剂在肥胖治疗中的矛盾作用机制 | 阐明GIPR表达细胞在下丘脑中对食物摄入的调节作用及其作为能量平衡调控靶点的潜力 | Gipr-Cre基因敲入小鼠和人类下丘脑组织 | 神经科学 | 肥胖症 | 单细胞RNA测序,RNAscope原位杂交,G-DREADDs化学遗传学技术 | 基因敲入小鼠模型 | 基因表达数据,行为学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |